Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001025090.2
Sequence Length
2157 nt
GC Content
0.5503
AGACCAUCCAAGAAGACAGUGCAGCCACCUCCGAGAGCCUGGAUGUGAUGGCGUCACAGAAGAGACCCUCCCAGAGGCACGGAUCCAAGUACCUGGCCACAGCAAGUACCAUGGACCAUGCCAGGCAUGGCUUCCUCCCAAGGCACAGAGACACGGGCAUCCUUGACUCCAUCGGGCGCUUCUUUGGCGGUGACAGGGGUGCGCCCAAGCGGGGCUCUGGCAAGGACUCACACCACCCGGCAAGAACUGCUCACUACGGCUCCCUGCCCCAGAAGUCACACGGCCGGACCCAAGAUGAAAACCCCGUAGUCCACUUCUUCAAGAACAUUGUGACGCCUCGCACACCACCCCCGUCGCAGGGAAAGGGGAGAGGACUGUCCCUGAGCAGAUUUAGCUGGGGGGCCGAAGGCCAGAGACCAGGAUUUGGCUACGGAGGCAGAGCGUCCGACUAUAAAUCGGCUCACAAGGGAUUCAAGGGAGUCGAUGCCCAGGGCACGCUUUCCAAAAUUUUUAAGCUGGGAGGAAGAGAUAGUCGCUCUGGAUCACCCAUGGCUAGACGCUGAAAACCCACCUGGUUCCGGAAUCCUGUCCUCAGCUUCUUAAUAUAACUGCCUUAAAACUUUAAUCCCACUUGCCCCUGUUACCUAAUUAGAGCAGAUGACCCCUCCCCUAAUGCCUGCGGAGUUGUGCACGUAGUAGGGUCAGGCCACGGCAGCCUACCGGCAAUUUCCGGCCAACAGUUAAAUGAGAACAUGAAAACAGAAAACGGUUAAAACUGUCCCUUUCUGUGUGAAGAUCACGUUCCUUCCCCCGCAAUGUGCCCCCAGACGCACGUGGGUCUUCAGGGGGCCAGGUGCACAGACGUCCCUCCACGUUCACCCCUCCACCCUUGGACUUUCUUUUCGCCGUGGCUGCGGCACCCUUGCGCUUUUGCUGGUCACUGCCAUGGAGGCACACAGCUGCAGAGACAGAGAGGACGUGGGCGGCAGAGAGGACUGUUGACAUCCAAGCUUCCUUUGUUUUUUUUUCCUGUCCUUCUCUCACCUCCUAAAGUAGACUUCAUUUUUCCUAACAGGAUUAGACAGUCAAGGAGUGGCUUACUACAUGUGGGAGCUUUUGGUAUGUGACAUGCGGGCUGGGCAGCUGUUAGAGUCCAACGUGGGGCAGCACAGAGAGGGGGCCACCUCCCCAGGCCGUGGCUGCCCACACACCCCAAUUAGCUGAAUUCGCGUGUGGCAGAGGGAGGAAAAGGAGGCAAACGUGGGCUGGGCAAUGGCCUCACAUAGGAAACAGGGUCUUCCUGGAGAUUUGGUGAUGGAGAUGUCAAGCAGGUGGCCUCUGGACGUCACCGUUGCCCUGCAUGGUGGCCCCAGAGCAGCCUCUAUGAACAACCUCGUUUCCAAACCACAGCCCACAGCCGGAGAGUCCAGGAAGACUUGCGCACUCAGAGCAGAAGGGUAGGAGUCCUCUAGACAGCCUCGCAGCCGCGCCAGUCGCCCAUAGACACUGGCUGUGACCGGGCGUGCUGGCAGCGGCAGUGCACAGUGGCCAGCACUAACCCUCCCUGAGAAGAUAACCGGCUCAUUCACUUCCUCCCAGAAGACGCGUGGUAGCGAGUAGGCACAGGCGUGCACCUGCUCCCGAAUUACUCACCGAGACACACGGGCUGAGCAGACGGCCCCGUGGAUGGAGACAAAGAGCUCUUCUGACCAUAUCCUUCUUAACACCCGCUGGCAUCUCCUUUCGCGCCUCCCUCCCUAACCUACUGACCCACCUUUUGAUUUUAGCGCACCUGUGAUUGAUAGGCCUUCCAAAGAGUCCCACGCUGGCAUCACCCUCCCCGAGGACGGAGAUGAGGAGUAGUCAGCGUGAUGCCAAAACGCGUCUUCUUAAUCCAAUUCUAAUUCUGAAUGUUUCGUGUGGGCUUAAUACCAUGUCUAUUAAUAUAUAGCCUCGAUGAUGAGAGAGUUACAAAGAACAAAACUCCAGACACAAACCUCCAAAUUUUUCAGCAGAAGCACUCUGCGUCGCUGAGCUGAGGUCGGCUCUGCGAUCCAUACGUGGCCGCACCCACACAGCACGUGCUGUGACGAUGGCUGAACGGAAAGUGUACACUGUUCCUGAAUAUUGAAAUAAAACAAUAAACUUUUAAUGGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-746.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -783.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 591.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((...(((((...((((.((((((((((((.((((((....((.((.(((........))))))))))).((((.((.((((.(((((((....)))...))))..)))))).))))((((((((......(((...((((.(((((..((((.((.(((.(((((((((((((.((((((.......)))))).))))))..((((((((((((..(((((((..(((.((((((.(((.(((((((..((((.(((((.((((((((((.((((((..((..............)))))).))..))))))..........(((((....))))).......(((......)))...)))))).)))))))...))))))).))).))))))(((((((.(((((((........))))))).((((.((...)).))))........)))))))....((((((.(((((((.((.((((...))))))..)))).........((((((((.((.((.(((.((((((.(((.....))).)))..))).(((..((((.....)))).))).))))).)))))))))).....................))).)))))).......((((((.((((....(((..(....)..)))(((((.(((.((((......)))).))).)))))..((((((..((......((((......)))).((((((((..(((....)))....((((((((((((....)))))...)))))))((((...)))).(((((.(((((((..((.((((((((((.(....).))))...))))))))((((....(((((......)))))))))..((((....))))...(((((((...((..(((((((.....((.(((((((.((((....))))))))))).))..)))))))..)).))))))).))))).)).)).)))))))))))....(((.((((.((((((((((((((((..(((((((.((((.((((......((((((.....((((...))))...)).)))).))))))))....(((((((((((((((.((((..((((.((((.(((((.(((....)))..)))))..))))(((((((.((..(.(((((.....)))))...)..))))))))).))))..))))..))))...))))))))))).)))))))))))))))))))))).).)))))))))..))))))....)))).))))))(((((((((((..((((((..(((((((((((((.((((.((.(((((..((((((((.((...)))))))))).))))))).)))))).))).......))))))))..............))))))...)))))))))))((((.........))))...)))..))))))))))))..))))))).((((((((((((((((...(.(((.....))).).))))).)))))).)))))(((((..........))))).........((((..(.....)..))))....((((......)))).((.(((((((.((((((((((....))))..)))))).....)))).))))).....(((((((((......))).))))))))))))).))).)))))).........................(((((((..((((((......((((.........................((((.((((((..(((((.....))))).(((.....))).....)))))).)))).((((...))))..))))..))))))..))))))).(((((......)))))...........((((.......)))))))))))))))).......))))))))...........)))))).....))).(((((...........))))).........................(((((.....)))))(((((.((((((....)))))).)))))......))))).))))(((((((((....))))))....)))..((((((..........)))))).....(((((........)))))..))))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((...(({{({(((((,,(({{..{(((,((((({((,,(({,,((,(((.,....,.|}}})}},,,|,((((.((.((((.(((((((....}}),..))))..)))))).}))}.{|{||,,(((((((((,.,((...(((.((.((....)).)).)))....((((((.((((((.......)))))).))))))(((((..(((((((((..(((((...{{.((((((.(((.(((((((..((((.(((((.((((((((((.((((((..((.........,....)))))).))..))))))..........((((,,,..,)))),,.....(((......)))...)))))).)))))))...))))))).))).))))))(((((((.(((((((........))))))).((((.((...)).))))........))))))).............,,)))))..))}}}))))).)))))..............))))))))))))..}}.}}}|||}|||,....}}}})))}.|||||||...,,.{{{{{||||||(({...,,,|}}(((..((((((.,.((((((...........,,.......,{{{..(((({........,},)))).||.,.,...(((({.(((.((((......)))).))).)))))..,((({..{{..(((....))).....}}))))..)))))).,))))))..)))..((((((((((((....)))))...))))))){(((,,,||||,,.......{{{((..,({((.....,,,}|)})))}))}),,,})))))))}})),.,,|{|||,.....}}}}},.....,{{{..,.})){((((((.((((((((((,(((((({,...,|,(((((((((((.......{{(|(((({.(((((.(((.((((..((((((..,(((((((.((.((((.((((((...{((,{((({,{(((((((((((((((,.{((((((.{((,{((((....,.((((,,..,..((((...))))..})}.)))),)))))))}....(((((((((((((((.((((..((((.((((.(((((.(((....))}..)))))..))))((((((({({{.,.{((((.....,))))...}.}))))))))).))))..))))..))))...))))))))))).)))))))))))))))))))))).).})))))))))))))))))....((({{.,.,,,..}})))((((....((((,.((((((((({{((.((((({((((((..(((((((,{((...)))))))))).)))))),.))},,,.,||......,}||||{{|.|{{{{.{{,,..{(((((.,,{({|{{{..}}}}|{{,,.{{,,{.|}|{.((((({((.(((.....))).,}}},{{,((((((((((((((((...{.(({.....))).,.))))).)))))).))))).||||..,{{{....,)))).,}}}},,}||||..,....})}})),.....((((......))))..|||||||.{.((((((((((....)))}.,)))))).,....,,|{|..,)}}...({{((((((......))))))})))}.}))})}}..,||},},,}},,......,,,,,,....}))).))))))))))))..,,,)})),,,)))).....}}.))).)))))))))),.}))}.,.))}.))))){(((((((((........{{(,{{(((((((((,,,(((((({(({....))).}..)))).}}.))))))}}|{|||,...,})))}},,,........{{((.......)))),....)))})))))}........)))))))))}.....}}|||.,}}..,,|.(((((...........}))))..........,,},,,......}))))))))))....|{.(((((.((((((....)))))).))))).}}..,))))))))}.}}.((((((....))))))...,}))).))).))))))}...))))))},.....(((((........)))))..}))}}.))))).
Back