Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001031680.2
Sequence Length
4340 nt
GC Content
0.5719
AUUCAUUCAUUCCCCGUGGCACUGGAGGCGGCCCACUCUGCUCUGUCAGCUUCGGAGCUCCUCCACCCUGGCUGCCGAAAGCCCCUUCCCGCCAUCUAAUGAUACACUCUGCAUACGCUUCUGUUGAGAAUUUGUGGCUAGACAUUCCUGUGGGACCGGGAAUCCAAAUUCUUGGGUACAAACAGAAACUUACUUUCCUUGGGGAUUUUUUUCUCUCUCUCACUCACACACACUCUCGCGUUCUUUCCUUUUUUCUUUUUCGUAGCAGCAGGGGGGAAAAAAGAGACAAAAACAAAACAAAAAACAACAAAAAGCAACACCCCCCCCUUUUAUUUUCAAAAGUAGCUAGAGGAAAAAAAAAUAAAACAACAGCCAACCAAGUGAAUCCCAACCCAACCCCCUGAAGGGCUGAAAAUUCUCGCCUUCUUCAGAGCGGGGCAUGGCAUCGAACAGCAUCUUCGACUCCUUCCCGACCUACUCGCCGACCUUCAUCCGCGACCCAAGCACCAGCCGCCGCUUCACACCUCCCUCCCCGGCCUUCCCCUGCGGCGGCGGCGGCGGCAAGAUGGGCGAGAACAGCGGCGCGCUGAGCGCGCAGGCGGCCGUGGGGCCCGGAGGGCGCGCCCGGCCCGAGGUGCGCUCGAUGGUGGACGUGCUGGCGGACCACGCAGGCGAGCUCGUGCGCACCGACAGCCCCAACUUCCUCUGCUCCGUGCUGCCCUCGCACUGGCGCUGCAACAAGACGCUGCCCGUCGCCUUCAAGGUGGUGGCAUUGGGGGACGUGCCGGAUGGUACGGUGGUGACUGUGAUGGCAGGCAAUGACGAGAACUACUCCGCUGAGCUGCGCAAUGCCUCGGCCGUCAUGAAGAACCAGGUGGCCAGGUUCAACGACCUUCGCUUCGUGGGCCGCAGUGGGCGAGGGAAGAGUUUCACCCUGACCAUCACUGUGUUCACCAACCCCACCCAAGUGGCGACCUACCACCGAGCCAUCAAGGUGACCGUGGACGGACCCCGGGAGCCCAGACGGCACCGGCAGAAGCUGGAGGACCAGACCAAGCCGUUCCCUGACCGCUUUGGGGACCUGGAACGGCUGCGCAUGCGGGUGACACCGAGCACACCCAGCCCCCGAGGCUCACUCAGCACCACAAGCCACUUCAGCAGCCAGCCCCAGACCCCAAUCCAAGGCACCUCGGAACUGAACCCAUUCUCCGACCCCCGCCAGUUUGACCGCUCCUUCCCCACGCUGCCAACCCUCACGGAGAGCCGCUUCCCAGACCCCAGGAUGCAUUAUCCCGGGGCCAUGUCAGCUGCCUUCCCCUACAGCGCCACGCCCUCGGGCACGAGCAUCAGCAGCCUCAGCGUGGCGGGCAUGCCGGCCACCAGCCGCUUCCACCAUACCUACCUCCCGCCACCCUACCCGGGGGCCCCGCAGAACCAGAGCGGGCCCUUCCAGGCCAACCCGUCCCCCUACCACCUCUACUACGGGACAUCCUCUGGCUCCUACCAGUUCUCCAUGGUGGCCGGCAGCAGCAGUGGGGGCGACCGCUCACCUACCCGCAUGCUGGCCUCUUGCACCAGCAGCGCUGCCUCUGUCGCCGCCGGCAACCUCAUGAACCCCAGCCUGGGCGGCCAGAGUGAUGGCGUGGAGGCCGACGGCAGCCACAGCAACUCACCCACGGCCCUGAGCACGCCAGGCCGCAUGGAUGAGGCCGUGUGGCGGCCCUACUGACCGCCCUGGUGGACUCCUCCCGCUGGAGGCGGGGACCCUAACAACCUUCAAGACCAGUGAUGGGCCGGCUCCGAGGCUCCGGGCGGGAAUGGGACCUGCGCUCCAGGGUGGUCUCGGUCCCAGGGUGGUCCCAGCUGGUGGGAGCCUCUGGCUGCAUCUGUGCAGCCACAUCCUUGUACAGAGGCAUAGGUUACCACCCCCACCCCGGCCCGGGAUACUGCCCCCGGCCCAGAUCCUGGCCGUCUCAUCCCAUACUUCUGUGGGGAAUCAGCCUCCUGCCACCCCCCCGGAAGGACCUCACUGUCUCCAGCUAUGCCCAGUGCUGCAUGGGACCCAUGUCUCCUGGGACAGAGGCCAUCUCUCUUCCAGAGAGAGGCAGCAUUGGCCCACAGGAUAAGCCUCAGGCCCUGGGAAACCUCCCGACCCCUGCACCUUCGUUGGAGCCCCUGCAUCCCCUGGGUCCAGCCCCCUCUGCAUUUACACAGAUUUGAGUCAGAACUGGAAAGUGUCCCCCACCCCCACCACCCUCGAGCGGGGUUCCCCUCAUUGUACAGAUGGGGCAGGACCCAGCACGCUGCUGGCAGAGAUGGUUUGAGAACACAUCCAAGCCAGUCCCCCCAGCCCAGCUUCCCCUCCGUUCCUAACUGUUGGCUUUCCCCCAGCCGCACGGGUCCCAGGCCCCAGAGAAGAUGAGUCUAUGGCAUCAGGUUCUUAAACCCAGGAAAGCACCUACAGACCGGCUCCUCCAUGCACUUUACCAGCUCAACGCAUCCACUCUCUGUUCUCUUGGCAGGGCGGGGGAGGGGGGAUAGGAGGUCCCCUUUCCCCUAGGUGGUCUCAUAAUUCCAUUUGUGGAGAGAACAGGAGGGCCAGAUAGAUAGGUCCUAGCAGAAGGCAUUGAGGUGAGGGAUCAUUUUGGGUCAGACAUCAAUGUCCCUGUCCCCCCUGGGUCCAGCCAAGCUGUGCCCCAUCCCCCAAGCCUCCUGGGAGGAUCCAGCCAAAUCUUGCGACUCCUGGCACACACCUGUCUGUAACCUGUUUUGUGCUCUGAAAGCAAAUAGUCCUGAGCAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAACAGUUUUUAAAACUGAUUUUAGAAAAAGAAGCUUAAUCUAACGUUUUCAAACACAAGGUCUCUUACAGGUAUAGUUCCGUGAUUAUGAUAGCUCUGUGAUUAUAAGCAACAUCCCCGCCCCCUCUCCCCCCCGCGGACCCCCAGCUGCCUCCUGAGGGUGUGGGGUUAUUAGGGUCUCAAUACUUUCUCAAGGGGCUACACUCCCCAUCAGGCAGCAUCCCACCAGCCUGCACCACAGGCUCCCCUGGGAGGACGAGGGAAACGCUGAUGAGACGCUGGGCAUCUCUCCUCUGUGGCUCUAGGACAUCUGUCCAGGAGGCUGGGCGGAGGUGGGCAGGAUGUGAGAGGUGGGGAGUACUGGCUGUGCGUGGCAGGACAGAAGCACUGUAAAGGGCUCUCCAGCCGCAGCUCAGCUGCACUGCGUUCCGAGGUGAAGUCUUGCCCCUGAAUUUUGCAAAAUGGGAAAGUGGGCGCUUGCCCAAGGGCCAGGCUGCAUGGAUUCUCACAUCAGAGUUCUCUGGCCCUAGAAAGGCUUAGAAAAGGCGUAAGGGAACUCAUAAAGGCUAGCAGCAUGCGGUAUUUUAACUUUCUGCCUCGGCCUCUGUGGAUGCAGAAAUCUGCCCUACAAAAUGCUCUUCAUUGGUUGUCUCUGUGAGAGCACUGUCCCCACCCAACCUGUCACAACGGCCAGAACCAUACACCAGAGACACACUGGCAGGUUAGGCAGUCCUUCUGGUGAUCCUAUUCCAUUCCCUCCUGCUGCGGUUUCUCUUGGCCUGUCCUCACUGGAAAAACAGUCUCCAUCUCCUCAAAAUAGUUGCUGACUCCCUGCACCCAAGGGGCCUCUCCAUGCCUUCUUAGGAAGCAGCUAUGAAUCCAUUGUCCUUGUAGUUUCUUCCCUCCUGUUCUCUGGUUAUAGCUGGUCCCAGGUCAGCGUGGGAGGCACCUUUGGGUUCCCAGUGCCCAGCACUUUGUAGUCUCAUCCCAGAUUACUAACCCUUCCUGAUCCUGGAGAGGCAGGGAUAGUAAAUAAAUUGCUCUUCCUACCCCAUCCCCCAUCCCCUGACAAAAAGUGACGGCAGCCGUACUGAGUCUGUAAGGCCCAAAGUGGGUACAGACAGCCUGGGCUGGUAAAAGUAGGUCCUUAUUUACAAGGCUGCGUUAAAGUUGUACUAGGCAAACACACUGAUGUAGGAAGCACGAGGAAAGGAAGACGUUUUGAUAUAGUGUUACUGUGAGCCUGUCAGUAGUGGGUACCAAUCUUUUGUGACAUAUUGUCAUGCUGAGGUGUGACACCUGCUGCACUCAUCUGAUGUAAAACCAUCCCAGAGCUGGCGAGAGGAUGGAGCUGGGUGGAAACUGCUUUGCACUAUCGUUUGCUUGGUGUUUGUUUUUAACGCACAACUUGCUUGUACAGUAAACUGUCUUCUGUACUAUUUAACUGUAAAAUGGAAUUUUGACUGAUUUGUUACAAUAAUAUAACUCUGAGAUGUGUGGAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1612.37 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1686.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 1151.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((...((((.(((((((.(((((.(((((.((((((((((..((((...)))).....)))))(((...(((((...((((((((....)))....(((((.((((.((((....))))..)))))).))).....((((.(..((((((((....))))))))...)..)))).......(((((...((((...............(((((.............(((((.(((..((((((.((((((.((((.(((((((((.............................................))))))).............)).)))))))))).))))))..))).))).))......))))).............)))).)))))((((....(((((((((((((.((..(((((...((..(((((.......)))))..)).)))))..))..((((((.((.......((.......))....((((((((.........((......)).........)))))))))))))))).)))).))))))))))))).((((((...)))))).)))))....))))).))).(((((((((((...)).))))))))).((((((((.(((((((.((.((((((((((..(((.((((((((.(((((............))).)).))))(((((..((..((((((((......((((.....))))((((...))))(((((((.(((((((.((((((((((((.((((((((...(((((((((((((.((..(((.....)))(((......))))).)))))..))))))))...(((((((((((.((((...(((..(((((((((..((.....))..)))))))))....)))....)))).))))..))).))))......(((((....)))).)...)))))))).))))))..(((..(((.((......)))))..)))....)))))).(((....)))(((((..(((((.((((.(((....))).))))(((((..((((...(((((.((.((((((((..........)))))((((.....))))......((.......)).......)))))))))))))).)))))......(((...(((((...(((....)))))))).....))).)))))..).)))).))))).)).)))).))).....((((.((.(((...(((.((((.(((((...))))).)))).).))..))).)).))))....)))))))).))....)))))...)))).))).))))..))))))(((.....))).)).)))).))).))))))))...........(((.(((.....))))))...)))))..))))).)))))))))))))))).(((((..................))))).((((((((((((((((...((((.....(((.((((((.((.((((.((.((((...((..........)).((((((.........)))))).)))).)).)))).)).)))))).)))....)))).......)))).)))))))).))))((((((((((((..(((.((((((....((((.((((((((.((.......)))))))..))).))))....)))))).)))...((((..(((...((((((((.((...((((.(((.(((((((................((((...(((.(((....((((((..(((((((...(((((((((.(..(((.(((..(((.(((((((((.(((((((((.((((((.(((((((((((((....)))))))(((....)))..))))))...(((....))))))))).(((((.(((((.(((((...)))..))))))))))))............((((((.((((...(((....)))....)))).)))))).....(((((....((....))..)))))..)).)))))))......))))))))).)))(((.(((((((...)))))))))).(((..((((((.(.((..((...((((...(((((....)))))...))))...)))).)))).)))..))).....((((((((.(((((.(((((((((.(.(((.((((...)))).)))).)))))........((((.((......).).))))..............)))).))))).))))))))))).)))..)))))...(((((((.((.....))))))))))))))))).))))))))))....))).)))..)))).(((((.......)))))...)))))))..)))))))....)).))))))))))).))))............(((......)))......))))..))))))))(((((.(((.(((..(((((((....(((((((((((.((((...((((((((((((((.....))))))))))))))..((((..........)))))))).)))))))))))((((((.........)))))).((((..((((((((.((....((((......))))..)).)))))))).))))(((....)))..((((...))))((((((.(((((((.((((((((((.(((((((((((......(.((..((((((....((((((..(..((((....((((...(((((((...(((...(((((........................................((((((...)))))).((((......)))))))))..)))..)))))))..))))))))..)..))))))...(((..((((((((((....)).)))))))).)))..((((..((..((((((((.(((.(.((.......(((((((..((.(((.(((.((((....(((............)))....)))).))).)))))..)))))))........((((((.....)))))).))).))).))).)))))...))..))))....))))))..)).).......)))))...)))..))).)))))))))))))).))).).)))))))))))).))).)))))))).((((((((..((((((((((((.....))))..(((((......((((((((((((((....((.(((((...((....(((.(((......((((.((...)).)))).(((((....)))))(((((((((......(((((((......)))))))))))))))).....)))..)))....)).....))))).))....)))).).))).))))))........(((((((.((.((....)).)).)))))))...)))))(((...((((((.(((.((....))..))))))))).)))..........)))))))).))))))))..(((((((((((((...((((((.(((.........))).)))))).....((((((((......(((.(((((((((((((((((((((((((((..(((((.((((((...(((((.......((((((..(((((((((((((((((((((.((((((...(((.(((..(((((((((..(((..(..(..(.((........)))..)..)..)))))))))))).))).)))...))))))))))).)))))))))....(((((...)))))..(((((((......)))))))......((((.......))))..)))))))))))))......((((..((((((..((..........((((((((....(((((.(((((.......((((((...(((((...))))))))))).(((......)))....((((((....))))))..))))))))))...))))..)))).........))..)))))))))).)))))..)).)))))))))....)))).....(((.((((((...(((((((((..(((((((.(((((((...)))))))..))))).))..)))))))))........((((......)))).))).))).))).)))))))).)))))).)))))))))...))).....((..(.((((((((.......))))).))))..))..((((((...........)))))).............))))))))..((((......))))...........))))).).)))))))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
........,{(((((,((((.(((((((.(((((.(((((.(((((.,,,{.,(({(,..}}}}.....||||{((,...{((({.{,(((({{{{....}}}....(({((.{{{{.{(((....)))}..}))})}.})}.,....,|||||,.{|||{({{{{,....})))}}.......{{{,.....}}}}.,,|((((,.....,,,,....,,,,,......,......(((((.(((..((((((.((((((.((((.,.{((((((............................................,)))))||,,{......,,}})}.)))))))))).))))))..))).))).))......})))},,,,,..,,,,.,{{{{{{{{||(({(,...,{{{{|||{{|||}||..{|||{...((..(((((.......)))))..)).))))).,)}.,((((((,,{.....|.{{,......}}....((((((((.........{(......)).........))))))))))}))))).)))}.}))))))}}}}}}.((((((...)))))).)))))}}}.|||||{|||{(((((((((((...)).))))))),,.((((((((.(((((((.((.(((((((((({{((({((((((((.(((((............))).)).)))){((,,..||,.((((((((......((((.....))))((({...}))}(((((({.(((((((.((((((((((((.((((((((..,(((((((((((((.((.,(((..,..|||,{{.,,,,,})))).)))))..))))))))|..{{{((((({{(,{((({,.,{{,,||{{{(({{.,((,,.,,}},,|}))}}}}}....}}}..,,)))).))}}),))),)}}}......|((((....)))).}...)))))))).))))))..(((..(((.((......)))))..)))....)))))){(((....|||((.((..|||.|.,{((.(({....})).))}|(((((..((((...(((((.((.((((((((..........))))){(((.....))))......{{.......)).......)))))))))))))).))))),.....{{|...(((((...(,...,..},)))))...,,})),))))).,,)}}},})))))},},)))),.)).....((((.((.(((...,,{.((((.(((((...))))).)))).,.,)..))).)).))))....)))))))).}}....)))))}}})),),,,,.))))..))))))(((.....))).)).))))}})).)))))))).....,}}}}.{{{.(((.....)))))),,,)))))..))))).)))))))))))))))).,,,(({{{................,)))}|,,((((({((((((({{{,,,,....}|||{(((((({((.({{(,(({(((,...}},}.}},,,..)}.||||||}},{,,...|||||||||,|{||{||||,}|,|}}|||.,}|.,,,|,,}..{{{{{||||{|||}||||,||||((({((((((,(,.(((.((((((....((((.(((((((({((.......)))))))..))).))))....)))))).)))...,,(({{((({{{({((((({.,({{.(((({((({(({,(({......,,.,,.....{{{|,,.||{{({({.,,({{{{,.}||||{||...||{{|||||.|}}}||,|{||,{{{,||||||||||||||{{{{,.((((((.(((((((((((((....)))))))(((....)))..))))))...(((....))))))))).((({{{(((((.{{(((...)))..}}))))))))))......{{{,,,{,{{{|,||||...|,|},,,)))},,.,}}},}}}}})|,,.,|||,|}},.,,||..,}}}}}).))))),))))},,,}},,,.}))))))),)))|||.(((((((...)))))))||}.(((..((((((.{,({..,{...((((...(((((....)))))...))))...}})).}))).)))..)))..,,.((((((((.(((((.((((,{,,{,{,(({.((({,,,}}}},))}},},|}|......|{{{{,.,,......}.}.)))),......,..,,..)))).))))).)))))))),,}})))}})),.),}}(((((((.((.....)))))))))||||||||.||||||||||{...||}.,},..,|||{(((((.......))))}.}}))||||,,{|||,|||{{.{||.|||||||||||{|||((({.......{{((({..{{{.....,{,.,||{{{||||||||.,,{,..,,,{,,...||||,,....,((((((((((.(((,...((((((((((((((.....)))))))))))))).,((((..........)))))))).)))))))))))((((((.........)))))).,{{{.{({(|({({{(.{,((({,{.....(((.({,,|,....))}),)))}}|}}}},((({.((((...)))).)})),,{{{|{||}||||,|}))),))}|,,||||...,,,}|}...}|}}|},....((((((..(..((((...,((((.{.(((((((...(((...{((((...................................,....{{||||,..}}}}}}.{{{{,,...,}},.))))}..)))..))))))).,))))))))..)..))))))...|{,..{(({((((((..,,,,.))}))))),}|}..,.,,..,{,.((((((((.{((.(.((.......(((((((..((.(((.(((.{(({.,,.(((............))}.,|.))),.))).)))))..)))))))........((((((.....)))))),},,,))).))).))))).,,),})))))...}},))))).))))}.)))}),)))}}}.)))}.,}},}}},)))))))))),)),)).)))))))).)),})))}}))))))}.((((((((..((((((((((((.....))))..(((((......(((((((((,((((....((.(((((,.((({{..,.|}|||,|...,{{{{.{,...,}|}}}}.{((((....))))}(((((((((,,,.,,((({{{{....,.))}}}}})))))))))....,.{({{.....}))).}...))))).)}....)))).}.))).))))))........{((((((.((.((....)).)).))))))}...))))){{{...((((({{(((.((....,}}.))))))))).}}}..........)))))))).))))))))..(((((((((((((....,{{((((((..,{{.|||..,.,}||,,..,,..,,,,|||.}},}}}}}}(((((((((((((((((((((((((((..(((((.((((((.{.(((((.......((((((..(((((((((((((((((((((.((((((...(((.(({,.(((((((((..(((..(..(..(.((........)},..)..)..)))))))))))).))).)))...))))))))))).)))))))))....(((((...)))))..(((((((......))))))).....,((((.......)))).}))))))))))))).,....{({,,{((((((..{(..........(({(((((....(((({{(((((.......((((((...(((({...})))))))))).{({.,.{{{},}...,||||||.,..,,}}}}..))))))))))...)))).,,})).........})..))))))))}}.)))))..)),,))))))))....)))).....{((.((((((...(((((((((..(((((((.{((((({...})))))}..))))).))..)))))))))........((((......)))).))).))).))}.)))))))).)))))).)))))))))...||{,,,...,.,}},|||||{{.,.....))))},},,..,}}..{(((((,{{,..,,...}})}))..|,,..,,}}}.,}}}}}||,.{(((......)))).,,,.......))))).).)))))))..}}.
Back