Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001077526.3
Sequence Length
2296 nt
GC Content
0.5579
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-896.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -938.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 501.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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