Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001022.4
Sequence Length
2021 nt
GC Content
0.5596
CCCUUUCCCCUGGCUGGCAGCGCGGAGGCCGCACGAUGCCUGGAGUUACUGUAAAAGACGUGAACCAGCAGGAGUUCGUCAGAGCUCUGGCAGCCUUCCUCAAAAAGUCCGGGAAGCUGAAAGUCCCCGAAUGGGUGGAUACCGUCAAGCUGGCCAAGCACAAAGAGCUUGCUCCCUACGAUGAGAACUGGUUCUACACGCGAGCUGCUUCCACAGCGCGGCACCUGUACCUCCGGGGUGGCGCUGGGGUUGGCUCCAUGACCAAGAUCUAUGGGGGACGUCAGAGAAACGGCGUCAUGCCCAGCCACUUCAGCCGAGGCUCCAAGAGUGUGGCCCGCCGGGUCCUCCAAGCCCUGGAGGGGCUGAAAAUGGUGGAAAAGGACCAAGAUGGCGGCCGCAAACUGACACCUCAGGGACAAAGAGAUCUGGACAGAAUCGCCGGACAGGUGGCAGCUGCCAACAAGAAGCAUUAGAACAAACCAUGCUGGGUUAAUAAAUUGCCUCAUUCGUAAUCCUGGUCUGGGUCUCUUUUUUGAGUCUCUUGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCCAUCUCAGCUCACUGCAAUCUCCGCCUUCUGGGUUCAAAUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAAGUGUGAGCCACUGUGCCUGGUCUGGUUUGGGUCUCUUGAUUGUUCUUCAGGGGCAUGAGGAAGAGGCGCUUCCUCCCUUCCCUUGGGUGAGGGGGCCCAGGGUGAUUGGGUGGCUGUUUACCCGGCAGCCAGUCGGGCCUUCCCAGGUCAAACAGUUCCCAUCUGGGUUUGGAGGAAGGACCCAGGGGCCCUUGUGGCUCACUCCCCCACAUCCUGUCUUUGCAAUUGUCAGAAAGUGAGAAACGAAAGGAUGGCUGUGAGCUGUGACCUCAGCUGGGCCUGGGCUGCAGAGGUGGCUUCCGCUGGAGUAAAGCAAGAGGGCCCAGGGUUCAUGCUCUUCCCUGGAAGGUAGAAAAGGACAGACCACCAGGGAGCCUCCACCGCAAACUGACCUGUGCUGCCUACACACUAACUUUCCUGGGCCUGGGGCCUGCACAGGCUGAAUGGUCCUUGAGCCUUCACUCUGCAUCUGAGCGGUCUUGGGCCCGCUGAGUGGCAGUGGCAGGAAGUCGGUGGAAGCAGAUCCCUGUGCAGAAGUUGAAUUACCAGGGCGGCCACACACGGGCUGCACAACCUUUGCAGUCGUGCACGGCAAGUGGGAUGUGGCCUCCGCCCAUGAUUGGGCACCUGGUCAGGCUGGGAGAUCCAAAUAGCACCCAGUGGGCAGCUGUCCGACCCCUGGAGGGGCAAGCCAGGAAAGAAACUUAGGGCCCGCUGUGACCAGAUGUCCCUCCCAGUUGGGAAGACUAAACUGGUUUGGCCAAUAUCUCCCAGGAUUCCCCUGUCCAAAUUAUUCCUGGGAUCUGACCCAUUUCCUGGAAAGGGGCGAGCCUGGGUUUUGAAGUUCAAACUAGAGUUUAAAUCACAACUCUGCCCCUAAUCCCACGUAACCCUGUGCACCUUAUCCUCUGAGCCUUCGUCUCCUCGUGUGUAAGCCUGCUAACUCCUGAGAGACUGGACAAGAUGCCGUGGAGAGCCUUGGCUCUGAGUAGCUCUGCUGCUGGACAGUUCAGUUGGCAGUCCCCAAACGUAAGGCGUAAGAGUUUAAGAAGUAUCGGCCAGGCACAGUGGCUCACACCUGUAAUCUCAACACUUUGGGAGGCCGAGACGGGCUGAUCACCUGAGGUUGGGAGCUUGAGAACAGCCUGACCAACAUGGAGAAACCCUGUCUCUAAAAAUACCAAAAUUAGUUGGGCAUGGUGGCGCGCACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGAAGAAUCGCUCGAACCCCGGAGGCGGAGGUUGCAGUGGGUUGAGAUCGAGCAAUUGCAAUCCAGCCUGGGCAACAGAGCGAGACUCCAUUUCAAAAAAAGAAUCAAUAAAAAUGUUAAAAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-892.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -926.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 399.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((((((((((..((((((..((((.((((..((((.((.....)))))).))))..(((((((....)))))))..((((.(((((..........)))))))))...((((((.....)).))))..))))..)).))))........((((((..(((........)))....))))))...)))..))))).....((((((.((.((((......)))))).)))))).((((((((((((((......)).))))))((((((........))))))....))))))....)))))((((.....((..(((((((.(((((((((((((((((((...))))))........))))...)))))....)))))))))))..))....))))))))..((((((((((((((((....(((.....)))(((....))).....((.(((........((((......)))).......))).))..........)).))))))))))))))...(((((((..(((((((.((((((((((((.((((((.((.(.((((((((((((((((((((((((((((.((((((...(((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((((......(((((((((.((......(((((((...(((((((.....)))))))....))))))))).)))))))))(((((...((((((((((((.....))))))))....(.((((((..((((..((((((((((.((((((..((((.(.((((((..((((((((...(((.(((((..((((.((.((((((....((.(((.....))).))....)))))))).))))(((((......))))).(((..(((((((....)))))))..))))))))..)))..)))))))).)))))).).))))(((((((..(((............))).)))))))((.(((((((...(((..(((((((((((.........((((...(((((((((((((.((.(((((((((.(((......)))))))....))..))).)))))))))))))))..)))))))))).))))).)))))))))).)).((((((((.((.....((((....((((((.((((((((((((.(((((.......))))))))))(((.....)))...))))))).))(((((....)))))..)))))))))))))).))))........)))))))))).))))))..))))...)))))).)...((((((((.....((((((((......((((((..(((..((((....)))).)))....)))))).))))......((((((((..................)))))))).))))....))))))))..(((((((((..((...((((((.(((......)))))))))...)).))).))))))...))))....)))))((((..((((..((((..((((((((......((......))(((((((((.....(((.(((..(.(((.((((.((....)).))))))).((((((...)))))))..))))))))))))))).......))).)))))...))))..))))..)))).)))))))))))))))))))))).)))))))))).))))))))))((((......)))).....(((((((((((..(((.......)))....))))).((((((.......)))))).............((((((((((.((((.....))))))....)))))))))))))).))))))))))).)))))))...)))))).)))))))))))))))))))))))))))).).)).)))))).)))))))))))).)))))))))))))).....................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{,{.(({((((((((((.((((.{{||||.,..{{{{(((.,(({(.{{.....}}||||,|||||,(((((((....))))))),}|{{|{(((({..........))))))|||...((((((...,,||,}|||.,{(({..,,,(({(((((.......)))))||{,|,..},|}{{,.|||||}}..|,.|.({(({{..{((.((((((.((.((((......)))))).))))))))).}))))}|.||}},..,.))}}}})))||||||},.....,)))))).,}))))}}),,,,}}}},{{{|,,,,.{{..((((({{((((((((((((((((((((...))))))........)))}..,)))))....)))))))))))..))}...})))})))..{((((((((((((({{....{{(,,...}}|(((....))),....,.{((({.........{,}}}}},|||}.......})),},.,,,},.,,.)),)))))))))))))}...(((((((..(((((((.((((((((((((.((((((.((.(.((((((((((((((((((((((((((((.((((((...(((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((((,{{{,,{(({((((({(,......||||||(,..(((((((.....)))))))....}}}},||||||||}}||,{(((((.,,((((((((((({.....})))))))....{,((((((,,((((..((((((((((.((((((..((((.(.((((((..((((((((...(((.(((((..((((.((.((((((....((.(((.....))).))....)))))))).))))(((((......))))).(((..{((((((....))))))}..))))))))..)))..)))))))).)))))).).))))(((((((..(((............))).)))))))((.(((((((...(((..(((((((((((.........((((...{((((((((((((.((.(((((((((.(((......)))))))....))..))).)))))))))))))))..)))))))))),})))).)))))))))).)).((((((({.((.....{{,....{((((((.((((((((((,{((((((.......))))))))))(((.....)))...))))))).},(((((....))))).}))))))}}))}))).))))........)))))))))).))))))..))))..,))}))),)...((((((((.....((((((((.,....((((((..(((..((((....)))).)))....)))))),))))......((((((((..................)))))))).))))....))))))))..(((((((((..{{{(,((((((.(({......))}))))))}).}}.))).))))))...))))....)))))).}|.}||||}}|{{({{(((((((({{...{{{,{{...{.(((((((((...,.{,{((((..(.(((.((((.((....)).))))))).((((((...)))))))..)))))))))))))))....}}.)))..)))),.,)),)}})},}..,.}}})))))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))))}((((......)))).....(((((((((((.,({{,{....}))}.,..))))).((((((.......)))))).............(((((((({(.((((.....))))})....)))))))))))))),))))))))))).)))))))...)))))).)))))))))))))))))))))))))))).).)).)))))).)))))))))))).))))))))))))))....,........}............,,,....,,..
Back