Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001080379.2
Sequence Length
1549 nt
GC Content
0.4668
GCUUAGCAACCGGGAGGCUUACCUUUGGAAGCUUGUUGCAGCUCUAGCCAAGGUCCUGCCCUCUUCCCGCCCCGCCCCUAGGGUCCAGCUCCCUUCACCUAGGAGCUGCCAAACAUCUGGAUCAACCUGGGCACUACGAGGGGUUGAAUUUCUACCAUUAUCGCGCCUUUUGAUAUUUUUUUCCAGACCUCCUGCUCACAUCCGUAAAGCCCACUGAUUCUUUUACUACACUUUUUAUGAGAACAAGACAUUUUCUAGGAAGAUGGUGGCAGAAAAAGAGACCCUGAGCUUAAACAAAUGCCCAGACAAGAUGCCGAAGAGGACCAAGCUGCUGGCACAACAGCCGCUCCCGGUGCACCAGCCUCACUCUCUGGUUUCUGAGGGUUUCACAGUCAAAGCCAUGAUGAAAAACUCAGUCGUGAGAGGCCCUCCAGCUGCAGGGGCAUUUAAAGAAAGACCAACCAAGCCCACAGCAUUUCGAAAAUUCUAUGAGCGAGGUGACUUCCCAAUUGCCCUUGAGCAUGAUUCGAAAGGAAACAAAAUCGCCUGGAAGGUAGAAAUUGAGAAGCUGGAUUACCAUCAUUAUCUGCCUCUGUUUUUUGAUGGGCUUUGUGAAAUGACAUUUCCCUAUGAGUUUUUUGCUCGGCAAGGAAUCCACGACAUGCUGGAACACGGUGGGAACAAGAUCCUACCUGUCCUUCCACAGCUCAUUAUCCCGAUAAAAAAUGCCUUGAACCUCCGAAACCGACAGGUCAUCUGUGUCACUCUCAAGGUCCUCCAGCAUCUGGUUGUGUCAGCUGAGAUGGUGGGCAAGGCCUUGGUGCCUUAUUACCGUCAAAUCCUCCCUGUCCUGAACAUCUUUAAGAAUAUGAAUGUGAACUCCGGAGACGGCAUUGACUACAGCCAGCAGAAGAGGGAGAACAUUGGGGACUUGAUCCAGGAGACACUGGAGGCCUUCGAGCGCUACGGAGGAGAAAAUGCCUUUAUCAACAUUAAGUACGUGGUCCCAACCUACGAGUCUUGCUUGCUAAACUAACAGUGGCAGCAGCUGGGACUUGAAACCUCCCGUUGGUGUUGGGAUCAUCUGUCUCUGUUGCUUUUAGCAUCUCAUUCCUUGUGACUUCCACAGCUUUCUUUUCUACAGCUGCUAAAAUAGUGGCUUAUGGGCCAUUGGACUGUUAGCCCUAUUGAGAGCAAGGCUUUCCAAUACAUAAAUAGUGUCUGUUUCUUAGAUUACAAUAGUGUACUGUGCUUAUUUGUUCUAAGAGAAGAAUUGCUUCUUUAUACAGCUCCGACAGAAGCAGGAGUCCGAGUUAAACCUUCAGUUGUAUAGACAAUAAACUAUAAUUUUCAUAUGCAAUUCAGCAAUUGCUGUUCUGUGUGUGCCUGCCCUGGGGGUGAUGUCAGAGGUUGUAAGGGAAGAGUUUAUGCUGACUGCUUACUAGGUGUUUGUCAUGGAAGAGAAGCAUGGGUUCAGCAGUGCCUCUCUAGCAGCUGUGCGGAAUAAUGUGCUUUGACAUUCAAUAAAACUGUUGAAUCUAUAUUCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-469.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -498.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 366.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((....(((((((..(((((((((.(((......)))))))...)))))......((((((((((((((((((((((((.(((((((.........)))))))(((......)))......(((((((...(..((((((...(((((.((((((((...(((...(((.((((.((((((.....))).........((((((...........))))))..............))).)))).)))....)))..)))))))).)))))....))))))..)..........)))))))........((.....))....(((.((((......)))).)))...((((((((((.(((...((((.(((((((((((((..((((((.....((((((((.....))).)))))...(((((..(((((.((((((((.((...(.(((....(((..((.((.((.((((...)))).)).)).))..)))..))).).)).))))))))))).))....(((((((((.......((.((((((..(.((..(((((.((((((.......((((.(((.(((((((....(((((((((.((.(((..((((.((((...(((((.....)))))....))))((((........))))....(((((((......))))))))))).))))).)))))))))..............(((((((((((((.........(((((.((((.((((.((((((.((.((((..(..((((((((((((((((.((((((((..(((((......))))).))))))))..........(.(((.((.(((.((((......)))).)))...)).))).)))))..)))).)))))))).....)..)))).)).))))))...)))).)))).))).)))))))..)))))).)).)))))))))).)))).......(((((...((((.(((((((((((...(((((((((((.(((..(((...)))...)))))).))))))))..(((.......)))))))))))))).)).)).)))))..)))))).)))))....)).)..))))))..)))))))))))...((((((((...))))))))...)))))....)))))).))))))....((((((((......((.(((((.......(((((.....))))).......))))).))......)))))))).(((((((.....)))))))............))))))).))))...)))..........(((((((((((.(((........))).)).)))))))))((((....))))..))).))))))).))))))))))))......).))).....)))))))).........((((((.(((..((((((.((......)).)))))).)))..))))))))))))).....)))).))((((((((((......))))((((((....)))))).....))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.((((..,.(((((((..((((((((.{(((......))))}}}.,,)))))...,,.(((((((((({,((((((((((((.(((((((,,......,))))))){{{......}|},,,...{{(((((...(,,((((((...{{{{{.{{{{((((,..|||..,||,.......||||{|.,,,|||{{....,,,{|,,,{,,,.,{..{{{{,|{|{,,..,,{{{||.|||||..,,...}}}}},)))},)})))))).))))}.,,.}}}}||,.|,.........}))})))...{{{,{({{.{{{({{,,.(((.((((......)))).)))...|||{{,,,,|}|{|.||||{|}||,|||{((((((,.((((((.....((((((((.....))}}))))).},(((((,,{{(((.((((((((.,,...(,{{(....(((..((.((.((.((((...}))).)).)).))..))),.)))}..,,.))))))))))).}}....(((((((((.......((.((((((.|(,{{..(((((.((((({.......((((.(((.(((((((....(((((((({.{({(,(,.((((.{(((...(((((.....)))))....)))}((((,.....,.))))....(((((((......))))))))))).))}))})))))))))..............((((((({((((({....,..,{((((.((((.((((.((((((.((.((((..(.,((((((((((((((((.((((((((..(((((......))))).)))))))).....{{{(..,{,,.,.{(((,,{{,......,)})})),....,.)))),))))..)))).)))))))).,,..}..)))).)).))))))...)))).)))).))).)))))))..)))))).)).)))))))))).)))).......(((((...((,(,(((((((((((,,.((((((({(({{(((..{((...}}),,.)))))).})))))))..{{{.......))}))))))))))).}),)).)))))..}})))).))))).,..}}.}|.))))))..)))))))))))...((((((((...))))))))...)))))..},)))))}.}))}}|{{,((((((,,.}|}}},,,,|{{{{.....|}}|{|,{{(((((((..({(({{{,({{...}))},,,)))))))))))||||,..,}}}}))},,,,..}}|..,,}}),)))}))))}..|||.......,,.,(((((((({|.|{{........}},.,|,||||||},.((((....))))...))})))))},.))))))))))))......}.))}.....)))))))).....,,..((((((.(((..((((((.((......)).)))))).)))..)))))))))))))..,..)))).))((((((,{((......))||((((((....))))))},...))))))..
Back