Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001032367.2
Sequence Length
2852 nt
GC Content
0.5961
CCCUUCUUCUCAGGUCACCAGCACCCUCGGAACCCAGAGGCCCGCGCUCUGAAGGUGACCCCCCUGGGGAGGAAGGCGAUGGCCCCUGCGAGGACGAUGGCCCGCGCCCGCCUCGCCCCGGCCGGCAUCCCUGCCGUCGCCUUGUGGCUUCUGUGCACGCUCGGCCUCCAGGGCACCCAGGCCGGGCCACCGCCCGCGCCCCCUGGGCUGCCCGCGGGAGCCGACUGCCUGAACAGCUUUACCGCCGGGGUGCCUGGCUUCGUGCUGGACACCAACGCCUCGGUCAGCAACGGAGCUACCUUCCUGGAGUCCCCCACCGUGCGCCGGGGCUGGGACUGCGUGCGCGCCUGCUGCACCACCCAGAACUGCAACUUGGCGCUAGUGGAGCUGCAGCCCGACCGCGGGGAGGACGCCAUCGCCGCCUGCUUCCUCAUCAACUGCCUCUACGAGCAGAACUUCGUGUGCAAGUUCGCGCCCAGGGAGGGCUUCAUCAACUACCUCACGAGGGAAGUGUACCGCUCCUACCGCCAGCUGCGGACCCAGGGCUUUGGAGGGUCUGGGAUCCCCAAGGCCUGGGCAGGCAUAGACUUGAAGGUACAACCCCAGGAACCCCUGGUGCUGAAGGAUGUGGAAAACACAGAUUGGCGCCUACUGCGGGGUGACACGGAUGUCAGGGUAGAGAGGAAAGACCCAAACCAGGUGGAACUGUGGGGACUCAAGGAAGGCACCUACCUGUUCCAGCUGACAGUGACUAGCUCAGACCACCCAGAGGACACGGCCAACGUCACAGUCACUGUGCUGUCCACCAAGCAGACAGAAGACUACUGCCUCGCAUCCAACAAGGUGGGUCGCUGCCGGGGCUCUUUCCCACGCUGGUACUAUGACCCCACGGAGCAGAUCUGCAAGAGUUUCGUUUAUGGAGGCUGCUUGGGCAACAAGAACAACUACCUUCGGGAAGAAGAGUGCAUUCUAGCCUGUCGGGGUGUGCAAGGCCCCUCCAUGGAAAGGCGCCAUCCAGUGUGCUCUGGCACCUGUCAGCCCACCCAGUUCCGCUGCAGCAAUGGCUGCUGCAUCGACAGUUUCCUGGAGUGUGACGACACCCCCAACUGCCCCGACGCCUCCGACGAGGCUGCCUGUGAAAAAUACACGAGUGGCUUUGACGAGCUCCAGCGCAUCCAUUUCCCCAGUGACAAAGGGCACUGCGUGGACCUGCCAGACACAGGACUCUGCAAGGAGAGCAUCCCGCGCUGGUACUACAACCCCUUCAGCGAACACUGCGCCCGCUUUACCUAUGGUGGUUGUUACGGCAACAAGAACAACUUUGAGGAAGAGCAGCAGUGCCUCGAGUCUUGUCGCGGCAUCUCCAAGAAGGAUGUGUUUGGCCUGAGGCGGGAAAUCCCCAUUCCCAGCACAGGCUCUGUGGAGAUGGCUGUCGCAGUGUUCCUGGUCAUCUGCAUUGUGGUGGUGGUAGCCAUCUUGGGUUACUGCUUCUUCAAGAACCAGAGAAAGGACUUCCACGGACACCACCACCACCCACCACCCACCCCUGCCAGCUCCACUGUCUCCACUACCGAGGACACGGAGCACCUGGUCUAUAACCACACCACGCGGCCCCUCUGAGCCUGGGUCUCACCGGCUCUCACCUGGCCCUGCUUCCUGCUUGCCAAGGCAGAGGCCUGGGCUGGGAAAAACUUUGGAACCAGACUCUUGCCUGUUUCCCAGGCCCACUGUGCCUCAGAGACCAGGGCUCCAGCCCCUCUUGGAGAAGUCUCAGCUAAGCUCACGUCCUGAGAAAGCUCAAAGGUUUGGAAGGAGCAGAAAACCCUUGGGCCAGAAGUACCAGACUAGAUGGACCUGCCUGCAUAGGAGUUUGGAGGAAGUUGGAGUUUUGUUUCCUCUGUUCAAAGCUGCCUGUCCCUACCCCAUGGUGCUAGGAAGAGGAGUGGGGUGGUGUCAGACCCUGGAGGCCCCAACCCUGUCCUCCCGAGCUCCUCUUCCAUGCUGUGCGCCCAGGGCUGGGAGGAAGGACUUCCCUGUGUAGUUUGUGCUGUAAAGAGUUGCUUUUUGUUUAUUUAAUGCUGUGGCAUGGGUGAAGAGGAGGGGAAGAGGCCUGUUUGGCCUCUCUAUCCUCUCUUCCUCUUCCCCCAAGAUUGAGCUCUCUGCCCUUGAUCAGCCCCACCCUGGCCUAGACCAGCAGACAGAGCCAGGAGAAGCUCAGCUGCAUUCCGCAGCCCCCACCCCCAAGGUUCUCCAACAUCACAGCCCAGCCCGCCCACUGGGUAAUAAAAGUGGUUUGUGGAGUUUCUGGCUCUGUUCUGUGGGCCAGGAGAGGGACUAGGUUGCUGGGGGGUGAUGGGACCGUCCUGUUCAGCUGGUUCAGGCUUCAGCCACCCUGUUGAGCAGGUUUUCCCAUCGUCUCUCUCGAAACUGGCCUGGCCCCUGACUUUGGAGAGCAGUGCCAUGUUUGACCACCAGAGGGGAGGAGUGAGCGGGCCACGGGAGCCACGAGUGUGGGGAGGCUGCAGUGCUGCUGUGUAGCAUUUCUUCCUGGUGUGAGCCUCUCCACAAGCCUGUUGAGUGGUUGAGCUCUCCACAAUUCUGCUCAUUUGGAGGUUGGGGUUAGGGGUGCACAGGCACCUUGGCUCCUACCUCCAUGUUAGGGCCCAGGUGACUAGCUGUCUCCCUCCCAACAGAAGCCCUGGCUUCUGCGCUGGAGUGCAGCACCCCCAACCAGGCUCUGAGCUCCUUCCCAGGAGCCUUUAGUAGAGACACGCCACUCCAACCCACACCCCUGCAUUUGUUCAAGCUACCUCCCGGUGCCAAAAAAAAAAAAAAAUCAUACUUUGAGCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1195.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1239.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 533.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((.(...(((.((((((((...(((((.......)))))..((((((((((((((((((((((((((((((....((((((.((..(((....)))))))))))(((((((((((....)))))..(((....)))..((((.((.(((((((.(((.(((((((((((((((((....))))).)))...)))).)))))..))).)))))..)).)).)))).......)))))).....(((((((((((((...(((........))))))).)))))))))((.....)).((((.((.(((((.(.((((.(((((..((.((((((....)).)))))))))))..(((((.(((.((....)).))).))))))))).)))))))).)))))))))))))......)))))).....((((........)))).....((((........))))))))))).)))..))))).......)).)))))).((((...))))....((((.....)))).((((((.((((((.(((((...)))))))))))))))))..((((.((((((((.((.......(((((....)))))(((((((((.((((.....))))....((((...((((.(((.(((((.((.((((((((......((((((((((....(((.((((((.(((((..((.......))..)))))..)))))).))).((((((((.(((...........((((.((.(((....)))..((((.((((.((((.......))))))))..))))..))))))...........))).))))))))...))).)))))))((((((((.......(((((((((.(((((..((((....((((.(((.((((((..(.(((..(.....)..))))..)))))).)))))))..)))).))).)))))).)))))......(((.(((........))).)))..))))))))))))))))))))))).)))...))))..))))(((((....))))).((.(((.(((((....((.((((....))))))..)))))...))).))...((.(((((((((.((((.......)))).))))))))).))((..(((((((.......(((((((((........))))).).)))((((.......)))).((((......))))......)))))))..))......)))))))))..((((((....(((((.(((.....(((((((.(........))))))))...))).))))).))))))))))))))))))))(((((.(((((((((.((........((((((..(((((((.......))))).)).))))))..((((((.((((....((((((........)).))))...(((((((((((..((.((((.((((.((.........)))))).))))..((....))..))..)))))))))))...............)))).))))))(((((.(......).))))).(((((.((((((((.....((((....(.((((.....(((((.((......)))))))...((((((((.(((((.(((((....))))))))))..)))))))).........((((.(((........))).))))..)))))..))))......)))))))))))))...)).))))))))).)))...))...)))...).))))))))((((((((((((((((.(((((((.((((((((((((.((..((.(((.......))))))))))))...))).))))((..(..((((((((..((((((..(((......(((.((((((((..(((...((((((((((((((((((.(((.((...(((....(((.....)))...))).)).)))..)))))))))))....)).)))))..)))..))))(((((((.(((((((.((.(...((((((((.((((((...(((((........((((....))))(((.((((((((((((((((((((.....)))))))......)))))))))))))))))))))...))))))..((((((.(.(((((((.(((((((((......(((((((((((((((((.......(((((.....)))))....(((.....))).(((((..(((((.((((((........)))))).......)))))...))))))))))))))))).))))))))))))).)..))....))))).).))))))(((((((....((((((((((.(((...(((....))))))..))))))))))...)))))))((.((....)).))..((((((.(((((((..(((.(((((......)))))..)))...(((.((((((..((((.((((((...(((...(..((((((((((((((((((((((...)))))))..........))).))))))))))))..)..)))..))))))..))))))).....))).)))...(((((((.((((((((((.(((....))))))))))))).))))))).))))))).))))))(((.....)))...((((...(((((((....)))))))....))))))))))))...).))))))....))).))))))))))))))...)))..))))))....))))))))...)..)))))).))).)))))))((((....))))......................)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((((((.(...(((.((((((((...(((((.......)))))..((((((((((((((((((((((((((((((....((((((.((..(((....))))))))))},,,||||((((,,,,,||}},.(((....)))..((((.((.(((((((,(((.(((((((((((((((((....))))).))}..,)))).)))))..))).)))))..)).)).)))).......))|)))},,,,(((((((((((((...{((........))))))),,)))))))),{....,)).((((.((.(((((.(.((((.(((((..((.((((((....)).)))))))))))..(((((.(((.((....)).))).))))))))).)))))))).)))))))))))))......)))))).....((((..,...||))}}...,,||||.},..,,,}}},))))))).)))..))))).......)).)))))).,,{{..{|||,.,,.{{{{.,,..)))).(((((({((((((.(((((...)))))))))))))))))..((((.((((((({,(({,,....(((((....))))){((((((((.((((.....))))....((((...((((.(((.(((((.((.((((((((,.....((((((((((....(((.((((((.(((((..((.......)}..)))))..)))))).))).((((((({.,{{....,,.,,..|||(..,{(,,...,)),..||||,||||.((((.......))})))))..}}}}.,,||}}}|..,,,.....))))))))))))...))).))))))){(((((((,,,....(((((((((.(((((..((((....((((.{({.((((((..(.(((..(.....)..)))}..)))))).}},))))..)))).))).)))))).)))))}}},..(((.(((........))).)))..))))))))))))))))))))))).)))...))))..}|}|(((((,...}}))),||.{((.(((((....((.((((....))))}),.)))))...))},))}..((.(((((((((.((((.......)))).))))))))).))((..(((((((.......{(({(((((.,......))))).).)))((((.......)))).((((....,,))}}......)))))))..))......))))))))}..{{{(((....(((((.(((.....(((((((.(........))))))))...))).))))).)))))))))))))))))))){,(((.(((((((((.((..{{,{{.((((((..(((((((.......))))).)).))))))..((((((,((((,{..(((({(.....,,,}}.}}}}...(((((((((((..((.((((.((((.{(,......,,}})))).))))..((....))..))..)))))))))))....,,.......},)))),))}}}}.||||||,,....,.)))))}(((((.((((((((.....{{((....{.((((.....(((((.((......)))))))...((((((((.((((,,(((((....))))))))))..)))))))).........((((.(((.,....,.))).))))..)))))..})))......)))))))))))))...}),))))))))).)))...,,...)))...).))))))))((((((((((((((((,(({((((.{(((((({((({{((..((.(((.......)))}))))))}},..))).))}}((.{(..((((((((..((({{{|{(((,,.{{,(((.(((({(((..{((,..((((({{(((((((((((,(((,{{...{{{,,,,|((,,,..}}}...})).)),))}..)))))))))))....,,.)))))..)))..)))}((((((({(({((((.((.{...((((((((.{(((,,,{{{,,{{,.......{(((....)))|(((.((((((((((((((((((((.....)))))))......))))))))))))),)))},||,,|||},}},,}|,|}}||}|{{,(({.{((((((((......(((((((((((((((((...,,..(((((.....)))))....,{{.....))}.(((({,,{((((.((((((........)))))).......)))),.}})))))})))))))))))}})))))))))))).}.))).||,({{{,,.((((((((((((((....((((((((((.(((...(((....))))))..))))))))))...))))))))}))))),.},.,)}|((((((.(((((((..{((.(((((......}))))..))}.,.{{{|{{,{{{({({(({(({{{{.,,(({{,.,..((((((((((((((((((((((...)))))))..........})).)))))))))))).,|,,}}}..}})))),.)))),}}.....}))}))),..(((((((.((((((((((((((....))))))))))))).))))))).))))))).)))))}(((.....))).,,{{{(...(((((((....)))))))....))))})))))))...,.))))))....))).)))))))))))))).}}})),})))},)}}..)))))))),,.,.}),)))).))).))))))){(((....))))......................)))))))))..
Back