Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001039503.3
Sequence Length
2149 nt
GC Content
0.6342
AGCUAGGAACUGCUGGCUAGGGCAAGCAGACAGCUGAAUCCUAGCCAACUGGAGGUGGAGCAGAGGUGGAGCCAGGGAGACCCAGGUGGCCUCUCUCAGAGUGGAGCACAGGUGGCAGAGUGGCCCGGGGCAGCAUGAAGUGGUGCUGGGGCCCAGUGCUGCUCAUCGCGGGUGCCACAGUCCUCAUGGAGGGUCUUCAAGCCGCUCAGCGUGCCUGUGGACAGCGUGGCCCCGGCCCCCCCAAGCCUCAGGAGGGCAACACAGUCCCUGGCGAGUGGCCCUGGCAGGCCAGUGUGAGGAGGCAAGGAGCCCACAUCUGCAGCGGCUCCCUGGUGGCAGACACCUGGGUCCUCACUGCUGCCCACUGCUUUGAAAAGGCAGCAGCAACAGAACUGAAUUCCUGGUCAGUGGUCCUGGGUUCUCUGCAGCGUGAGGGACUCAGCCCUGGGGCCGAAGAGGUGGGGGUGGCUGCCCUGCAGUUGCCCAGGGCCUAUAACCACUACAGCCAGGGCUCAGACCUGGCCCUGCUGCAGCUCGCCCACCCCACGACCCACACACCCCUCUGCCUGCCCCAGCCCGCCCAUCGCUUCCCCUUUGGAGCCUCCUGCUGGGCCACUGGCUGGGAUCAGGACACCAGUGAUGCUCCUGGGACCCUACGCAAUCUGCGCCUGCGUCUCAUCAGUCGCCCCACAUGUAACUGUAUCUACAACCAGCUGCACCAGCGACACCUGUCCAACCCGGCCCGGCCUGGGAUGCUAUGUGGGGGCCCCCAGCCUGGGGUGCAGGGCCCCUGUCAGGGAGAUUCCGGGGGCCCUGUGCUGUGCCUCGAGCCUGACGGACACUGGGUUCAGGCUGGCAUCAUCAGCUUUGCAUCAAGCUGUGCCCAGGAGGACGCUCCUGUGCUGCUGACCAACACAGCUGCUCACAGUUCCUGGCUGCAGGCUCGAGUUCAGGGGGCAGCUUUCCUGGCCCAGAGCCCAGAGACCCCGGAGAUGAGUGAUGAGGACAGCUGUGUAGCCUGUGGAUCCUUGAGGACAGCAGGUCCCCAGGCAGGAGCACCCUCCCCAUGGCCCUGGGAGGCCAGGCUGAUGCACCAGGGACAGCUGGCCUGUGGCGGAGCCCUGGUGUCAGAGGAGGCGGUGCUAACUGCUGCCCACUGCUUCAUUGGGCGCCAGGCCCCAGAGGAAUGGAGCGUAGGGCUGGGGACCAGACCGGAGGAGUGGGGCCUGAAGCAGCUCAUCCUGCAUGGAGCCUACACCCACCCUGAGGGGGGCUACGACAUGGCCCUCCUGCUGCUGGCCCAGCCUGUGACACUGGGAGCCAGCCUGCGGCCCCUCUGCCUGCCCUAUCCUGACCACCACCUGCCUGAUGGGGAGCGUGGCUGGGUUCUGGGACGGGCCCGCCCAGGAGCAGGCAUCAGCUCCCUCCAGACAGUGCCCGUGACCCUCCUGGGGCCUAGGGCCUGCAGCCGGCUGCAUGCAGCUCCUGGGGGUGAUGGCAGCCCUAUUCUGCCGGGGAUGGUGUGUACCAGUGCUGUGGGUGAGCUGCCCAGCUGUGAGGGCCUGUCUGGGGCACCACUGGUGCAUGAGGUGAGGGGCACAUGGUUCCUGGCCGGGCUGCACAGCUUCGGAGAUGCUUGCCAAGGCCCCGCCAGGCCGGCGGUCUUCACCGCGCUCCCUGCCUAUGAGGACUGGGUCAGCAGUUUGGACUGGCAGGUCUACUUCGCCGAGGAACCAGAGCCCGAGGCUGAGCCUGGAAGCUGCCUGGCCAACAUAAGCCAACCAACCAGCUGCUGACAGGGGACCUGGCCAUUCUCAGGACAAGAGAAUGCAGGCAGGCAAAUGGCAUUACUGCCCCUGUCCUCCCCACCCUGUCAUGUGUGAUUCCAGGCACCAGGGCAGGCCCAGAAGCCCAGCAGCUGUGGGAAGGAACCUGCCUGGGGCCACAGGUGCCCACUCCCCACCCUGCAGGACAGGGGUGUCUGUGGACACUCCCACACCCAACUCUGCUACCAAGCAGGCGUCUCAGCUUUCCUCCUCCUUUACCCUUUCAGAUACAAUCACGCCAGCCACGUUGUUUUGAAAAUUUCUUUUUUUGGGGGGCAGCAGUUUUCCUUUUUUUAAACUUAAAUAAAUUGUUACAAAAUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1002.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1036.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 656.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((((((((((..(((.....)))...))))))))....(((((.(((((((.(((((....((((((.((.....)).))))))..((((((.((((..(((((....(((...(((((.((((((.((((((((((...)))))))))))))).))(((.(((((...((((...))))((((.((.(((((...))).)).)).))))...)))))))).))))).)))((((((....((((.......(((.((((((((((.((((.((((((..((((((..(((.....)))..).)).)))..))).(((.((((.....)))).)))(((..(((((((((((.(.(((.....((((((.(((.............(((((((.((((((..((((((((..(((((...((((...(((((((...(((.....)))...)).)))))))))...)))))..))))))))..))))))...)))))))(((((((..((((((((((((((((((((((..(((.....(((((((((((((....(((((((((......((((((.(((((((.((((..((..((((.(((((.((((((((((...((((.((...)))))).......((((...)))))))).))))))))))).))))..))((((........))))....(((((((((((....((((.......(((((.((((((((..((((((.(((((..(((.((((((((.((((((((((((((.....))...))))))))))))((((.((((.(((((((........))))))))))))))).....((((((......)))))).((.((((((....)))))).)).........(((((((((((((((..((((((.....(((((..((((..(((.(((.....))).))).))))...))).)))))).))....)).))))..))))))))).((((((.(.(((....)))).)))))))))))))).)).)..))).)).)))))))))...))))).)))))......))))....)))))..))))))((.((((.((((.(((.((.((((((....))))))..)).)))...)))))))).)))))).)))))))...))))))..)))))))))..))))((((.((((((((((.....((((......)))).....(((..(((((......((((((((((.....))))))))))((.((((((((((.........))))..))))))..))(((......))).((((..((((((((.((((((.(((...))).)).))))...))))..)))).))))....((((((((..(((((((((..((...(.(((.((((..(.((((...)))).)..))))))))))..))))).)))).)))))))))))))..))).)))))))))).))))))..)))))))....)))..)))))))))))))..)))....)))))).)))))))(((((...)))))..(.((((((((.(.(.(((..((((((.((((((((.(((.((...)).))))))...))))).)))))))))).).)))))))).))))..))))))..))).).)))).)))))))..)))))).)))).)))).)))))).)))......))))))))))..((((((((((((..((((........))))......)))))((((((((((..((((..(((((((.......)))))))))))((((.....((((....)))))))).........)))))))).)).....))))))).((.(((((((((((..(((......))).))))......))))))).)))))))..)))))))))).))))))))).((...((((((((....))))))))....)).....(((((....)))))((......))..))).)))))....((((((((((.(((((............))))))))))).............))))...))))))..))))..................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{(((((((((((((((((..(((.....)))...))))))))....(({((,(({(({(,({(({,{..{((({({(({,,,{||{|||}|||,{({(((.(({(,,({(((....({({{.(((((.({(((,,((((((((((...)))))))))))))).}|(((.(((((.{{((((...))))((((.((.(((((...))).)).)).)))).,}))))))))}|||||,||,,{,{{{.},.||||......}|||}{|||{{{|{{,||||,|{{{||,.|{||||},|||..{,{|||,.,.,,.}}},.)))}||(,({{{.,,,.)))),)))||{..{(((((((({{.{.{{{.....{|||||}||,..,,,..{||,..{((((((.((((((..((((((((..(((((.,,((((...(((((((...(((.....)))...)).))))))))).,,)))))..))))))))..))))))...))))))){||||{{,,|{|||||||{||{|||||||||,,|{{.....(((((((((((((,{{{(((((((((......((((((.(((((((.(((((({(((((((,,((((.((((((((({{{{,,,({(..{,,,||||{{{,...((({...}))),,,).))))}},|})|,)},,}}}.|||..}}}.}}}}.)}.}}}|,{|}.}))))(((....)))...,{{((((.{|((({{{..((((((.(((((,,(((.((((((((,((((((((((((....,......,))))))))))))||{{,((({.{((((((,.......})}))))))))})))|....((((((......)))))),|{.((((((....)))))).}).,..,....(((((((((((((((.{((({(({{...(((((..(,(({{(((.,,,..,}})))}}),.))))},.))).}))))).)}..,.)).))))..))))))))).((((((.{.(((....)))}.)))))))))))))).)).),.}))))),))))))}))}},,)))).))})).,|{{{||||{...}{|||{{..,)))}).|)}}}||||||,|}}|||||(((,....|||,|{{{{{,||,..)}.)))))),))))).)))))))...))))))..)))))))))..}}},{{((.(((((((((({{{..((((,,,,,,|}||,{{|.{{{,,(((({,,,,,.((((((((((.....))))))))))((.((((((((((.........))))}.})))))..))(((......))).((((..((({(((({((((((.(((...))).)).)))).}})}}}..)))}.)))),{.{((((((((..(((((((((..((...(.(((.((((..(.(((,...)))}.)..)))))))}))..))))).)))).)))))))))))}}..|||{|}}}}}}})),))))))..))))))).,,.))),.}}))))))))))).,|||,,,.}||||}.}||||||(((((...)))))..{,((({(((({(.,.{((..((((((.((((((((.(((.{{...}}.))))))...))))).)))))))))|,|{|}}}})))})))}.|})))))..}|||},}}}|,|||||||,,||,,}|,|||},||||||}|||,.||,......}})),,)))}},|{{||||{{|||}}((((........)))).,,,.,)))))||||||,{{{,.{{{{,,(((((((.......)))))))}})|||||.....((({....)))))))),)})},|,.|||||}}},||.{{..,})),)),{|||||{{||||||,,.||}}.}},))),}))}..{|..||}}}}})),}))}),,))}))))))),))}}})))),||..,|||||||{.,,,)}}}},})},,.,}.....(((((....)))))((......))..}}}.}}}}}....{{{(((((((.((({{..,,........)))))))))))}............)))))}.}))))),,)))}..,,,..,,,...........}},....,,....
Back