Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001040666.2
Sequence Length
2313 nt
GC Content
0.3865
UUCUGCUAUAGAGAUGGAACAGUAUAUGGAAAGCUCCCAAGAAAGUGAAGAGAGGAAAUUGGAAAAUUGUGAGUGGACCUUCUGAUACUGCUCCUCCUUGCGUGGAAAAGGGGAAAGAACUGCAUGCAUAUUAUUCAGCGUCCUAUAUUCAAAGGAUAUUCUUGGUGAUCUUGGAAGUGUCCGUAUCAUGGAAUCAAUCUCUAUGAUGGGAAGCCCUAAGAGCCUUAGUGAAACUUUUUUACCUAAUGGCAUAAAUGGUAUCAAAGAUGCAAGGAAGGUCACUGUAGGUGUGAUUGGAAGUGGAGAUUUUGCCAAAUCCUUGACCAUUCGACUUAUUAGAUGCGGCUAUCAUGUGGUCAUAGGAAGUAGAAAUCCUAAGUUUGCUUCUGAAUUUUUUCCUCAUGUGGUAGAUGUCACUCAUCAUGAAGAUGCUCUCACAAAAACAAAUAUAAUAUUUGUUGCUAUACACAGAGAACAUUAUACCUCCCUGUGGGACCUGAGACAUCUGCUUGUGGGUAAAAUCCUGAUUGAUGUGAGCAAUAACAUGAGGAUAAACCAGUACCCAGAAUCCAAUGCUGAAUAUUUGGCUUCAUUAUUCCCAGAUUCUUUGAUUGUCAAAGGAUUUAAUGUUGUCUCAGCUUGGGCACUUCAGUUAGGACCUAAGGAUGCCAGCCGGCAGGUUUAUAUAUGCAGCAACAAUAUUCAAGCGCGACAACAGGUUAUUGAACUUGCCCGCCAGUUGAAUUUCAUUCCCAUUGACUUGGGAUCCUUAUCAUCAGCCAGAGAGAUUGAAAAUUUACCCCUACGACUCUUUACUCUCUGGAGAGGGCCAGUGGUGGUAGCUAUAAGCUUGGCCACAUUUUUUUUCCUUUAUUCCUUUGUCAGAGAUGUGAUUCAUCCAUAUGCUAGAAACCAACAGAGUGACUUUUACAAAAUUCCUAUAGAGAUUGUGAAUAAAACCUUACCUAUAGUUGCCAUUACUUUGCUCUCCCUAGUAUACCUCGCAGGUCUUCUGGCAGCUGCUUAUCAACUUUAUUACGGCACCAAGUAUAGGAGAUUUCCACCUUGGUUGGAAACCUGGUUACAGUGUAGAAAACAGCUUGGAUUACUAAGUUUUUUCUUCGCUAUGGUCCAUGUUGCCUACAGCCUCUGCUUACCGAUGAGAAGGUCAGAGAGAUAUUUGUUUCUCAACAUGGCUUAUCAGCAGGUUCAUGCAAAUAUUGAAAACUCUUGGAAUGAGGAAGAAGUUUGGAGAAUUGAAAUGUAUAUCUCCUUUGGCAUAAUGAGCCUUGGCUUACUUUCCCUCCUGGCAGUCACUUCUAUCCCUUCAGUGAGCAAUGCUUUAAACUGGAGAGAAUUCAGUUUUAUUCAGUCUACACUUGGAUAUGUCGCUCUGCUCAUAAGUACUUUCCAUGUUUUAAUUUAUGGAUGGAAACGAGCUUUUGAGGAAGAGUACUACAGAUUUUAUACACCACCAAACUUUGUUCUUGCUCUUGUUUUGCCCUCAAUUGUAAUUCUGGAUCUUUUGCAGCUUUGCAGAUACCCAGACUGAGCUGGAACUGGAAUUUGUCUUCCUAUUGACUCUACUUCUUUAAAAGCGGCUGCCCAUUACAUUCCUCAGCUGUCCUUGCAGUUAGGUGUACAUGUGACUGAGUGUUGGCCAGUGAGAUGAAGUCUCCUCAAAGGAAGGCAGCAUGUGUCCUUUUUCAUCCCUUCAUCUUGCUGCUGGGAUUGUGGAUAUAACAGGAGCCCUGGCAGCUGUCUCCAGAGGAUCAAAGCCACACCCAAAGAGUAAGGCAGAUUAGAGACCAGAAAGACCUUGACUACUUCCCUACUUCCACUGCUUUUUCCUGCAUUUAAGCCAUUGUAAAUCUGGGUGUGUUACAUGAAGUGAAAAUUAAUUCUUUCUGCCCUUCAGUUCUUUAUCCUGAUACCAUUUAACACUGUCUGAAUUAACUAGACUGCAAUAAUUCUUUCUUUUGAAAGCUUUUAAAGGAUAAUGUGCAAUUCACAUUAAAAUUGAUUUUCCAUUGUCAAUUAGUUAUACUCAUUUUCCUGCCUUGAUCUUUCAUUAGAUAUUUUGUAUCUGCUUGGAAUAUAUUAUCUUCUUUUUAACUGUGUAAUUGGUAAUUACUAAAACUCUGUAAUCUCCAAAAUAUUGCUAUCAAAUUACACACCAUGUUUUCUAUCAUUCUCAUAGAUCUGCCUUAUAAACAUUUAAAUAAAAAGUACUAUUUAAUGAUUUAACUUCUGUUUUGAAAUGUUGUAUACACGUGGAUUUUUUUCUCAUUAAAUAAUAAUUCUAGUAUUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-596.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -640.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 629.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((.((((..((.....((((((................(((((((((((....(((((...((((((((((.((((....((.((..(((......)))..)).))..)))).....((((((((((((...(((((........)))))......((((.((((((..((.(((.(((((((((.......)))))))))))).)).))))))((((((((((((...))))).)))).))).((((((((((((.(((((((.((((((((((.......)))))(((((((((.(((((....)))))..(((((((..((.....(((......)))))..)))))))..((((((((...((((((.(((((((....(((((((.....((((((.((((.....))))....((((.(((((((...((((((((...))))))))((((.((((..((.(((((((((((..((((((((((((((......(((((((((((...((((((((((.(((..........((.((((......)).))))...(((((.(((((......(((..(((((......((((((((((...)))))))))))))))..)))))))))))))))).))))))))))..(((((((.(((((.((((((((((.((((((.((............))))).........))))))))))))).))((((.((((...))))..))))...))).))))))).......(((((((((..((.................))..).)))))))).((((((.(((((((((((((((((((.(((.(((((((((...................)))))))))......)))...)))..........((.((....(((((((..(((.....))).)))))))....))))....))))))))))))))))..)))))).......)))).))))))).....(((((((((((..............(((((((((....(((....)))..)))))).((.(((.((((((.((((.((((((.(((((((....))))))))))))).)))).))).))).))).))....)))((((((....((((((..(....(((((((....)))))))....)..))))))))))))((((.........))))..(((.......)))((((((((..(((((((........)).)))))...(((.......))).(((((..(..........)..)))))......((.(((((((((((...))))...))))))).)).((((((((((((((((((......((...((((((((((((....))))((.((((((........)))))).))....))))..(((((((((((((..(((((.(((..........))).)))))...))))))).......)))))).(((((..(((.(.....).)))..))))))))).)))))))))).))))))))))....(((........)))...))))))))..)))))))))))..........)))))..)))).)))))..))))))).))))..))..))))))))..)))))).)..))))((((...(((.((((((.(((((((......(((((..((......))..)))))...))))))).((((...))))...))))))))).))))......))))))...))))))).))))))))))).)).(((.......))).)))))))))))))))))......))))))))))))................(((((....((.(((((.((((........))))....)))))))....))))))))))))))))).))))(((((.......)))))..........(((((....)))))........))))))))))))...........(((((((........))))))).))).))))))))))))..........(((((.(((((((...)))))))..))))).......)))))))))))..(((((((((((..(((((.........)))))..)))...............))))))))))))))......))..))))))))((((((..((((((((((((((..(.((((...(((....)))...)))).)..)))).)))))).))))...))))))..........(((((((.((....)).)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((({.(((({{((.....((((((..........,{..{((((((((((({....(((((,..{(((((({{{...,,....,{.{({({(({{....,,..})))))}.|||,.,,..(((({{((((((,,.(((((........)))))...,..|,||,((((((..((.(((.(((((((((.......)))))))))))).)).))))))((((((((((({...}))))}}))).))).((((((((((((..((((.{(((({(({((({,.,,{,||||{{(((((((({{{((({,{,...(((((((((((,,(,.....,{{....,,,,,,,..))))))).)))).||||}},}},....|||})}}}}|,..{{{.(((((((((,{({{{((((,{{(({(,.,.,((({.(((({....((((((((...))))))))......{{({(,({..........}}.})))),,,..}}})))))))}}},,|{({,...,|}||||{|||.|||,.,,,,.))))))))).,},.,,.{{{{{{{{.,((((.(((((......(((..(((((......((((((((((...)))))))))))))))..)))))))))))}||||{||||},|||||}|,||||||||.(({(,,(((((.,.({{.(((((......{{(({{,.({(....((((({....))))))..}))...}))}}}.....(((((......)))))............,(((((((({..{{..............,,.,,..},)))))))|.((((((.((((((((((((((((.{..,((.{(((((({,...............,,..}}}}}}|}}.......},..,}}}.,........,|,||,,..(((((((..(({.....))}.)))))))....,)).....))))))))))))))))..)))))).|,||,,.{{{|.,.)))),,,)))),.))))).}}}.}}}}}.....))))((((((....(((....)))..)))))).((.,((.((((((.((((.((((((.(((((((....))))))))))))).)))).))).))).))}.))...,{{|{||}||..,,,,,,}|,|||,,,(((((({....}||})}}.{{((((((((...(((((.....(((......{{....,}.(((((,{,(((((.((((.(((((,,........}..)))))((((((.((((..(((((((((({{{{(..((({((((,{,({{{,...,,.{{{,,(((((({..||,,.,{||||||,.,..}}}}}}}|((((((((,...,,,}}}}}}.,..||..}}||}}}.,|,.{{.((((((........)))))),)),,,...(({{((((((((((((...{((((,{{{,.............,,,{{{{{.(({{,,...,{{{...,,...}}}|.{((((....((((({....))))))...))))),.)))).))))))))}},,}||,........}))}}}.,})))})}}))))|||||,}|{,{(((..(((.((((((....)))))))))}))).}})}}}||}})))...))))),|||,,||||}.{{{{{..,(({,{((({{.{||{|||,,....{{{{|,,||,,,.,,}),.|||}|,.,|}}}}},.||{{...)))),,,))))))))).)))))...)))))}............,))))..))))..).)))))........)))).))))),},.))))).))).....)))))...)))))))}|}}...}}}}}}}),,,}}}},|||}}}}},......}}))))}).)))))..}}))))))).))))))))))))...,.(((((.......))))).},.......|{{((,,,,|||}}..,},,,,)))|||||||},...}}}},,,.(((((((........))))))).)},.})))))))))))...,,}.,,,|||||.(((((((...))))))).,)))}}.......}}}}}}}}}},..{((((((((((..(((((.........)))))..))}..............,}))))))})))))).}}})}))..)))}}}||((((((..((((((((((((((..{.((((...(((....)))...)))).)..)))}))))))).))))...)))))),.........,{{{{{{.,,....}}.))}}}},
Back