Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001085.5
Sequence Length
1576 nt
GC Content
0.5317
ACUACUCCAGACAGACGGCUUUGGAAUCCACCAGCUACAUCCAGCUCCCUGAGGCAGAGUUGAGAAUGGAGAGAAUGUUACCUCUCCUGGCUCUGGGGCUCUUGGCGGCUGGGUUCUGCCCUGCUGUCCUCUGCCACCCUAACAGCCCACUUGACGAGGAGAAUCUGACCCAGGAGAACCAAGACCGAGGGACACACGUGGACCUCGGAUUAGCCUCCGCCAACGUGGACUUCGCUUUCAGCCUGUACAAGCAGUUAGUCCUGAAGGCCCCUGAUAAGAAUGUCAUCUUCUCCCCACUGAGCAUCUCCACCGCCUUGGCCUUCCUGUCUCUGGGGGCCCAUAAUACCACCCUGACAGAGAUUCUCAAAGGCCUCAAGUUCAACCUCACGGAGACUUCUGAGGCAGAAAUUCACCAGAGCUUCCAGCACCUCCUGCGCACCCUCAAUCAGUCCAGCGAUGAGCUGCAGCUGAGUAUGGGAAAUGCCAUGUUUGUCAAAGAGCAACUCAGUCUGCUGGACAGGUUCACGGAGGAUGCCAAGAGGCUGUAUGGCUCCGAGGCCUUUGCCACUGACUUUCAGGACUCAGCUGCAGCUAAGAAGCUCAUCAACGACUACGUGAAGAAUGGAACUAGGGGGAAAAUCACAGAUCUGAUCAAGGACCUUGACUCGCAGACAAUGAUGGUCCUGGUGAAUUACAUCUUCUUUAAAGCCAAAUGGGAGAUGCCCUUUGACCCCCAAGAUACUCAUCAGUCAAGGUUCUACUUGAGCAAGAAAAAGUGGGUAAUGGUGCCCAUGAUGAGUUUGCAUCACCUGACUAUACCUUACUUCCGGGACGAGGAGCUGUCCUGCACCGUGGUGGAGCUGAAGUACACAGGCAAUGCCAGCGCACUCUUCAUCCUCCCUGAUCAAGACAAGAUGGAGGAAGUGGAAGCCAUGCUGCUCCCAGAGACCCUGAAGCGGUGGAGAGACUCUCUGGAGUUCAGAGAGAUAGGUGAGCUCUACCUGCCAAAGUUUUCCAUCUCGAGGGACUAUAACCUGAACGACAUACUUCUCCAGCUGGGCAUUGAGGAAGCCUUCACCAGCAAGGCUGACCUGUCAGGGAUCACAGGGGCCAGGAACCUAGCAGUCUCCCAGGUGGUCCAUAAGGCUGUGCUUGAUGUAUUUGAGGAGGGCACAGAAGCAUCUGCUGCCACAGCAGUCAAAAUCACCCUCCUUUCUGCAUUAGUGGAGACAAGGACCAUUGUGCGUUUCAACAGGCCCUUCCUGAUGAUCAUUGUCCCUACAGACACCCAGAACAUCUUCUUCAUGAGCAAAGUCACCAAUCCCAAGCAAGCCUAGAGCUUGCCAUCAAGCAGUGGGGCUCUCAGUAAGGAACUUGGAAUGCAAGCUGGAUGCCUGGGUCUCUGGGCACAGCCUGGCCCCUGUGCACCGAGUGGCCAUGGCAUGUGUGGCCCUGUCUGCUUAUCCUUGGAAGGUGACAGCGAUUCCCUGUGUAGCUCUCACAUGCACAGGGGCCCAUGGACUCUUCAGUCUGGAGGGUCCUGGGCCUCCUGACAGCAAUAAAUAAUUUCGUUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-568.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -595.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 364.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((........)))))).((((.(((((((.((((((((((...))..)))))).))..((((((........)))))).((((..(((((....((((((.((((...)))).))))))....))).)).....))))(((((..((((((......(((...((....))....((((((..((....))..)))))).......(((((....)))))....((((((((.((((....))))......))))))))((((((((((.(((((...(((...(((..(((..((((((((((.((((.......((((((((((((.(((....(((((((((.((.......((((((((((...(((..(((((.(((...))))))))..)))........(((((....(((((((.((.(((.((((((((.(((((((((((((.(((...(((.(((((......)))))....)))....))).)))).)).))))))).))))....)))).))))).)))).)))..))))).)))))))))).......)).)))))..((((((.(((((....))))........((((((((......((((.(((((.....((((......))))..((((((((((((.(..((..((..(((....(((.((...((((((((............))))))))....)).))).)))..))..))..)))))))))))))...((((((((.....(((((((....)))))))......))))).)))..........))))).))))((((((......)))))).)).))))))).))))))(((.(.(.(((...))).).).))).....((((((...(((.......))))))))).)))).....)))..)))))))))))).)))).))))))))))..)))..)))(((((...(((((.((.(((((...........))))).)))))))...))))).......))).))))).))....(((((..((..(((((....)))))...))..)))))...))))))))..(((((((((((((..(((((.((...((((((((((((......((.((((.((((((...((((((((...........((((((...)))))).........))))))))..)))))))))).))....)))))....((((((((((.(((.....)))((((.((..((((......))))....)).))))(((((..((((...((((.(((.......((((((.....))))))..........)))))))))))..)))))..))))))))))........))))))).))))))).....))))))))))))).....((.(((((((.....))))))))))))......))))))..)))))((((.(....)))))))))))......(((.((((((((((.((((((((((...)))))))))))))))).))))...)))............).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{(((((,.,,.{{{|}||||.,{{,{{{(({,..,,{((({(({.{,{,{{|||}}|.|...((((((........)))))),|{||}.|||||,...{({(((.(((|...)))}.))))))..,.)}}.,|{,...,|||((,{{{..{{((({,.,{{{{,.,,(({{,.......((((((..((....))..)))))).......(((((....)))))....((((((((.((({,,..}}}),.,,..)))))))),,,((({{,,.,||||,..}}}}}}(((..(((..((((((((((.{{((.......((((((((((((.,,,....,,,,(((((.((.......((((((((((...(((..(((((.(({...})))))))..)))........(((((..{{((,((((.((.(((.((((((((.(((((((((((((.(((..,((({(((((......))))),,,.}},....))).)))).)).))))))).))))....)))).))))).))))})),..))))).)))))))))).......)).))))){{((((((.(({((....}|||{.,{..({,,,,||||}.},..((((.(((((.....,{{{..,...|}}|{,((((((((((((.,..{{..{{..(((,...(((.((...((((((((............))))))))....)).))).)))..}}..}).,})))))))))))}...|||(((({.....(((((((....)))))))..,...))))).))}..,,......))))).))))((((({......})))))}}.,}}))))).)))))}|}}.....(((...))).|,|,,,{{{.{.((((((...{{{.......))))))))).)})),,},.,)),,))))))))))))}).}}.))))))))))..)))..))){{{{{,,.(((((.((.(((((...........))))).))))))).,,|}}}}....,}},...},,,,.)))})}})},}))}}..|,|||.{{{||||....},}})))),..(((((((({..(((((((((((((..(((((.((...((((((((((((.....,((.((({{((((((...((((((((...........((((((...)))))).........))))))))..)))))))))).)).,..))))),...(((((((((..((..((({.((((,{{....{(((,,.,,.}}}}...{({.....||||,..{((,....,||,,,,.......((((((.....)))))).........,)))))))))))).))))..))))))))))).,...,..))))))).))))))).....))))))))))))).....{{.(((((((.....)))))))||{{{.{{({.|{||.,..)))})}})),,...,((((((((,........))))))))|(((((.((((((((({...}))))))))))))))},))))))))..............)}))),
Back