Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001011703.3
Sequence Length
2703 nt
GC Content
0.4883
GCCGCCGCCGCCGCCGCUCUCGGUGAGGCUCGCGCUCGAGCUGCGGCGCCGGCUCCUGCCGCCUGGGCCCCGGGCCCGGCCCCUCCCGCGCCGCCCGGGCGAUGAGAAGCUGCUUCUGCGUGAGACGGAGCCGGGACCCGCCGCCGCCGCAGCCACCGCCGCCGCCGCCCCAGCGGGGAACAGACCAGUCCACCAUGCCUGAAGUCAAAGACCUCUCAGAAGCCUUGCCAGAAACGUCAAUGGAUCCCAUCACGGGAGUCGGGGUGGUGGCUUCUCGGAACCGAGCCCCGACAGGCUAUGACGUAGUUGCACAGACAGCAGAUGGUGUGGAUGCUGACCUCUGGAAAGACGGCUUAUUUAAAUCCAAGGUUACCAGAUACCUGUGUUUCACAAGAUCAUUUUCCAAAGAAAAUAGUCAUCUGGGGAACGUGUUAGUAGAUAUGAAGCUCAUUGACAUCAAGGACACACUGCCUGUGGGCUUCAUCCCAAUUCAGGAGACGGUGGACACACAGGAAGUGGCUUUUAGGAAGAAGAGGCUGUGCAUUAAAUUUAUUCCACGGGAUUCAACGGAAGCUGCGAUUUGUGACAUUCGGAUCAUGGGCCGGACCAAGCAGGCCCCGCCUCAGUACACGUUUAUUGGGGAACUGAACAGCAUGGGGAUCUGGUAUCGAAUGGGCAGAGUACCAAGAAAUCAUGACUCAUCUCAACCCACAACGCCUUCCCAGUCAUCAGCUGCCUCCACCCCAGCCCCCAACCUUCCCAGGUGAGGCCUUGUCGGGGUGUCUUGCGUUGUCCUGUGGUCUUAGGUCCCUGCACAACAUUUUAGAACACCACCACUUAGUGUCUGCUGAAAUACUGCAAAGUACAGCUGAAUAAUUGUAGAAGCAAUAUAUCUUUAGAGGAGAUUUUUAAAAAUCCACUUGGAAAUCUUUGCAUUACAUGAAUGCAAAGGCCAUUCUAUAGUCUAUUUUGUGCGUGUUCUGCAGGCUUCUAAAAUUGCAGAUUAUGCAACUUAAAAUUGGCUCCCUAUUCAAAAGAGCUGCUAGCUACACACAGACACGUGCUGUAUAGCCAUGGGGUUGGGAUCACUGGCCUUAAGGUCAAAUUCCUUCUCUGUCUUGGCCAGCAACUCAUUUGAAACCCAGGAGGGUAGGUGAGUUCUUAUAUUCUUCAUUUUCAUAUAAUUUCUUUUUCCAAUGAGCUAUAAAGUAAGAAAUGGGUAGUUUGGGUAUGAGAGAAUAGUGAGGAGUUUUUCAGGAAAUGCUAGUUUUAACAAUUGUCUCCGCAAAGAAACUUGGGUGAGCCAACUGUUUGCUCUGCAACUGAUUUCAGUCAUAACAGAGGUAGUAACAGUCUCUACACUUUCUGCAAAAAGAAUCCUGUCAAAUAAAAAUCCUGUGCAUCACUAGGAGUAAACUAAGGGCAAGGAACAAACAGCACUGAUGGAUUAAGCUUGAGAAAGGGAUUGCAAAAGUAAAUAAAACAAGAACGGUGAGGCAGCAACACUUAGGGAUUGACAUAACGUAAAUGAGAAUGGAUCUCCAAGCUUCCACGUGGGUGAAUAGAGAUGAACAAAAUCUGUCAGGAACCGGACAGAAGAGUCACCAGUAGGUCUUCCUGGGCCAUCCACAAUACAGCCUGCCCUCCGGGACAUACCACCAGCUCUCUGUACUCUGUUCCUCUGUGCCAAGCCUCCGUCUCACUUGGAAGAAUGUGCUGUAAUGAGGCUCCAAAGCCCUGAGGACUCUGUCCUCUGGGACAUCCCCCUAUAAAGACAAUCUGGUCCUUCUCAUGACAGUUUCACAAACCAAGAGUGGUAUUUAAACUUAACUACCCCUGGAAUUGCCUGAAACUUUAGAAGUAGUUUUCAGUUUCAUUUGGCAUAAAAAGAUAGGAAUCUCUAAUAAGCCUCCCAGAGUUGCAGGGUGAACAGUUGAGUCUCUGUUGGGUUCAAGAGUGUGAGGUUCGCACUGCCCAUCAGCACUUGUUCCUCACUUCUGAGCCAGAGCGCUGUCAGCUCCGCCCUGGAGGGCACUGCUGAGGGUCACUGUCUCCUGUGCUCAAGGCUAUAUCAGGUGUGUCACCUGUGCUGGGGAGUCAGCUAAGUCCAUCACCUGUGUGUCGGGGUCCUCCAUCACCUGUGCUGAGGCCCAUCACUUGUACUUGGAGCAGCUCAAGUGUGGGCUCCUUGCAGAGGCUGGAAAGCCCCCACAGGAGCAGUUGCCCUGAAGUUGUUACAGCUGCUCCCUGCUGACAUCAUGUGGUCUAGAAGGGCCCAGAAAUGGGCACCACCUCAGGCAGGUUUUGACUUUCUGUGGUUAAAGAAAGAACACCAGUUCUCUCAGAUAAAGCAGAGAGAGCUCUCAGAAGCCUGCUGGUGACUGUGAGAGCAAAGUCACUUGCACCUGAAGCAAGACAGCCGAGAACACCGAGCCACCGGCAGCCUGGUGGGUUUGGAGGGUAGUGCGUCAGAACCAGAUGUUUAUAAGGCUUAUGUAUUUUAUCACCUCUGCUGUACAGUUUAUGGUUUACAAUGGCUGCAAGGAAAUCGGAUCAGUUUUGUUUUACUUGCCAAAUAAAACAAAUGUCAAAAUAGUCAAUAUAAAAUGUAUUCUAAUUUGGCUGAGUUAAGUCAGCCAAUAUGCAACAGGAUAAUUGAAUGUUCAUUAGUGCUUCCAAGUAAAAGCCAUUUGUCUGUCCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-901.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -948.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 779.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..(((((.(((((....)))))...(((...((((((((((((((.(((...((((.((...(((..((((((((((((.((.(((((......(((........)))......))))).)).)).)))))).))))..))))).))))...))).))))))..((((...))))........((((((.(((((((((.(((...)))...))))...(((((((....((((((.(((.((((.....))))((((((((..(((.(((...)))))).))))))))...))))))))).(.(((((((...(((((.((((((((.((((((((((((((((((..((((((((.(((((((.(..(((....((((((((((((......((((((....)))))).(((.((((((((...............((((((((((........(((........)))))))))))))))))....)))).))).))))).)))))))..(((((((...(((((((((((.((((((....(((((..((((((((..(((((.(((....((((((.......))))))..(((((..........)))))..((((((((......)))))))).......((((.(((.((.((((...((..((((..(((.....................)))..))))...)).....)))))).)))))))....((((((.((.((..((((....))))..))....)).)))))).))).)))))))))))))...)))))...)))))).......(((((..((((........((.((((...((((....)))))))).))...(((((....))))).........(((..(((((....)))))..)))((((.((((((((((.....))))))))))...))))..((((.((((((((((((.(((((((..........))))))).))))))...)))))).)))).....((((((.(((.((((.((((.....(((((((((((....)).))))(((..(((((...(((((....))))).)))))..)))))))))))).)))).))).))))))((((....)))).)))).)))))......................)))))))))))...)))))))...........)))..).))))))).))).......)))))..)))))))......(((.(((...((((.(((.((((.(((......))).).))).))).)))).)))..)))((((....)))).....))))))).....)))).)))))))).))))).....((......))...........))))))).)..(((.......)))..)))))))........))).)).)))))).))))))))...))).((((....))))............))))).)))...........(((((.((((..........((((.....))))...((((..((.((((....((..((((((((...((((((........))))))(.(((((((((((((.(((((((((((((........((((.(((((((((((.........((((.((((.((((((((..(((((..(((((...........))))).....((((((((.((((((((....))))..((((((...)))))).(((......)))......(((......)))....)))).))))...))))..(((.(.(((((...........))))).).)))...(((((((((((...((((....)))))))))))...))))..........(((..((......))..))))))))..))))))))(((((........))))).((((((.(((.((((((..((...(((......)))..))..))))))))))))))))))).))))..........)))))))))))..))))(((((.((((.((((((((.....(((.(((.((((((......((..(((((....)))))..)).....))))))))))))(((((..((((...(((.(((.(.((((((.((((((..((......))..)))))))))))).)..))).))).))))..))))))))))))))))).)))))...(.(((..((((........))))))).)..)))))))))..(((((((....))))).))((((.....)))).....((((((........))))))......(((((((((..........)))))))))....))))))))))))))))).)........(((((.(((.(((..((((...(((((.(((....((((((((((((....))))).)))))))..((((((((((.((..((............)))).))))))..))))..))).)))))...))))..)))...))))))))(((((..((.((((.....)))).))..)))))........................(((((......(((........((((((((......))))))))......))).....))))).))))))))..))..)))).))..))))....)))).)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{.{{{{{({,(((((.,..}}|}}.|||,,,{{((,(.(({((((((.(((,..((((.((...(((..(((((((((({(,((.(((((,{....{||....,,,,|}}.,,,},))))).)).)).)))))).))))..))))).)))),..})),)))))),)),|.})))|{|..,,,,{.,(((((,(,{{(((((,(((...)))...}}}}.,,(((({((,,..((((({,(((.((((.....))))((((((((..(((.(({...)))))}.))))))))...))))))))).{,(((({{{...{({{{.{(((({{{,{{(((((({(({{{{{{{,,||{{{{{,.,{{{{{{|(,.(({..,.{{(((({{{{||..{{,.((((((....)))))).|||.|||||{||,{,,,,,.,,.|,,|((((((((((........(((.,....}}))))))))))))))}}}..,,)))).,,,}))))),,}}}}}},,((((((({{,{{{{((({{{,{(((({(....,,,||..{|||||{{,,|{{{(,(((,.,,{{{{((.,,,,,,||}}}}..(((((........,.)))))..((((((((......)))))))),,{{(.,((((,{(((((,{((({.,{,..((((..{{{..,|,........,...{{,{|||.,||||,...},..||||}||,.,,,||||,,{,(((((({(((((..((((....))))|,}|{{{.,,.)))))},)||,|||}||}}|||||,.,||||..,,|||}},.......{(((({{(({{,....|}}|{.((((...((((....)))))))).||,,,((((({{{,||,,,...,,{{,.{{(,,({({{....}}}}}..}}|||||.{(((((((((.....)))))))))),..))))),}}},,}|||,|||{|||,|||||||,..,,,,,.,))))))).}))))),..,,,,,..|||{{....,,{,{,.|||,|(((,{{(({{{{{,,,,..|||,|}},,))},,,)|||},|||{,...(((((....))))).|||||,,|||,},||||||{|}}|,|||{|||},,((((....))))}))))})))}|...{{{{{{{{{,....,,,..,|||||}}|||...|||||||...........),}}})}))))))}.,))}},,..})))))}})),},||,{....(((,,({,,.{(((.(((.((((.(((......))).).))).))).)))}.,|||||},((((....)))).....)))))||,,...}}}}.}))))}}},|||}}....}||.,,{{{||.........{,|||||},.}}}{||},.....,,...))))))),..,,,,,))),)).)))})),))}|,))),,,)))}||{{....))},............})))),))),))........||||{.{{{,....,.....(((..(((....)}}.,|||..{,}|||}},..,.}}|||||,,,...((((((........)))))),.(((((((((((((.(((((((((((((........((((.(((((((((((.,....,,.((((,({(({((((((((..((((({((((({..,,,,.....|||||.....,{,(((((.(((((({{....}}||,.((((((...)))))).|||......}}}......(((......)))..,})))).))))}..}},,..|||,|.(,((({.,{{....}}),)))},}}||,.,{{,,{((((((...{{{,.,,}))))))))))).}}))))..........({{..{|......}}..}}})))))..)))))))},||||..,,,...)))}),(((((,,(((.((((((..{(,{.(((......)))..)),.))))))))))))))),|||{,,,,...}}}}.,.)))))))))))..))))(((((.((((.((((((((.....(((.(((.((((((,{....((..(((((....)))))..))..,}.))))))))))))(((((..((((...(((.(((.{.((((((.((((((..((......))..)))))))))))).,..))).))).))))..))))))))))))))))).)))))...{.{({..((((........))))))}.}..)))))))))..(((((((....))))).))(((,,,{{.||||....,||{|||,.,,,...}}},}}......(((((((((.,......}.)))))))))....))))))))))))))))),|,,..,,...,||||{{(|,{{..{,||,..{({((.{{{..,.((((((((((((....)))))))}))))).,|||{||{|{|,||.,||,}}},...,,..}||,.,})),,..,}},.}))),))))).},)))}..|||,..}},|||||(((((.,({.((((.....)))),}),.)))))........,,...,,,,....,||,,{(({{,...|}}}},,,,..((((((((......)))))))).,,,,....,,}},.}}}},))))))),.})}}})))..,),,)))))})})))),)))))..
Back