Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001042422.3
Sequence Length
2629 nt
GC Content
0.6470
GAGGCCGUGCCCCACAUCCAGGCAGCGCAGGCCGCGGGCCGCUCCCCUAGCCAGGAAGAGCCGCCGUCCGCACCGGGACCGGAGAGGAAGCGGAGGUGAGGCGGAACCAACCCUCCUGGCCAUGGGAGGGGCCGUGGUGGACGAGGGCCCCACAGGCGUCAAGGCCCCUGACGGCGGCUGGGGCUGGGCCGUGCUCUUCGGCUGUUUCGUCAUCACUGGCUUCUCCUACGCCUUCCCCAAGGCCGUCAGUGUCUUCUUCAAGGAGCUCAUACAGGAGUUUGGGAUCGGCUACAGCGACACAGCCUGGAUCUCCUCCAUCCUGCUGGCCAUGCUCUACGGGACAGGUCCGCUCUGCAGUGUGUGCGUGAACCGCUUUGGCUGCCGGCCCGUCAUGCUUGUGGGGGGUCUCUUUGCGUCGCUGGGCAUGGUGGCUGCGUCCUUUUGCCGGAGCAUCAUCCAGGUCUACCUCACCACUGGGGUCAUCACGGGGUUGGGUUUGGCACUCAACUUCCAGCCCUCGCUCAUCAUGCUGAACCGCUACUUCAGCAAGCGGCGCCCCAUGGCCAACGGGCUGGCGGCAGCAGGUAGCCCUGUCUUCCUGUGUGCCCUGAGCCCGCUGGGGCAGCUGCUGCAGGACCGCUACGGCUGGCGGGGCGGCUUCCUCAUCCUGGGCGGCCUGCUGCUCAACUGCUGCGUGUGUGCCGCACUCAUGAGGCCCCUGGUGGUCACGGCCCAGCCGGGCUCGGGGCCGCCGCGACCCUCCCGGCGCCUGCUAGACCUGAGCGUCUUCCGGGACCGCGGCUUUGUGCUUUACGCCGUGGCCGCCUCGGUCAUGGUGCUGGGGCUCUUCGUCCCGCCCGUGUUCGUGGUGAGCUACGCCAAGGACCUGGGCGUGCCCGACACCAAGGCCGCCUUCCUGCUCACCAUCCUGGGCUUCAUUGACAUCUUCGCGCGGCCGGCCGCGGGCUUCGUGGCGGGGCUUGGGAAGGUGCGGCCCUACUCCGUCUACCUCUUCAGCUUCUCCAUGUUCUUCAACGGCCUCGCGGACCUGGCGGGUUCUACGGCGGGCGACUACGGCGGCCUCGUGGUCUUCUGCAUCUUCUUUGGCAUCUCCUACGGCAUGGUGGGGGCCCUGCAGUUCGAGGUGCUCAUGGCCAUCGUGGGCACCCACAAGUUCUCCAGUGCCAUUGGCCUGGUGCUGCUGAUGGAGGCGGUGGCCGUGCUCGUCGGGCCCCCUUCGGGAGGCAAACUCCUGGAUGCGACCCACGUCUACAUGUACGUGUUCAUCCUGGCGGGGGCCGAGGUGCUCACCUCCUCCCUGAUUUUGCUGCUGGGCAACUUCUUCUGCAUUAGGAAGAAGCCCAAAGAGCCACAGCCUGAGGUGGCGGCCGCGGAGGAGGAGAAGCUCCACAAGCCUCCUGCAGACUCGGGGGUGGACUUGCGGGAGGUGGAGCAUUUCCUGAAGGCUGAGCCUGAGAAAAACGGGGAGGUGGUUCACACCCCGGAAACAAGUGUCUGAGUGGCUGGGCGGGGCCGGCAGGCACAGGGAGGAGGUACAGAAGCCGGCAACGCUUGCUAUUUAUUUUACAAACUGGACUGGCUCAGGCAGGGCCACGGCUGGGCUCCAGCUGCCGGCCCAGCGGAUCGUCGCCCGAUCAGUGUUUUGAGGGGGAAGGUGGCGGGGUGGGAACCGUGUCAUUCCAGAGUGGAUCUGCGGUGAAGCCAAGCCGCAAGGUUACAAGGCAUCCUCACCAGGGGCCCCGCCUGCUGCUCCCAGGUGGCCUGCGGCCACUGCUAUGCUCAAGGACCUGGAAACCCAUGCUUCGAGACAACGUGACUUUAAUGGGAGGGUGGGUGGGCCGCAGACAGGCUGGCAGGGCAGGUGCUGCGUGGGGCCCUCUCCAGCCCGUCCUACCCUGGGCUCACAUGGGGCCUGUGCCCACCCCUCUUGAGUGUCUUGGGGACAGCUCUUUCCACCCCUGGAAGAUGGAAAUAAACCUGCGUGUGGGUGGAGUGUUAGGACCAACGGUUUCCUAGGAGUAUGUGGUUUUGCUGUGUGGCCUGUGUCCUGACUCGCACGUCUGCUGAUGGCCUGGCUGUUCCUACCGUGGCUCUGUCCUCGCCAGCUUUCCCUGCAGCGGCAUAGCAUUCGUAGCAGGGGCAGGCGCUGCAUGGAGGGGGCUGCGGGGCAGGUGCCUGGAGGCCGCUGUGCCAGGGUGGCCUCUGAAAUGUGCCAGGGAGCCCCUACGUGGUGGUUAGAUGGGAGCUGAGGUGGAACAAGCCACUUUAUUCACUGCUGUGUUUAAGAAACAGGACCCUCCUGCCUUCCCUUUUUCGCCCCUCUGCCUGGCUGGCAGUGUGCGUGGUGUGGUCAGUGCCCAGGGCUGGUCUUUGCACCCUGUCCUCCAUCCAGCCCGGCCCAGCGCUUGGGCUUGUCCUGGACACCUAACACCCACCUGCCCUCGUGGCCAGCAGUGGCCUGCGUGGCUGGGAGCCCGGUCAGAGGCCGCCGGGGCCCUCAGUAGGUGCGUCGUGGGCGCUGGGGACGGCAGCGGGUGCCCUGGCGGGCCGCGUGCAGCCGGAGAGAUGCCAUGUCCCUGCUCCUCUGCAAUGAAAAGCAAGCGAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1244.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1290.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 834.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((.((.......))..)))).))))((.(((.((((.(((....)))..)))).)))((((......)))).((((((((.((.(((((.(((.((.......)).))).))).(((((((((((((((((.(((((((((((((.(.(((((.......))))).).).))))))).(((((.......)))))..))))))))))).))))))))))).(((((....)))))..)).)).))))))))..(((((...(((((((....((((((((((..........))))..)))).))....))))).)).....)))))..(((((((((...((((.(.((.((((((((..(((((..((..((((.(((((((.(((.((((..(((((...(((......((((.((((((.(((.(((.......))))))))).))).))))((((((....)))))).....((((((((((.(((.....)))..)))))))).)).......(((((((.......)))))))((((((((((((.(.....((((((.(.(((((((((.((......)).))))).)))).).))))))))))))).)))))))))))))).)))))))))))))).))))..)).......(((((.((((((((.(..((.(.((((.((((.((((((..(((((((((.(((((((.((((((....)))).)).)))))))(((..(((((.((((((((((((((......)))).(((((.(((((((..(((((....(((((((((((...)))))))))))..(((((.....)))))(((((.((((.(((((.....))))).)))).)))))((.(((((((((((((((((((((((.((((.(((....((((((.....(((((((.((.(.((.((((((.....)))))).)).).)).)))))))(((.......)))..((((((((((((((((((....(((((..(((((.((.((((((...))))))..))(((((.((((((((.....)))))))).)))))....((((((((.(((((((..(((.((.((..((((.(((((....((((((((((.....)))))))))).......((..((((((((......))))))))..)).(((((.(((((....((.(.((((.(((((.(((((((.....)))))(((((.....((((((.....).)))))..))))).)).))))))))).).))))))).)))))........))))).))))..)).))..)))..)))).))).).)))))))(((((........))))))))))..))))))))))))))...((((((.(((.(......).))).)).))))((((..(((((.((((((((..((((...))))..........)))))))).)))))..)))).......(((((((..(((((......))))).)))))))...)))))))))..))))))(((((...)))))..............((((......))))((.(((((.(((((((...)))))))..))))).)).(((((.....))))).)))...)))).)))))))))))((((((((..((((((...(((((.((((...((((((........)))))).(((....(((...))).))).(.(((((.(((((((.(((((((((((((...)))))))((..(((((.(((.(.(((....))).)))).))).))..))........)))))))))))))))))).).(((.((((((.((((..(((.((....)).))))))))))))).))))))).)))))...))))))........)))))))).)))).)))))..))).)).(((((.((((((.(.((...((....))...)).).).))))).)))))((((((((..((((...((..(.((((........)))).)..)).))))))))))))..)))))...)))).)))))))).........((((((((((.(((..((..(((((((((((.((((........)))).))))))).))))...))..))).)))))))))))))))))))).))))).)))........(((((((((((......(((.(((..(((((((((((.(((.(((.(((((.((((((((......))))))))..(((....))).........(((((...)))))..))))).)))..)))((.((((.((((((((((.(((.(((((((((.(((.((((((((((((.((..((.................))..)).))))).)))))))))).))...)))))....)).)))))))).....))))))))).)).))))))))..)))..))))))))))))))))))))).)))))...)))))).)))).)))).).))..)))))))))))))).)))))..)))))))))).).))))..))).))))))((((..((......))..)))).))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((((.((({(.(.(({{(((((((((((((((((((((((((((..(((.{,.(((((((((((((((...(((.(((((((((,,(,((((((,{((((((............((((.{((((((((((((((({(((((((((((((,.(.(((((,{....}))))).).,.))))))}.(((((.......)))))..})))))))))).)))))))))))(((((({((,|{({((...|{,,.((({,...)))})},{((((((((,...{((({.(((({({({{...,{||.,(((|....,,,))))})}))||,.,})}...{{({,(({({,{((.{,{,,{{|,|,}}.,}.,)))||...(((((((((((((...(({,((((((.(((.{(((((((.(({.(((((((((({.(({.,.....|{,|{|,,....})).|||..((((((....))))))......(((((((((.(((,...,)))..))))))))),)).))))))))).}...)).))....))))).))).)))))))))..))))))))))))).))}}))})})}}))))))))))))|((((((((((((((((,({({,{{,||,{(,((((({,{{,||{||{{||||{,.|{{{{,...|||||||||||,||......}},}}|,|,|.}}))),),,}}}}))}}}})})))))}..}.)))))}}))))))))))|((((((((...((((((,,,,(({{.......})))....))))))(((((((({(((((....(((((((((((...)))))))))))..(((((.....)))))(((((.{...(((((((((.......((((...(((((.(((.........))))))))))))))))))))).,)))))......,......,,)))))}..))))))))...))))))))))})))))))))))).))))....))))))))))))).,.,)))))}}..|,},.,,..)))))).))))))..)))))})))).))))))).)}....})))))).)))))))).||||{........(({..(((((((......))))))),}})))}}...{.(((((((((({...,)))))))))),.........,(((.(((...)))))))))))))),,)))}|),)}.))))|.((,{.(({(((((((.(((((((.....))))}(((((.{,..((((({.....).))))),}))))).)).))))))))).).}),}((((((((((((....(((((((((,(..{(((((((......)))))))|(((,...{(((((...((.((((..(((((.......((((((.(((((,...{((((((((((..((.....,})..)))))))))))))))).))))))...))))).)))).)).....(((((..(((...))).)))))....,.....,,,..)))))))))},.},))))))}}))))))))))))))...,..}})}}}..((((((((.((((({.......,,({,..{{,,}}|((((((.((.(((....((((.(((((((((((.({(((({{{{.{{|,,||{{....}}||||}||{.{((((((.(((....))).))))))}||...,{|||{{((((((........))))),,)))},,..}}},})}}}.((((((,,(((({{(((((.(((({({{{((({((((({(({,(,{({{((.(((.,.((({{{.|,,{{((((((((({.....,,{{,,{.(((.(((((((((((((.((....((((,.{((((.{((.{{.({.{((({....)))))))}.}}))).)))))))))....)).)))))..)))))))))))))))))))))))))).)),,..}|||||{,||},}}.,}}|}.......,}.{{{{|{||||||||.,,((((,({,{{((|..|{.,|,||||,,,))...,))))).,)))))},|}}}||}),}||||}|(((((((.((((((((.(((,({((((.(((((,..,,,.{((({(,..((((((.((((........}))).))))))|{{|{|{{{{(..,..,,,((((((((((((((((..,((((((((((.,...,.)))))))))),..,.(({((((({{((((|...{{|,|||,.,|,,(((.({{({{((((......)))))||{..(((....)))..))}{,..(((((...)))))..,}}||....,{||}||,||(((.{{{{||}}|.|.|||,||{{{|||||||.|}},|{|||||.,,..|||},.})).,.....))))))}}}|))},)}},})))))}.,))))).)))....,,..))))))))).))))))).)))))}}))))).})))|))))))))))).)),))).))))))))).)))))))))),))))}))))))))))).)))))))))).,)))))).))))))...))))).))))....))).)).))))))},}..}},)))))).)))))))).....
Back