Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001077481.3
Sequence Length
1269 nt
GC Content
0.5437
AGACAUCUCUUGUUUUCCAGAUACUACGGGUCAUAAUCCCUAACUCCAAUCACUGGCAACUCCUGAGAUCAGAGGAAAACCAGCAACAGCGUGGGAGUUUGGGGAGAGGCAUUCCAUACCAGAUUCUGUGGCCUGCAGGUGACAUGCUGCCUAAGAGAAGCAGGAGUCUGUGACAGCCACCCCAACACGUGACGUCAUGGCCAGUAGGGAAGAUGAGCUGAGGAACUGUGUGGUAUGUGGGGACCAAGCCACAGGCUACCACUUUAAUGCGCUGACUUGUGAGGGCUGCAAGGGUUUCUUCAGGAGAACAGUCAGCAAAAGCAUUGGUCCCACCUGCCCCUUUGCUGGAAGCUGUGAAGUCAGCAAGACUCAGAGGCGCCACUGCCCAGCCUGCAGGUUGCAGAAGUGCUUAGAUGCUGGCAUGAGGAAAGACAUGAUACUGUCGGCAGAAGCCCUGGCAUUGCGGCGAGCAAAGCAGGCCCAGCGGCGGGCACAGCAAACACCUGUGCAACUGAGUAAGGAGCAAGAAGAGCUGAUCCGGACACUCCUGGGGGCCCACACCCGCCACAUGGGCACCAUGUUUGAACAGUUUGUGCAGUUUAGGCCUCCAGCUCAUCUGUUCAUCCAUCACCAGCCCUUGCCCACCCUGGCCCCUGUGCUGCCUCUGGUCACACACUUCGCAGACAUCAACACUUUCAUGGUACUGCAAGUCAUCAAGUUUACUAAGGACCUGCCCGUCUUCCGUUCCCUGCCCAUUGAAGACCAGAUCUCCCUUCUCAAGGGAGCAGCUGUGGAAAUCUGUCACAUCGUACUCAAUACCACUUUCUGUCUCCAAACACAAAACUUCCUCUGCGGGCCUCUUCGCUACACAAUUGAAGAUGGAGCCCGUGCUCCCUAUCUUACAGACCGACCUGGAGUUACCCAGAGAGAUGAGAUUGAUCAGCUGCAAGAGGAGAUGGCACUGACUCUGCAAAGCUACAUCAAGGGCCAGCAGCGAAGGCCCCGGGAUCGGUUUCUGUAUGCGAAGUUGCUAGGCCUGCUGGCUGAGCUCCGGAGCAUUAAUGAGGCCUACGGGUACCAAAUCCAGCACAUCCAGGGCCUGUCUGCCAUGAUGCCGCUGCUCCAGGAGAUCUGCAGCUGAGGCCAUGCUCACUUCCUUCCCCAGCUCACCUGGAACACCCUGGAUACACUGGAGUGGGAAAAUGCUGGGACCAAAGAUUGGGCCGGGUUCAAAGGGAGCCCAGUGGUUGCAAUGAAAGACUAAAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-427.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -449.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 426.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........(((((.(((..(((((((((.....(((((((((((((((..(((....((((........))))...((((((..(((((((..(((((((((.(((((..(((((........)))))..)))..((((((((((.(((..((((((..((((((((.(((.(.(((........))).))))((((.(((.(.((((((((.((..(((..((..((((((.(((((.((((((((...)))).........(((((((((((.((.....(((.(((.....))))))....)))))))))....))))))))))))).))))...((((((...(((....)))))))))(((.((((((((.(((..(((((((.(((....(((....))).....))).))).)).))...((((......))))(((....)))...((.((((.....)))).)).((((.((.((.((((((((.......))))((...(((.....(((((.((.((((((..((((......))))(((((((...........))))).))..((((((((.((....)).))))))))...)))))).))))))).....)))...))....)))).))))))))...))).)))))))))))....((((.((((..((((.........)))).))))))))..........))..))..))))).)))))))).)...))).)))).......)))).)))))))))).))).))))............))))))....................)).))))))))).........((((.((((((((((((((((((....((((((((((((....)))))..))))).)).......((((......))))......(((((((((((((((((.(((.((......))..))))))..))))....(..(((((.........)))))..))))))))))))))).)))))).....)))))))).(((((((((((((((((...((.((((..((((((.((................))))))))..))).).)).....)))))).))))..)).))))))))))))))))...(((((.(.((((....((.((.....)).)).....)))).).)))))..))))))..)))..))))))....))))...))))))))).)))))..)..)).)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,.......|{{{({.{{{...{(.{(({{,,,..{|||{.....{{{{{{(((({..,((((.....,,,|||}...(((((...,||,|||..({((((((,..(((..,{{,,,.{{{{{{{{((,|({{||(({{,.,.,,||}|||.,|.}..)))}|||}}|||||,.}}|,|}}}},..{|||.,,,)}|||||||}|||||,,|||}{|||||{..|||.{,((((.((((((((({((((...))))........,((((((((((({{(,,,,,(((.{{{,,..,)))))},...}))))))))....))))))))))))).)))),|.,,{||||..{((({{{{{{,,|,..(((.(((((((({(,({{({{{(((,(({,.,,(({...,|||,....|||,|||.}}.},...((({......))))|||,...))}.,}||,{{{{.}}.,|)},.}}|{{|{{((.((.((((({{(,......}}}))}..,(({,,...((((,{((.((((((..((((......))))((((({{...........})))).))..((((((((.((....)).))))))))...)))))).))))))).....)}}.,,)}...})))).))))))}},}})))}))))))))))).,..}|||}||||.,.,,....{{{{{{|,,,.,|||||}|{{,...{,,..|{..((((({(((({{(({..{|{{{|.|{,,,{{{.,,,.||||.((((((|...,)))})),,{,,{(((......{|||}...|,|,......}}},..,}}|}}},}},,,.........,,,,.((((((((((((((((({....{{((((((((((....)))))..))))).}|{{{{{{{((((......}||,.....,|,|,(((((,((((((,{(((.,(......,)..)))))),.,)))..}}}},(((((.........)))))}})),))))))},)))).)))))).....)))))))).||{{{|,((((((((({...{{.{{((,.{{((({.((...........,,,,.))})))}}..))).},)),..,,)))))).)))).,)},))))||||},,,,,))},.{((((.{.((((....((.((.....)).)).....)))).).))))}...)),)))}),.})))}}))),,))))))..}),))))}}.)))))))},,})})))....,,},,.
Back