Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001042518.2
Sequence Length
1405 nt
GC Content
0.4897
AAGCAAGUGUCAGGGCUCACCAACCAUGCAAGGACAGGGCAGGAGAAGAGGAACCUGCAAAGACAUAUUUUGUUCCAAAAUGGCAUCUUACCUUUAUGGAGUACUCUUUGCUGUUGGCCUCUGUGCUCCAAUCUACUGUGUGUCCCCGGCCAAUGCCCCCAGUGCAUACCCCCGCCCUUCCUCCACAAAGAGCACCCCUGCCUCACAGGUGUAUUCCCUCAACACCGACUUUGCCUUCCGCCUAUACCGCAGGCUGGUUUUGGAGACCCCGAGUCAGAACAUCUUCUUCUCCCCUGCGAGGAUCAACAGCCAUGUGAAAAAGAAGACCCAAGGGAAGGUUGUAGACAUAAUCCAAGGCCUUGACCUUCUGACGGCCAUGGUUCUGGUGAACCACAUUUUCUUUAAAGCCAAGUGGGAGAAGCCCUUUCACCCUGAAUAUACAAGAAAGAACUUCCCAUUCCUGGUGGGCGAGCAGGUCACUGUGCAUGUCCCCAUGAUGCACCAGAAAGAGCAGUUCGCUUUUGGGGUGGAUACAGAGCUGAACUGCUUUGUGCUGCAGAUGGAUUACAAGGGAGAUGCCGUGGCCUUCUUUGUCCUCCCUAGCAAGGGCAAGAUGAGGCAACUGGAACAGGCCUUGUCAGCCAGAACACUGAGAAAGUGGAGCCACUCACUCCAGAAAAGGUGGAUAGAGGUGUUCAUCCCCAGAUUUUCCAUUUCUGCCUCCUACAAUCUGGAAACCAUCCUCCCGAAGAUGGGCAUCCAAAAUGUCUUUGACAAAAAUGCUGAUUUUUCUGGAAUUGCAAAGAGAGACUCCCUGCAGGUUUCUAAAGCAACCCACAAGGCUGUGCUGGAUGUCAGUGAAGAGGGCACUGAGGCCACAGCAGCUACCACCACCAAGUUCAUAGUCCGAUCGAAGGAUGGCCCCUCUUACUUCACUGUCUCCUUCAAUAGGACCUUCCUGAUGAUGAUUACAAAUAAAGCCACAGACGGUAUUCUCUUUCUAGGGAAAGUGGAAAAUCCCACUAAAUCCUAGGUGGGAAAUGGCCUGUUAACUGAUGGCACAUUGCUAAUGCACAAGAAAUAACAAACCACAUCCCUCUUUCUGUUCUGAGGGUGCAUUUGACCCCAGUGGAGCUGGAUUCGCUGGCAGGGAUGCCACUUCCAAGGCUCAAUCACCAAACCAUCAACAGGGACCCCAGUCACAAGCCAACACCCAUUAACCCCAGUCAGUGCCCUUUUCCACAAAUUCUCCCAGGUAACUAGCUUCAUGGGAUGUUGCUGGGUUACCAUAUUUCCAUUCCUUGGGGCUCCCAGGAAUGGAAAUACGCCAACCCAGGUUAGGCACCUCUAUUGCAGAAUUACAAUAACACAUUCAAUAAAACUAAAAUAUGAAUUCAUCUGUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-432.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -457.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 306.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((...((...........))...)))).((((((.((..(((((((((((((((..(((((((...)))))))...))))........(((((.((((((((..........((.((((((.(((.(.((((.((...((((((.(((.(((((..........((.(((........))).)).....(((((((..(((((.........)))))...(((((((.((((((.......))))((((((((((((......(((((((.....((((((.....(((.((........)).))).....))))))..(((((...((((((....)))))).....)))))...))))))).....((((((....)))))).....))))))))))))(((((((..((..(((((...............)))))..)))))))))...)).))))))).(((((((.(.((((.((((..((((.((((((..(((((((((((((((.(.........)))))).))))))))))...)))..).)).))))...)))).))))))))))))..((((((((........)))))))).))))))))))))....))).)))...))).)))))).))))...)))))))).....((((((..(((.((.((((((((...(((....)))....)))))))))).)))....))))))........(((.((((((.(((((......((((...))))...))))).))))))..)))...))))))))..))))).)))))))))))..((((.((((..(((((((((((((.((..(((((((((((((((((((.......)))..................((((.((.((((((.(((...............))))))))).)).))))...((((.(((((............((((((((((((.(((((..(((((((..(((((......)))))...))))))).)))))...))).))...))).))))....(((....)))..........((((...((.(((((..........)))))))..))))...((((((((......))))))))..((((((((........)))...))).))....))))).))))(((....))).........................))))))))))))).)))..))..)))..))))..))))))..)))).)))).(((((((..(.(((((((((((((.(((...)))))))))))))))).)..)))))))(((..(((.......)))..)))...........(((((..............))))))).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,,.,{(({.,,{{...,,..,,.,))...}}}}.((((((.((,.(((((((((((((((..(((((((...)))))))...))))........(((((.((((((((.,,,,,.....({((((((.{((.(,((((,({...((({{(.(((.(((((||........{{.{{{.,,.....,})|)|.....(((((({..(((((.........)))))...,{(((((.{{((((.......))))((((((((((((..,,..(((((({..{{,(((({(.....(((.((........)).)))}....))))))..{{{((.,,(((({{.,..,,,,})...,,))))}...)))))))}}...((((((....)))))).....))))))))))))(((((((..((..(((((...............)))))..)))))))))...||.|||||||.(((((((.(.((((.((((,,(,{({((.((,..{((((((((((((({{(.........)))))).)))))))))).}},))}}.,)),},,,...)))).)))))))))))),||||||||{........)))))))),})))))}}))))....))).)))...))).},)))).}))}...)))))}})}....((((((..(((.((.((((((((...(((....)))....)))))))))).)))....))))))..,,,.,.{{{.((((((.(((((......((((...))))...))))).))))))).)))...))))))))..))))).)))))))))))..((((.((((..(((((((((((({.({..(((((((((((((((((((....,.,{{{..........,}},....((((.,{.((((((.(((...............))))))))).},.))))..,((((.(((((............((((((((((((.(((((..(((((((..(((((......)))))...))))))).))))}.,,}}).))...))).))))....{((....))}..........,,.....{,.{((((..........)))))}}..,},},,,{|||(((({,,{{.,}}}}|||,,|,||||||}..}}}..)))}}.,.,.,.....))))).))))(((....)))....,,...................)))))))))))))},))..}}..},)}})}},.,,)))))..)))).)))).(((((((..{.(((((((((((({,(((...)))))))))))))))).}..))))))){{,..{,,..,.|,,||}..,,,..,,,,,....,{{{,..............)))}))).))))))..
Back