Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001037738.3
Sequence Length
1600 nt
GC Content
0.3956
CUUUCCCUGGUGUGAUUCCGUCCUGCGCGGUUGUUCUCUGGAGCAGCGUUCUUUUAUCUCCGUCCGCCUUCUCUCCUACCUAAGUGCGUGCCGCCACCCGAUGGAAGAUUCGAUGGACAUGGACAUGAGCCCCCUGAGGCCCCAGAACUAUCUUUUCGGUUGUGAACUAAAGGCCGACAAAGAUUAUCACUUUAAGGUGGAUAAUGAUGAAAAUGAGCACCAGUUAUCUUUAAGAACGGUCAGUUUAGGGGCUGGUGCAAAGGAUGAGUUGCACAUUGUUGAAGCAGAGGCAAUGAAUUACGAAGGCAGUCCAAUUAAAGUAACACUGGCAACUUUGAAAAUGUCUGUACAGCCAACGGUUUCCCUUGGGGGCUUUGAAAUAACACCACCAGUGGUCUUAAGGUUGAAGUGUGGUUCAGGGCCAGUGCAUAUUAGUGGACAGCACUUAGUAGCUGUGGAGGAAGAUGCAGAGUCAGAAGAUGAAGAGGAGGAGGAUGUGAAACUCUUAAGUAUAUCUGGAAAGCGGUCUGCCCCUGGAGGUGGUAGCAAGGUUCCACAGAAAAAAGUAAAACUUGCUGCUGAUGAAGAUGAUGACGAUGAUGAUGAAGAGGAUGAUGAUGAAGAUGAUGAUGAUGAUGAUUUUGAUGAUGAGGAAGCUGAAGAAAAAGCGCCAGUGAAGAAAUCUAUACGAGAUACUCCAGCCAAAAAUGCACAAAAGUCAAAUCAGAAUGGAAAAGACUCAAAACCAUCAUCAACACCAAGAUCAAAAGGACAAGAAUCCUUCAAGAAACAGGAAAAAACUCCUAAAACACCAAAAGGACCUAGUUCUGUAGAAGACAUUAAAGCAAAAAUGCAAGCAAGUAUAGAAAAAGCGCAUUGAACAGUCCUGGGCACUACAUGUAAAUUAAGCCCAAAGAUGGGGAGAAAGGAAAAGGAGAGACAAAUAUAGUCCAUACUGAGUGUCAUCAACAAUCCAGACUGAAGUCUUCUAUUUUAAUCUCAAUCCCCUUUUCUGAUUUGCCACCCAUGCCUCUUCAGGCUGGAAACAAUCUCUUGGUUCCCUAAAGCACUUUCUUCUGACUGCUGUGAUUCAGUGAACCUUGCCCUUUGCUUUCUAUUACUUGUGCAUUUGCCUCACCUGACAAUGUUUUAAAUCGCCUUUGUAUCUCCUUAGCUGCUCAAUAAAUAUUUGAAUGCAUCAAUUAAGAAUGUAUGUGACAAUAAUUUUGAAAUGGAAAUUGUGAGGUUUAUUUUACUAGGUUAUUGGAGGCAGUUAAGUUUCUUAAUGCUAUACCUGAUUCUGCCAAAGUCCCUUGGACAUUUGAAAACCUUUUCAAUCUUUUAAAAAUGCAUAAAAGAUACUUAGAGGGAAAGGUAUUAAUUAAAUUUAGUAAAAACAAAUAUAUUCAAUGCUUUAAAUUCCAAAGUAGUGAUAAAUACAAACAUUUCAAGAUAUUUGCAAUAGUAAUGUUUUGAAAUUUUGGUUACAAAGUCACAGGUCUUGCCAAUACUGUUGUAGUUUCUUGCCUAUAUCCGUAAUUUGAAGGAAAUGGUGAGAGUGAUUAGAGAAGUGUAAUUACUGUAAUUUUUUCCCCUAUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-392.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -426.69
Frequency: 0.0000
Diversity: 327.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.....(((((((((.(((((.....(((((((....)))))))....(((((((...(((((((((.............((.((((...(((..(((........))).))).)))).))....(((......)))....((...((((((((((((..........)))))).))))))..)).....)))))))))...)))))))....((((((((..(((....((((.....))))))).))))))))..))))))))))))))......))))...((((((.(((((((((((((.(((((.((((.((..(((((((.............((((...(((((.((.(((.((((((((.(.(((............))).).))))))))..))).)))))))))))))))))).)).))))))))).)).))).((((((...(((((.(((((((((.(((((.((..((..((((.(((((((.......((((((....((((((((((..((((((....)).))))(((((((((..(((((.(((((.......(((...(((.((((.(((...........(((((((((((.((((.....((.((.((((((((.((((((......((..(((........))).)).........((((.....))))..((((........((.((....))))........))))......)))))).)))))))).)).))..)))).(((((......)))))......((((((......((((...........)))).....)))))).............(((....)))..((((((.(((((((.............(((.(((((................)))))..)))(((((...(((((((...(((((.....(((((.....(((......)))........)))))..)))))...))))..)))...))))))))))))))))))....))).))))))))...........))))))).)))......)))))))).)))))...((((.....)))))))))))))...)))))))))).))))))))))))).))))..))....)).)))).....).))))))))))))))))))))((((.......))))(((((((......).))))))(((((.((((((((......))))))))........((((((((((((...((((((......))))))((((...((((((........((((((((...)))).))))....(((((...((((((((........))))))))....)))))...))))))..))))))))))))))))..........(((.((((((.......)))))).)))......((((.(((((((((((((.((....)))))))))))))))))))........))))).(((...)))........)))))))).))))))................(((((.(((.(.((((((((.(....).)))))))).).))).))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{.....(((((((({{(((((,.((.{((((((....)))))))}}.,(((((((...(((((((((.............((.(((({{{{{{..(((........))).))).},))},),}|.(((......)))....{,...((((((((((((.,......,.)))))).))))))..,,.....)))))))))...)))))))....((((((((..,(({...((((.....))))))))))))))))..))))))))))))))...,..}}}}...((((((.(((((((((((((.(((({,((((.{{..(((((((...,,,,,.....{(({...((((,,((.(((.((((((((.(.{((............))).).))))))))..))).)))))))))))))))))).,}.))))))))).)).}},,((((((,..{(((,,(((((((((.{((((.((,.((..((((.{((((((.......((((((....{(((((((({..((((((....)).))))(((((((((..(((((.{((({......{{{{...(((.((((.(((...........(((((((((((.{{{(.....((.((.((((({((.((((({..,,..((..(((........))).)).||,.,{..||||.,,,,||,,..((((........{(,{{....)}}}........)))).....}))}}}}.)))))))).)).)}..}))}.{((((......})))}.......,((((......||||...........}))}..,.|))))||......,......(({....}))..((((((.(((((({.,.,,........||,.(((((................)))))..,,,(((((,..,((((((({{(((((.....(((({....,{{,.|||..,},.,..,...))))}..))))})).))))..}))...)))))))))))}))))))....))).)))))))).....,.....))))))).)))......)))))))).)))))...({{{.....)))))))))))))...,))))))))).))))))))))))}.))))..))....}).)))).....}.))))))))))))))))))))|(((.......)))}{((((((......),}))))}(((((.((((((((......))))))))...{{{,.{(((((((((((...{{,(((,.,{{{|,,,))}}}}}}}{(((((..,{{...((((((((...)))).))))....(((((,,.((((((((........))))))))....}))))}},))))))..,,..))))))))))))...,,,....(((.((((((.......)))))).)))...,..((({.((((((((((({({((....)))))))))))))))})))..,.,...))))).(((...)))....,,.})))))))).))))))................(((((.{((.{.((((((((.(....).)))))))).}.))).))))).......
Back