Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001077491.2
Sequence Length
1378 nt
GC Content
0.5798
AGGAGGAGGCAGUGGCCAGGAAGGCACAGGCCUGAGAAGUCUGCGGCUGAGCUGGGAGCAAAUCCCCCACCCCCUACCUGGGGGACAGGUGCCUGGGUCUCAGCGCAGUGCCGAUGGUGGCCCGUCCUUGUGGUUCCUCUCUACCUGGGGAAAUAAGGUGCAGCGGCCAUGGCUACAGCAAGACCCCCCUGGAUGUGGGUGCUCUGUGCUCUGAUCACAGCCUUGCUUCUGGGGGUCACAGAGCAUGUUCUCGCCAACAAUGAUGUUUCCUGUGACCACCCCUCUAACACCGUGCCCUCUGGGAGCAACCAGGACCUGGGAGCUGGGGCCGGGGAAGACGCCCGGUCGGAUGACAGCAGCAGCCGCAUCAUCAAUGGAUCCGACUGCGAUAUGCACACCCAGCCGUGGCAGGCCGCGCUGUUGCUAAGGCCCAACCAGCUCUACUGCGGGGCGGUGUUGGUGCAUCCACAGUGGCUGCUCACGGCCGCCCACUGCAGGAAGAAAGUUUUCAGAGUCCGUCUCGGCCACUACUCCCUGUCACCAGUUUAUGAAUCUGGGCAGCAGAUGUUCCAGGGGGUCAAAUCCAUCCCCCACCCUGGCUACUCCCACCCUGGCCACUCUAACGACCUCAUGCUCAUCAAACUGAACAGAAGAAUUCGUCCCACUAAAGAUGUCAGACCCAUCAACGUCUCCUCUCAUUGUCCCUCUGCUGGGACAAAGUGCUUGGUGUCUGGCUGGGGGACAACCAAGAGCCCCCAAGUGCACUUCCCUAAGGUCCUCCAGUGCUUGAAUAUCAGCGUGCUAAGUCAGAAAAGGUGCGAGGAUGCUUACCCGAGACAGAUAGAUGACACCAUGUUCUGCGCCGGUGACAAAGCAGGUAGAGACUCCUGCCAGGGUGAUUCUGGGGGGCCUGUGGUCUGCAAUGGCUCCCUGCAGGGACUCGUGUCCUGGGGAGAUUACCCUUGUGCCCGGCCCAACAGACCGGGUGUCUACACGAACCUCUGCAAGUUCACCAAGUGGAUCCAGGAAACCAUCCAGGCCAACUCCUGAGUCAUCCCAGGACUCAGCACACCGGCAUCCCCACCUGCUGCAGGGACAGCCCUGACACUCCUUUCAGACCCUCAUUCCUUCCCAGAGAUGUUGAGAAUGUUCAUCUCUCCAGCCCCUGACCCCAUGUCUCCUGGACUCAGGGUCUGCUUCCCCCACAUUGGGCUGACCGUGUCUCUCUAGUUGAACCCUGGGAACAAUUUCCAAAACUGUCCAGGGCGGGGGUUGCGUCUCAAUCUCCCUGGGGCACUUUCAUCCUCAAGCUCAGGGCCCAUCCCUUCUCUGCAGCUCUGACCCAAAUUUAGUCCCAGAAAUAAACUGAGAAGUGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-526.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -551.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 267.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((((((((..(((((.((....(((((((((.(((.((((..((((((.....((((((((((....))))).((((.(...((((((..((.....(((.(((((.((....((((((..((((((.......))))))))))))....)).))))))))....)).)))))))))))...)))))))))))..)))).).)).)))....))))))((((((((((((((((................)))))..)))))))).)))........)))))))...((((((...(((((....(((((.(((((((((((..((((((((((.((.((...(((((((.((.(((.......))).)).))))....))).)).)).)))).))).((((..((....))...))))............((((((((((((..(((.(((.(((...))).))))))..)))))))..)))))(((((...)))))...)))..)))))))).))))))))(((..((((.........))))...))).........(((((..........)))))..)))))...)))))).))))))))))...((((.((..((.(((......))).))..))...)))).........((((.......))))...)))))))))..(((((((......)))))))(((((((((((((..((((((((((....(((.((........)).))).......))))))))))....).))))))).)))))..((((((..(((((.(.(((((((((((.(.(.((((.(.(((....))).)))))).).)))).....(((((........)))))..(((((.((((((((((((..((.....))..)))))).(((((((..((((((...((((......))))...(((((((......).))))))....))))))..))))))).((((((...))))))))))))...)))))..........(((((((.......)))))))......)))))))))))))((((((((((..(((((((.........................(((((.((.(((((((.............(((((((((..........((((((((.(((((((.(((......((((.((.....))))))......))).).))))))((((....))))......)))))))))))))))))..))))))).)).)))))((..............)))))))))........))))))))))))))))(((...(((((...........)))))....)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((((((((((((..(((((.((....((((((,,{.((((({({,.((((((...,{(((((((((.....))))).((((.(...((((((..({,,.{,(((,{((((.((..{.((((((..((((((.......)))))))))))).,..)).)))))))).,,.)).))))))}))))...}})))})}}}}.}))))}.,,}.)))})..))))))((((((((((({(((({{,......,,,,...})))}..)))))))).)))........)))))))...((((((...(((((....(((((.(((((((((((..((((((((((.((.((.,,{{{((((.((.(((.......))).)).))))....))).}}.)).)))).))).((((..((....))...))))......,,{{{.((((((((((((..(((.(((.(({...})).))))))..))))))).,,)))),,|||...}}}}}...)))..)))))))).)))))))).||,.((((.......,.)))}{,,,},,.}},....(((((..........)))))..))))).,.)))))).))))))))))...((((.((..((.(((......))).))..))...)))).........((((.......))))...)))))))))..(((((((......)))))))(((((((((((((.,((((((((((....{{(.((......,.)).))).......)))))))))).,..),})))))).)))))..((((((..(((((.(.((((((({{{(.{.(.((((.(.(((....))).)))))).|,))}}.....(((((..,....,)))))..((((({{(({(((((((({{(({{.,,|,.{||,||||(((((((..((((((...((({......)))}.,,((((((,......).)))))),...))))))..))))))}.|,,,,|,..)})))}}))}}|..}),}})}))}}..))}|{|||||,,,,...)))))}}..,,,,)))))))))))))((((((((((..(((((((...........|,...........,(((((.((.(((((((.{{..........(((((((((.,........,(((((((.(((((((.(((......(((,,((.....))))))......))).),})))))((({....})))......)))))))))))))))))})))))))).)).)))))}.............,,).)))))))...,,,,.}}}}))))))))))))(((..,{({{(..,,,......}))))}...)))..
Back