Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001017958.3
Sequence Length
2637 nt
GC Content
0.5457
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGCUGUCCAGUUUGUUAGGACUGCUGCUUCUGGGACUCCUGUUACCCGCAAGUCUGACCGGCGGUGUCGGGAGCCUGAACCUGGAGGAGCUGAGUGAGAUGCGUUAUGGGAUCGAGAUCCUGCCGUUGCCUGUCAUGGGAGGGCAGAGCCAAUCUUCGGACGUGGUGAUUGUCUCCUCUAAGUACAAACAGCGCUAUGAGUGUCGCCUGCCAGCUGGAGCUAUUCACUUCCAGCGUGAAAGGGAGGAGGAAACACCUGCUUACCAAGGGCCUGGGAUCCCUGAGUUGUUGAGCCCAAUGAGAGAUGCUCCCUGCUUGCUGAAGACAAAGGACUGGUGGACAUAUGAAUUCUGUUAUGGACGCCACAUCCAGCAAUACCACAUGGAAGAUUCAGAGAUCAAAGGUGAAGUCCUCUAUCUCGGCUACUACCAAUCAGCCUUCGACUGGGAUGAUGAAACAGCCAAGGCCUCCAAGCAGCAUCGUCUUAAACGCUACCACAGCCAGACCUAUGGCAAUGGGUCCAAGUGCGACCUUAAUGGGAGGCCCCGGGAGGCCGAGGUUCGGUUCCUCUGUGACGAGGGUGCAGGUAUCUCUGGGGACUACAUCGAUCGCGUGGACGAGCCCUUGUCCUGCUCUUAUGUGCUGACCAUUCGCACUCCUCGGCUCUGCCCCCACCCUCUCCUCCGGCCCCCACCCAGUGCUGCACCGCAGGCCAUCCUCUGUCACCCUUCCCUACAGCCUGAGGAGUACAUGGCCUACGUUCAGAGGCAAGCCGACUCAAAGCAGUAUGGAGAUAAAAUCAUAGAGGAGCUGCAAGAUCUAGGCCCCCAAGUGUGGAGUGAGACCAAGUCUGGGGUGGCACCCCAAAAGAUGGCAGGUGCGAGCCCGACCAAGGAUGACAGUAAGGACUCAGAUUUCUGGAAGAUGCUUAAUGAGCCAGAGGACCAGGCCCCAGGAGGGGAGGAGGUGCCGGCUGAGGAGCAGGACCCAAGCCCUGAGGCAGCAGAUUCAGCUUCUGGUGCUCCCAAUGAUUUUCAGAACAACGUGCAGGUCAAAGUCAUUCGAAGCCCUGCGGAUUUGAUUCGAUUCAUAGAGGAGCUGAAAGGUGGAACAAAAAAGGGGAAGCCAAAUAUAGGCCAAGAGCAGCCUGUGGAUGAUGCUGCAGAAGUCCCUCAGAGGGAACCAGAGAAGGAAAGGGGUGAUCCAGAACGGCAGAGAGAGAUGGAAGAAGAGGAGGAUGAGGAUGAGGAUGAGGAUGAAGAUGAGGAUGAACGGCAGUUACUGGGAGAAUUUGAGAAGGAACUGGAAGGGAUCCUGCUUCCGUCAGACCGAGACCGGCUCCGUUCGGAGACAGAGAAAGAGCUGGACCCAGAUGGGCUGAAGAAGGAGUCAGAGCGGGAUCGGGCAAUGCUGGCUCUCACAUCCACUCUCAACAAACUCAUCAAAAGACUGGAGGAAAAACAGAGUCCAGAGCUGGUGAAGAAGCACAAGAAAAAGAGGGUUGUCCCCAAAAAGCCUCCCCCAUCACCCCAACCUACAGAGGAGGAUCCUGAGCACAGAGUCCGGGUCCGGGUCACCAAGCUCCGUCUCGGAGGCCCUAAUCAGGAUCUGACUGUCCUCGAGAUGAAACGGGAAAACCCACAGCUGAAACAAAUCGAGGGGCUGGUGAAGGAGCUGCUGGAGAGGGAGGGACUCACAGCUGCAGGGAAAAUUGAGAUCAAAAUUGUCCGCCCAUGGGCUGAAGGGACUGAAGAGGGUGCACGUUGGCUGACUGAUGAGGACACGAGAAACCUCAAGGAGAUCUUCUUCAAUAUCUUGGUGCCGGGAGCUGAAGAGGCCCAGAAGGAACGCCAGCGGCAGAAAGAGCUGGAGAGCAAUUACCGCCGGGUGUGGGGCUCUCCAGGUGGGGAGGGCACAGGGGACCUGGACGAAUUUGACUUCUGAGACCAACACUACACUUGACCCUUCACGGAAUCCAGACUCUUCCUGGACUGGCUUGCCUCCUCCCCACCUCCCCACCCUGGAACCCCUGAGGGCCAAACAGCAGAGUGGAGCUGAGCUGUGGACCUCUCGGGCAACUCUGUGGGUGUGGGGGCCCUGGGUGAAUGCUGCUGCCCCUGCUGGCAGCCACCUUGAGACCUCACCGGGCCUGUGAUAUUUGCUCUCCUGAACUCUCACUCAAUCCUCUUCCUCUCCUCUGUGGCUUUUCCUGUUAUUGUCCCCUAAUGAUAGGAUAUUCCCUGCUGCCUACCUGGAGAUUCAGUAGGAUCUUUUGAGUGGAGGUGGGUAGAGAGAGCAAGGAGGGCAGGACACUUAGCAGGCACUGAGCAAGCAGGCCCCCACCUGCCCUUAGUGAUGUUUGGAGUCGUUUUACCCUCUUCUAUUGAAUUGCCUUGGGAUUUCCUUCUCCCUUUCCCUGCCCACCCUGUCCCCUACAAUUUGUGCUUCUGAGUUGAGGAGCCUUCACCUCUGUUGCUGAGGAAAUGGUAGAAUGCUGCCUAUCACCUCCAGCACAAUCCCAGUGAAAAAGGUGUGAAGCACCCACCAUGUUCUUGAACAAUCAGGUUUCUAAAUAAACAACUGGACCAUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-965.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1005.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 502.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((........))))))......((((((((((....)))))).((((((((.(((..(((.((((((..(.(((((..(((.....)))))))).)..)))))))))((((((((((......(((((((((((.((((.(((...(((.(((((((((((((((((.(((((((((((((((.(..((..(((((((.(.(((((.((.((((((((...........(((((...)))))..(((..(((((((((........))))))).))..)))(((.(((.....))).))).....((((((((..((((((..(((((((((....(.((((((.((...(.(((((((............(((((..((((..........))))..)))))(((((.......((((((..........(((((...(((......)))..)))))((((.......((((.(((......))).)))).....))))..(((((((........(((((((..((....(((..((((......))))..)))))..))).))))........)))))))..(((.((((.(((((((((((((((((((.(((((((..((((...(((((((...........(((.((((((....)))))))))......((((.((....)))))))))))))...))))..)))))))..((((((......))..(((((((..((.(((((((.((((.(((..((.......))..)))))))...))))))).))....(((.........)))...)))))))))))......))))))))))))))...))))).)))))))..))))))....((((...))))(((.(.((((((((.....)))..))))).).)))......))))).))))))).)...)))))))).).....)))))))))..))).)))))))))))..)))))))).))..)))))))))))))...))..)...)))))..((((.((((.......)))).))))))).))))....)))..))))).))))).....)))..))))..))).))).)))).))))).(((((.(.(((((((..(((((..(((((..((((((.(((.......))).....(((((.(.......).))))).....(((((...))))).((......))...((((((.........(((((.(.((((.((.....((((((((.(((((.(((((.((((((..((.(((((..((((((.((((.((.((....(((((...(((((.(((.....))).).)))).))))))).))...))))))))))(((((((((......((.((.(((.(.((((((.(((..((.(((((((.(((....((((((.(.(((((((((((((((...........((((((.....(((((............)))))...)))))).................(((((((((((((...(((.(((..(((((((((........((((((((((((((........((((((.(.((((......)))).).))))))........))))))))).....)))))..........(((....))).....(((......))).)))).)))))..))))))..)))...((((((...((((((((.((((((.((((........)))).)))..((((..((((...((.((..((.((((((.((((((((..((..((.((....(((....)))........((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..))..).))))))))).......(((....)))........(((((.((((((......((((((((((((..((((((.((.(((.((.((((..(((((.((....................)).)))))..)))).)).))).)).))..))))..))))))))))))))))))))))).))))))..)).))...))))...))))..))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))..).))...))))....))))).)))))..))..))).)).)).))).))))).))....)))).))))).....)))))))..)))))).)))))))))).........(((((((((((.....)))))))))))...((((..((((((((((((((((((....)))))))).......)))))))))).(((.((((((((((.(((((((((((((..(((((((...(((((......))))).))))))).))))..)))).))))).)))))).........)))))))))))..)))))))))))))))))))))))))).))))))....)))))((((((......)))))).....((((.......))))....(((((....)))))...))))).))))....)))).)))))...(((((...)))))......))))))......)))))))))).....)))))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.((((((........)))))).,....((((((((((....)))))).(((((((({(((..(((.((((((,,{,(({((,,((,...,,||,}|}}}.),.}))))))))|||||{{{{{.,{,|,{((((((((((.{({(,(,({,.(((.{{(,(,((((((({(((,((((({{{{{{{|||,|.|{{..(((((((.{.{(((,.((.((((((((.........|.(((((...)))))..(((..(((((((((........))))))).))..)))(((.(((.....))).))).{{..((((((((..((((((..(((((((((....,.((((((.((...{.(((((((........{{{.(((((..((((..........))))..))))),,|||.......((((((,{,....,}.(((((...(((......)))..)))))((((.......((((.(((......))).)))).....))))..(((((((....,,..(((({{{..,{{,,.(((..((((......))))..)))}},.,}).)))).,,.....)))))))..(((.((((.(((((((((((((((((((.(((((((..((((...(((((((...........(((.((((((....)))))))))......((((.({....}))))))))))))...))))..)))))))..((((((......,},.(((((((..((.(((((((,((({.{{{..{,.......,}..})))))}...})))))).))....(((.........)))...)))))))))))......))))))))))))))...))))).)))))))..}))))).,},,,,{...|||,(((.(.((((((((.....)))..))))).).)))}}}...)},},.))))))).}...)))))))).}.....)))))))))..))).)))))))))))..))))))))})},,}))))))))))))}},)),,},..,)))),,,|||.|{{|,,,,}},)))).)||||||.||||....|}|,,|||}},|||||.,...,,,..})}}..}))}))).,})),})))},,|}||.|.|||}|.,..{((((({{(({{..((((((,(((...,,,,|||.....{{{||}|}},......)))}}.....(((((...))))).((......))...((((((.........(((((.(((((..(({,({{(,(((({{.(((((.(((((.((((((,.((.(((((..((((((.((((.((.((....(((((...(((,{,(({.....))),},)))).))))})).))...))))))))))(((((((((......((.((.(((.(.,(((((.(((..((.(((((((.(((....((((.{{({(((((((((((((((,,,........((((((.....(((((............)))))..,)))))}.,........,......(((((((((((((...(({{(((..(((((((((........{(({{(((((((((.....{..((((((.,{((((......))})}).))))))..,.....)))))))))..,,.)}}||{{..,,....(((....))).....||,......))},)))).)))))..))))))..)))...((((((..,,(((((((.(({(((.((((........)))).))),{((((..((((...((.((..((.((((((.((((((({..((..(({((....,,,...})))}.,,....((((((((...(((((....)))))..))))))))}|},..}),.,.))))))))).......(((....)))...,....(((((.((((((......(((((((((((({,{(({((.((.(((.((.((((..(((((.({.............,}.....)).)))))..)))).)).))).)).))..)))),.,)))))))))))))))))))))).))))))..)).))...))))...)))).}))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))..,}))...))))....))))).)))))..))..))).)).))}},}.))))).))....)))).))))).....))))))),.)))))).)))))))))).....,.,.(((((((((((.....)))))))))))...{({(,.(((((((((({(((((((....)))))))).......)))))))))).|{(.((((((((((.(((((((((((((..(((((((...(((((......))))).))))))).))))..)))).))))).))))))|,.......})))))}}})}.,}})))))))))))).))))))))))).))))))....}))))((((((......)))))).})))})).{(,{(((((((..{{(((((....))))).}}..))),})))))}...,},}}|,,...(((({,..})}))}}}}.,|||}}}.,,,..)))))))))).....)))))))))))})))..
Back