Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001031849.3
Sequence Length
2221 nt
GC Content
0.4899
AGAACAAAGAUAAGGCAUCACGGACACCACACCGGGCACGAGCUCACAGGCAAGUCAAGCUGGGAGGACCAAGGCCGGGCAGCCGGGAGCACCCAAGGCAGGAAAAUGAGGUGGCUGCUUCUCUAUUAUGCUCUGUGCUUCUCCCUGUCAAAGGCUUCAGCCCACACCGUGGAGCUAAACAAUAUGUUUGGCCAGAUCCAGUCGCCUGGUUAUCCAGACUCCUAUCCCAGUGAUUCAGAGGUGACUUGGAAUAUCACUGUCCCAGAUGGGUUUCGGAUCAAGCUUUACUUCAUGCACUUCAACUUGGAAUCCUCCUACCUUUGUGAAUAUGACUAUGUGAAGGUAGAAACUGAGGACCAGGUGCUGGCAACCUUCUGUGGCAGGGAGACCACAGACACAGAGCAGACUCCCGGCCAGGAGGUGGUCCUCUCCCCUGGCUCCUUCAUGUCCAUCACUUUCCGGUCAGAUUUCUCCAAUGAGGAGCGUUUCACAGGCUUUGAUGCCCACUACAUGGCUGUGGAUGUGGACGAGUGCAAGGAGAGGGAGGACGAGGAGCUGUCCUGUGACCACUACUGCCACAACUACAUUGGCGGCUACUACUGCUCCUGCCGCUUCGGCUACAUCCUCCACACAGACAACAGGACCUGCCGAGUGGAGUGCAGUGACAACCUCUUCACUCAAAGGACUGGGGUGAUCACCAGCCCUGACUUCCCAAACCCUUACCCCAAGAGCUCUGAAUGCCUGUAUACCAUCGAGCUGGAGGAGGGUUUCAUGGUCAACCUGCAGUUUGAGGACAUAUUUGACAUUGAGGACCAUCCUGAGGUGCCCUGCCCCUAUGACUACAUCAAGAUCAAAGUUGGUCCAAAAGUUUUGGGGCCUUUCUGUGGAGAGAAAGCCCCAGAACCCAUCAGCACCCAGAGCCACAGUGUCCUGAUCCUGUUCCAUAGUGACAACUCGGGAGAGAACCGGGGCUGGAGGCUCUCAUACAGGGCUGCAGGAAAUGAGUGCCCAGAGCUACAGCCUCCUGUCCAUGGGAAAAUCGAGCCCUCCCAAGCCAAGUAUUUCUUCAAAGACCAAGUGCUCGUCAGCUGUGACACAGGCUACAAAGUGCUGAAGGAUAAUGUGGAGAUGGACACAUUCCAGAUUGAGUGUCUGAAGGAUGGGACGUGGAGUAACAAGAUUCCCACCUGUAAAAAAAAUGAAAUCGAUCUGGAGAGCGAACUCAAGUCAGAGCAAGUGACAGAGUGAAUGACGGGACCCCACACAAUGCAGACAUCCAGAAAUGGAUCACUCCCAAGACCCCUGGGGCCCAGAGCUGCACCACCCCUCCCCACCCACAACACCCCCGUGCCCCUUUCCAUGUGGAUUAGAAUGGGUGCUGAACAACAUGAUCUCAGCAGUUGAAGCUGCUACGUGUGUGAAAGCAAAUUCUCCACUUGAGGGUUUGCCCAUCAUUCAAACACUAUUCCAGAAAAUAAUGAAAAAAAAAUGUGGGAUUUAUUUUAGCACCUCUGAGUGGACUGUACUUUUCUCAACGGAAAAAAAAAAUGCCCUUGGUCCUUGAGACAAAAGAUUUAAUAUACAACCAUGUGGCCUCAGGCUGACCAGAUCAAAGUGGUUUCUAAUCCAUUCUACAUGUCAAGUUUAAAUGAACCAGACUGCCUGUGACUUUAUGAAUCUGAAGGUAUUACCUGUUGCUGCUUUCUUAACCACCAUGAGUAGGUAAAGCAAAUAAUAACUCACAGAGUGUGGAUUUUUGAGAAUCUGAAUGUUUUCUCAUUCACAAAAGUAUCCCUUCUACCCCUAUCUGGCGCAGGGCUGAAAUGUCAUCAUUAGAGGUUCUGUCUUCUGGGGCUUACAAGUUCUAUGUUUCUUAAAAUUCGCUGAUUAAAAAUUUUAAAAAGAUAGGAUCACACCUGAAAGCAGUGGUCCCAGCUCUGUGCUGUGGGACAUCACAGGUCCUAAACAGUGAUAGAGAAAGGGCUGGGGAGUGGCAGCUGGAAUCUCUGCUUCCGUCUGAACAUCUGGACACACAUGUCAGAGAAUCUUUGCAUUAAAUGGACUGCCCGAUCUAUUUGGUGAUUAAAUGGCUGUGCGGUGAGGGGAGAACCCUGGGCAGUCUGGAGACUGAGGUGCCAUUCUCGGCUAGAGACACCACCCAAAGAAGAGAUGGGCUGGCUACUAAAGACAAGUGUCAGUUGAAUAAAUGUCUUUAAACCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-720.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -762.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 559.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((.((((((.(((.(.((.....((((((.((((((((((((..(((((((((((((.....(((((((.((..(((((((.(((...((......))...))).)))))))......((((((((((((((((((((((((((..(((((((((...)))).((((((((...)))))))).....((((....))))..((((.((..((((((.(((((((((.(((....))).))..))))))).....))))))..))))))...((..........))......((((((..((((((((((((((((........)))..)))))))).....))))))))))))))))...))))...)))))))))))....)).)))))))))..)))))))))((((((((.(((((((((((..((((((((((((((.((..(((((((((((...((((.....))))....))...(((......))).......)))))).))))))))))..))).)))))).))).))).))))).).(((....))).....((((((.........))))))....((((((..((.(((((.((((....((((.............))))...))))))))))).))))))...))))))).......(((.((((........)))).)))..)))))).....(((.....))))))).))).)))))))........)))))..((((.(((((((..((((((((........)))......)))))..))).)))).))))...))))))(((.....(((((.......(((((....))))).....((((((((((.(((((......)))))))))))))))((.(((((((....((((...((((((((((.((.((((..(((....))).)))).))....((((((.((...(((((((((((((((.((....((......))...)).))))..)))))..))))))...)).)))))).........(((((((..((...))..))))))).)))))....))))).)))).....))))))).))...(((((........)))))((((((((((...((...(((.(((((..((......))....))))))))...........))..))))))))))(((....))).)))))..))).(((.((((((....(((((((...........(((((..(((((.....(.((((((((.((.(((((((((((....(((((....((((.............((.(((.(((((.(((..(((((((((((((..((((((((((......((((((((((((....))))))..((((((((..((((((((((.....))))))))))...))))....)))).....((........))............))))))...))))))))))....((((..((((((((((((((.(((..((..........))..)))))))))..))))........)))).))))..((((...))))(((((........))))))))))))).....)))))..)))..........(((.(((..(((((((((((......))))).(((((..((((..(((((.((((.......)))).))))).))))..)))))..))))))))).)))(((((((.((((..(((....)))..)))).)))))))...................))))).))).)).((((....))))(((((......))))))))).......(((((((.(((.((((((((...........))))))))))).)))))))...........)))))))))))))((((((((((((((((.......)))))..))))).))))))...))))).)))))))))..)))))...))))))))))))...)).))))..)))..(((.(((((...)))))))).....(((((((((((((........))))..((.((...)).)).((((.....))))))))))))))).).))).))))))..((((.....)))).....((((.........))))(((((.(((.......)))))))).........))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,,,.,.((({((.(((.,.,,...,||{{{,{..((((.((((...(((..,.((((((((((,.(((((((.((.,(((((((.(((...((......))...))).))))))}......(((((((((((((((((((((({(((..,,,{{((((...)))).((((((({...})))))))..{{,((((.{{{((((,.{(((.((..((((((.(((((((((.(((....))).)),.})))))).....))))))..))))))...((..........))......,{{{||..{((((((((((((,,..,,,....,}}.,)))))))).....))))))))))))))))...))))...)))))))))))....)).))))))))),.))))))))).,,.,{|{|{{{{{{{{{{{,,((((((({((((({{{.,{(({((((({{,...((((.....)))).,..}|...(((......))).......}))))),))}}))))))}.})}.}})))),))),))),))))),},({{{{((.{.{{{{.((({((,........,|||||,...,.,{||},,||||({,,||||,.{{({{(({{{{{((((..((({.{{{,,,((((((((.|..{{....}},.))))))))..}||.,,(({.{{....,))}}))|((((....(((((((,.({((,..{((((.({.{{.........}})}))))))).)))))))))...))))}.))))..))))).((((...(((((..((((,,....||,,.{((.((...)),))}..|,.....))))..)))))..,,))))....((((((((({,(((((......)))))))))))))))((.(((((((....((((...((((((((((.((.((((..(((....))).)))).))....{(((({(((((((((,...,.((((,{,{,....||...))))}},,}}.}))))})),)),,.|||||....,.,,,.,)}}},.....(((((((,,{,...))..})))))).)))))....))))).)))).....))))))).))....|))))}}}}}..,.},|((((((((((...{{...(((.(((((..((......))....))))))))...........}}..))))))))))|{{....|||..|||,}}}}..})),),)))))..,.))}))}}.,|,.........,..(((((....)))))..))}}}}.}}}.})))))))(((((,((((.(((,,,((((((((((({,.((((((((.(((((((((...((((((((((,.((((((((((......((((((((((((....)))))}..(((({(((..((((((((((.....))))))))))...}}}),,,.)))).,,,.{{........,,...........,))))))...))))))))))..,,((({..{{{{{(({((((((.(((..,,..........})..)))))))))..})))........}}}}.}})}.,((((...)))){((((........))))))))))))))).,,,,,.(((..((((....))))..))).((((((((,,,,,......||}||({,,,|,.|{(({,(((((,((((..,....})}),)))}),))))..,}}},,{|{,,|)}}}{,(((((((((.((({..(((....)))..)))).)))))},,,,},.,,....(((((..((((((((((((.{(((....)))}(((((......)))))|(((((....)))))|{(.(((.((((((((...........)))))))),}),))}(((((((..{{...,}..))))))))))))))))))))))))...}))))))).,,.....,,}.)}).))))))))))))).))){(((,,(((.,{{||||,,,,|((({..{,{.{|,,}.,,.,})}))))},.,}}.,,(((((((((((........))))))))))).......}}.)))).))}},))))}}.....))))))))))))...}}}.})))))..{(((.....)))}..(((((((.........)))),))),..,(,,{{{{,.,||||,,..},.,...)))))))}..,,..
Back