Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001077.4
Sequence Length
2481 nt
GC Content
0.4071
GAGCUCAGAUUUUAAGGCAGUAUCUUGCCAAUGUUCCCAGCUGAAUAAAGCCCUUCCUUCUACAACUCGAUGUCUGAGAGGUUUUGUCUGUGGCUCGUCCUGCUACAUUUCUUGGCUCCCUGACCCAGAAGCAAGGUGACUGACGGAAGGCUGAGGCAGCCCCUUAGGUGGCUUAAGCCUGCCCUGUGGAGCAUCCCUGUGGGGUACUCCGGGCAGCCUGAGUGAUGAGAUCCAAAGAGCGCUCCUGGGUAGGAAAUUGCCCCAGUGGAACACCUCACCAGAUCAACACGUAGCAGGCCCCCGUGGAGGAUUAACACAGUGGCUGAACACCGGGAAGGAACUGGCACUUGGAGUCUGGACAUCUGGAACUUGAUAUAAGUAUGAGAAAUGACAGAAAGAAACAACAACUGGAAAAGAAGCACUGCAUAAGACCAGGAUGUCUCUGAAAUGGAUGUCAGUCUUUCUGCUGAUGCAGCUCAGUUGUUACUUUAGCUCUGGGAGUUGUGGAAAGGUGCUGGUGUGGCCCACAGAAUACAGCCAUUGGAUAAAUAUGAAGACAAUCCUGGAAGAGCUUGUUCAGAGGGGUCAUGAGGUGAUUGUGUUGACAUCUUCGGCUUCUAUUCUUGUCAAUGCCAGUAAAUCAUCUGCUAUUAAAUUAGAAGUUUAUCCUACAUCUUUAACUAAAAAUGAUUUGGAAGAUUUUUUUAUGAAAAUGUUCGAUAGAUGGACAUAUAGUAUUUCAAAAAAUACAUUUUGGUCAUAUUUUUCACAACUACAAGAAUUGUGUUGGGAAUAUUCUGACUAUAAUAUAAAGCUCUGUGAAGAUGCAGUUUUGAACAAGAAACUUAUGAGAAAACUACAAGAGUCAAAAUUUGAUGUCCUUCUGGCAGAUGCCGUUAAUCCCUGUGGUGAGCUGCUGGCUGAGCUACUUAACAUACCCUUUCUGUACAGUCUCCGCUUCUCUGUUGGCUACACAGUUGAGAAGAAUGGUGGAGGAUUUCUGUUCCCUCCUUCCUAUGUACCUGUUGUUAUGUCAGAAUUAAGUGAUCAAAUGAUUUUCAUGGAGAGGAUAAAAAAUAUGAUAUAUAUGCUUUAUUUUGACUUUUGGUUUCAAGCAUAUGAUCUGAAGAAGUGGGACCAGUUUUAUAGUGAAGUUCUAGGAAGACCCACUACAUUAUUUGAGACAAUGGGGAAAGCUGAAAUGUGGCUCAUUCGAACCUAUUGGGAUUUUGAAUUUCCUCGCCCAUUCUUACCAAAUGUUGAUUUUGUUGGAGGACUUCACUGUAAACCAGCCAAACCCUUGCCUAAGGAAAUGGAAGAGUUUGUGCAGAGCUCUGGAGAAAAUGGUAUUGUGGUGUUUUCUCUGGGGUCGAUGAUCAGUAACAUGUCAGAAGAAAGUGCCAACAUGAUUGCAUCAGCCCUUGCCCAGAUCCCACAAAAGGUUCUAUGGAGAUUUGAUGGCAAGAAGCCAAAUACUUUAGGUUCCAAUACUCGACUGUAUAAGUGGUUACCCCAGAAUGACCUUCUUGGUCAUCCCAAAACCAAAGCUUUUAUAACUCAUGGUGGAACCAAUGGCAUCUAUGAGGCAAUCUACCAUGGGAUCCCUAUGGUGGGCAUUCCCUUGUUUGCGGAUCAACAUGAUAACAUUGCUCACAUGAAAGCCAAGGGAGCAGCCCUCAGUGUGGACAUCAGGACCAUGUCAAGUAGAGAUUUGCUCAAUGCAUUGAAGUCAGUCAUUAAUGACCCUAUCUAUAAAGAGAAUAUCAUGAAAUUAUCAAGAAUUCAUCAUGAUCAACCGGUGAAGCCCCUGGAUCGAGCAGUCUUCUGGAUUGAGUUUGUCAUGCGCCAUAAAGGAGCCAAGCACCUUCGGGUCGCAGCCCACAACCUCACCUGGAUCCAGUACCACUCUUUGGAUGUGAUAGCAUUCCUGCUGGCCUGCGUGGCAACUAUGAUAUUUAUGAUCACAAAAUGUUGCCUGUUUUGUUUCCGAAAGCUUGCCAAAACAGGAAAGAAGAAGAAAAGGGAUUAGUUAUAUCAAAAGCCUGAAGUGGAAUGACCAAAAGAUGGGACUCCUCCUUUAUUCCAGCAUGGAGGGUUUUAAAUGGAGGAUUUCCUUUUUCCUGCGACAAAACGUCUUUUCACAACUUACCCUGUUAAGUCAAAAUUUAUUUUCCAGGAAUUUAAUAUGUACUUUAGUUGGAAUUAUUCUAUGUCAAUGAUUUUUAAGCUAUGAAAAAUAAUAAUAUAAAACCUUAUGGGCUUAUAUUGAAAUUUAUUAUUCUAAUCCAAAAGUUACCCCACACAAAAGUUACUGAGCUUCCUUAUGUUUCACACAUUGUAUUUGAACACAAAACAUUAACAACUCCACUCAUAGUAUCAACAUUGUUUUGCAAAUACUCAGAAUAUUUUGGCUUCAUUUUGAGCAGAAUUUUUGUUUUUAAUUUUGCCAAUGAAAUCUUCAAUAAUUAAAUUAUGUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-669.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -719.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 499.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.......(((((....))))).......((((((((......(((((.(((((...(((.(((.(..(.((((((.((.((((((((((...((((........((((((((((...)))......((((..((((((((((((.((((.(((.....))).)))).)))))((((...((((.(((((...))))).)))))))).(((((.(((....((((....(((((((...((((((....)))))).))))......)))....))))..)))....)))))..((.....)).......(((((((((......(((.....((((((((((....((((....(((.(.(((((...))))).).))).....)))).......((((((((....((..((((.(((.(((((...((((((.(......))))))).)))))..))).).)))..)))))))))).((.((((((...)))))).))..))))))))))....)))........)))))))))..............((((((.((((((((((((((((.(((.((((..((((((((((.(((..((((.((.((((((((((.(((((((.((((((((.((((((........(((.((.......)).)))...........((((((.(.((.(((((((((((..((((((.......))))))...((((((....))))))(((.((((((.((.((((.((((.((((...)))))))))))).))..)))))).))).....(((((....))).)).(((((......)))))))))))))))))).)..))))))....(((((((((..((((.((((((((((..(((((((((((((((.((((...(((((((..............(((((((((((((((((((..(((......)))..)))).....))))))(((.......))).(((((.(((((.....((((((..((((........))))..))))))...))))).)))))..........(((.(((((((((......((((...))))..))))))))))))...((...(((((((.(.((((((((((((((((((.((((..((..(((((...(((((..(((((((.((((.......)))).((((((((((...)))..)))))))....)).))))))))))...))))))).)))).)))))..))))))))))))).).(((((((.(((.((.........))))).))))).))...(((((((((((((((.((...)).)))))))))))))))...((((..(((((((((((........))...))))).))))))))((.(((((((((((((((............))).))))))..))))))..))...........)))))))...)).))))))))))))))))...)))).((((((.....))))))...........))))).....)).))))).)))...))))))))))............((((((((...))))))))((((.((((((((...((...(((...(((.........)))..)))..))))))))))..))))))))...)))))))))(((...))).))))))))))))))....))))))).((((........))))............)))))))....))).))...))))..))).))))))).))).))))..)))))))).)))))..))))))))))))..)))))))..)))).....)))))))))))....))))))))))..)).)))))).)..).))).)))..(((((....)).)))......((((((.((((..((..((((((..((((.......))))......))))))..(((((....)))))))..))))...))))))...)))))..)))))...((((((((.(((..((((..((((((.(((((.((((.((((.(((((((((((((((...))))).....)))).)))))).)))).))))..)).........))).)))))).(((((......)))))..............))))..))).))))).)))))))))))..........(((...((((((((.......(((.(((((((((((((..((....))..))))))))....))))).)))......))))))))....))).........))))))))......((((((......(((((((....(((((((......(((........)))........))))))))))))))..........(((((...(((..(((((((...)))))))..)))...))))))))))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((,,{{,..(((({....})))).,,({{,((((((((,...,.(((((.(((((.,.,{{.{,,,|..|.((((({.{(.((((((((((...((({.......,((((((((((...)))......((((..((((((,(((((.{(((.(((.....))).)))}.))))){||{...((((.(((((...))))).))))||||.(((((.(((.{,.((((....(((.{,({({((((((....)))))),)}.)),....)))....))))..))).,,,)}}))}|({.....)).,,....(((((((((......(((..{..((((((((((....((((..{,(((.(.(((({...})))).).)))..,,.)))).......((((((((,...{(..((((.(((.(((((...((((((,{......))))))).)))))..))).).)))..)))))))))).((.((((((...)))))).))..)))))))))).}..)))...,....)))))))))..,.,....,,,..((((((.((((((((((((((((.(((.((((..((((((((((.(((..((((.{,.{{{(((((({.(((((((.((((((((.((((((........,{{,({,,.....,,.|||,,.........{{{{{{,|.{{.(((((((((({..(((((({.....}))))))...((((((....)))))){({.((((((.{,.{(((.((((.((({...})))))))}))).,,..)))))).})}.....(((((....))).)){(((((......)))))))))))))))))).}..)))))}....(((((((((..((({.((((((((((..(((((((((((((((.((((...((((((({.............,(((((((({(((((((((,.(((,,....})),,))}))),..)))))}(((.......))).(((((.(((((.....((((((..((((........))))..))))))...))))).)))))..........(((.(((((((((......((({...)))}..)))))))))))).,,,{...(((((((.{.((((((((((((((((,,.{{((..,,..(((((...(((((..(((((((.((((,.....,)))).(((((({((,...))}..}))))))....)).))))))))))...))))),}.,}}).)),,)))))))))))))))).,.(((((((.(((.((.........))))).))))).)).,,{((((((((((((((.({...}).))))))))))))))),,.((({{{((,,((((({,........}}...))))),)))))))}{{.(((((((((((((((.,..........))).))))))..))))))..}}...........)))))))...})}))))))))))))))))...)))).((((((.....))))))...........))))).....)).))))).)))...))))))))))..,{,,...,|,((((((((...))))))))((((.(((((((({{,{{,,,,({...{{,...,.,}}.}}...}},,,)}))))))))..)))),))).,.)))))))))(((...))).))))))))))))))....))))))).((((........))))............)))))))....))}....,,))))..))).)))))))},)).)))}..)))))))).)))))..))))))))))))..)))))))..)))).....)))))))))))....))))))))))..)).))))))....|.|||{||,..{,,,,.,}}))}|}}...,|,|{{{{{.|{((..{{..((((((..{(((.......}}}}......)))))),,(((((....}}},,)}..)}))...))))},.,.)))))..})))).,,{({(((((.(((..((((,.((((({.(((,,.{(((.((((.(((((((((({(((,...,)))),,...)))).)))))).)))),))))..,,.,,......))).}})}}}.{({{{....,.}}}))........,,,,..))))..))}.))))).}})))))))))}}|,}},...,,,...{(((((({....,,.(((.(((((((((((((..((....))..))))))))....))))).))),,....})))))))....}},..,,}},..)))))))).....,{{.....,,...(((((((....(((((((......{{{........})}........))))))))))))))..,{{.....{((((...{{{..(((((((...}))))))..)))...))))),}}},}.,,,............,,.......
Back