Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001077208.4
Sequence Length
4253 nt
GC Content
0.4486
GAAUGCUGGGAGAGUCCGACGAGCGCUGCACUAACGCAGGAUCCGGCUGCCGAAGGUCCUCGCCAGCAGGAUGAAGUUAAAGGAAGUAGAUCGUACAGCCAUGCAGGCAUGGAGCCCUGCCCAGAAUCACCCCAUUUACCUAGCAACAGGAACAUCUGCUCAGCAAUUGGAUGCAACAUUUAGUACGAAUGCUUCCCUUGAGAUAUUUGAAUUAGACCUCUCUGAUCCAUCCUUGGAUAUGAAAUCUUGUGCCACAUUCUCCUCUUCUCACAGGUACCACAAGUUGAUUUGGGGGCCUUAUAAAAUGGAUUCCAAAGGAGAUGUCUCUGGAGUUCUGAUUGCAGGUGGUGAAAAUGGAAAUAUUAUUCUCUAUGAUCCUUCUAAAAUUAUAGCUGGAGACAAGGAAGUUGUGAUUGCCCAGAAUGACAAGCAUACUGGCCCAGUGAGAGCCUUGGAUGUGAACAUUUUCCAGACUAAUCUGGUAGCUUCUGGUGCUAAUGAAUCUGAAAUCUACAUAUGGGAUCUAAAUAAUUUUGCAACCCCAAUGACACCAGGAGCCAAAACACAGCCGCCAGAAGAUAUCAGCUGCAUUGCAUGGAACAGACAAGUUCAGCAUAUUUUAGCAUCAGCCAGUCCCAGUGGCCGGGCCACUGUAUGGGAUCUUAGAAAAAAUGAGCCAAUCAUCAAAGUCAGUGACCAUAGUAACAGAAUGCAUUGUUCUGGGUUGGCAUGGCAUCCUGAUGUUGCUACUCAGAUGGUCCUUGCCUCCGAGGAUGACCGGUUACCAGUGAUCCAGAUGUGGGAUCUUCGAUUUGCUUCCUCUCCACUUCGUGUCCUGGAAAACCAUGCCAGGGGGAUUUUGGCAAUUGCUUGGAGCAUGGCAGAUCCUGAAUUGUUACUGAGCUGUGGAAAAGAUGCUAAGAUUCUCUGCUCCAAUCCAAACACAGGAGAGGUGUUAUAUGAACUUCCCACCAACACACAGUGGUGCUUCGAUAUUCAGUGGUGUCCCCGAAAUCCUGCUGUCUUAUCAGCUGCUUCGUUUGAUGGGCGUAUCAGUGUUUAUUCUAUCAUGGGAGGUAGCACAGAUGGUUUAAGACAGAAACAAGUUGACAAGCUUUCAUCAUCUUUUGGGAAUCUUGAUCCCUUUGGCACAGGACAGCCCCUUCCUCCGUUACAAAUUCCACAGCAGACUGCUCAGCAUAGUAUAGUGCUGCCUCUGAAGAAGCCGCCCAAGUGGAUUCGAAGGCCUGUUGGUGCUUCUUUUUCAUUUGGAGGCAAACUGGUUACGUUUGAGAAUGUCAGAAUGCCUUCUCAUCAGGGAGCUGAGCAGCAGCAGCAGCAGCACCAUGUGUUCAUUAGUCAGGUUGUAACAGAAAAGGAGUUCCUCAGCCGAUCAGACCAACUUCAGCAGGCUGUGCAGUCACAAGGAUUUAUCAAUUAUUGCCAAAAAAAAAUUGAUGCUUCUCAGACUGAAUUUGAGAAAAAUGUGUGGUCCUUUUUGAAGGUAAACUUUGAGGAUGAUUCUCGUGGAAAAUACCUUGAACUUCUAGGAUACAGAAAAGAAGAUCUAGGAAAGAAGAUUGCUUUGGCCUUGAACAAAGUGGAUGGAGCCAAUGUGGCUCUUAAAGACUCUGACCAAGUAGCACAGAGUGAUGGGGAGGAGAGCCCUGCUGCUGAAGAGCAGCUCUUGGGAGAGCACAUUAAAGAGGAAAAAGAAGAAUCUGAAUUUCUACCCUCAUCUGGAGGAACAUUUAAUAUCUCUGUCAGUGGGGACAUUGAUGGUUUAAUUACUCAGGCUUUGCUGACGGGCAAUUUUGAGAGUGCUGUUGACCUUUGUUUACAUGAUAACCGCAUGGCCGAUGCCAUUAUAUUGGCCAUAGCAGGUGGACAAGAACUCUUGGCUCGAACCCAGAAAAAAUACUUCGCAAAAUCCCAAAGCAAAAUUACCAGGCUCAUCACUGCAGUGGUGAUGAAGAACUGGAAAGAGAUUGUUGAGUCUUGUGAUCUUAAAAAUUGGAGAGAGGCUUUAGCUGCAGUAUUGACUUAUGCAAAGCCGGAUGAAUUUUCAGCCCUUUGUGAUCUUUUGGGAACCAGGCUUGAAAAUGAAGGAGAUAGCCUCCUGCAGACUCAAGCAUGUCUCUGCUAUAUUUGUGCAGGGAAUGUAGAGAAAUUAGUUGCAUGUUGGACUAAAGCUCAAGAUGGAAGCCACCCUUUGUCACUUCAGGAUCUGAUUGAGAAAGUUGUCAUCCUGCGAAAAGCUGUGCAACUCACUCAAGCCAUGGACACUAGUACUGUAGGAGUUCUCUUGGCUGCGAAGAUGAGUCAGUAUGCCAAUUUGUUGGCAGCUCAGGGCAGUAUUGCUGCAGCCUUGGCUUUUCUUCCUGACAACACCAACCAGCCAAAUAUCAUGCAGCUUCGUGACAGACUUUGUAGAGCACAAGGAGAGCCUGUAGCAGGACAUGAAUCACCUAAAAUUCCGUACGAGAAACAGCAGCUCCCCAAGGGCAGGCCUGGACCAGUUGCUGGCCACCACCAGAUGCCAAGAGUUCAAACUCAACAAUAUUAUCCCCAUGGAGAAAAUCCUCCACCUCCGGGUUUCAUAAUGCAUGGAAAUGUUAAUCCAAAUGCUGCUGGUCAGCUUCCCACAUCUCCAGGUCAUAUGCACACCCAGGUACCACCUUAUCCACAGCCACAGCCUUAUCAACCAGCCCAGCCGUAUCCCUUCGGAACAGGGGGGUCAGCAAUGUAUCGACCUCAGCAGCCUGUUGCUCCUCCUACUUCAAACGCUUACCCUAACACCCCUUACAUAUCUUCUGCUUCUUCCUAUACUGGGCAGUCUCAGCUGUACGCAGCACAGCACCAGGCCUCUUCACCUACCUCCAGCCCUGCUACUUCUUUCCCUCCUCCCCCUUCCUCUGGAGCAUCCUUCCAGCAUGGCGGACCAGGAGCUCCACCAUCAUCUUCAGCUUAUGCACUGCCUCCUGGAACAACAGGUCCUCAGAAUGGUUGGAAUGACCCUCCAGCUUUGAACAGAGUACCCAAAAAGAAGAAGAUGCCUGAAAACUUCAUGCCUCCUGUUCCCAUCACAUCACCAAUCAUGAACCCGUUGGGUGACCCCCAGUCACAAAUGCUGCAGCAACAGCCUUCAGCUCCAGUACCACUGUCAAGCCAGUCUUCAUUCCCACAGCCACAUCUUCCAGGUGGCCAGCCCUUCCAUGGCGUACAGCAACCUCUUGGUCAAACAGGCAUGCCACCAUCUUUUUCAAAGCCCAAUAUUGAAGGUGCCCCAGGGGCUCCUAUUGGAAAUACCUUCCAGCAUGUGCAGUCUUUGCCAACAAAAAAAAUUACCAAGAAACCUAUUCCAGAUGAGCACCUCAUUCUAAAGACCACAUUUGAGGAUCUUAUUCAGCGCUGCCUUUCUUCAGCAACAGACCCUCAAACCAAGAGGAAGCUAGAUGAUGCCAGCAAACGUUUGGAGUUUCUGUAUGAUAAACUUAGGGAACAGACACUUUCACCAACAAUCACCAGUGGUUUACACAACAUUGCAAGGAGCAUUGAAACUCGAAACUACUCAGAAGGAUUGACCAUGCAUACCCACAUAGUUAGCACCAGCAACUUCAGUGAGACCUCUGCUUUCAUGCCAGUUCUCAAAGUUGUUCUCACCCAGGCCAAUAAGCUGGGUGUCUAAAAGGACAGCUUCUCUUCCACUCAAUAUUGCCAUUUUUCCAAAGAAACAUGUUAAAAAAAAAAAUUAUAAGACAUGGACUAGUCCUCAUUAGCAUGUUUGCAUAGCAACCAGUCAAGAGCAUUUACACUAUUUCUGCUGAUAUACUCACCUUAGAACUGCUCAGAACCCUGGUGCUUUAUUUUUGUUUUAAUCUUUUGUUGCCAGUGAUGAUUUUCCUAUUCUGCAAAUAGUGUAUUUCCUGGAUUACACAUAGUAUGGUUUCCUGAAGUAUUCUGAUAAAUGUGUUUUUUAAAACCUCAAUAUACUUUUUAGAAAAGGAGCAUCUGGUUAUGCAUAAAGCAGAGCUAAAACUAAAUUUCUUUCAUGUCCUCCCUACUUCCUCAGUGUCAAUCAGAUUAAAGUGUGUAAUCCUAUUUUAUGUGUGUAUAGUCUUUUUUGAAACAGCUGCUUAAAAUUUAGUUUAUUUUUUGUGUCUUAGGAUUCCUGAGUAAAUAACUACAUCUACAAACUGCUACAUGGGUUUUAGCAGAUAUUAAUAAAAAUGGGAUCACUGGCUUUAACUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1190.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1266.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 1427.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((.(.((..((.((((((..((......))...)))).))))..)).)))).)))))).(((((......(((((((((.............((((((.....).)))))(((...(((((......((((.((((..(((((........((((((((((((...)))))))).....))))(((...(((((((((............((..(((((....)))))..))...((((((.........(((........)))...))))))....(((((((.((.........)).)))))))..))))))))).))))))))..)))))))))))))...)))...........(((.((.(((..(((......)))..)))..)).))).(((.(.((((.((((.(((.....))).))))..)))).).)))...(((((((((......(((((....)))))..((((((((((.....((........))..(((.((((...((((....))))....))))))).)))))))))).........((((((((((.(...((.(((..((((((((.((.(((..(((((.....((((((.(((..(((....(((((((...)))))))..)))))).))))))....)))))...........))).))..)))).)))))))..))...).))))))..))))..(((((.((((((((....((((((((..((((((((((((((((...(((.(((((.(((....((.((((((..((((....((..(((((((.....((((..((((.......((..((((((((((((((((.((((((((((...(((...)))...)))).)))))).))........)))))))))))))))).....)))).)))).))))))).))....))))..))))))...(((......)))..)).....))).)))))...)))..))))).(((((((((((((((((((.(.(((((((.(((........)))))))))).).)))))))).....))))..)))))))....(((((....)))))............((((.......))))((((..((((((........))))..))..))))......((((...))))((((((......))))))....((((((((..((((((..((.........))..)))).))..))))))))..)))))))))...))...)))))))))))))))).)))))....((((((((..((((((((((((((.((.((......((((((.((.(.(.((((((....((((((((......(((((.....((((((....((...(((((((.((((.((((...((((((((.((.......)).)))))))).((((((((.....))))))))...(.((((.((((..((.((((((..((.((((((...)))))).))....)))))).)).....)))))))).)............((((.((((((((.((((((.........(((((..(((((((...))))))).....((((((..(((.......((((.((.(((((((((.((((.((((((....))))))....(((((((((.......((((....(((((........)))))..))))....((((((.((..((((....(((((((((....)))))))))....))))..((((((..(((((.((((....(((((((.(((((.(....(((((.....)))))..((((((((((((......)))))))))).))((((((....(((((((((((((.......(((.......)))............(((((.....((((((((((((((.....)))))))).(..((((...(((.((((((..(((((((.((((((((((((.((((.((((((.((...(((....)))...))))))))((.(((....))).)))))).)))).)))))))).....((((((...((.(((((.....))))).))...))))))(((((.(((((((..((.(((((((..(((...((....(((((((((((((.((...((((......).))).....(((.(((..((((...)))).))).)))(((((((......(((((((......((((((((.(((((.((((.(((......)))..))))...)))))..).)).))))).(((.((((((....)))))))))((((((.(((....))).)))))))))))))....))))))).......))))))....)))))))))))...)))..))))))).))....(((....)))))))))))))))((((........))))..)))))))..))))))))).)).))..)..)))))).....)))))((......)).)).))))))))))).......................((((......))))((((..((((.(((((..((.((((.((((..........((((.....)))).....)))).)))).))..)))).).)))))))).)))))).........).)))))))).))))...))))........(((((......)))))((((...........))))))))))))))).)).)))))).......................................))).))))))......)))).......((((....))))..((((...(((.................))).))))..........)))))))))..))))))(((((.(((((((.((...)))))..))))))))).............((....)).(((...((((......))))....)))...(((((((.......))))))))))..)))))).........(((.(.((.((.((((...)))).)).)).).)))...........(((((.........)))))(((((.....)))))...(((((.(((...........))).)))))))))))))))).)))))))).))))....(((((.........)))))....))))...)))))))))))...)).)))))).....))).))......))))))))......((((((((((((.((((...)))).)))..(((((.....)))))(((((..((((((((.............((((...((((((....((((((((.((.(((((................)))))...(((((.(((((((........)))).......((((.......))))..))).))))).....))...))))))))))))))...)))).......(((((........))).))..........((((((((......((.(((.....))).)).......))))))))...))))))))..)))))..........((((.((....))))))....(((((.((..((......)).)).)))))(((((((((((((((((.........)))))))......)))))))))).........))))))))).(((.((((....)))).)))..................(((((((..(((((....)))))))))))).....)))))).).))))))))).....)).)).))))))......((......)).))))))))..)))))))).((((.((((((((((......(((.((((..((((...(((((.(((((.(((.((((((((...((((..((((((((.(((.(((...))).))).)).....))))))..)))).......)))))))))))))))).)))))))))))))...))))))))))))).))))...........)))))))))...))))))))).....)).)))((.(((((((..((.((((((((((.(((..((((..((......)).....(((((.((((((((........((((((.((((((...))))))..............))))))........)))))))))))))))))..))))))))))))).))..)))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
{,,(((((((,((({..{,{({(((((((..{{{{|.||{(,,|{((((|(|,.||,..}}}})}}},||{((((((...(((((((((((((....,{{..{{{|||.,{{.||,,}))},|,..,..{({{{{{,.....(((..{(({.((((((...(((({{.((((((....{{{{||.{{|{|||{{,....|||,||||||.|||}|}....((,,{((((....}|}}}.,||.,,,,({({,(((((((.....,{((({({(({.((.(((,....|}))}).}||}........(({{(((|.,{{{{...}))})))))))),,.||,,||||{{,{{..,((((,..,,,,|,.,}}))||}},}}}}..{{{{{{{{{(,,,,.,..,,,}|}|}|}}}|(,((((.(((.....))).)))),.},))})}))....))}}}}}.,,,....(((((....}))))..((((((((((.....{..........,..{{{.((((...{(((....)))}....))))})).)))))))))).......,,{{{|{{|{||,|,.,||.{{{,,,{{{|{|{,{{.||{..|||||},,,.||||||,{{{.,(((,,,,(((((((...)))))))..|})}}},|,,||....,|||}}...}},,....}}}.}}..)))).}},,|||,{|}...}}))))))}})))).}}))}))).,.,})))))...)))))).}))))))...,..((((.((.((...|}.)).)))),}}}}|})|,..|,})))))))))))}.,..}))))||{|||||{,......,(({{(((((((({{((({.,.({((((((((.,,(((...|}}...}}}}.}}}})),}|,|,...,.}}}}}||||||}|}}},|,..|||,..,,,.)}}||||{|,....,|,),,)),|||{,.{,,.,.,}}))}....{{,,,}}}.}})))},,|||,,|,,}},(((((((((({((((((((.(.(((((((.(((........)))))))))).).))))))))...,,)}}..,)))))))....{((((....))))}...,,...}}}}))},.,},,}}))))}}}|||}.||||}}||,.,,}}}}.}}}||,..........||}|,|||}}}(((((,.....}}))|{{{{{((({(({(((,,(((({{(({...{{{{{|{..,,))},)}}),,,)))}}}}))}))),.{(((({.{({,,.((,|,,,,|||{{.},,.,,.{{{{{|||.,((({{{{{{{{|{{.,|,||,,,..,||||{{.,|.|,|.{{{{||,,,.|{{{{||{,,,,,,{{{{{.,,..(((({{..,,{{..,(((((((.((({.{{((,..((((((((.((.......}).)))))))).((((((((.....))))))))...,.{(({{((((..{(.((((((..{{.((((({...}))))).})....)))))).}}.,,,,}}}}}}}}.,..,|,,,.}}|.((((.(((((({{,{{((((,{{{..{,.(((((..(((((({...})))))).....{(((((..|.....}..)))))),,,((({,,,,,.,|}},((((((....)))))),,,{(((,({((.,,.....{((({{..(((,,..,}}...}))))..{({{....,||||......,,,,...,((((((((({{{.|,||||}||,...,,,},}|||||}}||||}}}|||,....,{((((({,(((((.{(((,{(((.....}}}}}..((((((((((((......)))))))))).))|))),|}}|.|,|||||||||}|...}}}|||.........{{{{{,..,..,..{{{{{..,,.((((,(((((((((....,)))))))|,|..||||...||,,|||||||}||}}}}}}.,,,....(((((((.((((((,{.((((((((((({{{{...||,,,(||{({((,...,|||.,,,}|}||(({.,..(((((((.((((,(((,..{(.(((((.....))))}.}}..{||,,|(((,(((((((,,....,.,))))))}}}||.|}|.....,((({(((((((({,,...((((.{({.(({{{......{(({((({.{(((...}}}},((({..{((((,(({...({.....)}.}})))))}..}}}}|{{{{.{{{{.{{{...,,,))),,)))}..,|||||{.|..|.|||(({((..{(((({....}))))}||,{(((((.(({....))).))))))))),.,,...}))))..,......}))))))....}}}))))}}}}}}})))}},,||||.,||.,.,,((((((...((((((((,|.,({{{........}}}}..,..|,|...,,,,.(({{.,...||}}{(((((((....{|||{(((,.....,,,}..))},.((({....})))................{((((......))))|,,...{||{..{{{{.,({.((((.{{{{...,,,....((((..,..)))),....}}}}.}))},}|,.}}}}...}}}}||||...))))........||.,,,))}}.....,...||||{{{{(...,,...}))...{||{((({,{((..,{,...,....,{||||,.}}}))}),,}},..........}},.,,,,....................,,,............}))))).,,...,||||,..,)))),,})}.})))))))..............,|,))))))))..)))))),,,|,,...}}}}}}}|{||||.,,.,|||}}|},}}})}}.{|||}}}}}}..{{{{.{{{{{.{(....)).{{|.,.((((......))))...,|||...(((((((.......)))))))|},...,}}},.........)}})),))})},}}.....}))).))))...)))))))....}))}|{||...}},,..})))})||{{,....,)))),..))))))))))...)))))}...))))))).)))))))))))))))))))).))}),,}.{{{{(.........)))))..,.},,}...})))}}}}|||..,||,|||||}.....}|}.}}......}}}}}}}}...,..{{{{{{{{{(((.((((...)))).)))..(((((.....))))){{(((,{{{((((((,..............,,...{((({,....{{{{(((({(,.,||||,,.|,,,},||.,.,,|||||.{|{,.,,....((((........))))...,}}.||||,,,,,,,))))..}}).)}}}).)},,}}...})))))))))))}),,.}},}.......{{{{|.,,...,,))).}}.....,,...((((((((......((.(((.....))).)).......))))))))...}))))))).,)))))..........((((.((....))))))....{((((.{{,,((......)).)).))))}(((((((((((((((((.,......,)))))))......)))))))))).........})))))))).|{{.{{{{....}|||{|||{{,,..............,{{{{{{..,,,{|,...,)))))))))))....,||}}||,|.},,|||||}.....,,..|,}}}}})......||.....,)}.})))))})..}})))))),,....}}}}},,,,,.}},,.})).)))))){{{(,,.(((((.(((((.{({.((((((((...{(((..(((((({(.{((.{{{...})).))}.)),....})))))..))}}.......))))))))}))))))).)))))})))|{|{{.{|{....,))),}))))...........,,,,,,.))},...,.)))),))))))))}....{(.(((((((..((.((((((((((,(,,{,((,,..{{......}}.....((((,,(((((((({{......{{((({,((((((...)))))).........,,...,}}))}..,..|..}})))))))))))))))..))))))))))))).))..))))))))}...
Back