Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001083113.2

Sequence Length

1905 nt

GC Content

0.6472

GGGGAACACACUCGCUGCAGCCCCGCCUGGGCCACGGCACCCUCGAGCGCCAGCCCCGCGCCCCACCCGGGAGCAGCGAGCCACCGGCGCGCUCCCCAGGAGCCCCUGCAGGCGCCGGCCCUGGUCCAGCGCCUCCCUCUCUCAGCAUGGACGAGGAGAGCCUGGAGUCGGCCUUGCAGACCUACCGUGCGCAGCUGCAGCAGGUGGAGCUGGCCUUGGGCGCCGGCCUGGAUUCGUCUGAGCAGGCUGACCUGCGCCAGCUGCAGGGGGACCUGAAGGAGCUCAUCGAGCUCACCGAGGCCAGCCUGGUGUCUGUCAGGAAGAGCAGCUUGUUGGCCGCGCUGGACGAAGAGCGCCCGGGCCGCCAGGAAGAUGCUGAGUACCAGGCUUUCCGGGAGGCCAUCACUGAGGCGGUGGAGGCACCAGCAGCGGCCCGUGGGUCCGGAUCAGAGACCGUUCCUAAAGCAGAGGCGGGGCCAGAAUCUGCGGCAGGUGGGCAGGAGGAGGAAGAGGGAGAGGACGAGGAAGAGCUGAGUGGGACAAAGGUGAGCGCGCCCUACUACAGCUCCUGGGGCACUCUGGAGUAUCACAACGCCAUGGUGGUGGGAACGGAAGAGGCGGAGGAUGGCUCGGCGGGUGUCCGUGUGCUUUACCUGUACCCCACUCACAAGUCUCUGAAGCCGUGCCCGUUCUUCCUGGAGGGAAAGUGCCGCUUUAAGGAGAACUGCAGGUUCUCCCAUGGGCAGGUGGUCUCUCUGGAUGAGCUGCGCCCCUUCCAGGACCCAGACCUGAGCUCCCUGCAGGCCGGCUCUGCGUGUCUGGCCAAGCACCAGGAUGGCCUCUGGCACGCAGCACGCAUCACCGAUGUGGACAACGGCUACUACACAGUCAAGUUUGACUCGCUGCUGCUGAGGGAGGCCGUGGUGGAGGGGGACGGCAUCCUGCCCCCACUGCGCACAGAGGCCACAGAGUCCGACUCAGACAGCGACGGUACGGGUGACUCCAGCUAUGCCAGAGUGGUGGGGUCAGAUGCUGUGGACUCUGGGACCUGCAGCUCUGCCUUUGCUGGCUGGGAGGUGCACACGCGAGGUAUAGGCUCCAGACUCCUCACCAAGAUGGGCUAUGAGUUUGGCAAGGGUUUGGGCCGACACGCGGAAGGCCGGGUGGAGCCCAUCCAUGCUGUGGUGUUGCCUCGAGGGAAGUCGCUGGACCAGUGUGUGGAGACCCUGCAGAAGCAGACCAGGGUUGGCAAGGCUGGCACCAACAAGCCCCCCAGGUGCCGGGGAAGAGGGGCCAGGCCUGGGGGCCGCCCAGCUCCUCGGAAUGUGUUUGACUUCCUCAAUGAAAAGCUGCAAGGUCAGGCUCCUGGGGCCCUAGAAGCCGGGGCGGCCCCAGCGGGGAGGAGGAGCAAGGACAUGUACCAUGCCAGCAAGAGUGCCAAGCGGGCCCUGAGCCUGCGGCUCUUCCAGACUGAGGAGAAGAUCGAGCGAACCCAGCGGGACAUCAGGAGCAUCCAGGAGGCUCUCGCCCGCAACGCUGGCCGGCAUAGCGUGGCGUCAGCCCAGCUGCAGGAGAAGCUGGCAGGAGCCCAGCGCCAGCUGGGGCAGCUCCGGGCUCAGGAAGCCGGCCUGCAGCAGGAGCAGAGGAAGGCAGACACCCACAAGAAGAUGACUGAGUUCUAGAGACCCCACAAGCACUAUGGACGAAGCGUGGGACCCCAGCACGGGCUGCCCUCAGGAAGACCAGUGUUGCCCGAGGAGGGGCCGGCCUGCUGGCCUGGGGCGUGCAGACACUGCUGAGUGGAGACAGAGCUGCGGGGUCCCAUCUGGACACUUACUUGCCCACCUGCCAGUGUCUUGGGCAUUUCCUUGGCAAGGACAUUAAAGUGAUUUCAUCACAGUGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-887.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -917.76

Frequency: 0.0000

Diversity: 406.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((......((((((((...((((..((((.(.(((.......(.((....)))))).).))))..)))).))))))))...(((((((.((...((((....)))).)))))))))))))((((((((((.((((((...(((((((((.((((((...((((((((.(((((((.........((((((((((((((..(.(((.((((((((((((((((((((((..(((....))))))))))....)))))..((.((((....)))).))((((((...))))))..))))))))))))).)..))).)))....((((.(((.(((((.((.((((.((.....)).)))))).))))).))).))))...(((((((((((((.((((((((((.(((..(((((..(((((((((.(((((((..((((..(((........)))..))))..((((((((...)))....))))).(((((.((((...((((((((..(((...((....(((.((..((((((((....((((((((((((.......(((...)))(((((((((.(((((((.(..((((.(..(.((....)).)..).))))..)))).)))).).)))))))))))))).))))))....))))))))....)))))....))...))).))))))))((((((...((((.((((...((((((((((..((((......))))..))))).)))))....)))).))))))))))((((.......)))).))))))))).)))).)))))).)))))).)))..))..)))))))))))))((((.(((((.((((((...)))))).................(((((....))))).)))))))))..)))))))).)))))..(((((.(((....)))))))).))))))))..(((((.((((((((.......((((((..........((((((((.((((......))))))))))))..)))))))))))))))).)))(((.(((((((......)))..)))).)))....)))))))...)))))))).)))))).(((...)))((((......)))).......(((((...(((.(((....))).)))..)))))))))))))).(((...)))..)))))).).)))))))))(((((((((.((((((((((..(((..((.(((((((((.(((((((.((.....((((((((((((((..........)))...)))))))))..))....((((((((...(((((((.(((((((..((....((((((.((((.((((((((((.(((........(((((.((((((((((.(..(.((..(..((.((((...)))))).(((....)))...((((((...((((((.(.((((((((.(.(((.((...............)))))).))).....))))).....).))))))..))))))...(((((((.((.....)).).))))))((((((........))))))...)..)))..).)).)))))))).)))))))))))))).)))))))))))))).....))))))))).))))))).....((((..........))))......(((((..((............)))))))....((((((.((((.((....)).)).)).)))))).))))))))))))))))))))))))))..))..)))...((((....)))).........))))))))))))))....)))))..((((((....((((.........)))).......))))))((((((...(((((...))))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((....,.,,,{,||,..||||{{{(((({,..(((.,....,.{.(((((((|{{{((({{,..,|||.}},||}.{{{.,,|||{||||||,,.||.||.,|||{|||}|||||{{((((((((((({,((((((,,.(((((((((.((((((...((((((((.(((((((....,,.,.((((((((((((((,{{.(((.((((((((((((((((((((((..,{{....)},)))))))....))))}..((.((((....)))).})((((((...)))))).,))))))))))))}.)}.))).)))....((((.(((.(((((.((.((((.((.....)).)))))).))))).))).))))...(((((((((((((.((((((((((.(((..(({{(,{{((((((((.(((((((..((((..(((.,,...,,)))..))))..((((({{(...}}}.,..))))).(((((.(((({{{,(({((((..(((...((.{..((,{((,,((((((((....((((((((((((.......(((...)))(((((((((.(((((((.(..((((.{..(.((....)).)..}.))))..)))),}))).).))))))))))))))))}))))....))))))))...,)))))...,)).,.))).))))||||((((((...((((.((((...((((((((((..((((......))))..))))).)))))....)))).)))),))))))}}},.}}...))),.))))))))).))))}}))))).)))))).})),.))..)))))))))))))((((.(((((.((((((...))))))......,..........(((((....))))).)))))))))..)))))))).)))))..(((((.(((....)))))))).)))))))).,{((((.((((((((.......,{{{{,,{{,,,....((((((({.((((......))))))))))))..)))))))))))))))).))|(((.(((((((......)))..)))).)))....)))))))...)))))))).)))))).(({...}))((((......)))).......(((((...(((.(((....))).)))..)))))))))))))).||{...}}}..)))))).).))))))))))).),}}|}.|.,|||||}}..}}...,}.))))}}))..|||||||.|,.....}}},}}},}}|{(({{{{{{|.,,},(((((((.(.(((((((((..((((((((...(((((((.(((((((..{{....(((((,,((((.((((((((((((({.......,(((((.(((((((({({{.(({(({((..((.((((...)))))).(({....}))...((((((...,,||||}}.}||||||}.,.{{{,,{......}}...,...}}}.{{{||......((({{.{{...}),))))}.)))))).,{((((|,.,,|.},}|)}{({.{{.||((((((........))))))}.}).))),.,).)).)))))))).)))))))))))))),,))))))))))))).....},))))))).))))))).....{{{{..........}))).,....(((((..((............)))))))....((((((.((((.((....)).)).)).)))))).)))))))))))}}))))).).))))))),,}{(|((((((((((.{.((((.{.{{{,{.|{,{({((((.....)))).)}}.}))})))))}.),}))))))},}.)),,})))))))),..((((((...(((((...))))))))))).