Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001042.3
Sequence Length
3375 nt
GC Content
0.5677
GUCUUUUCCCCCAGCCCCGCUCCACCAGAUCCGCGGGAGCCCCACUGCUCUCCGGGUCCUUGGCUUGUGGCUGUGGGUCCCAUCGGGCCCGCCCUCGCACGUCACUCCGGGACCCCCGCGGCCUCCGCAGGUUCUGCGCUCCAGGCCGGAGUCAGAGACUCCAGGAUCGGUUCUUUCAUCUUCGCCGCCCCUGCGCGUCCAGCUCUUCUAAGACGAGAUGCCGUCGGGCUUCCAACAGAUAGGCUCCGAAGAUGGGGAACCCCCUCAGCAGCGAGUGACUGGGACCCUGGUCCUUGCUGUGUUCUCUGCGGUGCUUGGCUCCCUGCAGUUUGGGUACAACAUUGGGGUCAUCAAUGCCCCUCAGAAGGUGAUUGAACAGAGCUACAAUGAGACGUGGCUGGGGAGGCAGGGGCCUGAGGGACCCAGCUCCAUCCCUCCAGGCACCCUCACCACCCUCUGGGCCCUCUCCGUGGCCAUCUUUUCCGUGGGCGGCAUGAUUUCCUCCUUCCUCAUUGGUAUCAUCUCUCAGUGGCUUGGAAGGAAAAGGGCCAUGCUGGUCAACAAUGUCCUGGCGGUGCUGGGGGGCAGCCUCAUGGGCCUGGCCAAUGCUGCUGCCUCCUAUGAAAUGCUCAUCCUUGGACGAUUCCUCAUUGGCGCCUACUCAGGGCUGACAUCAGGGCUGGUGCCCAUGUACGUGGGGGAGAUUGCUCCCACUCACCUGCGGGGCGCCCUGGGGACGCUCAACCAACUGGCCAUUGUUAUCGGCAUUCUGAUCGCCCAGGUGCUGGGCUUGGAGUCCCUCCUGGGCACUGCCAGCCUGUGGCCACUGCUCCUGGGCCUCACAGUGCUACCUGCCCUCCUGCAGCUGGUCCUGCUGCCCUUCUGUCCCGAGAGCCCCCGCUACCUCUACAUCAUCCAGAAUCUCGAGGGGCCUGCCAGAAAGAGUCUGAAGCGCCUGACAGGCUGGGCCGAUGUUUCUGGAGUGCUGGCUGAGCUGAAGGAUGAGAAGCGGAAGCUGGAGCGUGAGCGGCCACUGUCCCUGCUCCAGCUCCUGGGCAGCCGUACCCACCGGCAGCCCCUGAUCAUUGCGGUCGUGCUGCAGCUGAGCCAGCAGCUCUCUGGCAUCAAUGCUGUUUUCUAUUAUUCGACCAGCAUCUUCGAGACAGCAGGGGUAGGCCAGCCUGCCUAUGCCACCAUAGGAGCUGGUGUGGUCAACACAGUCUUCACCUUGGUCUCGGUGUUGUUGGUGGAGCGGGCGGGGCGCCGGACGCUCCAUCUCCUGGGCCUGGCGGGCAUGUGUGGCUGUGCCAUCCUGAUGACUGUGGCUCUGCUCCUGCUGGAGCGAGUUCCAGCCAUGAGCUACGUCUCCAUUGUGGCCAUCUUUGGCUUCGUGGCAUUUUUUGAGAUUGGCCCUGGCCCCAUUCCUUGGUUCAUCGUGGCCGAGCUCUUCAGCCAGGGACCCCGCCCGGCAGCCAUGGCUGUGGCUGGUUUCUCCAACUGGACGAGCAACUUCAUCAUUGGCAUGGGUUUCCAGUAUGUUGCGGAGGCUAUGGGGCCCUACGUCUUCCUUCUAUUUGCGGUCCUCCUGCUGGGCUUCUUCAUCUUCACCUUCUUAAGAGUACCUGAAACUCGAGGCCGGACGUUUGACCAGAUCUCAGCUGCCUUCCACCGGACACCCUCUCUUUUAGAGCAGGAGGUGAAACCCAGCACAGAACUUGAGUAUUUAGGGCCAGAUGAGAACGACUGAGGGGCCAGGCAGGGGUGGGAGAGCCAGCUCUCUCUACCCGGCCCAGAGACCCCUUCCUUUCCUCUGCAGCACUUUAACCCUCUCUUCCCUAUUAUUUCCGGGUGGAAAAGAAUCCCUGCAGCCUGGUAGAAUUGGGAAGCUGGGGGAAGGGUGGUCUGAGCACCCCCUCAUUCCCCUCGUGUGACUCUCUUGGAUUAUUUAUGUGUUGUGGUUUGGCCGUGGCCAUCAGGGUGGGCCACUCUCCCCUCCCUCUUCCUUCCCCCAUCCCCUUUCCUCCCCACCUUCCCCAGACUCAGCUCCAGAAUACCUUCUUCGCUGCUAGAGAAGGGGGAUUGGAGGGAAGACAGGUCUAGACUUUCUCAGUGGGACAAACCAGAGCAGAGAGCAGGACAGGAGACAAGAAAUCCAGUUUCCCACCACCUUGGACUCCUCCCACAAUCUGGGACUUUCACUGAAUUCUUGCCACGCAGACUCUGGGCAAAGGGGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUCGAGUGCAGUGGCGUGAUCUUGCUUCACUGCAAGCUGUCUCCCAGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCGGAGUAGCUGGGACUACAGGCGCAUGCCACCACACCUGGCUAAUUUAUUUUGUAUUUUUAGUAUAUACGCGGUUUCACCAUGUUAGCCAGAAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCGUGAUCUGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCGAAGGGAGUUCUCUCUUGACCCCUGCAGGGAAAAGGACUCACCUCCCUCACUGCAGGCUCAGCCUUCCAGGGCAAGAGGGAACAGGAAAGUAUGUGCCCAUGUGUGGCAAGAUGGAAGGACGGCAGGCUCCCGCCUCUAGGCUUGGGGCUCUACCCCGAUGGUUUCCCAAGGCUGCCAAGAAGGAGCCCUAACUUUCUUCCUCUCCCUUCCUGGAAGGGUGCUGCAUCCACAGGCUUUUGACCAACUAAGGCAAAGAGGGGAUUUGAAAGGCUGCCUGGAAACACUGGGCUGGGAGGAGCCUUUGGAUAUUUUUAUAUACGUUUGAAAAGGGGAUUGAGAGAAGAAACCAAAGGUCGGUUGUACUAAAUGUAUAUAUAUAGAUACUUCUAUAAAGUCACUGCUGAAGACAAGCAUCCUAUUGUGGAGGUACUUGAGGAUGGGCUGAGACAGGGACCAUAACUCUUCACCCCUCUUCCUCCCUCUGUCCUGCCUCAGCUCAAGGCCUCAGAAUCUUCUGGAUGCCAUUGCUCAUGCCCCUACUCACAUUUCUACUCGUUGCUUUAUUAAUAGUAAAUGCUCAAUAAAUUGUAGCUGCCAGUGCCGGGCAUUGCUCUUGGCAUUUGCAGAAUACUCACUCUGUGAGGGAGGUGUCAGCCCAUGUCACAGAUGGGCAGUGAAACCCAUGAUAGGGGCACUCUUCACCAGGGACACAGCUGGAGACAUGGCAGCAAGGAUGCCAGGCCCUGCCCACGGCCCCACAUCCCCUCCUCCCCACCUUCAACAGUGAGUUACUAGCGAUUCUCCAAAACAGAAGAGAUGGAGACCAAGACCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1352.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1409.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 831.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((((((((.......((((((..(((((((((.((((((.....(((((((((((.(((((..((((((((....))))))))..))))).))))....)))))))....(((((.(((((...)))))....)))))((((((...))))))(((...(((((((.((((((((..(((((((((((((..(.(((....))))..)))).)).)))).............)))..))))))))))))))).)))..((((((((.((((((....)))))))))))))).......))))))...))))))).)).))))))......(((((((((..............(((((((((.((((..(((((.....((((((((...((((.((.((((((((((((((..........))))).))))).))))..)).))))..((((((....(((((((......(((((((.(((((((...(((((((((((((((((........).))))))...)))))))...))).))))))).))).((((((.(((((.(((((((((((((((..(((.(((...))).)))..))))))))))(((((.(((((.((((((((.((.((((((..(((((((.(.((((....((((..((((....))))))))..(((((((......)))))))...)))).)))))))).)))))).........((((((((((.(((((.(((..((((......))))((((((((..((.((((((.((((((((.(((((((...)))((((((((((((((((..(((.((((.((((......)))).)))).)))(((((((((((((.(((((((....))).((((....((.....)).....))))(((((((((((.....))))..))((((...)))).)))))((((((...((((((((((((.(((((.((.((((...(((((.(((((((((.(.((((...)))).).)))))))))))).((((.((((.......)))).)))).........))..)))).)).))))).)))))))).))))..)))))).((((((...((........)).)))))).)))).))))).))))))))((((((...((((((....)))))).))))))(((.....)))...(..((((........))))..)..(((((((((..(((....)))..)))))))))....)))))))).))))).))))))).)))))...((.(((.(((.(((((.(((((....)))))))))).))).))).))........((((.(.(((((....))))).)))))........(((.((((((.(((..(((.....)))....))).)))))).)))..)))..)))))))).)))))))))))))))).)))))))))))))))))..))).)))))..)))))....))))).)....)))).)))))))))))))))))))))))))))))))..........((((.....))))..))))).))))...)))))))))..(((((.(((((..((.(((((.(((.((((............(((((((((((........(((((((...)))).))).(((.((((((((((((.....(((......((((.((.(((((...((.(((((((...(((..(((((((((((....))))).)))))).)))(((((.............)))))(((((((((..((((..((((((.(((....(((((((((......))).....))))))...))).))))))..))))..))))))..))).....))))))).))..))))).)).))))......)))....))))))).))))).)))((((((.........))))))(((..(((...((((((((((...((((((((((((..................((((...((((....))))..))))..)).)))))))))).)))))))))).)))...))).....(((((((((....(((((...(.(((.((..((((((((..........))))))........))..)).))).)....)))))...)))))))))..((((((((((((.....((((((.................................((((((((((((((((((.(((...(((((.(((.((((((((((((.(((((......)))))(((.....)))..)))))))).....)))))))))))).))))).))).))))))...(((....))).......(((((((((......(((((.........))))).(((...)))..)))))))))....)))))))..(((((.((((.......((((((((((((((.....)).))))))....((((((((......))))))))....((((((.....((((...(((....)))...)))).....))))))....))))))...((((....))))..))))...))))).......))))))))))))))))))))))))).))))))))))).))))).))..)))))))))))))))))))((((((..((((.(((.((((((........))))))(((((((....((((...(((((...))))).))))..((((.((......))))))))))))).......))).))))))))))...)))))))).)))((((((((...(((((.((..(.(((....))).)..)).)))))....))))))))....(((((.....)))))..((((((....))))))..(((.(((.((((((...((.(((((((((((((((.((((((...((((.(.(((((((...........................)))))))).))))...)))))))))))......((((((((((((..((..((((((.((((..((...((((...(((((........)))))..............)))).))..))))..)))))).))...)))))))..)))))..(((((...)))))...(((.(((((((((.......))))))..))).)))))))))))))))..)))))).))).)))...(((((.(((..((.((...(((((...((((........))))...))))).))))....(((........))).))).)))))...((((((............))))))..)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((....((((.(((((((((((((({((((({(((((({.{{{{||,,,,,|||||{{((((.(((((..((((((((....))))))))..))))).)))),.,,||||||}....(((((.(((((...)))))....)))))((((((...))))))(((...(((((({{((((((((..((((((({(((((..(,(({....}))),.))))}}).}))),........,...)))..))))))))))))))).)))..((((((((.((((((....)))))))))))))).......))))}|...}))}}}}.)}.....))),,|||{{{,(((({{,....,)))))....(((((((..{,.,..((((((........))))))((({.((.((((((((((((((..........)))))},)))).))))..)).))),.,((((((...,.((((((((........(((,((((({(...(((((((((((((((((........,,))))))...)))))))..,))).}||||||,|}|{{{{{{.{({(((({{{((((((((((((..(((.(((...))).)))..))))))))))}.|...||}|||...{(((..((.((((((..(((((((.(.((((...,((({..((((....))))})))..(((((((......)))))))...)))).)))))))).))))))...))..)))}..)).))))}}}}}|||}}},|||,,.||{||{|.,,,|||{{.{{||||||.,,.)))})))}))))}},)))))))).}.....)))))},.(((.((((.((((......)))).)))).)))(((((((((((((.(((((((....))}.((((....,,.....}}.....))))(((((((((({..,.,|}}}..}}{{||...,))).)))))((((({...((((((((((((.(((((.((.((((...((((,{(((((((((.(.((((...)))).).)))))))))))).((((.((((.......)))).)))).........))..)))).)).))))).)))))))),))))..)))))).((((((...((........)).)))))).}))).))))).))))))))((((((.,.((((((....)))))),))))))(((.....))).,}}.))))))))}})})))})),},)))))))))))))))))....)))).(((((((((.((((...((.(((.(((((.(((((((((((((((((((..((.((((.{.(((.{.((((((.((((.((((((((.(((..{,,.(((,,(.(((((....))))).))))),.......|,|.,.(((((((((.......((((({,......))))))).......))))))).}}...},}))}))))))))))).)))).),..))))).}.))),)))).)).))))))..)).))))(((((((((.(((((((((((..,.(((((((((.(({(({.((((...{,.(({{{{||(((({((,{,,,{,{,,{({,,{{{{,.,,{{{,...,,,.,,,,||||||((..{.,,{,.,,|...,,,,}})}}.,,...,}}....}},||||,..}))),))))))}}}}}))))))).)))}...))).}}.)))))))......,...,...{((((({{.(((..(((((((((((....))))),)))))).)))..}.}.))))))))...))))))))))).......((((((..(((.....(((((((((((....(((((((({((((,((((((..,(((((((((((((((((((.(((......))))))}..,))))|{{.{{{,.,(((({,|..,,.....,.{(((.(((((((.({{({((({,..,,|,|||}}}}..,.,||{,|,((((((((((...(((((((((({(,.............,...((((...((((....})))..))))..,)})))))))))).)))))))))}.}}|,,,,|{{{.,,,,}}||)},)}}}))).})})})}}}.||.,)}{||||,..,....}}}))))))}},{,...})|.....{((({.....))))).,,||,..,...((((((((((((.....((((({.,||{,{{{,,,......................,{{({,{{||||{(({{.{((,,,(((((.(((.((((((((((((.(((({...,,.))}}}{{|.....)))|.}))))))).....}))))))))))|.}||||.,||||||,,,.,,((({,,,{|,.{,....(((((((((......{((((.......},)}}}|.(((...)))..)))))))))...|||{.|{{{{.,..},,,}}),}}}},}||||{|{||||{{||,..}}.}})))),...{(((((((......))))))))}}},}})||(((((((((((.{(({(((((,({..,((,....,}))),)}.))))))||...||||....)))))))))))))),))},,,},,,)))))})))))))))))),|||||{{.(,.{((({{{.|||,.,,|}|{(((((..,,.}}}}},,))},))))))}.)))}}},{,,||||,,....),))))))}...((((((...)))))).))))),....,,}}||((((.((......)))}))),))))))))......)))))))))))....)))..)))))).((((((((...(((((.,{..(.(((....))).)..,,.)))))....))))))))....(((((.....)))))..((((((....))))))..(((.(((.((((((,,,((((((......{(((((.{(((((,.{((((,({({(((((,..........................},,})))),)}))}},))))}},))))},.,,}}}},))))))..,,}....((((((((.(({,,,,,,,,,..,(((((........))))),.||{,{,.....,),}}{(((.((((((((({...))}),})))))).))))....(((({.,,|}))),,.(((.{{,((((((.,...,.))))))..})}.}})}.))))))))))}.)))))).))).)))...))))))))).(((((.......)))))(((...)))))))))).))))).))).))..)))}.........,.({({{......}}}}},,......,},.)))))))))............
Back