Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001033518.2
Sequence Length
4412 nt
GC Content
0.5381
GUACCGGGUGCCCCGGCUCUGGAGCAUAAACAAGAGCGGGGACGGGAUGAGGCGGCGGUUGAUCCCAGGGUGGCGAGUGGCGGCGACCGAGGCGGCGAGCGGGGCCCGGCGCCGACCCUGAGUGCAGCCUGACCCGCCCUCGCGCGCGCGCCCUCCCCGGCCGGGCCCACUCGCCGCGCGCCCAGCCAUGAACCUGGCGAGCCAGAGCGGGGAGGCCGGCGCCGGCCAGCUGCUCUUCGCCAACUUCAACCAGGACAACACAGAAGUGAAAGGGGCAUCAAGAGCAGCUGGUCUUGGCCGUCGCGCUGUUGUCUGGUCCCUAGCUGUUGGUAGUAAGUCCGGUUAUAAAUUUUUCUCCCUUUCUUCUGUGGAUAAGCUGGAACAGAUCUAUGAAUGCACCGAUACGGAAGAUGUGUGCAUUGUAGAGAGAUUGUUCUCCAGCAGCCUAGUGGCCAUCGUCAGCCUUAAAGCACCAAGGAAGCUAAAGGUUUGCCACUUUAAGAAGGGAACUGAGAUCUGCAACUACAGCUACUCCAACACGAUUCUGGCUGUGAAGCUCAACAGGCAGAGGCUGAUAGUAUGCCUGGAGGAGUCCCUGUACAUCCACAACAUUCGGGACAUGAAGGUGCUGCAUACGAUCAGGGAGACGCCUCCAAACCCUGCAGGCCUGUGUGCGCUGUCAAUCAACAACGACAACUGCUACUUGGCGUACCCAGGGAGCGCGACCAUCGGAGAGGUGCAGGUCUUCGAUACCAUUAAUUUGAGAGCUGCAAACAUGAUUCCGGCUCACGACAGUCCUUUAGCGGCACUGGCCUUUGACGCAAGUGGAACUAAACUUGCCACGGCUUCGGAGAAGGGGACCGUGAUUAGGGUAUUUUCCAUUCCAGAAGGACAAAAACUCUUUGAGUUUCGGAGAGGAGUAAAGAGGUGCGUGAGCAUCUGCUCCCUGGCCUUCAGCAUGGACGGCAUGUUCCUCUCCGCCUCCAGCAACACUGAGACCGUGCACAUCUUCAAACUCGAGACUGUGAAAGAAAAACCCCCAGAGGAGCCCACCACCUGGACCGGGUACUUCGGGAAAGUGCUCAUGGCCUCCACCAGCUACCUGCCUUCCCAAGUGACAGAAAUGUUCAACCAGGGCAGAGCCUUCGCCACGGUCCGCCUGCCAUUCUGCGGCCACAAAAACAUCUGCUCGCUAGCCACAAUUCAGAAGAUCCCGCGGUUGUUGGUGGGUGCCGCCGACGGGUACCUGUACAUGUACAACCUGGACCCCCAGGAGGGCGGCGAGUGUGCCCUGAUGAAGCAGCACCGGCUGGACGGCAGUCUGGAAACGACCAAUGAGAUCUUGGACUCUGCCUCUCACGACUGCCCCUUAGUCACUCAGACAUACGGCGCAGCUGCAGGAAAAGCCUACACAGACGACCUGGGUGCUGUGGGUGGCGCCUGCCUGGAGGACGAGGCCAGCGCCCUGCGCCUGGAUGAGGACAGCGAGCACCCGCCCAUGAUUCUUCGGACUGACUGAACUUGACCUGUGACCUCUGACCCGGGGAGCAGAGAACACUGGCUUCACAGAGGACUUUGUGCAUUGCUGCUAUGAACUUUGACCUGAGUCGGGGGAGAGGAUGGCAGAGACUUUAUUAAAAAAAAAAAAAGAUUGUAGUGGUAGUCUAACUCCAUAACGCUGAGGAAAUACAUCAUUUUCACUUCAGUGGCUUUUAAAUCCUGCUUAUGAAUUUUAGCUUUUUGUUUGUUUGUUUUCUCUUUUUGCCAAAAUUAACUGUUUGGUGAAGCCCGCAAAACCUCCUCGCUUUGCAUGCAUGAACGUGCCAAGCCAGCAUAGGGGAGCUAGAAGCCACUUUCCAGCCACCUGCCGUUGGGUUUUUUCAUAUCUGUACAUAAUGCCGAGUGCGUAAGGAAACCGUGGCGUCGCGCACAGUGGGUCUGCUUGUCAAGGCCAGUUCUGCAGUGACAGGCCCAGGGGCUGCCCACCAGGUGUGCUGGGCAGACUUCAGCUGGGACAGAAGUCCGAUCUCCCUAGGGCCCCACCUGGACCAUUUUCCCUCCGUUUUAUUUUGUUAAUUAAAUUCUUUCCAAAUUGGAUCGCUCUGGGAUUUCUUCCAUGGUGGACUUUUGUUUCUGAUCUUGUUUUCCCUGUGGAUAUUGGAGGACAGCGAGGUUCUUUCUGAUACUAAAAACCUUUCUUUCAGGCAGCAAAUGAACUUGAAAGGUUGCCUGGACUCGCUGGAGCAAAGGAAAGCGAUUUUGUUUGUAUAAUUAAAUGAUCUGUUCUUCUACUUCACUCUUCCUGUUGAAAAACUGUGUGAUUUUUUUUUUUUUUUAAGUAAAGUUUGUAGCUCCUCCCAUGCCCAGGAAAGCACAGAACUCAAGUGUGGUGGCCGUCUGAGCUGUCCUUUCGCUGGCCCCGCUGUCCGCAGGGGCUUCCUACCUGUGUGAGAGGUCGUAGCGGGAGACAGCAACAGAGAGUAGGCGGCUGGGCCACGUCCUUCACAGGGCGUCAUGUGCCUUUCUAUUUUCAUCUUAGAAAAUUUCCUCAGCAAACCGAUGAGAGAUUGUGGUUGCAAGCUUCAGUAUUUGCCUCGCUUCCCUUCCCUUUUCAUAUUUACAGAAUUAAAACAACCUCAAGUACCUCAGACUCUGCAUUCCAAACCAAGGCACCCAGCAGCCAAAGUGUCGAGGGCAUUUAAGUGGCAUUAAUGGCAGGAGAGAUGGUUUUAGAAUCUAUGGAGUGGUGGAAGUUACGGAUAGAAGGGAAAAGGCAAAAACUAUUUACCCUGCCUUUGCAGGCUGGGGUUUUUGAACCGAGGAAGGCUGGGACGCCUGUUUCCAGAUGGUUGUCAUGGUCACGCUGGGCGAAGAGCUGGAGGGGAGUUGUCCCCUCAGCUGAGCGGCUGCGGUGAAAUGCCCCAGUGUUCCUGGGUUGGCUUUACGGCAAACUAAAUGCAGGGGACGCUGGAGUCCGACUCACCUACACCGGCUUCCUCCCAGCCGCUGGUGUGCGGCACACACAACAUCUGCAUUAGGCAGAGGUGCAAGUGGGCUGAUUGAACUUUUCCUUCAAAACCUGCUUGUCUGUCCUGGACCUUUGAUGAAAUGGGAUCCCGGUCACGCAGGCUGAGACAGUGGGGACCGCCGAGGCCAGAGUGGGCUAUGCUUGAGCAGGGAUGAGAAGGGCCGCGGCAGCACGCAGCCUUGACCCACGCCUGCGUCUUGUGGUGCAAGGCCAGAGGGCUCUCUCUAGAACCUGACCGUGCACUCCAUCUCCUGGGAGCCACUUUUGGCAAGAGUGAGUGUGGGGGGAAAAAGUGUGCACAAGAGAUACGGAACCCUGAGCUAGGGUUUCCUGUCACCAAAGAGUGAGCUGCAUUUCCAGUUCUGCGUUAAAGUAUCGUUUGUUCUGGUGCCUGCCUGUGGUGGUGAUUUGGAGACUCAAAUUUCCUUUGCCAGGUCUCUUUUGUCUUUCUUUGGGAUUGGUAGUAUAGAAGAUGCUGGGAAUUGUCUUCCUCGCUCAGCCUCGGCUUCCCGCACUGUAAGAUGAGGCAGUUGCAGAGGAGGCCUCGGACGUCCUGUGACCCUCGGCCCACACUCCCCCUUGGGUGGCCCUGGCAGGGCUGGCUAGGUGCGUUCCCUGCAGACCACGGGAAGCCCUGUGCUUGCCUGGGUCAGGGCUAAGCUGUGCGCCCUAGAGGAGGGAGGAGGACUGCAGAUUCUUGGUCGAGAAGAAUGAAGAGGAUUUCUGUGUUUGCUGAGCAGCCAUUGUGGAGGGUUACCCGCCUCCACUUUCCCGUUGCCCAUUUCACUGCCACCAGCUCCUCUUCCUCUGCUCGAACCUAUGAGUCCCAGCCUCACUGGCGGCCUCAGACAUGCUCAGGAGUGACGGGGACAGAGGGAGGCCGCUGAGUUGCCCGUUAGAACUCUUACUGCUGCGCCAGUGACCCAGGUGGAGAGGGACCCUGAACCAAACAGAACGUGUGCUAAUUUUCCGAACUCCAAACUGUACACUCAUAUUCAUUUUUAAAUUGUAUUUUUCCAAACUUCAAAAAGGACGAUGAGCGUGGGGGAUAGGAAACAAAACCUGUAAACGUUGUGAAUGGGCUCAGUGGACUCUGGGACCAAACCUUCUGUAAUCUCUAAAACAAUGGGACCAAGAGCUGGAUGGAACCUGGAGUCAAAAAGAACUGCUUCAGUCCCCGCUGUACCGCCUGCCUAGCUGUGGGAGCAGGCAGGGCGCCUGGGAGCCUGCGUUUUCUGGACCGUUCCAUGGGACUCAUCCCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGUGUUGUGUGACUGCGUGUCCUGCAAACGCCCAGCUCGGUGCCCAGCCAGCGGUGGGCACCCAAUAAACGCUACAACAUAAAUGUGUCUUCUGCAAUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1648.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1722.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 1300.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((.(((((((.((((.....(.(((((((((....((((((((...(((((.((((((((((((((((((((....(((((((((.((((((((.((((((........).)).))).)....)))).))).))).)).))))....))))...)))))))))))(((((..(((.....(((.((........)).))).))).))))).((((((((((((((.(((...((((.....(......).....))))...)))...))))))))))))))....(((((..(((.(((..((((((((((((((.(((.(((.(((((((............(((((((.....((((....((((((((((.(((...(((((((..((.(....)))..)))))))....)))..))))..)))))).(((....))).......((((((..(((.........))).))))))..)))).....))))))))))).))).))).))))))))))(((((.......((((.((((........)))).))))(((.........))))))))(((((((((..(((.((((((..(((((...((((((((.(((((....((((((((....))))..((((((.(((((.((((.(((((((..........)))...((((.(((((.....))))).)))).(((..((((((.(((((((.((((.(((.......))).)))).))))).........))..))).)))..)))....)))))))).))))).....((((((........))))))(((((((((......)))).)))))..)))))).........(((....)))...((((((...))))))(((((((((.....(((((..(.((((....)))).)..)))))..(((((.....))))))))))))))............))))....)))))))))))))..)))))................((((((.(((..(((.((((((((...((((.((.((((.....(((((((((((((..(.((.....))..(((((..(.(((((...((....(((((((((...(((((((.((((.((((((((.((((.(((...(((((((....(((.((.((((((((((....((..((((.(((((((.(((((((((.......))))))((((....)))).(((((....)))))((((((.......))))))......(((((....((((...((((((((((......))).(((((....((......))))))).))))))).....(((.....)))...))))...)))))(((.....))).))).)))))))))))..))(((.(((((((((...(((((((((.(((((((..(((((.((((((.((((((((((.((....)).)........(((((((.(((..((((((.(((((.((((((((.((((...(((((..((.((((..((((((....)))))).......))))))..))))).)))).)))))))).(((((..(((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((...))))))).))...((((((.((.(((((((.......(((((((((((..(((.(((..........)))......(((((..(((((........((((((........)))))))))))..))))).(((.((.((((.(((((......))))).)))).))...))))))..))))))))))).((((((.....((((...((((((((..(((..((((..........))))))))))))))).))))((((((((.....(((((........))))).....))).))))).(((((((((.(((((((.((....)).))))))).....((.(.((((....)))).).)))))).)))))(((((((((......((((..((.((((.((((..((........))..)))).)))).))....)))).....)))).)))))............(((((((((.((((((.......))).))).)))))))))........................((((((((((...............))))))))))...))))))(((((.((((....)))).)))))......))))))).))))))))...(((((.......).)))).........))))))))))))))))).)))))))))).).)))))))((.......))....)))))...))))))..))).)..)))))))))))))))))((((.((((((((((((((.(((.......))).)))).)).....))))))).).))))..))).).)))))..))).)))).)))))))))..))))))))).))).((((((.........)))))).....((((.........)))).)))))))))))).)))...(((.(((((((...(((((((((((((((((.((((.(((.(((((((...(((.....((((.(((.((..............(((........)))..)).)))))))((..((((......))))..))....)))...)))))))..))).))))...)))))))....))...)))))))).))))))).))).....(((.((((....)))).))))))))))..))).))))))).))).))...((..((((((....))).)))..)))))))))))))(((((.((((((....))))))))))).((((((((.((.(((..(((...((((...(((((((((((..((((...((........))...))))))).))))))))...)))).))))))..)))))))))).(((((.....))))).((.(((((.....))))).))(((((((((.(((..(((...)))..)))...)))))))))))))))))))).)))).).)..)))))((((.(((((.....(((((((((((((((..((((((((..(((((((..........(((((..((.(.(((((.(((......))).)))))..).))..)))))..(((((...)))))((((..((((...(.(((((((..(((.((((((.(..((((((.(.(..(((((((...)))))))..).).))))))....).))))))....((((.(((((((((...))))))))).))))..........((((((......))))))(((......)))..))).))))))).)...)))).))))((.(((((((....))))))).)).(((((((.((((..............)))))))))))....(((((((........)))))))))))))).)))))))).)))).))))))....((((((.((..(((.(..((((..((..(((....)))))..))))..).((((((((((((((((((((((.((((.(((((((.((.(((((((.....)).))))))))))).))).))))..)))))))).........)))))..)))).)))))((((.(((..(((((..(((((((.(((..((((((((...(((.((..((((((((((.(..(((((((........)))))))..)...))))).....)))..)).))))).)))))))).))).)))).)))...))))).))))))).))))).))))))......)))))..))))).))))..)..)))))))).)))))..))))..)).))))((((((......)))))).))))))))...)))..)))..............((((((.....................))))))((((..((.(((((.(((((........)))..)).))))).))..))))...))))))(((((........)))))....)))))).)))....))).)))))).)))))))..(((..(((..........)))..)))..))).)))..)))))..))))).)))))......))))))))))))))))).)..(((((((((.(((.....)))))))).)))).....((((..((((((.(.((((((((((((((((....))))((((((((((.....))))))))))..))).))..))).)))).).))))))...)))).))))))))..))).).)))))))).......((....((((....)))).....)).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((({.((((({{.,,.....,.|,|||((((({,{{,((((((((,,,(((({.{{{(((({((((((((((((,..,(((((((((.((((((({,((({({,.....,.|,)).))),}....)))),))),))).))}}}}}...,)))),,,))})))))))){((((,,({{.....,{|}||,.,}...,|||}||,|||{||}}}.((((((((((((((.(((..,((((.....,......}.....)))),,.)))...))))))))))))))..,}||(((.|(((.((({.((({{{{(((((({{(((.(((.(((((((............((((((((({..((((....((((((((({.((({{.(((((((..((.(....}}),.))))))),}}}),,..})))..)))))).(((....))).......{(((((..(((.........))).)))))).,))))...})))))))))))).))).))).)))))))))){{({|.......((((.((((........)))).)))|(((.........)))|||}|(((((((((..({{.(((({{.{(((((...((((((((.(((((....((((((((....))))..{(((((.(((((.((((,(((((((..........))),..,{{|.{{{{{.....})))),}))|.(({..((((((.(((((((.((({{((,.......,,)})))).))))).........)),,))).)))..}}},...,}}))})).))))}.....((((((........))))))(((((((((......)))).)))))..}})))}....,||..{{{....)))...{(((((...)))))){((((((((.....(((((,,{.((((....)))).}..))))},.(((((.....)))))))))))))),.,..,|,....))))....)))))))))))))..)))))}..|,,,...,.....{{((({{(((.,(((.(({{{{||...||||.||,|{||...,,|{{{{{||{||||.,|.||,..,,||,,({{{,..{((((....))}}},.{{{|||||||,.{{{{|||.{{({{{|{{.(((,({{{.{{(,,.({{{{{{....(((.((.((((((((((,...{{.{({((.(((((((,((((((((({{{..{,||||||((({....}})}.(((((....)))))((((((.,....,))))))......{((((.,|,|{{{,..((((((({((...,,,))}.{({{{..,.{{......}}))})}.))))))),....(((.....)))...}))}},.)))}}(((.....))}.|}|{|,},,,)))))}}))||{,|||||{|||},.(((((((((.(((((((..(((((.((((({.(((((((((,,({..,,||{{........((((,{,.,|||,((((((.(((((.((((((((.((((...(((((..((.((((..((((({....))))))....,,})},,})..))))).)))).)))))))).(((((.,(((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((...))))))).}}{,,((((((({,.{{{{{{|.......{{(((((((((..(((.{({,{{{......,{{...,.,|{,{{,,(({{,....,(((((((((........))))))))))...},))),|,{,({.((((.(((((......))))).)))).}}|||||})))..})))))))}}}.((((((.,,..({({,,,{(({{{{,..,....((({.,.,,},.,.)))})},,)))))}}}))))((((((((.{{..(((((........)))))..,,.))).))))).((((((((({(((((((.((....)).))))))).....,{.{.((((....)))).}.}})))).)))))(((((((((......((((..((.((((.((((..((........})..)))).)))).))....)))).....)))).))))),,....|,....,.,||{|{{|{|||||,}......)))))}|||{((({{{,.....,,....,,.,,,,,....((((((((((...............)))))))))),,,))))))|{{{(.(({{,,..}))).)}})}......))))))).,}})}}))..,.{{{{.......|,,}},.,,,.,.,,)))))))))))))))))})})))))))).).))))))){{.......))....)))))...)))))),.))),)..))))},)))))))))})((((.{((((((((((((({({{.......))),))}),,}.....))))))).).))))..))).).)))))..)))}}))).)))))))))..|}|))}}}}.))),|{{{{(.,,,,....}})))),},,,|||}}}...,}).))})})))))))))))).)))...{({.{{{{{{{...{{{{{{{{|||,{{{,,.,,{..,||.,,,,,,{...,{{,,,..{{{{,{{({(({{,.,,,....,..|{{.....,}.|||,{||{|||,.,)}}}}||...}))}...,,,|}}|||.}||,||))}||,}..}}|.}}))}}}})})}}),}.,}),..)))))))}.}}})})),))).....{((,(({{...,)))).))))))))))..}}}.}}},|||,||(,(({(.({..{{{{{{,,..))).)))..}}||||||||}}}(((({{((((((....))))))))))).((((((((.((.({{..(((.,,((((...(((((((((({,.{{||...{{.....,,,||.,,)}))|||.}}}))))}...}}}}.))),},,.)})))))))),({{((.,,,.|||||,((.(((((.....))))).}}(((((((((.(((..(({...,))..)))...)))))))))))}}}}}}},|,,,|......,})))}{{{(,({{((,,,,,(({{{{(((((((({,.((((((((..(((((((({,,{{,.{,(((((,,{(,{,(((((,(((......))).|||||,.,,||,.}}}}},|{{{||}}.}))))||{{.{{{{{.,.|,{({{{{{..{{{.((((((.,..((((((.(.(..(((((({...}))))))..).).))))))....}.))))))....((((.(((((((((...})))))))).))))......,.|,((((((......)))))),{{......}}}.,))}.))})))),),.,)))},}))}((.(((((({....})))))).)).,{|(({||{{((|,,,{|,,.,|,..})}},}))})},}}}|||||||}}||,|,.,,)}}))))))))).)))))))).}}}}.}}}}}}....,{{{||||{{,|{,,|||,||,..,}.}.}))}.}),||||||||||||.((((((((((((((((((((((.((((.(((((((.((.((((({(.....}}.))))))))))).))).))))..))))))))}........}))))..)))).)))))((((.(((..(((((.,(((((((.(((..((((((((...(((,({..({((,(((((.,..(((((((........)))))))..,...))))).}}..,)}..)),))))).)))))))).))).))))},)).,.))))).))))))),||||||}}}}||,.,..,}}}||,,|||||,||}|,,|.,|}}}}))},))}}},.)))),,}}.))))||{{||,.,,},)))))}.}}}))))).,,)))..}||,,.,{,..{{.{{,((,(((....,{,,,...,,{,.....,|||,(((((..((.(((({.,.{((........})}..,,.))))},))..))))).})))))){{{||,,......}}})),.,,)))})).,))}..,))).)|||||,|||}|||..{{,,,(,,..{{{{.........)))).}}),))}.})})))..))))),)))}}....,,))))))))))))))))},}..{{(((((((.(((.....))))))))))}))}}}}}{{||,,|||{{{.{.((({{{{||||{((((....)))){(((((((((.....)))))))))),,))),),..))).}))).),)}}))),,,))}}|))))))))|,,,)})})))))))).......((....{{{{....)))).....)).......
Back