Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001077471.3
Sequence Length
1254 nt
GC Content
0.5447
AGACAUCUCUUGUUUUCCAGAUACUACGGGUCAUAAUCCCUAACUCCAAUCACUGGCAACUCCUGAGAUCAGAGGAAAACCAGCAACAGCGUGGGAGUUUGGGGAGAGGCAUUCCAUACCAGAUUCUGUGGCCUGCAGGUGACAUGCUGCCUAAGAGAAGCAGGAGUCUGUGACAGCCACCCCAACACGUGACGUCAUGGCCAGUAGGGAAGAUGAGCUGAGGAACUGUGUGGUAUGUGGGGACCAAGCCACAGGCUACCACUUUAAUGCGCUGACUUGUGAGGGCUGCAAGGGUUUCUUCAGGAGAACAGUCAGCAAAAGCAUUGGUCCCACCUGCCCCUUUGCUGGAAGCUGUGAAGUCAGCAAGACUCAGAGGCGCCACUGCCCAGCCUGCAGGUUGCAGAAGUGCUUAGAUGCUGGCAUGAGGAAAGACAUGAUACUGUCGGCAGAAGCCCUGGCAUUGCGGCGAGCAAAGCAGGCCCAGCGGCGGGCACAGCAAACACCUGUGCAACUGAGUAAGGAGCAAGAAGAGCUGAUCCGGACACUCCUGGGGGCCCACACCCGCCACAUGGGCACCAUGUUUGAACAGUUUGUGCAGUUUAGGCCUCCAGCUCAUCUGUUCAUCCAUCACCAGCCCUUGCCCACCCUGGCCCCUGUGCUGCCUCUGGUCACACACUUCGCAGACAUCAACACUUUCAUGGUACUGCAAGUCAUCAAGUUUACUAAGGACCUGCCCGUCUUCCGUUCCCUGCCCAUUGAAGACCAGAUCUCCCUUCUCAAGGGAGCAGCUGUGGAAAUCUGUCACAUCGUACUCAAUACCACUUUCUGUCUCCAAACACAAAACUUCCUCUGCGGGCCUCUUCGCUACACAAUUGAAGAUGGAGCCCGUGACCGACCUGGAGUUACCCAGAGAGAUGAGAUUGAUCAGCUGCAAGAGGAGAUGGCACUGACUCUGCAAAGCUACAUCAAGGGCCAGCAGCGAAGGCCCCGGGAUCGGUUUCUGUAUGCGAAGUUGCUAGGCCUGCUGGCUGAGCUCCGGAGCAUUAAUGAGGCCUACGGGUACCAAAUCCAGCACAUCCAGGGCCUGUCUGCCAUGAUGCCGCUGCUCCAGGAGAUCUGCAGCUGAGGCCAUGCUCACUUCCUUCCCCAGCUCACCUGGAACACCCUGGAUACACUGGAGUGGGAAAAUGCUGGGACCAAAGAUUGGGCCGGGUUCAAAGGGAGCCCAGUGGUUGCAAUGAAAGACUAAAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-421.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -446.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 331.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........(((((.(((..(((((((((.....(((((((((((((((..(((....((((........))))...((((((.(((.(((((...((((((((..((((.....(((.(((((((.(((((((((((..((((((((((..((((((..((((((((.(((.(.(((........))).))))((((.(((.(.((((((((.((..(((..((..((((((.(((((.((((((((...)))).........(((((((((((.((.....(((.(((.....))))))....)))))))))....))))))))))))).))))...((((((...(((....)))))))))(((.((((((((.(((..(((((((.(((....(((....))).....))).))).)).))...((((......))))(((....)))...((.((((.....)))).)).((((.((.((.((((((((.......))))((...(((.....(((((.((.((((((..((((......))))(((((((...........))))).))..((((((((.((....)).))))))))...)))))).))))))).....)))...))....)))).))))))))...))).)))))))))))....((((.((((..((((.........)))).))))))))..........))..))..))))).)))))))).)...))).)))).......)))).))))))))))...)).))))).)))...))))))..........(((((..(((((((((.(((((..............((.(((((((((((((.........))))))..).))))))))......))))).....))))))).))..)))))...(((((.........((((.((((....((...))....)).)).)))))))))..))))).))))))))))......))))(((((.((..(((((((((.(.((.((((((((((...((.((((..((((((.((................))))))))..))).).)).....)))))).)))).)).)))))..)))))..))..))))).))))))))))))))))...(((((.(......).)).)))......))))))..)))..))))))....))))...))))))))).)))))..)..)).)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,.....||||{{,(((...{{.{((,({{{..{|||{.....,,,,,((((({..,((((..,,,,,,|||,...{((((..,,|},|}|..{{((((((...(((..{{,....((((((((((..((({{(({{......|}))},.}).)..))))}))))))})}..))).)))))},.{{{{..,.)))}}||||}}}||}..}}}},|}|}},..}}|.{.((((.((((((((({((((...))))........,((((((((((({{(,,,,,(((.{{{,,..,)))))},...}})))))))....))))))))))))).)))),|.,{{||||,.{((({{{{({,,|,..{((,(((((((({(,({{{{{{(((,(({,.,,((|...,|||,....|||,|||,}}.|,...{{{{......))))|||,...))},,}||,|{{{.}}.,|)},.))||||{|||.||,|{((({((.......})))))..,{{|,,..,((((,{((.((((((..((((......))))((((({{...........})))).))..((((((((.((....)).))))))))...)))))).))))))).....)}}.,,)}...}}))).}}))))}),}})))}))))))))))).,..||||}||||.,.,,....{{{{{{{....,|||||,|{{{...{{{..{{..(((((((((((((((..({((((.((...........((((((((({{,....,}(((((((((((((.......}))))......(((((..(((((((((.(((((...........,,.,,.(((((((((((({.........}))))).}).))))))},..},..))))).....))))))).))..)))))..((((((,{(((.,(......,}..)))))),.,))).(((({..(({,{({{{,..((((((..((((.((((((...((((...(..(((.((((....)))).)))..)...))))....))))))...((((.....)))).....)))).))))))},))))).)))))..)))))))).))))))))).,,.((((......)))).{((((.(.((((....((.((.....)).)).....)))).).))))}...)).)))))..)))),})))},))))))..}),}))},,,)))))))}}}))})))....,}}}}.
Back