Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001042540.2

Sequence Length

1942 nt

GC Content

0.4135

GCAUUGUGGUCCGCUUCUCUGCACUAUGUCGGGUGGCCUCCUGAAGGCGCUGCGCAGCGACUCCUACGUGGAGCUGAGCCAGUACCGGGACCAGCACUUCCGGGGUGACAAUGAAGAACAAGAAAAAUUACUGAAGAAAAGCUAUGCGGAAAACGCCAUGCGGUACAUAAAUGGGACGCGUCUGGAUGACCGAAUCAUUCGCACAGACUGGGACGCAGGCUUUAAGGAGGGCAGGCAAUACGGCCGUGGGCGAUCUGGGGGCCAGGUUCGGGAUGAGUAUCGGCAGGACUACGAUGCUGGGAGAGGAGGCUAUGGAAAACUGGCACAGAACCAGUGAGUGGUGAGAGCUCUGUCAGUGACAAACACUCCUUUGGCCUGUUGAAUUUGCUGAAGAACAUCACCUAAAGUCUGCACACGAGCCCAUUUUUACCAAGAUUUGAUCAGUGUCUUUACUGAGCUGGAAGCCUCUGAAAGUUAUUAAAGGACAGAAUCCAAAAGAAUGCCUUUAAUUCUUGUCUGAGAAUCUUGGCCAUGUGUCAGAUUAUCAGAACAAUUUUGUUACCAGGUCAGAAAUUGUGUUCUUUGACAACAGAUUGGAUCUGUAAUGUUGAUUAGUCUUUAGCCAUAACCACUACACUUUUAGAAAGACAGAAAAAUGUAAGAAUUUGUUUUUACCAUAAUGAGUCUUAAGUAGGUUCAUGAUCUACAUUGGGGCCUGGGAUUAUUUUUUUAAUUUUAAGUUUGCAUGAGAUAGCCUAAUAAAUGGAGGUGGGGCCAGGCAUGGUGGCUCACACGUGUAAUCCCAACACUUUGGGAGGCUGAGGAGGAAGGAUAGCUUGAGGCCAGGAGUUUGAGACUAGACUGGGCAACAUAGCAAGACCCCGUCUCUACAAAGCACAACGAAAAACAACAAAUGGAGUUGUGCUAUGUUGUAUUGCUUUGCACAAAAUUAGGAACAGGUGUUUGACAAUUGAAUUUGUUUUCUGUGAAUUCUAACCUCUAAAGGCAUGCUUAGAGGUCAAGGACCUUCCUGUGUAGUUGGUGCAAAAGCAAUCUCCACAGGACAGCACUGCUUCCAUGCUUCAUACAUCAGGAAAUGAGGCCAGAACUUGAGUAUUUACUAACACGUUUUUCAAAAGAUGUCAGUGUUAUACCUAAAGCUAAAAAAAAGCAAGGGUUUGUCAUAGAGGGAACCUCUAAAUAAUUUCAGGGGUAGGGGAGAUGUUGUCAAUAGGAAAUGGGAUAAAAUAUCAAGAGACAAUGAAAACACUGCCUUGACAUGAGGACCAGCAAGUUUAUUCUUUUCAUUUUCAGUGAUGUUGGGAAUGGACUGGGUUUUAAAAGGGAGCUUGAAGAGGGAAUGUUUGACAGUCACAGAAGGUUCCUGCAGCAGAUGCCUCUUUUAGCCAUUUCUCAUUUUUUUCCUCAAAUUUUACCUACUGAGGCUCAAGCCUUCACAGUGAGCUGAUGGUCUCUACAGGGAGGGGAGUCUAGGGAAUUUAUUUGGUAUUUGUAAGGCAAGAGGUGAUUUCUCUCUAAUAUAUCUGAGUUAUUGCUCAUUUAAAACUGUUAAGUCCAGUAUAAUUUUCCCUGAUAUGAAAAAAUGUGCAUUUUUUUCACUUAGCAACAAAGUACCUUCUAAUUUCCAAUAGUCCGUGAAAGUUGGGGCUGAAGUACCUAAGUGUGAAUGUCUCUCCCGUUAAACUGAGUGUAGAAAUCUGAAUUUUUAAAAGAGCUGUAACUAGUUGUAAGUGCUUAGGAAGAAACUUUGCAAACAUUUAAUGAGGAUACACUGUUCAUUUUUAAAAUUCCUUCACACUGUAAUUUAAUGUGUUUUAUAUUCUUUUGUAGUAAAACAACAUAACUCAGAUUUCUACAGGAGACAGUGGUUUUAUUCGGAUUGUCUUCUGUAAUAGGUUUCAAUAAAGCUGGAUGAACUUAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-534.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -576.43

Frequency: 0.0000

Diversity: 630.81

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......(.((((.((((..((((((...(((((.(((.((((...((.(((((.((((...(((.....))))))).).)))).))))))...)).).))))))))).))..))))........((((((((((((....((...(((.....)))...))((((...(((((((....((.(((((((.....))))))).))...((.(...((((((((((.((..(((((((((((.(((((.(((((((((((...))))).))).....(((((((.........)))))))((.((((...(((((.....(((((.......)))))..))))).....)))).))((((.....))))))).))))))))))..))))))...........))))))))))))...).))))))))).)))).(((..(((.(((((((((((((((.((((.(((...........((((((((.((.............))))))))))..((((((((.(((((.(((.....)))))))).)))).))))....))).)))).))))....(((........)))((((((...))))))((((((....(((.(((..((.(((.((((((.((((((((((..((((.....(((((((....))))))).....(((((((((.((((((.....((((.(((..((((.((((((((......)))))))).))))..)))))))(((((......((.(.(((((((((.......)))))).))).).))..(((((....))))))))))((((((((((....(((((..(((...((((((....)))))).)))..)).)))(((((((.(((((((((.((((((((.................)))))))).)))...((((((((((((.....(((((..((((.((((((....((((((.........))))))....((((((........)))))))))))).)))))))))........)))).)))))))).(((....(((((((...(((((.((((((((((.(((((...((....))...)))))))))....((((((.....((....)).....)))))).((((...(((.......)))..))))......((((((...))))))..........)))))).))))).)))))))....))).....((((...)))).))))))..........(((((((.....))))..)))..(((((((((((..((((......))))..))))))))))))))))))....(((((((.(((((((.(.((((.(.(((..((.....))..))))))))..).))))))).)))....))))..)))))))))).......))))))))))))))).(((.(((........))).))).((((((((((((((.(((.((((((.((((((((.(((((..((...(((((.....)))))..........(((((....))))).......))..))))))))).))))..)))))))))..((((((((....))))))))(((((((.......((((.(((....(((((((..((...))..)))))))..))))))))))))))......))))))))...........))))))..))))..))))))))))(((((....))))))).)))).)))))..)))))).....))))))...))))))..))))).)))..))).......)))))....))))))).(((((((((((((......)).))))))).))))............(((((((((((((............)))))))))))))...(((((.....))))))))).)......

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((((((((.{{{,((.{{{{{(({,.((.((((((.{((((.(((((((((..{{({.....)}}))))..(((((.((((((.......)))))),(({....,,...............,.}}........,,...(((.....))).,|{((...({....|},..}}}||,{{{{{||,,...)))))}},}}..)))))..)))))))))}.)))))).)){||....,|)||,|}|||{(((({(.,.))))))}}}},},,,,.,.,))).)))))))))))){((((((({.{((((((,...(((((.......)))))...,{{{,,..{{(({{((((({{{,({{({{((,.,||{{||||,...||||||||||.,.}}},},..||||{{{{{{{({(({{,,,,,,.,{{{{{{{,,.((((((....)))))){(({{.|{{{{{{{{{{{,.((((((((.((...{{....,|,.}})))))))),))},{{{||,||{{||||{,.,,,)})))))}.}}}}|{{{{,,,{|||..,|||||}}|,,,,}}}}},,}}||||||{|{|...)))))).,}|}},,|{,{{(((((({{,,,,..,{(({{{,,,{.{((((((,,,.....{{{{{,,,,,})))))}}.,....{.((((((((((((((...,||||}|,|}}||||.(((({(((,,,,..}||}}}}}.}})}..},)))))}}}|},.....{||{.(((((((((.......)))))).))),)})}.((((({....}))))))))}|||||{{,|{|.,.{|||{,}|||}},||||||..}})})))}})))..)),))).{{{{{||,||||{(((.((((((((.................)))))))).))).|.((((((((((((.,,..(((((..((((.((((({....((((((,,.....,,))))))..,{((((((,(.....))))))))))))).))))))))).....)}.))))))))))))),{{{...,(({((({..,|||||.{((((((({(.{{{{{..,||,,,,))...))))))))}....{{{{{{,}}|,||.,,,)}}},.,)))))),.{||,,,|||.......)))..))))}|||..((((((...)))))).,}},.,,,,)))))},))))).)))))))....}}}..,,,({{{...}}||,{{,{|{,.{{....||{||||||,...,||||,|||||.(((((((((((..((((......))))..)))))))))))}||},,.,{{,(((((((.(((((((.{.((((((.(((..((.....))..))))))))..,.))))))).)))....)))).,}},,,}))}},.......|||,,,(((((|,.,|||}|,.,,|}},}}}...}))))),..}))))}))}.||||((((((.((((((((.(((((..{{,..(((((.....})))),,....,,..(((((....)))))..,,...}}..})))))))).))))..))))))}||.{,,,{{,|},,,,,,|}}}},|{((({(.......{{{||{{{....||||{{{,.||...}}..})})))}..}}}))})))))))).}}}}}))))))))}.....,,,{{{{{,((({{{{(({{(((.((((((((((((.((.{(({,..,(((..((.......))..)))..,,,.)))}.,),.))))..)))).}))),))))}},...,.,...........((((((((((({{......)},}))))))},)))...))))}))}}|{(((((((((((.,.......,..)))))))))))}}{((((((({,.,.....}}..,)))))))}