Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001014286.3
Sequence Length
2923 nt
GC Content
0.4321
AAUCGGAAGUGCGGCCGCCGGAACUGGCUGUUGGUGGGGGUGCAGCACUGAGCCGCCGACGGGGCGGGUGGGCUUUGCUGCCGAGCAGGCGGCGCCGUCUUGGGGCCUAGCGGCGAGGCGACCCGCACAGUACUGUAAGAUUGAUGUUAAAGGCAUGGUGUUCACCCCACUUCAUCAGCGUACAUAAGUUAUCUCUUCUUUUGGACCCUUAUUUUAUGCCAUAAUGCAACAAGCUUUAGAACUAGCUUUGGAUCGUGCAGAGUAUGUCAUUGAAAGUGCCCGACAGAGACCUCCUAAAAGGAAAUACCUAUCAAGUGGAAGAAAAUCUGUAUUUCAAAAACUUUAUGACUUGUAUAUUGAAGAAUGUGAAAAAGAACCUGAAGUUAAGAAAUUAAGAAGAAAUGUGAACUUGUUAGAGAAGCUUGUUAUGCAAGAGACUUUGUCAUGUUUAGUGGUCAAUCUAUACCCAGGAAAUGAGGGAUAUUCUCUGAUGCUCAGGGGAAAAAACGGAUCAGAUUCCGAGACCAUUCGACUGCCCUAUGAAGAAGGAGAGUUGCUUGAAUAUUUGGAUGCAGAAGAAUUACCUCCUAUUUUGGUUGAUCUCCUAGAAAAAUCUCAGGUUAAUAUUUUUCAUUGCGGAUGUGUCAUAGCAGAAAUACGUGACUACAGGCAGUCCAGUAACAUGAAAUCUCCUGGUUACCAAAGUCGGCACAUUCUCUUACGUCCAACAAUGCAGACUUUAAUUUGUGAUGUACAUUCAAUAACAAGUGAUAACCACAAAUGGACCCAGGAAGACAAACUUUUGCUUGAGAGCCAGCUCAUCCUAGCUACAGCUGAACCACUCUGUCUUGAUCCUUCUAUAGCAGUCACCUGCACUGCAAACAGACUGCUCUAUAACAAGCAAAAGAUGAACACUCGCCCAAUGAAACGGUGUUUCAAGAGGUAUUCCAGAUCCUCUCUGAAUCGGCAGCAAGAUCUAUCUCAUUGUCCACCUCCUCCUCAGCUGAGGUUACUUGAUUUCUUACAAAAAAGAAAGGAAAGAAAAGCAGGUCAGCAUUAUGACCUCAAAAUUUCUAAGGCAGGAAAUUGUGUAGAUAUGUGGAAACGGAGUCCCUGUAAUUUGGCCAUACCUUCUGAAGUAGAUGUGGAGAAAUAUGCUAAAGUGGAAAAGUCUAUCAAAUCUGAUGACUCACAGCCAACAGUCUGGCCAGCCCAUGAUGUAAAAGAUGAUUAUGUAUUUGAAUGUGAAGCUGGUACUCAGUAUCAGAAAACAAAGCUGACCAUCUUGCAGUCGCUUGGAGAUCCACUUUACUAUGGUAAAAUACAGCCAUGUAAAGCAGAUGAAGAAAGUGACAGCCAGAUGUCUCCAUCACACUCGUCCACAGAUGAUCAUUCAAAUUGGUUCAUUAUUGGAUCAAAGACCGAUGCUGAGAGGGUAGUCAAUCAGUACCAAGAAUUAGUCCAGAAUGAAGCCAAAUGUCCGGUCAAGAUGUCACACAGCUCCAGUGGCUCAGCCAGUCUGAGUCAGGUUUCUCCAGGGAAAGAAACAGAUCAAACUGAAACCGUGUCAGUUCAGUCUUCGGUAUUGGGGAAGGGUGUAAAACAUCGACCCCCACCAAUCAAACUUCCCUCAAGCUCAGGAAAUAGUUCCUCAGGUAACUAUUUUACACCACAACAGACAAGCAGCUUUCUCAAAUCUCCAACUCCUCCUCCUUCUUCUAAGCCAUCAAGUAUUCCUCGGAAAUCAUCUGUGGAUCUCAAUCAAGUUAGCAUGCUUUCUCCAGCUGCCCUAUCACCUGCCAGCUCAUCACAAAGAACCACGGCCACCCAGGUCAUGGCAAACUCUGCUGGACUUAACUUCAUCAAUGUAGUGGGCUCUGUUUGUGGGGCCCAGGCUUUGAUGAGUGGUUCAAACCCCAUGCUGGGCUGUAACACUGGUGCCAUAACUCCUGCAGGAAUAAACCUGAGCGGCCUUCUACCCUCAGGAGGUCUGCUACCAAAUGCACUGCCCAGUGCAAUGCAGGCAGCUUCUCAAGCAGGUGUUCCAUUUGGUUUAAAAAAUACUUCAAGUCUCAGGCCCUUAAAUCUACUCCAGCUUCCAGGUGGUUCACUUAUUUUUAACACUCUGCAGCAGCAGCAACAGCAGCUCUCCCAGUUUACACCACAACAACCUCAGCAGCCCACAACUUGUAGUCCUCAACAGCCAGGGGAGCAGGGUUCUGAGCAAGGUUCAACCAGUCAAGAACAGGCCUUAUCUGCUCAGCAAGCUGCUGUUAUUAACCUUACUGGAGUAGGAAGUUUUAUGCAGUCACAGGCAGCUGUGUUGUCUCAGCUUGGCUCUGCCGAGAACAGACCUGAGCAAAGCCUUCCUCAGCAGAGAUUCCAGCUCUCCUCUGCCUUUCAACAGCAGCAGCAACAGAUACAACAGUUGCGAUUCUUGCAGCAUCAAAUGGCUAUGGCAGCAGCAGCAGCACAAACAGCUCAGCUACAUCAUCAUCGGCAUACAGGCAGCCAGUCAAAAAGUAAAAUGAAGAGAGGCACGCCAACCACUCCAAAAUUUUGAGUCUUGCAUUACUUUUUGUUCCUUUUUUAAAAACACAAGAGCACUGAAUCAAAAGAAUUGAGUUUCUACUUUUUGUUUUUUUUAAUGUGUCAGUAUUUUACAUUGCUAGAUGUACAAACUUUAUACAGAAGCACAACCUUAUCAUUUUUAAAUAAAAACAGGGAAAUGGUUUAACAAACUAGGGUUGGUUUGCCUAAGUCAUUGCUUUUUAAAAAUGGUUUCACUAUACAUAAUAUAUAUGGAAGUGACCUAAGAAAUAAUAGAAACAUCUUUCAGAAGAAUGUAGUUUGAUAUUUAUUUAGUAUAAAACGUUUGUGCACAGUGUUAACAAAUACAAUUUUUACAAAUCUGUUUUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-796.47 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -852.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 650.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((.(((((..(..((((((((..((.(((((((..(((.(((((((((.....)))))(((((.(((((((((((.((((((((.((.....)).)))..))(((((((((...))).......((((.(.((((((.....((...(((....)))))....))))))).)))).........((.(((((((.............(((......)))..(((((........))))).((((((.(((((((..(((.(((...........))).))).((((...)))).....(((.(((((.........(((..(((((...(((((((...(((.((((((....))))))...)))....)))))))..)))))..)))..........))))).)))....((((.(((.(((((((..((((((..(((.(((((((........(((..((.((.(((((...))))).))..))..)))......((((......)))).))))))).)))...(((.......)))(((((((((((.....(((((((.(((.((((.....((.((((((((.((((.((((((....))).)))........(((((((((((((.((((.(((((........)).)))..)))))))).)))..))))))......)))))))))))).))...)))))))..)))))))))).))).))))).(((((((.(((.((((........)))))))..)))))))...........))))))))))))).)))))))(((((............)))))....)))))))..))))))......(((((((...(((...)))....)))))))..........))))))).))...))))))...((((((...))))))(((((..........))))))))..))))))))))).))))))))).))).))))))).)).)))))..)))..)....((((((......))))))(((((.....(.((((((......)))))))....)))))...(((((..(((.(((............))).))).)))))....))))).)))((((((((..((((((..........(((...(((....((((.((((....)))))))))))))).....(.(((((..(((.....((((...((((((.(((((......(((((((((((((..((((...(((((.((..(((((((((((.((.(((((((....(((..((((((.(((((........)))))))))))..))).....))))))).)).)))))..............(((((((((((((........((((((((((.((((((..........((((((..((....))..))))))..........)))))))))).)))))).((((.(((...((.(((((.........))))))).)))...((((((..((.....))((((((......((((..((((((.......))))))..))))..(((...((((...(((((...)))))...)))))))........))))))...))))))(((((((((((...)).)))))))))...........))))....((((...............................)))).........(((....)))))))))))))))).........)))))).)).)))))...))))..........))))))))..)))))..(((((((((....))(((((..((((.....)))).)))))....(((((((.((..((((((((......)))))))).)).)))))))))))))).........((((((((((....(((.(((((((.((.((((((((((....((((((((((((((.......(((((.(((((..((..((((((....)))))).))..))))))))))...(((((((((((((((((...............((((...((.............))...)))))))))))).............))))).))))((.(((.((....)).)))))....(((........)))...(((((.(((((......(((..(((((........))))))))))))))))))...(((...))).....)))..)))))......))))))...(((((((((.....((.....)).(.((((((((((...(((.(((((....)))))..((((...((((((...))))))...)))))))...)))).))))))).((((((............)))))).....))))))))).(((((..........))))).))))))))))........)).))))))).)))...........))))))))))))))).))))))....))))))).))))).)((((((((..((((....(((((.(((((((((((.....((((((.((.(((......((((((...............)))))))))..)).)))))).....))))......(((((((((((((((((((((..((((..((((((....))))))........))))....)))))............))))).)))))))))))..((((((...)))))).))))))).)))))...))))))))))))......((..(((((...((((.....))))..)))))))...............))))))))))))))......((((.(((((.....))))).))))(((((((.....(((........))).....)))))))...))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((.((((((((((((((((((.(((,(((((((.(((((((.(((.{{.,,.,}((((((.{,((((((((((.....)))({{.(({....}).)))..}})))))))).)))))),(({{..,....,}}}}.,}},...))).))))))))))))).).,)).))))...{(((((.,,..,,{.,....)))....}}.,}}}||,{((.((.((,.{((((........))))))).)).)))},(((((.{..,{{..(((.(((.....(((((.((((...)))).......(((((((((((.....(((..(((((...(((((((.{.(((.((((((....))))))...)))..,.)))))))..)))))..)))..........(((((((.((((((({{((..{(({{{((,.{(((((((({{,.((((((........(((..{,.{{.{(({{..,|||||,|}..)),}))),....,(((({..{{(((((((|..{{{.((..({..,..(((((((((((((((((((....,{(({.{{,|{{{{{.,,{{{,,....,..}|{{(({{{,,,(((....))).)))}}}}}...((((((((,((,.(((((((..{{....{{{.,({{{...,,.)))),.)))...}}...{(((((((.,.((((((((.(((....................))).)))))).(((((((.{{{.((((........))))}},..)))))))))}.)))))},)}....((((((((((((((({((((......,|,...}))))......{{|{,...{{....}}...,((((((...{|{,,,)),..,,))}})))})....))))))))))}))||))).,.),}))))))}.((((,|{(((((((,{,,..,|||}}}}),})},..{({{{..{(|....))),.)))})},}}...((((.((((((((....((((((((((......))))},{{{{(.....,.((((((......)))))),....)))))......(((..((((((.(((((.(.((..((((.{{({{(((((((..(((((.((.,......)).)))))..)))).)))...}}.}}}..((((.((((....))))))))....((((......)))),,...,,||.,......(((((((((|{...(((.(((((..(((((((...)))))))........,..((,{((((.((.(((((((....(((..((((((.(((((........)))))))))))..))).....))))))).)).)))))))..}.))))).)))...,,,.})))))))),...((((((((((.((((((........,.((((((..((....))..)))))).,.....,,.))))))))))}})))))...)))).)).}.))))))))))).)))..{(((((((.....)))))))}.((((((........))))))((((..((((((.......))))))..))))..(({..,((((...(((((...)))))...))))))).))))).....)))),,))).))))(((((((((...)).))))))),..)))),.......))))))))).....................))))))))))...)}..)).}}}..|,}))))}},}}}))))}|{,{||....,{{{{..,,,.||}}.....{((((|..........}.|}|}}.........||,|||||}}}}}..,||,)}}|||}},}}})}}|{||{|..{{,(((((((.((..((((((((......)))))))).)).))))))))))))))}........|{||||{|{{,.,,.{(({{,...........((((......))))(((((((((((......)))))),)}))).,,...|||||,}}}})))),..))))})))))))))).))))))).)))))))))))................))))).))).))).}}},)))))))).)))).)))))))))))},,,,((((((((((((....)))).....((.((({{.{{{{{,........,,,...(((((.(((((......(((..(((((........))))}))})))))))))}...{((,,..,|......,,}}.||{{.,{||||||..|{.,(((((((({.....{(,....}}.|,{((((({(({.{{({{.(((((....))))),|((({..,((((((..,|}}}}}...}}}}}}},}}}})),})}})},.((((((............)))))).....})))))))).||,,|,}},,.....|||||{,...})))))).......)))).})),)),))).)).((((((((.,.{{{(((((({,.{{...,((......)){((((...((((((({..((((....(((((.(((((((((((.....((((((.((.(((......((((((...,,,...,}}}}.)})))})))..)).)))))).....))))......{((((((((({{((({(((((.,((,{,.((((((....)))))).,,,,,..)))),,,,}}},,............})))}.)))))))))))..((((({...}))))).))))))).)))))...)))))))))))).....))))}(((((...((((.....))))..))))).,,,........,,{{,,..,,||,,.}).)}})))))}}}}|{{{{,,,..,},))}}}.,))))))))..)))))))).|||,,,...,{,..,{||..,,,)))),...
Back