Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001024218.2
Sequence Length
3458 nt
GC Content
0.4722
CCUUUCCUCUCAGUCCUGCCAUCUAGCUGCCUUGGGUCUCGCGCUCCGCAGAGCGUUCCGACACUCUCCGGCCUCGUUCUGCCGCCUCCGCGCGCUCUCCCCGUGCGGCCACCGCGCCCCCCAAGCUUGCCUCCUUCUUGCCGGACUUGGGGCCGCGCGCCCUGACUCCUUCCCCUCCCGCGGACCCGCGCACUCCCGGCGCGGCCUCUCCCCCACGCAGGCCACCGUGCACUCUGUGGCCUCCCCCUCCUUCCCCGCUCUCCUCGCGCUUCUCUGGCUCCCUAGCUGUCGCGCUCUCCUCGGCGAGCGCGCUCCCGGCCCGCGCGCUCCGGGCUCCGGUUUCUCCCGGCUCCUGUCAGUGCGGUGACUGCGCUGGGAAACAUGGCGACCGAGGGAAUGAUCCUUACUAACCACGACCAUCAAAUCCGUGUCGGAGUCCUUACAGUGAGUGAUAGUUGCUUCAGGAAUCUUGCAGAAGACCGCAGUGGGAUAAAUCUCAAAGAUCUCGUACAAGAUCCUUCUUUGUUGGGUGGGACUAUAUCAGCAUACAAGAUAGUACCAGAUGAAAUAGAAGAAAUCAAGGAAACCCUGAUAGAUUGGUGUGAUGAAAAGGAACUUAAUUUGAUAUUAACAACUGGAGGAACAGGAUUUGCACCACGAGAUGUCACUCCAGAGGCCACAAAAGAAGUAAUAGAACGGGAAGCACCAGGGAUGGCCCUGGCAAUGCUGAUGGGAUCACUUAAUGUUACACCUCUGGGCAUGCUCUCUAGGCCUGUAUGUGGAAUCAGAGGGAAAACGCUCAUAAUUAACCUGCCAGGUAGCAAGAAAGGAUCUCAGGAAUGCUUUCAAUUCAUACUGCCAGCUCUACCUCAUGCCAUUGACCUUUUACGUGAUGCCAUUGUAAAAGUAAAGGAGGUGCAUGAUGAACUUGAAGAUUUGCCUUCCCCACCUCCCCCUCUUUCCCCUCCUCCUACUACCAGCCCCCAUAAACAGACAGAAGACAAAGGAGUUCAAUGUGAGGAAGAGGAAGAAGAGAAGAAAGACAGUGGUGUUGCUUCAACAGAAGAUAGUUCCUCAUCACAUAUAACUGCAGCAGCCAUUGCUGCCAAGAUUCCAGACUCCAUCAUUUCUCGUGGUGUUCAGGUGCUCCCACGAGACACAGCCUCCCUCAGCACUACUCCUUCAGAAUCGCCUCGUGCUCAGGCUACAUCUCGCCUCUCUACAGCUUCCUGCCCAACACCAAAAGUCCAGUCCAGGUGCAGCAGCAAGGAGAACAUUCUCAGAGCCAGUCACAGUGCUGUCGAUAUCACCAAGGUGGCUAGAAGACAUCGCAUGUCUCCUUUUCCUCUGACAUCUAUGGACAAAGCCUUUAUCACAGUCCUGGAGAUGACUCCGGUGCUUGGGACAGAAAUCAUCAAUUACCGAGAUGGAAUGGGGCGAGUCCUUGCUCAAGAUGUAUAUGCAAAAGACAAUUUACCCCCCUUCCCAGCAUCAGUAAAAGAUGGCUAUGCUGUCCGAGCUGCUGAUGGCCCAGGAGAUCGUUUCAUCAUUGGGGAAUCCCAAGCUGGUGAACAGCCAACUCAGACAGUAAUGCCAGGACAAGUCAUGCGGGUUACAACAGGUGCUCCAAUACCCUGCGGUGCUGAUGCAGUAGUACAAGUGGAAGAUACCGAACUUAUCAGGGAAUCAGAUGAUGGCACUGAAGAACUUGAAGUGCGAAUUCUGGUGCAAGCUCGGCCAGGCCAAGAUAUCAGACCCAUCGGCCAUGACAUUAAAAGAGGGGAAUGUGUUUUGGCCAAAGGAACCCACAUGGGCCCCUCAGAGAUUGGUCUUCUGGCAACUGUAGGUGUCACAGAGGUUGAAGUUAAUAAGUUUCCAGUGGUUGCAGUCAUGUCAACAGGGAAUGAGCUGCUAAAUCCUGAAGAUGACCUCUUACCAGGGAAGAUUCGAGACAGCAAUCGUUCAACUCUUCUAGCAACAAUUCAGGAACAUGGUUACCCCACGAUCAACUUGGGUAUUGUAGGAGACAACCCAGAUGACUUACUCAAUGCCUUGAAUGAGGGUAUCAGUCGUGCUGAUGUCAUCAUCACAUCAGGGGGUGUAUCCAUGGGGGAAAAGGACUAUCUCAAGCAGGUGCUGGACAUUGAUCUUCAUGCUCAGAUCCAUUUUGGCAGGGUUUUUAUGAAACCAGGCUUGCCAACAACAUUUGCAACUUUGGAUAUUGAUGGUGUAAGAAAAAUAAUCUUUGCACUACCUGGGAAUCCUGUAUCGGCUGUGGUCACCUGCAAUCUCUUUGUUGUGCCUGCACUGAGGAAAAUGCAGGGCAUCUUGGAUCCUCGGCCAACCAUCAUCAAAGCAAGGUUAUCAUGUGAUGUAAAACUUGAUCCUCGUCCAGAAUACCAUCGGUGUAUACUAACUUGGCAUCACCAAGAACCACUACCUUGGGCACAGAGUACAGGUAAUCAAAUGAGCAGCCGUCUGAUGAGCAUGCGCAGUGCCAAUGGAUUGUUGAUGCUACCUCCAAAGACAGAACAGUACGUGGAGCUCCACAAAGGCGAGGUGGUGGAUGUCAUGGUCAUUGGACGGCUAUGAUGGUCACCAGCAGGAGAAAGCUUUGAUGCAUGUCCACAUAUCAUUGACUGUAUCCUGUAAUAUGCAACGGCACAGCUAGUUUUCCCGAUUUGGAUAAAAGUUGAUCUGUAUAGUCAACAUCUUGAACUAUAUUUCAAAUGAAUUUAAAUAUCUUUUAAAGAAAAAAACACCUAAAAAUAAAUCUUAACAGAAAAUUCUGUUCUGAUUAUAUCAAGGCAAAUUUUUCCUUUCUUGCAAAUUGCUUUGUGUGUUCAAUGCUAGGUCUGAUAGCGAUAGCUUUUAGUAGACAGCGGUAGGUGCCUGCAGAACUUGUGUUUUUCUCAUCUUUAAAAUACAACUACUUAUGCUCUUAAAUCAAGGCUGUCUGCUUAUUUAUACUAGCGUAGGCAACACUUGGAUUUCCCUUCUUAGUAUGCUUCAUAACUGCUUUACAGAGAGCUUUUGCUUGUUCUUUCUCAUGUAUCUCGUGUUUAUGUGCACAGUGCCAAAAGAAGACUGACUGGGUGGAGGCUCUGCCUUGCCUCAAGAACCAUCCCCUGCAGAGCAUCCAGGGAGGUUUCUCGCCCCAAUAGCCUCACGGCACAGUACUCUUGGGCAGUAACUGGACACCUUUUAUUUGAAGAAACAAACUGAAGAAAAAAUGCUUCCUUAAGUGCUGACAGCCUUUUUAACCAAUACAUUUAAAAUUGUACAGAACAAAAAAAUAAAAUCAAAGACUGAUCUUGUACAGAUAUUAGUGUUACCAGCAUUCAUGUGGAAAUCAAGAGCAAAGACAAAAUAAUGUUAAACAAUUCUGUACCAUAACAUUUUCUGUAAUGAUACUGAAACUUAAUGAAUAAAAAAAUUCCUUGAUCAUUAUUUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1011.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1076.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 818.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((.(((..(((((.....(((..((((((.((((....((((((((..(((........)))...)))))))).....(((((((.......)))))))....(((((.(((((((((.((.........)).)).)))))))..)))))...................)))))))))).))).(((((((((((..............(((((((.(......).)))))))..............((.......))(((.....)))......((((.(((((((.(....).)))))))....))))((((((....((((..((((......))))..))))...))))))...)))))))))))...)))))))).)))))(((((((...........((((.((((..((..(((.((....)).)))..)).)))).)))).(((((..((((((((((((((((((.(((((....)))))...((((.((((((((((..((((((((((..(((.((...(((((((..(((.......(((((((((....((((((...(((....(((..(..((((((((((((...((((((...((((..........((((((..(((...((((.....)))).)))..))))))...........(((((((((..((((((((((((((((....))))))...))))..(((((((.(((..((((((.(((((((((((((...........))))))....)))))))......((.............))...))))))...))))))))))((((.(((((((((((((..(((.(.((((...(((......))).((((((((((....)).))))))))....)))).))))..))))).))))))....)).)))).....)))).((((((..((((.((((((....(((.((.....................)).)))....)).)))).))))..))))))..........))..)))))))))..))))....)))))))))))))))......((((((.....)))))))))..)..)))..)))...))))))...(((((((((..(((((((.(((((..(((((.....(((((....................))))).))))).(((((((...............((((((((((((...((((...(((((((((((.((.(((((((.(((.....((.....))...(((.((((..((((((....)))).))...)))).)))))))))))))...))))).)))))..((((...............)))).)))...))))..)))).))))).)))..............)))))))...(((((((((.((((.((...(((((...((((.................((((((.((((((((......((((..(((((((.(((((.(((......))).)).....((((((((((((....)))))..))))))).......))).)))))))..)))).(((..((...))..)))((..((((.(........)))))..)))))))))).)..........)))))...((((.(((........((((((.....(((((...........)))))....))))))..))).))))...((((((((((.((..(((.((................)).)))..))))))))))))..(((..(((....)))..)))...((.((((((((((((((.((((.((((....(((((((...........((((.(((.((((((((((((.((......)))))).))))..))))))).)))))))))))))))(((((.((((((((..(((.((((((.......(((((((.........((((((((.....))..((((((((((((.((((((((.(((.((((..((((((......(((((((.....))))))).)))))).(((((((.......))))))).)))).....(((((..((..((((...(((((.(..(((((.(((.(((..(((((((..(((((((((..(((((((((((((...))))))....)))))))...............))))).))))..))).))))..)))..)))..)))))..)))))).))))...))..)))))))).)))))))))))...(((((((((((((((((((...(.((((....)))).))))))))...((((((((....((.(((..((((.((........)).))))))).)).....(((((...))))).......(((((.....))))).(((..(((.(((....))).)))..)))............(((((((((((((.((((.(((.(((((.....(((((..((....(((((...((......))...))))).....))..)))))..)))))..))))))).))))))))))))))))))))).....((((((...(((..((((..(((....)))))))..).))...))))))....))))..))))))))......(((......)))...))))))))).((((((((((....))).)))))))(((....)))((((((.....))))))....................((((..((((((....))))))..))))....((((((((...................)))))))).))))))..)))))))......)))))).)))...((((((((((..((((.((.((.((...(((((((((..........)))))))))...)))).)).)))).......))))))))))...........((....))....))))))))))))).........((..(((((.(((..((((((((((........)))))).....))))....))).))))).))))))))))...))))))))))))((((((((((........))))......))))))..))))..))))).)).))))...)))))))))...(((....)))...)).))).)))).)))..))))))))))))))))))............((((........)))))))..))))))).)))))......))))((((........))))...................))))))..))))))))))))))...((((((...))))))..)))))..............((((......))))..(((....))).........)))))))))).))).))))).......((((......))))...))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,{{(,(((.(((..(((((...,.{((..{(((((.((((....((((((((..(((........)))...)))))))).}...(((((((.......))))))).,,.(((((.(((((((((.((.........)).)).)))))))..)))))....|..............}))))))))),))}.(((((((((((............{.(((((((.(......).))))))).............{((.......|||{......|||,....}|||{.(((((((.(....).))))))),...,}}}{{|||{|,,.((((..((((......))))..))))...)))))).).)))))))))))...)))))))).)))))||{{(((,,,,,,.....((((.{{{,..{{.,{||,||.,,.,,.},)},))}}))).}}}}.(((((..(((((((((((({{{{{,.(((((....}))))...((((.((((((((((..(((((({(((,.(((.((...(((((((..(((..{{{,.{((((((({..,.{(({((,,.(({...,|||,.{..{{{(((((((({..,((((((...({{{.......,..((((((..(((...{(((.....})),.)))..)))))).,|........({(((({({..({((((((((((((((....))))))...}}}}..(((((((.(((..((((((.(((((((((((((...........))))))....))))))),.....{{,............}}..,))))))...)})))))))){{{{.||{((((((((((.,((,,{.((({...{((......}}}.((((((((((....)),})))))))....}))),))))..))))).)))))}....)).)))).....)))}.((((((..((((.((((((....(((,({.....................)).)))....)),)))).))))..))))))..........)),,)))))}}}}..,,)),...)))))))))))))))......((((((,...,))))))}}}..,..}}}..))).,.)))))),..(((((((((.,(((((((.(((((..{((({.....(((((....................))))).|||||.(((((((............{{.((((((((((((...{({{..,(((((((((((.((.(((((({,((({{{,..{{{,{.{|...{((.((,,..||.|||....})))}),,.,)),,..,.))))))))))...))))).)))),.,))}}...,.,,........,,,,,|||{..,,))}})))).))))).))),}............)))))))...(((((((((.((((.((...(((((...((({..........,.,,,..{{{(({.((((((((,.....((((..(((((((.(((.(((((.{.{,,|||,||,....,||,||,(((((....))))).})))),).)))}.,.))).)))))))..)))).,,....,..|||{{||,.,...,((,{..},...,}))})},,})))))))).,........,,))}}}...||{{.{{{..,,|||.((((((...{.(((((..,.....,..))))).,..)))))),||}|,}}}},,.((((((((((.((..(((.((................)),))}..))))))))))))..{((..(((....)))..))},,,,{.((((((((((((({,((((.((((....(((((((...........((((.(((.((((((((((((.((.....}},)))).))))..})))))).)))))))))))))))((((((((((((((..(((.((((((.......(((((((......,,.({{({(((.,{{{||..{{({{,{{(((((.,(({.....}}}})))},,||{||...,,,{{|((((,,.{{|}|||||{|||,,,}|||||||,.,,,,.}}}))))})}))}{{{(({,,.(((((,,,{(,,,......(((((((((({{{(({((,,.,,||}.||||,|{{{,.{{{((((((((((,,.,,,,||{{{.||||}||......,,}}}}.,,))),,...,.((((((((({.......)))}})))))).}))))}})))})},,}}}.})))).))))))).........(((((((((((((((((((...(.((((....)))).))))))))...((((((((...(((.(((..((((.((........)).)))))))(((((({...(((({.({{{,...{...{{{|{...,,))}}}..((((((((((({{({{.,.{{{,.{{{.,((,.,{|,...||)||||}|},{||{|},{|{||}||...|.|||||,.,||||..,{{{,.,}{|......)).,{|||,,..}}}}.....))))))))))).,.,})))))..)))))))))))))))))).....((((((...(((..(((({.,((....)))))))..).))...))))))....))))..)))))))),}})))))))....})))},.,}}||||}}.((((((((({....}))}})))))),||,,..,,,|{{{{{.....}}}}}}|,........|,,.....,.((((..((((((....))))))..))))||,.(((((({{.{{{,,.,......}.}}})))))))),)))}}}..)))))))...}..}))))).)))...((((((((((,,({({.{{.{{,({...(((((((((..........)))))))))...}}}},)).}}}}..,....))))))))))...........((....))....))))))))))))).........((..{{{{{,,{{..{{{(((((((........))}}}},.,|.}}}}...,)}).}}))).)))))))))),..})))))))))))|||||(((((........))))}.....,,,}}}..))))..))))).)).))))...)))))))))...{{{....)))...)).))).)))).))),.)))))))))}}}}}}}}}......,....,||||......,})),,)))..))))))).))))).....,))},{(((........)))}...................))))))..))))))))))))))...{(((({...}))))}..|||||.......,,,....{(({......})))......,,,}}|.,,,},,,.)))))))))).))).)))))...,,{.(({(......}}}}.,,))))))).........
Back