Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001042423.3
Sequence Length
2662 nt
GC Content
0.6450
AGUCAGUUAGGUAACAGGCCACGGGCCCCGGGCUCAGGCCACUGCACGGACCCAGGGAACGGGCUGACAGUCCAGCAGAGGCCUCAGCGAGGCGGCGGCGCUGCGCACAAACCUGAGGACCUAGGCGGGUGAGGCGGAACCAACCCUCCUGGCCAUGGGAGGGGCCGUGGUGGACGAGGGCCCCACAGGCGUCAAGGCCCCUGACGGCGGCUGGGGCUGGGCCGUGCUCUUCGGCUGUUUCGUCAUCACUGGCUUCUCCUACGCCUUCCCCAAGGCCGUCAGUGUCUUCUUCAAGGAGCUCAUACAGGAGUUUGGGAUCGGCUACAGCGACACAGCCUGGAUCUCCUCCAUCCUGCUGGCCAUGCUCUACGGGACAGGUCCGCUCUGCAGUGUGUGCGUGAACCGCUUUGGCUGCCGGCCCGUCAUGCUUGUGGGGGGUCUCUUUGCGUCGCUGGGCAUGGUGGCUGCGUCCUUUUGCCGGAGCAUCAUCCAGGUCUACCUCACCACUGGGGUCAUCACGGGGUUGGGUUUGGCACUCAACUUCCAGCCCUCGCUCAUCAUGCUGAACCGCUACUUCAGCAAGCGGCGCCCCAUGGCCAACGGGCUGGCGGCAGCAGGUAGCCCUGUCUUCCUGUGUGCCCUGAGCCCGCUGGGGCAGCUGCUGCAGGACCGCUACGGCUGGCGGGGCGGCUUCCUCAUCCUGGGCGGCCUGCUGCUCAACUGCUGCGUGUGUGCCGCACUCAUGAGGCCCCUGGUGGUCACGGCCCAGCCGGGCUCGGGGCCGCCGCGACCCUCCCGGCGCCUGCUAGACCUGAGCGUCUUCCGGGACCGCGGCUUUGUGCUUUACGCCGUGGCCGCCUCGGUCAUGGUGCUGGGGCUCUUCGUCCCGCCCGUGUUCGUGGUGAGCUACGCCAAGGACCUGGGCGUGCCCGACACCAAGGCCGCCUUCCUGCUCACCAUCCUGGGCUUCAUUGACAUCUUCGCGCGGCCGGCCGCGGGCUUCGUGGCGGGGCUUGGGAAGGUGCGGCCCUACUCCGUCUACCUCUUCAGCUUCUCCAUGUUCUUCAACGGCCUCGCGGACCUGGCGGGUUCUACGGCGGGCGACUACGGCGGCCUCGUGGUCUUCUGCAUCUUCUUUGGCAUCUCCUACGGCAUGGUGGGGGCCCUGCAGUUCGAGGUGCUCAUGGCCAUCGUGGGCACCCACAAGUUCUCCAGUGCCAUUGGCCUGGUGCUGCUGAUGGAGGCGGUGGCCGUGCUCGUCGGGCCCCCUUCGGGAGGCAAACUCCUGGAUGCGACCCACGUCUACAUGUACGUGUUCAUCCUGGCGGGGGCCGAGGUGCUCACCUCCUCCCUGAUUUUGCUGCUGGGCAACUUCUUCUGCAUUAGGAAGAAGCCCAAAGAGCCACAGCCUGAGGUGGCGGCCGCGGAGGAGGAGAAGCUCCACAAGCCUCCUGCAGACUCGGGGGUGGACUUGCGGGAGGUGGAGCAUUUCCUGAAGGCUGAGCCUGAGAAAAACGGGGAGGUGGUUCACACCCCGGAAACAAGUGUCUGAGUGGCUGGGCGGGGCCGGCAGGCACAGGGAGGAGGUACAGAAGCCGGCAACGCUUGCUAUUUAUUUUACAAACUGGACUGGCUCAGGCAGGGCCACGGCUGGGCUCCAGCUGCCGGCCCAGCGGAUCGUCGCCCGAUCAGUGUUUUGAGGGGGAAGGUGGCGGGGUGGGAACCGUGUCAUUCCAGAGUGGAUCUGCGGUGAAGCCAAGCCGCAAGGUUACAAGGCAUCCUCACCAGGGGCCCCGCCUGCUGCUCCCAGGUGGCCUGCGGCCACUGCUAUGCUCAAGGACCUGGAAACCCAUGCUUCGAGACAACGUGACUUUAAUGGGAGGGUGGGUGGGCCGCAGACAGGCUGGCAGGGCAGGUGCUGCGUGGGGCCCUCUCCAGCCCGUCCUACCCUGGGCUCACAUGGGGCCUGUGCCCACCCCUCUUGAGUGUCUUGGGGACAGCUCUUUCCACCCCUGGAAGAUGGAAAUAAACCUGCGUGUGGGUGGAGUGUUAGGACCAACGGUUUCCUAGGAGUAUGUGGUUUUGCUGUGUGGCCUGUGUCCUGACUCGCACGUCUGCUGAUGGCCUGGCUGUUCCUACCGUGGCUCUGUCCUCGCCAGCUUUCCCUGCAGCGGCAUAGCAUUCGUAGCAGGGGCAGGCGCUGCAUGGAGGGGGCUGCGGGGCAGGUGCCUGGAGGCCGCUGUGCCAGGGUGGCCUCUGAAAUGUGCCAGGGAGCCCCUACGUGGUGGUUAGAUGGGAGCUGAGGUGGAACAAGCCACUUUAUUCACUGCUGUGUUUAAGAAACAGGACCCUCCUGCCUUCCCUUUUUCGCCCCUCUGCCUGGCUGGCAGUGUGCGUGGUGUGGUCAGUGCCCAGGGCUGGUCUUUGCACCCUGUCCUCCAUCCAGCCCGGCCCAGCGCUUGGGCUUGUCCUGGACACCUAACACCCACCUGCCCUCGUGGCCAGCAGUGGCCUGCGUGGCUGGGAGCCCGGUCAGAGGCCGCCGGGGCCCUCAGUAGGUGCGUCGUGGGCGCUGGGGACGGCAGCGGGUGCCCUGGCGGGCCGCGUGCAGCCGGAGAGAUGCCAUGUCCCUGCUCCUCUGCAAUGAAAAGCAAGCGAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1260.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1310.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 666.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((((((..((((((((((((((((((((((.(((..(((........))).....((((((...(.(((.(((.(((((((..(((((((((.(((.(((((((....((((((....(((.((.((((.(.......))))))).))).(((((((((((((((((.(((((((((((((.(.(((((.......))))).).).))))))).(((((.......)))))..))))))))))).))))))))))).(((.((((...((((((.((((...((((..((.(((((((((((((((..((.((.((((((((.((.......((((.....))))))))).))))))).))..)).(((((((.(.((.((((((((.((......))))))...(((((((((((((...(((.((((((.(((..(((((((.(((.((((((((((..(((.......((((((......))).)))..((((((....))))))......(((((((((.(((.....)))..)))))))))))))))))))))).)...)).))....))))).))).)))))))))..))))))))))))).)))))).).))))))))))))))))......((((....)))))))).))..)))).))))))))))...)))).))).))))))...(((((((....)))))))..)).)))))))))))))).))).))))))).))).))).).)))))).)))))))))))))))((((((....((((((....((((.......))))....)))))).))))))...........(((((((((((...)))))))))))..(((((.....)))))(((((.((((.(((((.....))))).)))).)))))((.(((((((((((((((((((((((.((((.(((....((((((.....(((((((.((.(.((.((((((.....)))))).)).).)).)))))))(((.......)))..((((((((((((((((((....(((((..(((((.((.((((((...))))))..))(((((.((((((((.....)))))))).)))))....((((((((.(((((((..(((.((.((..((((.(((((....((((((((((.....)))))))))).......((..((((((((......))))))))..)).(((((.(((((....((.(.((((.(((((.(((((((.....)))))(((((.....((((((.....).)))))..))))).)).))))))))).).))))))).)))))........))))).))))..)).))..)))..)))).))).).)))))))(((((........))))))))))..))))))))))))))...((((((.(((.(......).))).)).))))((((..(((((.((((((((..((((...))))..........)))))))).)))))..)))).......(((((((..(((((......))))).)))))))...)))))))))..))))))(((((...)))))..............((((......))))((.(((((.(((((((...)))))))..))))).)).(((((.....))))).)))...)))).)))))))))))((((((((..((((((...(((((.((((...((((((........)))))).(((....(((...))).))).(.(((((.(((((((.(((((((((((((...)))))))((..(((((.(((.(.(((....))).)))).))).))..))........)))))))))))))))))).).(((.((((((.((((..(((.((....)).))))))))))))).))))))).)))))...))))))........)))))))).)))).)))))..))).)).(((((.((((((.(.((...((....))...)).).).))))).)))))..((((((((.((..(((....)))..))))))))))...))))))))))..))))))).)).(((.(((((.(((((((((((((((.(((.(((((((...((.(((((((((((((((.((((........)))).))))))).))))....((((..(((((((.(..((((.((....((((((((((.......))))))))))...)).))))..).))))))).)))).)))).))...))))))).)))))))).))))..((((..(((....)))..))))...((((((((..(((((.(((((....(((((...(((.((((((((((.(((.(((((((((.(((.((((((((((((.((..((.................))..)).))))).)))))))))).))...)))))....)).)))))))).....))))))))(((((((.(.(((((((....)))))))))))))))(((.(((((....))).)).))).)))))..))))).))))).))))..))))..))))))).(((((..((((((..((...))..)).)))).)))))......)))).))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.({.(((((((..((((((((((((....((((.((((((.((,...{(,(((((((.((((((((...(((((.((..((((((.(((.((((....)))).))).....((((.((.((.(((.((((..((.....)).)))).))))))).)))).)))))).)).)))))(((((((((((.(((.....((((((((.((((((((((((((.(((((((((((.{((((((.((((......(((((..(((({.(((((....||}}|,,,..|,|,{{{,,...}))||{{{......))))}}))))..)))}}..)))).)))))){(.(((((((((..((((((((((.((((({{(.((((((({(((((({{{({(.{({{{(,,,{{|||....(((((((((((((...(({,((((((.(((.{(((((((.(({.(((((((((({.(({.......|{,|{|,,....})).|||..((((((....))))))......(((((((((.(((,...,)))..))))))))),)).))))))))).}...)).))....))))).))).)))))))))..))))))))))))).(((((..,.}}})}||,|||||{.(((((((((((((((((,({({,{{,||,{(,((((({,{{,||{||{{||||{,.{{{{{,..,|||||||||||,||......}},)}|,|,|.}}))),),,}}}}))}}}})))))))}..}.))))),,)))))))))))}(((((({...((((((,,,,{(((.......})))....)))))){|{{((({,{({((....(((((((((((...)))))))))))..(((((.....)))))(((((.(...(((((((((.......((((...(((((.(((.........))))))))))))))))))))).,)))))...........,,{{}|||||,,|||||}}|{..,|||||}(((((({((({{(((({((,......}})),,)))),,,.||||||{||,,,.{{{{{..{||||.{{.((((((...})))))..}}(((((.((((((({.....}))))))).)))))....((((((((.(((((((..(((.((.((..((((.(((((..{.((((((((((,...,)))))))))),...{({.{.((((.(((...))))))).)}}),}},.(((((.(((((....((.(.(({({(((((.(((((((.....))))}(((((.{,..((((({.....).))))),}))))).)).))))))))).).))))))).)))))...,....))))).))))..)).))..)))..))))}})).)})))))))(((((........)))))))))),,)))))|||||}|||||.}}}|||||{{|||,}}|,.}}}}}))}})|}||||,}|||||,|{||||||..((((...)))).......,}})))))))),)))))..}})).}......})))},,)))),.})))).)))))))))).....))))))))).)}{.{(((((,...{.(((.,{.......,,))).,.,,.))))))}.,).))))}})))))).)))))))))))))),{,,.(({((((,{{.(((..((({....})))}})|}|.{((((((.(((....))).))))))}||....,,}||||||(((,,.,,,.,|||}}..)))).,..))).}}},,..)))))))){((((((((.((((((({(((((.,,||||}}}{{..{((((.{({.{.(({...,|||,,|||,}}}.}}..,,........)}))))})))))))))))||||,|..{||,,.,,))),})),)))))))))))))))..))))))))....))))))).))...,)))))))).)))).,|||....(({{{{{,.,,))|||{|}}.{((((((({.,,.,,.,{........,)}.},.}.)))))))}.,.,(((((({,({..(((....)))..}))))))))))}.,)))))))))..))))))).}}.(({,((((,.{((((((((((((((.(((.(((((((,,,,(,((((,(,,(((,((({(((,{...{{.,||,,.,,,))))},),)}}}}||,|},(((((((.(..((((.((....((((((((((.,...,.))))))))))}..)).))))..).))))))).,,}),)))}.})},.))))))).)))))))),,)))..{(((..(((....)))..))))...(((({(((,.(((((.(((((....(((((..,(({{((((((((((.(((.({(((((((.(((.((((((((((((.{,..((....,|........,,,))..}),}})}).)))))))))).)).,.})))}...})).)))))))).....))))))))(((((((.{.(((((((....)))))))))))))))(((.(((((....))).)).))).)))))..))))).))))).)))},.))))..))))))||{((((..((((((..{{...}}..)}.)))).)))),.,,...)))).))).....
Back