Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001080518.2
Sequence Length
1303 nt
GC Content
0.4160
GCCUCUGGAAGGAUCUGGAAUGCACCUGAAGCUCCCAGGACUUGAAGACAGACCUCCAAAGACUUGGAUCAGGCAGAUCCCAAAUGUGGCAGCUUUUAGCAGCAGCAUGCUGGAUGCUUCUUCUUGGAUCUAUGUAUGGUUAUGACAAGAAAGGAAACAAUGCAAACCCUGAAGCUAAUAUGAAUAUUAGCCAGAUUAUUUCUUACUGGGGUUAUCCUUAUGAAGAGUAUGAUGUUACAACAAAAGAUGGUUAUAUCCUUGGAAUUUAUAGGAUUCCACAUGGAAGAGGAUGCCCAGGGAGGACAGCUCCAAAGCCUGCUGUGUAUUUGCAGCAUGGCUUAAUUGCAUCUGCCAGUAACUGGAUUUGCAACCUGCCCAACAACAGUUUGGCUUUCCUUCUGGCAGAUAGUGGUUAUGACGUGUGGUUGGGGAACAGCCGAGGAAACACUUGGUCCAGAAAACACCUUAAAUUGUCACCGAAAUCACCGGAAUACUGGGCCUUCAGUUUGGAUGAGAUGGCUAAAUAUGACCUUCCAGCCACAAUCAAUUUUAUCAUAGAGAAAACUGGACAGAAGCGACUCUACUACGUGGGCCACUCACAAGGCACCACCAUAGCUUUUAUAGCAUUUUCUACAAACCCAGAACUGGCUAAAAAGAUUAAGAUAUUUUUUGCACUGGCUCCAGUUGUCACAGUUAAAUACACCCAAAGUCCUAUGAAAAAACUAACAACCCUUUCCAGGCGAGUAGUUAAGGUGUUGUUUGGUGACAAAAUGUUCCACCCUCAUACAUUGUUUGACCAAUUCAUUGCCACCAAAGUGUGCAAUCGAAAGCUAUUCCGUCGUAUUUGCAGCAACUUCCUAUUUACUCUGAGUGGAUUUGAUCCGCAAAACUUAAAUAUGAGUCGCUUGGAUGUUUAUUUGUCACACAAUCCUGCGGGAACAUCUGUUCAGAAUAUGCUGCACUGGGCUCAGGCUGUUAAUUCUGGUCAGCUCCAAGCUUUUGAUUGGGGAAACUCUGAUCAGAACAUGAUGCACUUCCAUCAGCUUACACCUCCUUUAUACAACAUUACUAAGAUGGAAGUUCCAACAGCAAUAUGGAAUGGUGGACAGGACAUUGUGGCUGAUCCCAAGGAUGUUGAAAAUUUACUUCCUCAAAUUGCUAACCUUAUUUAUUACAAGCUGAUUCCACACUACAAUCAUGUGGAUUUUUACCUUGGAGAGGAUGCACCUCAGGAAAUUUACCAAGACCUAAUUAUAUUGAUGGAAGAAUAUUUACAAAAUUAAAUGCACUUUACUUUCUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-347.67 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -374.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 338.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.((((.((.((((.....((((((.......))))...))....)))))))))).)).....(((((.((((((((.....(.((.(((.(((((((......))))))).))).)).)..)))))..))).)))))......((((((..((...((((....(((..(((((((....))))))))))((((((((((..(((((....)))))..))))).)))))............((.((((((.(((.((((((((...))))))))...))).((((..((((((((((.....)))).((((((((((((....))))))).))))).((((((((((((((.....(((....(((.(((........))).)))....)))..))))))))).)))))(((..((.((((((.((..(((((((((......))))))..................)))..))..))))))))..))))))))))))).((((((.........)))))))))))).))((((((((((...............((.((((((((((..((((.....(((.(((((((........))).))))..)))(((((.((((...((((........))))...))))))))).............)))).)))..))))))).))...................(((((............(((((((((....(((.....))))))).)))))(((((.(...(((((...........)))))...).)))))(((((((((((....))).))))).))).((((((((((......(((((((..(((.............((((((...))))))...(((((....)))))(((..((((................)))).))).((((....)))).)))..)))))))(((....)))((((((..((((((((((((((((........)))))).....))))))))))........(((((((((...............................)))))))))...))))))...))))))))))....)))))))))))))))((((...)))).(((.((((...(((((((((....................((((.(((.((((((.........))))))...))).))))..((((.....))))(((.............))).......)))).)))))...)))).))).......)))).))..))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,({.(((,,((.((((.....,,((((.......))))...||....)))})))))).)).|||||{{{{|||{{((|{.,...{.{(,(((.(((((((......))))))).))).}}.|||)})))}.,||,|}|||......,{,,{{..||,.,||||....(((..(((((((....)))))))}}}...,,{{{,..((((((((((((((.{.{((.(((,{{{{{..,..,....,.,|}},,}}||{.(((((((,...})))))))...|||{{,,||.((((((((((.....)))).((((((((((({....})))))).))))).,,,{{(((((((((.....(((....(((.(((........))).))).,..)))..))))))))).}||||((,(((({((((,.((((((((((((((......)))))).................{((((((((({..((((..{,((((.,{(({...,..,((,{((,.(((((..,........}..)))))...}},.{(((.((((((.((.((((((((((..((,,.....,,,.(((((((........))).))))..}}}(((({.((((...((((........))))...))))})))).,.........,,))}}.|||..}}))))),)).,,||.....,,........}})))))).})},........,,..,},)))).)))},))..)))).,.))))))))))}..)))))).)).,},}))},,)),)))}),.{((((((((((....))).))))).))},|||||..|}},,,...(((((((..{{{.,,,,{{..,,,,((((((...})))))...{{{{|,,,.,)))}(((..(((({,...........}}.}))).)))}{{{{..,.)))),)),..)))))))))))))}).,((,{{{,.((((((((((((((((.,....,.)))))).....))))))))))..},}}}},|||||((({{{{,.......,,.................),||||,}},}}}.,{{{{{{.||||,,|||{{{.,,{{{{{|,||{,,,,,.))}},}}}}}|,....}}}}}}||||||.}}}}}}..............,|||}}||.((((((.........))))))....})}))),}.))))))).)))))))|,,,,...,}},,...........,}||.}||||,,,||||,......},,,})},.,}..}}}}},....
Back