Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001025433.2
Sequence Length
2419 nt
GC Content
0.4349
ACACGCGACUCCCACAAGGUUGCAGCCGGAGCCGCCCAGCUCACCGAGAGCCUAGUUCCGGCCAGGGUCGCCCCGGCAACCACGAGCCCAGCCAAUCAGCGCCCCGGACUGCACCAGAGCCAUGGUCGGCAGAAGAGCACUGAUCGUACUGGCUCACUCAGAGAGGACGUCCUUCAACUAUGCCAUGAAGGAGGCUGCUGCAGCGGCUUUGAAGAAGAAAGGAUGGGAGGUGGUGGAGUCGGACCUCUAUGCCAUGAACUUCAAUCCCAUCAUUUCCAGAAAGGACAUCACAGGUAAACUGAAGGACCCUGCGAACUUUCAGUAUCCUGCCGAGUCUGUUCUGGCUUAUAAAGAAGGCCAUCUGAGCCCAGAUAUUGUGGCUGAACAAAAGAAGCUGGAAGCCGCAGACCUUGUGAUAUUCCAGUUCCCCCUGCAGUGGUUUGGAGUCCCUGCCAUUCUGAAAGGCUGGUUUGAGCGAGUGUUCAUAGGAGAGUUUGCUUACACUUACGCUGCCAUGUAUGACAAAGGACCCUUCCGGAGUGGCAUUCUGCAUUUCUGUGGCUUCCAAGUCUUAGAACCUCAACUGACAUAUAGCAUUGGGCACACUCCAGCAGACGCCCGAAUUCAAAUCCUGGAAGGAUGGAAGAAACGCCUGGAGAAUAUUUGGGAUGAGACACCACUGUAUUUUGCUCCAAGCAGCCUCUUUGACCUAAACUUCCAGGCAGGAUUCUUAAUGAAAAAAGAGGUACAGGAUGAGGAGAAAAACAAGAAAUUUGGCCUUUCUGUGGGCCAUCACUUGGGCAAGUCCAUCCCAACUGACAACCAGAUCAAAGCUAGAAAAUGAGAUUCCUUAGCCUGGAUUUCCUUCUAACAUGUUAUCAAAUCUGGGUAUCUUUCCAGGCUUCCCUGACUUGCUUUAGUUUUUAAGAUUUGUGUUUUUCUUUUUCCACAAGGAAUAAAUGAGAGGGAAUCGACUGUAUUCGUGCAUUUUUGGAUCAUUUUUAACUGAUUCUUAUGAUUACUAUCAUGGCAUAUAACCAAAAUCCGACUGGGCUCAAGAGGCCACUUAGGGAAAGAUGUAGAAAGAUGCUAGAAAAAUGUUCUUUAAAGGCAUCUACACAAUUUAAUUCCUCUUUUUAGGGCUAAAGUUUUAGGGUACAGUUUGGCUAGGUAUCAUUCAACUCUCCAAUGUUCUAUUAAUCACCUCUCUGUAGUUUAUGGCAGAAGGGAAUUGCUCAGAGAAGGAAAAGACUGAAUCUACCUGCCCUAAGGGACUUAACUUGUUUGGUAGUUAGCCAUCUAAUGCUUGUUUAUGAUAUUUCUUGCUUUCAAUUACAAAGCAGUUACUAAUAUGCCUAGCACAAGUACCACUCUUGGUCAGCUUUUGUUGUUUAUAUACAGUACACAGAUACCUUGAAAGGAAGAGCUAAUAAAUCUCUUCUUUGCUGCAGUCAUCUACUUUUUUUUUAAUUAAAAAAAAUUUUUUUUUGAAGCAGUCUUGCUCUGUUACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGUGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGGUUCCAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCUAGUAGCUGGGAUGACAGGCGCCUGCCAUCAUGCCUGACUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGCGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCGCCUACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAUCCACCACACCUGGCCCUUGCAAUCUUCUACUUUAAGGUUUGCAGAGAUAAACCAAUAAAUCCACACCGUACAUCUGCAAUAUGAAUUCAAGAAAGGAAAUAGUACCUUCAAUACUUAAAAAUAGUCUUCCACAAAAAAUACUUUAUUUCUGAUCUAUACAAAUUUUCAGAAGGUUAUUUUCUUUAUCAUUGCUAAACUGAUGACUUACUAUGGGAUGGGGUCCAGUCCCAUGACCUUGGGGUACAAUUGUAAACCUAGAGUUUUAUCAACUUUGGUGAACAGUUUUGGCAUAAUAGUCAAUUUCUACUUCUGGAAGUCAUCUCAUUCCACUGUUGGUAUUAUAUAAUUCAAGGAGAAUAUGAUAAAACACUGCCCUCUUGUGGUGCAUUGAAAGAAGAGAUGAGAAAUGAUGAAAAGGUUGCCUGAAAAAUGGGAGACAGCCUCUUACUUGCCAAGAAAAUGAAGGGAUUGGACCGAGCUGGAAAACCUCCUUUACCAGAUGCUGACUGGCACUGGUGGUUUUUGCUCUCGACAGUAUCCACAAUAGCUGACGGCUGGGUGUUUCAGUUUGAAAAUAUUUUGUUGCCUUCAUCUUCACUGCAAUUUUGUGUAAAUUUCUCAAAGAUCUGAAUUAAAUAAAUAAAAUUCAUUUCUACAGACCCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-698.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -745.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 440.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............((((((((((((((((((((......((((.....))))...))))))))..(((....)))((((((.....((((((((..(((((.....(((.(((..(((.((.(((((.(((((....((.(((.((((.((((((.(((.((.((((.(.(((((((.........))))))).)..(((((((((((((((((((.((((.(((((((((((.(((((......)))))))))...........))))))).))))(((((.((((.((.((((...((((((((..........))))))))..))))..)))))).)))))............((((.(((((((((((...((((((((..........)))(((((((((((((...(((((.(((((((..(((......).)).)))))))...((((((((((.((((.((((...(((((((((...((((....))))...)))))..))))))))...............)))).)))))))))).)).)))..))))))))))))).(((((.(.(((((.................((((..............))))((((((....((((((((..(((((((..(((.((((((((((.(((.........)))..)))))...))))).)).)..))))....)))..))))))))..))))))............))))).))))))(((((((((((((.......((((((......))))))(((.(((((.........))))).)))....(((((((((((((((...((((.......((((((((......((((...((....))....))))......)))))))).......)))).)))))))))...))))))))))))))))))).))))).(((((.....((.....)).....)))))((((......((((((........)))))).((((((....))))))))))...............)))))))).))))))).....(((((((((......(((((((((((.....)))).....))))))).....))))..))))).)))))))))))......((((((((......(((.(((((..(((((.((.(((....((((..((((..(((.(((((........))))))))..))))...))))..)))..))..))))).))))))))(((((((.....((((((..(((((((((........(((((((...(((............)))...)).)))))....))))).))))....))))))....))))))).((((....))))...................))))))))(((((((((.........))))))))))))))))).......((((((((.....)))))))).......((((.((((.......(((..(((.((((.((((((((((((.((.......))))))))))..))))))))....)))..)))........)))).)))))))).))))))))))).)))))))))..))))))))))))))).(((((((((.(((((((.(((((((.((((((((.((((...(((((((..((((..........))))...((((((((((((..((((((((.....)).)))))).....))))).))).))))...)))))))(..((((((((.((((((((((((((((((...........................)))))))............((((((((((..((((((...........((((((........................)).))))...........)))))))))))))))).(((((........))))).....((((((((((...))).)))))))))))))))))).((((((..(((.((((((.....)))))))))..))))))(((((......)))))((((((....))))))(((((((.(((...((((..((((((((..((....))..)))))))).)))).(((((......)).)))......))))))))))...........))))))))..)....))))))))).)))))))...)))...))))))).)))))))))..((((...(((((((......(((((.((((....))))))))))))))))...))))...))))))......))))).)))))))).(((((...))))).......))))))...........))))))))))))......(((...(((..((((((..........))))))..)))..)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
............((((((((((((((((((((......((((.....))))...))))))))..(((....)))((((((.....((((((((..(((((.....((({(({..(((.(,{(((((.(((((....((.(((.((((.((((((.(((.((.((((.(.(((((((.........))))))).).,(((((((((((((((((((,({{,.(((((((((({((((((......))))}}))),|......,..))))))).,},((((({.((((.((.((((.,.((((((((..,....,..)))))))).,))))..)))))).})))))......,,,..((((.(((((((((((...{(((,,,,..,,,,.,,,,||(((((((((((((...((((..(((((((..(({......).)).)))))))...((((((((((.((((.{(((.,,(((((((((.,..,,|,...,}}}}},)))))..})))}}}},|,....,,......)))).))))))))))....)))..))))))))))))}.|||||.{.(((((..,{{.,.........,((((...........,..))))((((((....((((((((..{((((((..{((.((((((((((.(((,......,.))}..)))))...))))).)).}..)))),..,)},..))))))))..)))))).....,......))))).}}|||}|{{((((((((((.......((((((......)))))){((.(((((.,......,))))).))}....(((((((((((((((...,(((.......((((((((...,.,|{{|...,{....,,..,.})))......)))))))).......)))).)))))))))...))))))})))))))))}||||...,||||,..{{{{{{,{{,.,,..,}.},}))}},,}}}},,((((((........)))))),((((((....))))))|.......,,.........))))))))},)))))).....(((({{((({{.,..(((((((((((.....}))).....))))))).,}},,))}..)))))}))))))))))).....{((((((((,.,..{((({(({(({,(,{((,.{.(((....((((..((((..(((.(((((........))))))))..))))...)))).,))}..|||.}}},},}}}|||||{,,{|||......||||,.}||||,||||,}}.,,..(((((((...(((..........,.)))...))))))))|,|{||,|||||}}|||||,||||{{{,....)))}.,||}}.})))}..,,,,,..}}}}.,}.}.))))))))|{(((((((.........)))))))}})))))))},......,(((((((.....)))))))}.......{(((.((((..{(((,.,(..(((.((((.((((((((((((.{(.....,.))})))))))..))))))))....)))..)))))).....)))).)))})))).))))))))))).))))))))).,))))))))))))))).(((((((((.((((((({(((((((.((((((((.((((...(((((((..((((..........))))...((((((((((((..((((((((.....)).)))))).....))))).)))},)))...))))))){..((((((((.((((((((((((((((((..,....................,...))))))}............((((((((((..((((((...........((((((.......,,.......,,......)).))))...........)))))))))))))))).(((((,......,))))).....{(((((((((...})}})))))))))))))))))).((((((..(((.((((((.....)))))))))..)))))){((((......))))}{(((((....}))))}(((((((.(((...{(((..((((((((..(({...,}},)))))))).}))}.(((((......)).)))......}}})))))))...........})))))))..}....))))))))).)))))))}}},,,...))))))).)))))))))..{(((,..(((((((......(((((.((((....)))))))))))))))),,,)}}).}})},)))......))))).)))))))).{((({...})))}.......))))))...........))))))))))))......{{{...(((..((((((..........))))))..)))..,}}......
Back