Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001033087.2
Sequence Length
4443 nt
GC Content
0.4011
AUCCAUACCAGAUAUGCCACUAUCGAGAAGCAGAUGACAGGCUCAGGCCUUACCAGGGAUGCACUUGCCACAUUUUGGAAAGACUACAUAAAAAACCUUUAAAAAUUGGAGCCCUUUGGGCCUCAGGUAUCCAAAGAGCACAUUUUUUGGAAACUCAACACUCAGGAAGGUCGCAUAGAGCCAGUUUAUGCAGAUGUCAUCCAUACUGUAGGGCCAAUAGCCAGGGGCCAUAUUAAUGGUUCCCACAAGGAAGACCUUGCAAAUUGCUAUAAAUCAUCUCUGAAGCUCGUGAAAGAAAAUAACAUCCGAUCAGUUGCAUUUCCCUGCAUCUCAACAGGCAUUUAUGGCUUUCCCAACGAGCCUGCUGCAGUCAUUGCCCUCAACACCAUUAAGGAAUGGCUUGCCAAGAAUCACCAUGAGGUGGAUCGGAUCAUUUUCUGUGUCUUCUUAGAAGUUGACUUCAAAAUCUACAAAAAGAAAAUGAAUGAGUUUUUCUCCGUAGACGAUAAUAAUGAAGAAGAAGAGGAUGUUGAAAUGAAAGAAGAUUCAGAUGAGAACGGUCCAGAGGAGAAGCAAAGUGUGGAAGAAAUGGAAGAGCAGAGCCAAGAUGCAGAUGGUGUCAACACUGUCACUGUGCCCGGCCCUGCUUCAGAAGAGGCAGUUGAAGACUGUAAAGAUGAAGAUUUUGCAAAGGAUGAAAAUAUUACAAAAGGCGGUGAAGUGACAGAUCAUUCUGUGCGUGACCAAGAUCAUCCCGAUGGACAAGAGAAUGAUUCAACGAAGAAUGAAAUAAAAAUUGAAACAGAAUCGCAGAGCUCAUAUAUGGAAACAGAAGAACUUUCAUCAAACCAAGAAGAUGCCGUGAUUGUGGAGCAACCAGAAGUGAUUCCAUUAACAGAGGACCAAGAAGAAAAAGAAGGUGAAAAAGCUCCAGGCGAGGACACACCUAGGAUGCCUGGGAAAAGUGAAGGCUCCAGUGACCUAGAAAAUACUCCAGGUCCUGAUGUUGAAAUGAAUAGUCAGGUUGACAAGGUAAAUGACCCAACAGAGAGUCAACAAGAAGAUCAACUAAUAGCAGGGGCACAAGAUGAAGCGAAGGAACAAAGAAAUGGAACUAAAUGACAAUCCUCAGCAUCGCAAGGCCUCUCCUGGCUCUGGGGGAGCUCGGGAAGAUAGCAGCACACGCUGUGGAGGAGGGUGGGGGUGGGGGGAAGGCAAGUCCCAUGGAAGGACGGGGAAUCCUUUACUCUAAUUUCUCCAGCUGCAUUUUGUUCCGUUUAUCUGCAGAAAAAGAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAAAGUUUCCUUUAAUUUGGUGGAGGGACCCAUGUUGACGCAUCUUUCAGGCAUUAUCCUUGUAAUUUCUGUCUUUUCUCUUACAACUUUGCCCCAGGGUCACAGUGGCUUGAUUGAACACUCACAUGUGUAUCCUGGCCCCUGUCUGCUUUCUUGGUUAUUUCACAAAGCUGGUCACACAGUGGUUUAUUCAAAGGAAGGGGAGGAAGACAGUGGUUUGAUAAGCUGCAGGAUAAAUUUUAGGAAUCAAUGAGCCCAGCAGCAGUAUAAUCCCCAGACAGAGGAGGCAGGAUAGAAAAUGGGCAAAAGCCUCGGAAACCACUUGGAAAAGGUCUGGACAAUGAGGUGAAAAUAUUUUCUUCAGGGUUCCCAAGGCACAAUUUGUUCCAAGUGGCUAAUGAGAAAUAUGGAAGCUGAAUUUUUUCCAGAGCAGAGUGCAGAGGCAUAACAGAAGGGUGGGCCCUGGCAGCCAUCUGGGUCUCUUCCUUCCUAACCAUGGUGGCAGGUGCAUCCUUCUUUGACACUGACUUUCAGCAGAGCUUACUUGGUUCAUGAGGUCUUCACAUGGAGACUACCAGCAAGAGGUGACUCUCUGCUGCAUAACUGUAAAGGAUGGCCCUUUGCUAGGUGUUACAGUUAAAAGCUAAGAAAAGGGGCAGUGCAUUUAGGACCCAAACAUAUGCCUAUGAAUAUCAAAAGCUCCUCCUGAAAUUGCUGUGAGUUUUCCAUAAAAGAAUAUCCUGUCUUCACCCAAGGCUUGACAGCCCACAGAGUGGUCUCAUUUGAAAUUACAGGAAAUUAGAGCUUUUGCUUGCAGUUCUGCCUUCCUGGCCUGUGUUUAAAUGCUGUCACUUGUUUAUGCCAAGUUCAAGGCUGAUUCAAUGGUUGGUCCCCUCACCCAGAAAACCCUGAAGGGGAGGAUACAGCUCUGAAGGGGGGCAGCAGUACUAAAAACCCAAGAUGCCAGUGGUAUAGUGGGCACAAGGGAUGGCGACCAUGAGGAUGCCAGGCAUCAUCACCAAUAUCUAUCCUAGAGCCAGUAUAAGGCCAGAUGCCUACUUCCCACAGCCUCCCCGGGUUCCAAAGUCAUGUCAUUGUUUUCAGUGGAAACAUAUCGUUUGUUGCAUAUCUUCUUAAAUCCAUCUUCCUUGUAAGGGCUUUAGAACUAAAACUUACUUAUAUUGUUUUUCCUUAACAGAGGGAGAAAAAUAGUGGAUUAUUAUUUCUAAAAUAAAAGGAUGUUCUGCUUUCUAAAUAUCCCAUCAAAAUCUUCAGUUUUGCACUUUUUUGAUGGAAAAUUCAUCUUAUCUUCCUAUGACUUUGGUUUUAGCCUUUCUGAAUUUGUUACCCCUUCUGGAUGGCUUAUUUGAUAUACUGGAAUAGUUAACAAGCUAUACUUCAGCAUAUGCACUAUAUUCUAACAAAUUUUUUUUAAUAAAAUCAAGACAUCAGCAAGAAUGACAUUUACGUGACCUCAUAAUGUGGGAUUAUGGCCUUCUGUUGCUAUUCCAGUUUGAUAUGGAAGCAUCUAUAUCCUCUAUUGCCGUUAGAUGUUGUUGCUUUUCAGAAAAGUAACGAAAAGGCUCAUUUUAAAGAAUCCAAGAAACGAUGUCAUCCAAAUAUUGACAGUUUCUACAUUUCAUGCCAUCUUUAUAACUCAAUUGAAAGUUGCCGUCAUUCUUGUGAAGUAUUUGACAAGUGCAAUCUGCUAGAAGCUCGUUUUUCUUGUGACUCCCAAAUGUUAGUGCUACUUAGCCUCAGUAAUGAGUUACAGUUGAAAAAAACAUGAGGGAAACAGAGGGACAGAGAUUUUCUAAUGAACAAUGAUGGAAGAGACCUAAUGUCCUUGCUAGAAACAGCCAGGAUGGAAAUUAUCCAGCCCUGGCAUUCUCCUUAUCAUCAAUGACAGUCAUUUUAUUCAUUUAUUUCAAAUGUGGGUGGGCUAGAAGUGGAAGGAGGGAAUUCUCUCUGCCUAAAAAUUCUAGAAGAAUGAAAGUAAUCUUUGUAUCCAGGAAACUAAGAGAAUGAGGAAUAAAUAUCUUCAGCCCGACUCCUGAAUUUGUUUAUUCUUCCAUCUAUAAUUAGAUUGUGUUUUCAUUUUUGCUUUGUCAUGCUUUUUGGUUGUUAUUUGGCUAUACAGUUUUAUGCUUUAAAACAAAUGAUAAAGUUAAUUUCCAAUUCAAUAGUGAAAUAUUAACAAUCUAACUAUAGCCAGAUCAAAGACACCUGAACACAGAAAACCUUUAUUUGCUGGUGCUGCCAUUGCACAGGCUGUACAAUGAAAUAGAUUUGAAAAGCUGAUUGAUUUUCCCGCACAUAAAUUCUGGAUGUCAAUUUCCAACCAAACUCCAAUACAGCUAUGUGGCAUGAAGAGUUACAGGAGGGAGGGAGGAAAAUAGCCCUAUGUUAGUCAUGUUUGCAUACAGAGGAUCAAAGUAGGCCUUCACCAUAAUAGUUCUAAUUAAAAUGGUCCUCGCUGUAGGAGAGACAAAGGGGCUUUUCCUCUAGCUGGUAACUAUUCAGAUGAUGGACAAGUCUUCUUUCAUAAAAGAUUACAAAGAAGGCAUCCGAAUCACUGUCUGUGAUACUGGGUCACAUAUUAAUCACUGCAGCUAAUUGUAAAUCUUUCUAUGAAACACUGAAAAGCCUCUUUGUGAAUUAAUACAGUUCUGCUUGAUGCACUUGAUUUGAAAAGACAUUUCUCUGUAUGUGGCGCAUGUCGGCUUUGCUUUGAAAAAUAACAAAGUUAGCAGAAUAUGUUCAAUAUAUUUUCUUGGGGAAUAGGGUUUUUAUUACAUGAUUCAUUAAGGAUUUGCCUUACCCUGACAUUUGUGAUAUAAAGGAAAAUCAGAAAAAAAGUAAUUUUCUUGAUCAAGAUAUGUUUUUACUUAAUGCAAAUAAAUGUAGUCUGUUGCUUGCAAGGAAAAAAAAAUGGCUUCUGAUAUCUGGUAUAAACUGCUAAAUAGGAUAAUACGUGCCUCUUUUGUUAAACCGGCAUUUAAAUGCUGGACUGCUUCUAAAUCUGUUUGUUUCUUUUCAUCUGUGCCAUACACUAAAAAACAACUGUUGCCUUCAUACUAUAUUUGUUAGAGCAGAAUACAAAUAAAAUUUGUUUGAGAGGAUAAUGUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1213.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1305.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 1013.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((.(((.(((((((.((((.((((((((((((..((((..((((((((...((((((((((.(((.....))).)))............((((((......(((.((((...)))).)))(((.((((((((......)))))))).)))..........)))))).(((((((.....)))))))...)).))))).....))))))))...)))).((((((((....))))))))..(((((....)))))..............))))))((((...(((.((............))))))))).....(((((.((((...(((((((((((((((((((.......))))).((((((((.((((.........(((((....)))))...(((.((.(((((.....(((((.((((((((((((((...(((((...((((....))))....(((((....((((((.........))))))..)))))..........)))))...)))))))).....(((((((((((((((((((((..(.(((((((((((((.((((((..((((((...((..(.(((.((..........(((((((....))))))).)).))).)..))(((((((....)))))))..(((((.(((((((.(((((((((((....(((((............((((((((.(.((.(((((....))))))).).))).(((.(((((.((((((...(((((.(((.((((((((((((..........(((....(((((.(((((((.....((((((..........))))))..(((((.(((...(((.(((...(((.......(.(((((((..((((((((.(((.(((.((((........(((......)))((((((((((.....)))....)))))))...(((((((((((((((.(((((.((......)).))))))))(((((((((.((...((((((((((.........((((.(......).)))).........))))))....(((.(((..(...((.(((.(((((((.....(((((((((.(((((.((.((((.(((.((.((.((((......)))).)).))..))).)))).....(((((....)))))(((((((....(((((((((((....(..((((.......))))..)...)))))))))))..)))))))...))))))).))))))))).(((........))).......................)))))))..))).))....)..))).)))))))...))))))).))))..((((.(((((((((((((((.(((((....(((((..(((((((((((((((..((......)).)))).)))).))))))).((((((.((((..(((.((......)).)))..)).)).)))).))......)))))....))))))))))))((((.(((.((((((((((((((..((((((((......((((...((((((((........(((...((((((....((((....(((((((...(((((.....((((((((((...((((((((..(((((.(((....))).)))))..))))...))))........)))))))))).............((((((........))))))..(((...))).))))).....(((((((((.(((.((.((.((((.((((..........))))...)))))).))))).)))))))))......((((...))))(((((((.....))))).)).(((((((....)))))))..(((((((((....)))).)))))..(((((((((....((((.....))))....))))))))).............(((...............))).......)))))))...)))).....)))))))))..))))))))..))))))).)))))...))))))))..........)))))).))).)))).(((....)))....)))))))))))).....))))))))))))(((....))))))).)))))).))))..))))..))))))).).....)))...))).)))...)))..))))).((((((((...(((......)))..)))).))))..)))))))..(((((((..............((((..(((((...)))))..)))).....((((.((((.((....)).))))(((((((..........((((...))))(((.......)))..)))))))...))))...)))))))..))))).....)))..((((((....))))))...))).)).)))))))...))))))))...)))))).((((....)))).(((((((.(((((.(((((...(((.(((((((((....))))))))).)))))))).)).))).)))))))......))))).)))))))).....)))))...))))))))))).))))))).))))).((((((...))))))...))))))....)))))).))))......................))))))))).))))))))))....(((.((((((((.(.(((((..((((((((..((((((..............((((......))))(((((((.(((.((((((((((.....(((((.(((((...))))).)))))(((((.........(((((........)))))(((((((....(......)....)))))))((((((((((...))))))))))..)))))..........(((....((((((..(((((.........)))))))))))....)))............(((((........)))))..))))))))))))).)).)))))..))))))...)))).))))..(.(((((((((((((((..........(((((((.((((((((....)))).....(((......))).((.((((((.(((((((((.((.(((((((...........)))))))...))..))))))).))((((...((((((.((((.....))))..)))))).)))).......((((((..((((..(((((...((((((((((..((((.(....((((((.....((((((((....))))).))).....))))))..(((((((.((..(((.(((...((((.............((((((((((((..(((((........)))))..))))))))))))...(((((.(((((((((..(((((((.((((((((((((...((((((..((.....((((....))))....)).))))))...))))))))).............))).))))))).....))))))))).)))))..............)))).))).)))..)).)))))))(((.((((.......)))).)))).)))).)))))))))).))))).)))))))))))))))).)).........((((........))))................)))).)))))))...))))))))))))))).)(((((((..((((((.((((..((....(((((....((((((((...((((.((..........)).)))).......))))))))..)))))))..))))..)))))))))))))))))).))))))))))))...........))))))))))))...................)))))).)))))....))))).)).))).......)))).)))))))).(((((((.....(((.(((((...((....))....))))))))....))))))).(((.....))).(((..((((((((((((.(((((.(((((.(((.(((((.(((..((((((........)))))).)))(((((((((...)))))))))...((((..((((((.....(((.(((...))))))......))))))))))))))).))).))))).))....(((((((((.......))))).))))..))).))))))))..))))..)))))))))))...))))))..)))).)))))........))))))))))..)))))))..))).))....))))..(((((.((((((........(((((((....))))))).((((((.(((((..((.((........((..(((...............)))..)).......)).))...)))))...))))))...((((((...))))))..))))))...)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((({((({(((((((,(,{({(({((((((({(,.((((..((((((((.{{(((((((((,.(((.....))).,))............((((((......{((,((((...)))).)),(((.((((((((,....,)))))))).)))..........)))))).(((((((.....)))))))...)).)))))...}}))))))))...)))).((((((((....)))))))),.(((((....)))))......,,......||}}}},{|{.,|{{{,{,..,,.......,|||||||||.{{{,,,{{{.||||.,,{{{(((((,({,,((({{,..,,,..)))))}|,,(((((((((.,(,,........,,.,)))))))),,))...{..,((((....))))),))}}|}((((((((...(((((({.((((....))))....(((((....((((((,......,,))))))..)))))..........})))),,,)))))))).,...(((((((((((((((((((((..(.(((((((((.(.((((((,,..(((((,...{({{(({{{(.(((..{.{((((((((((....))))))).,)))}}..))).||||(((....}}}}}}}..{((({.(((((({.(((((((((((....(((({......,,....((((((((.{.((.(((((....))))))).}.))).(((.(((((.((((((...(((((.(((.(((((((,,{({........,{{({,,,,{{,,,,({{{{{{,.....(({,..,,{,.,...,})),|{.,,{{{.{{{,,{({({((({{.((({((,.,,,.(((((((..((((((((.(((.(((.((((.....{{{{((......|||((((((((((.....)))....)))))))}..(((((((((((((((.(((((.((......)).)))))))).{(((((,.{((...,}||,,}}}|}}.{(,.{{((.((....(((,.(((((({.,....,,..||....{,,{(({{.{...,({{{{.{{(((({,....{((((((((.{((((.{,.((((.(((.{(.(,.{(((...,,.}}|||},.,)},))}.)))).....{((((....)))))(((((((,.,.(((((((((((,...{..((((.......)))).,)...}))))))))))..))))))),.,)}))))).))))))))}.(((........})}.....................},}}})))}..,}}.}},,,,},,))).)))))))...))).,..)))))),|}({{(((((((((((({{{{(((((....(((((..(((((((((((((((..{{......}}.}))).)))).))))))){(,((((.((((,,((({{,....,,}},}})..)).}}.)))).))......)))))....))))))))))))((((.(((.((((((((((((((..((((((((,.....{(((.{,{(((((((........{{{...((((((....((((....(((((((...{{((({....((((((((((.,{((((((((..(((((.(((....})).)))))..))})}..)))).,...,,.))))))))))....}}}}.....((((((........))))))..((,..,|||.}}})),,...(((((((((.((({((.({,((((.((((..........))))...)))))).))))).))))))))).|{.{{(((.{{{||||{,(((((.....)))))..,.(((((((....)))))))..(((((((((....)))).)))))..(((((((((....((((.....))))....)))))))))...))}..},.,,}}|.)}}}}},.........,.......)))))))...)))).....)))))))))..))))))))}.))))))).)))))...))))))))..........)))))).))).)))).(((,,..)})....))))))))))),.....))))))))))))||,.,},)}))))).)))))).))))..))))..))))))).}....{||....,,,.)))...|||,.,||||{{(((((((...(((......)))..)))).)))}.}))))})),,(((((((.({{..........,,,,..,|||,.{{||,,.{{{||{{{...(((((((......{{{.{(((|...|}}}|.}}}.......}}}}}}).|.(((.......))),.}.)))))))},.)))).))))))),,)))))}}.,})))}}.|||||}}}}))))},...},},),.)))))))...))))))))...)))))).{(((....)))}.(((((((.(((,,.{({({..{(({.(((((((((....))))))))).}))))))).,,.))).)))))))......))))).))))))))...,,)))))...))))))))))).})))))).))))).((((({...})))))...)))))).,.,||},,}})},},|,}}}}),...}})))).,.}))))))))).)))))))))}..,.(({(((((((({.(.(((((..((((((((.,((((((..............,,{{,.....}}},(((((((.(({,((((((((((.....(((((.(((({...))))).)))))(((((.....,,,.,((((........))))|{((((((....,......,....))))))|{(((((((({...}))))))))),.}))))..........({{....((((((..(((((.........)))))))))))....}}}..|..,.||||.,{,,,....,,}}))}})..))))))))))))).)).)))))..)))))).,.)))).))))..(.(((((((((((((((.......,..(((((((.((((,{,,{{,.||||{{...(((......))).{(.((((({.{{(((((((.{{.(((((({,{........,)))))))...}}..))))))).}}{(((...((((((.((((.....))))..)))))).)))).......{{{{{{,.(((({,{(((,,,,((((((((((..{(((((((..((((((..{{.,((((((,...}))))).})).....))))))..,,,,,,,.,,..((({{(,,{{.,{{...,...,,....((((((((((((..(((((........)))))..)))))))))))).,}||({{.{((((((((..(((((({.{{({{((({{{,{{{{{,{{{{{({{,,,,((({{,,.,|{,,||.}},.})}))),.})})}))))}.......,.,..}}}.))))))).....))))))))).)))))}},}}}}}}}),}})))|.,},|||..,,..,,,,})},}}}((((.(((........))).))))..)))))))))}.))))),)}))))))},}))))).},.........((((........))))....}}}},...,,,.)))).)))))))..,))))))))))))))).)(((((((..((((((.{{((.,((...,(((((....((((((((,,.((((.((..........)).)))).}}....))))))))..))))))}..)))),.)))))))))))))))))),,))))))))))).,.........))))))))))))......{{(((((({,((({((((.(((((.....))))).,}))))..............{(((|....,)))}....{{({..||...,,..}}},.))))))))))}},|,.....}},,,{((.....))}.{((,.({({((((((((.(((((.(((((.(((.(((((.(((..((((((........)))))).)))(((({((((...}}))))})),,.((((..((((((.....,,..,{{...}}},,},},...))))))))))))))).))).))))).})}...(((((((((.......)))))},)))..})).))))))))..})))..))},,,,,))).}))))))},,))}},)}}},......}}))}}}}})))}})))))),..,,,.......))))..{((((.((((({........(((((((....))))))).(((({{((((....{,,{({,..........,(({.....)),....,}||}|.,|,..........,.,,,..,,)))))))))...,(((((,..,,)))),}))))))...))))}...
Back