Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001093756.2
Sequence Length
2892 nt
GC Content
0.3562
CCCCGUAGGCUGUGGGUCAAAAGUGCCGGUCAAAAUGGAAGUGAAUCCCCCUAAACAGGAGCACCUGCUGGCGCUAAAAGUGAUGCGGCUGACUAAGCCUACUUUAUUCACCAAUAUCCCAGUAACAUGUGAAGAGAAAGACUUACCUGGAGAUCUCUUUAACCAGCUGAUGAGAGAUGAUCCUUCAACCGUUAAUGGUGCAGAAGUUUUAAUGUUGGGAGAAAUGCUGACUUUACCACAGAAUUUUGGGAAUAUAUUUUUGGGAGAGACCUUUUCCAGUUAUAUCAGCGUUCAUAAUGAUAGCAAUCAAGUUGUAAAAGACAUAUUAGUAAAAGCUGAUCUUCAGACAAGUUCUCAGCGUUUAAAUCUUUCAGCCUCCAAUGCUGCAGUGGCUGAACUUAAACCGGAUUGUUGUAUUGAUGAUGUCAUACAUCAUGAAGUCAAAGAAAUUGGAACACACAUCUUGGUAUGUGCUGUGAGUUAUACAACUCAGGCUGGAGAAAAAAUGUAUUUCAGAAAAUUCUUCAAAUUUCAGGUUCUCAAACCAUUGGAUGUGAAAACCAAAUUUUACAAUGCAGAGACUGAUGAAGUAUUUCUGGAAGCCCAGAUUCAGAAUAUGACAACCUCACCUAUGUUUAUGGAGAAGGUUUCACUGGAGCCAUCUAUUAUGUACAAUGUAACAGAAUUAAAUUCAGUCAGCCAAGCUGGAGAAUGUGUGUCUACGUUUGGGUCAAGAGCAUAUUUGCAACCAAUGGAUACACGCCAGUACUUAUACUGCCUAAAGCCAAAGAAUGAAUUUGCAGAAAAAGCAGGCAUCAUUAAGGGAGUAACAGUAAUUGGAAAAUUGGAUAUAGUAUGGAAAACAAAUCUAGGUGAAAGGGGAAGGUUACAGACCAGCCAACUUCAAAGAAUGGCUCCAGGUUAUGGAGAUGUUAGGUUGUCUUUGGAGGCAAUACCAGAUACCGUAAACCUUGAAGAACCUUUUCAUAUUACCUGUAAAAUAACAAACUGCAGUGAAAGGACUAUGGAUCUGGUUUUGGAAAUGUGCAAUACCAAUUCCAUCCACUGGUGUGGAAUUUCAGGAAGACAGCUGGGAAAGCUGCAUCCAAGUUCUUCGCUCUGUCUUGCCCUUACUCUGCUUUCUUCAGUACAGGGACUGCAAAGCAUCUCUGGCUUAAGACUAACAGACACAUUCUUAAAGAGAACAUAUGAAUAUGAUGACAUCGCACAAGUCUGUGUGGUAUCUUCUGCCAUUAAAGUGGAAAGCUGAAGGAAACUUCCAAUGUUAGGCUUUUCAUUUAGUUUCACAGAACUGCUCUUUUUGUUACCUUUGUAAAAUGAUGACGUCAACAACGAAGUAAAUAUGUUACUUAAAUUUUCUUUCCUGUAAAAUGGUUAAAAUAUUAAAUAUUUGUUUUGAAGAGAUCUGAUUUUAUCUUGUAAUUUAUAUUUGAAAUGAACAUGUGUAUAUUUUCUACACCUAUUAUUUAAUUUCAUUUCAUUUUAGAUGACCAUUGGACUUUGUUCUCCAAAAGCUGUGUAUCUGAGACCAUUUGUCCCUAGCAAGUUAUCUAGAACACGAGUCAGCACACUUUUUAUGUAAGGUACAAGAUACUAAAUAUUUUAGGCUUUGCAGGCCGUAAGGUUUCUGUCACAAAUACUGAACUCUGCCAUCGUACUUCAAGAGCAGCCAGUAGGCAAAAAAAGUACAGUGGUGUACACAAAAAGAAGCAGUUGGACUCGGGAAGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCGGGGAGGCAGAGGUUGCAGUUAAGCCGAGAUCAUGCUACUGCACUCUAGCCUGAGCGACAGAGUGAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAGAGGCAGCUGGGCAGAUUUGGCCUGCAGGGUAUAGUUGGCUGACCUCAAUCUAGAAGAUAGAGUUGUUUCUUAGAACUUUGUAAUAUUUUGGUUAGAAAUAUUUCAGUUAACUCCAGUUUUUUCCUAGCUAUUCGGUCAGCAGAAAAAGUUUGCUUAAAACAAAGGGGGUAGUCCUCUUAUAACCUGAUAUUUGUCAACACAGUAUAAGCUUUCUAGUUGUUUUCAAAAUUACUGUAAUGGUUUGUGUCUGUAUUUGUAUAUUAUACCUACAAACAUACAUAUCUUUCAGCUACUGAACACAUCAGAAUUGGUUUUACUUUUUAGGUUGUUGAUUUUUUUUAAUUAACUAUUAACUAAGAAUAAUACUUAUUUUCUAAUUAUAAGCCAAAAACCCCUGGGUUUUUUUCUCAUUGAUUAAGCCACUUAUUUUUAUAAGGUAUAUUUAAAUAAUUCCCAUCUUCUGAUAUGAUUUUAAACUCUAAAUCAUGUGUUACUGUUACAAAACUUUCUCUCUCCAUGUAAUCACACUUAGUUAUGAGCAAAGCAGUGAGAAAGUUGAGGUGAUAAACAACUUUGCAGCAUUAAUGUAACAAAAAGUUUCAGUAUUUGUCAGGAAAACAAAAGCUUAGGCUGUUAAAUAAAAGCUAUUCUAUUUUGGUAAGUUGAAAUUCAAGAAUGUAUAUAUAAUUUCUUAAAUGUAAGAGUGCAUUAAAUCAAAUACAAAAAUUGGUUUUUCAAUGCAUCAUUAUUUAUUGCCAUAACAAAUUGUUUGGUCCAAAAUGAAAGCUAUAUUCAGAAGGUUUGCACCUCAAAAUUGAGUAAUAAUUAAUGAAAUGUCUGUACAAAAUAAAGUGCAAGCAGUGUAAAAUUGAAGUCUGUCUUUGUUUCAAAAUGAUUAAGAUUAAAUGAUGAAAUAAUAUUUUAUAGCCACUGCAUUGGAUACUUGGAUUGUUUUUCAAGCAUCUUCUUAUGACUAAAUCUUCUGUUUCAUUCUGUUUUAAAUCUAAAAAGUAAAAUGAUGGUCACUUGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-717.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -774.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 871.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((...(((((.....((((((((....(((......))).(((....)))(((.((....)).))).....)))).))))))))).)))))))..............(((.(((.((...((((((((....(......)....))))))))...((((((.((((.(((...((((.(((......)))...)))).....(((((((((.((((((.(((...((((((((((((((((((((.....(((((((((((((((((((.....((((((.....((((((((((......)))))........)))))......))))))(((((....(((.(((.(((((..((((((((((((..............)))))))........))))).(((..((.(((((((...))))))).))..)))((((.((((....(((((((((((.((.(((.((((((....)))))))))(((((((....((.....)).....))))))).............)).))))..)))))))....)))).))))..))))).))))))..)))))....(((((....)))))....(((((((...........))))))).))))))))))))).((((((((((.((((((((.((((.............((((..(((((...))))).))))(((((((((...((((.......(((....)))..))))))))))))).((((((((..((((.(((..........(((((.(((((.......)))))..))))).))).))))..))).)))))...)))).))))))))((((.......))))..((((...((..((((...))))..))...))))....))))))))))((..(((((((((((((((((....(((((...((((..(((((........(((((((((((((((......(((((...........))))))))))))....((((..((((.(((........))).))))..))))(((((....)))))......(((.(.(((((.....)))))).)))..))))))))(((((((((.((.....((((...((((.(((.((((((.(((...)))))))))))).))))....))))....(((((...)))))((((....)))).....((((((((....)))))))).(((((((((......((((((((((((((....))))........))))))))))((((((((.(((((((((((((((((((((((((((....((((...))))...))))))......(((.((..(((((((....((((((((..(.((((((((((........(((((...))))).......(((((((((.(((((((.(((((((((...(((((.......)))))............)))))))))(((((((((((....((((..((.((((................)))).))...)))).......)))))))))))...((((......))))...))))))).)))))))))...)))))))))).)))))))))....)))))))..)).))).............(((((.((((((........(((....))).....)))))).)))))))).)))))))).)))))))...)).).)))))))))))))))))............)).))))))))).((((((....(((.(((((.((((.((((.((((.......(.((((((((...)))))))).)........))))))))...)))))))))))))))))))))))((((((((((..............((((((((.(.....).))))))))((((((((.....)))))))))))))))))).....((((((...(((........))).))))))((((.....))))......))))..))))).)))))))))))))).)))..))(((....))))))))).))))))))))))).))))...)))....))).)))))).)........))))...)))).))).)))))))))).((((.....))))...(.((((((((((((((((((((((((......)))))))(((((........)))))(((((.........)))))..(((((((....)))))))...((((((((((....(((((.((((...((((.................(((((((((((((((((........))))))))((((..((((((..(((((((((.(((..(((.((.((.....)).))..)))..).)).)))))))))...))))))))))..((((..(((....)))..)))).(((((.(((.(((((.......))))).))).)))))..........((((.(((.(((((((.........(((.(((((..((....))..))))).)))((((..((((((((((((((.........)))))))...)))))))..)))).....((((.((((...))))))))))))))))))))))....)))))))))....)))).)))).)))))..))))))))))......(((((........)))))(((((.((.((((.((((...(((.((((((((..((............))..)))))))).........((....))...((((.((((((......)))))).))))......))).....)))).)))).)).)))))...))))))))))))))))).)..)).))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((...(((((...,.((((((({....(((......))).(({....})){((.((....)).))).....}))}.))))))))).)))))))........,.....,{{,({{.,{,,,{((({{{{..,,({{,,,.|{{.{||||||},.....,,|..|}|}}}|,,}}|,||.,{({{{{{{|}|(({{{{({{,{{,.((((({(,,,,|,||||}.,,,,,,((({{...{{|((((,{({,.,{(({{(({{{{|||||||,..||||,,((..{{,...|||,.||......|||||....||,..{{((({....)))))){{{{{..,,{{||{{|,||{{|..{{||||{(((((.,,,....,,.,|,}})}}}}......,,|||||.(((..((.(((((((...))))))).))..))},{{{,{{{{..,,((((({{,{{{,||,|{|,{(((((....)))))}|||(((((((....({..,,,||{,,..}}|||||....,{{,.,{{{|..}}}}..}}}||||,,..}},,.)))),,))))).))))))},)))))..,,||||(,...}}}}}.,,,...,,|||.,,,,,,.,,,}}}}...}))}))))))))).{((((((((({((((((((.((({.............{(((..(((((...))))).))}}(((((((((...((((..,,{,......,})),..))))))))))))).((((((((..((((.(((..........{{(({.{((((.......)))))..))))).))).))))..)))}}))))...}))).}))))))}{{,,.......|||}..((((.,.((..((((...))))..))..,)))}.}),})))))))||(((((((,.,({{,.{(((((((....)))))}},}}},}).))))}},}},{((((({{{|||||{,...,,{((({.........,,||||}}|}}|||,,,,((((..((((.(((........))).))))..))))|((((....))))}......(((.(.(((((.....)))))).))).,)))))))}(((((((((.(({....((((.,.((((.(((.((((((.(((...)))))))))))).))))....))))....{((({...))))}((({....}})).....((((((((....)))))))).(((((((((.....,((((((((((((((....))))........))))))))))|{((((((.{,{((((((((((((((((((({((((....((((...})))...)})|||{{,...,,|,||,,,,{{{((,,,.{{,((({,,,({({{{{{{{{{...{{{({{{..,,,{{{{{{{{.,,..(((((((((.(((((((.(((((((((...(((((.......)))))............))))))))),{{{{{{{{{{..,{((({..,,.,{||}},..,,,{{{{.{{{}|||.,|,,,||},...}},,))}}))))))),,,{{||......}}}}...))))))).)))))))))...}}},,}}}}|{|||,,,)))}}..,))))))}},).)))}}}}.........|||||.{|||{,..,,,...(((....))).....,}}))),)}))))}}.)))))))),,))))))...,},,.)))))))}))))))))).,,....,....))})))))))))..|||||,...((({({{((.((((,((((.((((....,,,|.((((((((...)))))))).}........))))))))...))))))))))))})}}}|||,..,,(((((({,..,..,,,({{{{{(((({(((,{{{{{,|{||||}||,{(((((((.....)))))))},)))}}}}}},,,||||||||,,,|||.,,,}}}.|||{||,,..{|||},,..,,,,.{((((({....))))))..,|||{(({,...}}}}..{{((({,((((({{,{|{{|(({{{{,,}}},}|||.,,.|||,||||{,|||{,,{(((....,}},.)))),},}}}}}.,}},}})}),},|))}}..,,,}})||.|}|||||||{{{{{{{|||(((((((......)))))))......))))))}},}.,|}}}}}}}}}},,,,,.}),,||{{{{|,,,,|||||},.,,,,,,,||,,|,}}}.{((({.,..))}})}}......,,,,,,,,}}}|.,|||||(((((((((........))))))))}(({..((((((..(((((((((.(({..(((..(,(,.....}}.,)}})))..).)).)))))))))...))))))}}}}}}||||||.|},,,,))},,|,,..{((({.{((.(((({.......))))).))).)}))),,........{{{{.{{{.{{{{{||,,,,,}....||}|{{{{,.{.....,,..}||||,,,,{|||,,((((((((((((((.........)))))))...))))))),.||||,,...((((.((({...})))))))}}})))})}}}}}}.....||||||||{{{.,,((({....))))....,,,,,,,,,...,,.(((((........))))).(((({{,.,,,,,,,{{{{,{{{,(({{{{{{..|,}}|..,,}},..,,.,||||||,,.}}}))}}.,,))))))...{(((.((((((......)))))).)))}.,....)},})}},))))}))}}||||.}}{{{{,....}}})))}}}}))))))))}.}}),)),.
Back