Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001032409.3
Sequence Length
1533 nt
GC Content
0.5101
AGUCCAAGCUCAGUCAGCAGAAGAGAUAAAAGCAAACAGGUCUGGGAGGCAGUUCUGUUGCCACUCUCUCUCCUGUCAAUGAUGGAUCUCAGAAAUACCCCAGCCAAAUCUCUGGACAAGUUCAUUGAAGACUAUCUCUUGCCAGACACGUGUUUCCGCAUGCAAAUCAACCAUGCCAUUGACAUCAUCUGUGGGUUCCUGAAGGAAAGGUGCUUCCGAGGUAGCUCCUACCCUGUGUGUGUGUCCAAGGUGGUAAAGGGUGGCUCCUCAGGCAAGGGCACCACCCUCAGAGGCCGAUCUGACGCUGACCUGGUUGUCUUCCUCAGUCCUCUCACCACUUUUCAGGAUCAGUUAAAUCGCCGGGGAGAGUUCAUCCAGGAAAUUAGGAGACAGCUGGAAGCCUGUCAAAGAGAGAGAGCAUUUUCCGUGAAGUUUGAGGUCCAGGCUCCACGCUGGGGCAACCCCCGUGCGCUCAGCUUCGUACUGAGUUCGCUCCAGCUCGGGGAGGGGGUGGAGUUCGAUGUGCUGCCUGCCUUUGAUGCCCUGGGUCAGUUGACUGGCGGCUAUAAACCUAACCCCCAAAUCUAUGUCAAGCUCAUCGAGGAGUGCACCGACCUGCAGAAAGAGGGCGAGUUCUCCACCUGCUUCACAGAACUACAGAGAGACUUCCUGAAGCAGCGCCCCACCAAGCUCAAGAGCCUCAUCCGCCUAGUCAAGCACUGGUACCAAAAUUGUAAGAAGAAGCUUGGGAAGCUGCCACCUCAGUAUGCCCUGGAGCUCCUGACGGUCUAUGCUUGGGAGCGAGGGAGCAUGAAAACACAUUUCAACACAGCCCAGGGAUUUCGGACGGUCUUGGAAUUAGUCAUAAACUACCAGCAACUCUGCAUCUACUGGACAAAGUAUUAUGACUUUAAAAACCCCAUUAUUGAAAAGUACCUGAGAAGGCAGCUCACGAAACCCAGGCCUGUGAUCCUGGACCCGGCGGACCCUACAGGAAACUUGGGUGGUGGAGACCCAAAGGGUUGGAGGCAGCUGGCACAAGAGGCUGAGGCCUGGCUGAAUUACCCAUGCUUUAAGAAUUGGGAUGGGUCCCCAGUGAGCUCCUGGAUUCUGCUGACCCAGCACACUCCAGGCAGCAUCCACCCCACAGGCAGAAGAGGACUGGACCUGCACCAUCCUCUGAAUGCCAGUGCAUCUUGGGGGAAAGGGCUCCAGUGUUAUCUGGACCAGUUCCUUCAUUUUCAGGUGGGACUCUUGAUCCAGAGAGGACAAAGCUCCUCAGUGAGCUGGUGUAUAAUCCAGGACAGAACCCAGGUCUCCUGACUCCUGGCCUUCUAUGCCCUCUAUCCUAUCAUAGAUAACAUUCUCCACAGCCUCACUUCAUUCCACCUAUUCUCUGAAAAUAUUCCCUGAGAGAGAACAGAGAGAUUUAGAUAAGAGAAUGAAAUUCCAGCCUUGACUUUCUUCUGUGCACCUGAUGGGAGGGUAAUGUCUAAUGUAUUAUCAAUAACAAUAAAAAUAAAGCAAAUACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-508.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -536.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 334.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((...((((...((((((((.....(((((...(((.((((((....(((((.((((...(((((((.(((((...))))).((((((.....(((((((......(((((((((.(((((.(((((...((((((.(((((...(((((...(((((.........)))))....)))))..))))..((((.((((.((...(((((((((((((.((((((((((((.((........)).)).)))...))).)))))))).))...))))))).)).)))).))))....(((((((..((.((((((((.(((...((((......(((((((.((.............))..)))))))......))))....))))))))))))).)))..))))..).))))))...))))).))))).))....)))))))......)))))))........(((.((((((.......)))))).)))......((((((((.(((((((((....(((((((.((((((((...((((((((((((((((((((.((.((......)).)).))).......))).))))......((((.((..((.(((........))).)).)).))))..((((((((..(((((......))..))).))))))))....(((((..(((((((..(((..((((((....(((((.((..(((.......)))...))..)))))(..(((((((..(((((....((((((.((((((..((.(((.......))).)).)))))).(((((.....))))).......))))))(((((((......))))))).(((((((((((.((((..............))))....))).)))))))).............((((....)))).)))))..)))))))..).....(((((........)))))....))))))......)))...)))))))))))).)))))..))))).)))))))).))))))).(((((((.((.((.((((....((((((.((.........)).))))))...)))).)).(((((((((.(((....(((((.((((..(((.(((..(((((.(((.((((..((((((.(((.......)))))))))...)))).))).....((((((((..((.(((((......)))))))..))))))))......)))))..(((((......)))))......)))))).)))).))))).))).))))))))).((((.(((((((....))..)))))..))))(((...(((((......)))))...)))...)).))))))).....))))))))).)))))))).........))))))......)))))))....).))).)))))....))))))))))).)))))))))))....))))))))..(((((((.(....))))))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((({...((((...(((((((({,...,{{((...(((.((((((....(((((.(((,,..((((((({(({((,..|||||.{(((((,....(((((((......{((((((((.(((((.(((((...((((((..,,(({,.({(((,,,(((((.........)))))....}}}}}..}},|{,((((.((({.((...(((((((((((((.((((((((((((.,{.,.....|}}.}}.))}..,})},)))))))).))...))))))).)),)))).)))).,}.|||,{{{..,{,((((((({{(((...((((......(((((((.((.............))..)))))))......))))....))))))))))))),))),}))),..},))))))...))))).))))).))....))))))}......)))))))...,,,,,({({((((((.......)))))).,}}....}}{|||||{{.(((((((((....(((((((.((((((((,..(((((((((({(((((((((.((.{{......}}.)).))).......))))}})}......((((.((..((.(((........))).)).)).)))).,((((((((..(({{(......,}..))).)))))))).,..(((((..{((((((..(((..((((((..{{({(((.({..{,{,,....,}},...,,..}})))(,.(((((((..((((({{{.((((((.((((((..((.(((.......))).)).)))))).(((((.....))))).......)))))),{{{{((..,{{.||}}},,.(((((((((((.((((,,....,,,.....})))....))).))))))))......,.,,|....,}}....))).)))))..)))))))..,.....{{{{|,....,..}))))}}..))))))......)))...)))))))))))).)))))}.,)))),)))))))).})))))).(((({((,(({{(,((((....((((((.((.........)).))))))...)))).}|{(((((((,{.((({{..,||||},|,|}}|||.|||.,{{{{{.(((.((((..((((((.(((.......)))))))))...)))).))).,...((((((((..((.(((((......)))))))..)))))))).....,))))|,.(((((......)))))..,..{||||},.,},)})))||,|||.|},||||||,((,{.,{{{||,..,}),.})))))..}},)}}}}}.(((((......)))))....,,...}}.)))))))}}}}}))))))))).}}})))))......,,.})))})}.},..)))))))....}.))).)))))....))))))))))).}))))))))))....))))}})),.(((({((.{....}}}||||}........,.........,,...,,,,.
Back