Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001098478.2
Sequence Length
912 nt
GC Content
0.5888
AUAUUUUUCCCAGACGCGGAGGUUGGGGUCAUGGCGCCCCGAAGCCUCCUCCUGCUGCUCUCAGGGGCCCUGGCCCUGACCGAUACUUGGGCGGGCUCCCACUCCUUGAGGUAUUUCAGCACCGCUGUGUCGCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCUACAUCGCCGUGGAGUACGUAGACGACACGCAAUUCCUGCGGUUCGACAGCGACGCCGCGAUUCCGAGGAUGGAGCCGCGGGAGCCGUGGGUGGAGCAAGAGGGGCCGCAGUAUUGGGAGUGGACCACAGGGUACGCCAAGGCCAACGCACAGACUGACCGAGUGGCCCUGAGGAACCUGCUCCGCCGCUACAACCAGAGCGAGGCUGGGUCUCACACCCUCCAGGGAAUGAAUGGCUGCGACAUGGGGCCCGACGGACGCCUCCUCCGCGGGUAUCACCAGCACGCGUACGACGGCAAGGAUUACAUCUCCCUGAACGAGGACCUGCGCUCCUGGACCGCGGCGGACACCGUGGCUCAGAUCACCCAGCGCUUCUAUGAGGCAGAGGAAUAUGCAGAGGAGUUCAGGACCUACCUGGAGGGCGAGUGCCUGGAGUUGCUCCGCAGAUACUUGGAGAAUGGGAAGGAGACGCUACAGCGCGCAGAGCAGUCUCCCCAGCCCACCAUCCCCAUCGUGGGCAUCGUUGCUGGCCUUGUUGUCCUUGGAGCUGUGGUCACUGGAGCUGUGGUCGCUGCUGUGAUGUGGAGGAAGAAGAGCUCAGAUAGAAACAGAGGGAGCUACUCUCAGGCUGCAGUGUGAGACAGCUUCCUUGUGUGGGACUGAGAAGCAAGAUAUCAAUGUAGCAGAAUUGCACUUGUGCCUCACGAACAUACAUAAAUUUUAAAAAUAAAGAAUAAAAAUAUAUCUUUUUAUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-360.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -373.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 188.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((.((..((((((((((((......))))))..))))))..(((..(((((..(((((((..((((............)))))))))))..(((((((((....)))))..((.(((((((((((((((((((((((....)))))........((((..((......))..))))((((..(((((((((....((..(((((((.(((((.((......)).)))))..))).))))..)).....))))))))).))))(((((((.((.((((((.(((...((.((..........)).))..))))))))).))...)))))))..((((........)))).)))))))))(((..(((....)))..)))......)))))))))))((((.((((.......))))))))((((((.((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((.......(((.((((.((((((.((((((((......)))))).)).......((...(((((...)))))...)).........)))))).)))).)))....(((.((((((.(((.(.((.(((.((((.(((....(((...((((..(((((((((.(........)))).))))))....))))...)))..))))))))))...)).).))))))))).)))..)))).))))))).))...))))).))))))))))))))).)))).....))))).))).........(((((((((..(((((.((....)).))))).))))))))))).))))).((((..(((((....((((........))))..)))))..)))).............................(((((((......)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,,,(((((.((,.((((((((((((......)))))}..)))))).,(((..((((((,((({({{..{|||,,.,,......,)))|||||}||{.{(({.,|||,.....||{{.,,,|||((((((((((((((((((((....)))))....,,,,{{((,.({..,,.,}}..}}||({{(..(((((((((..,.((..(((((((.(((((.((......)).)))))..))))||})..)).....))))))))).}}}}(((((((.((.((((({.{({...((,({.,.....,..)).))..))))))))).))..,))))))),,|{||.,..,,,.}))).)))))))}}(((..(((....)))..)))...,,,)))))))))))||||.{{{,..,,{{{||||||,,.((((,{((((.(((.((.(((((.(((((((((.((((.......(((.((((.(((((({(.((((((......)))))).)).......((...(((((...)))))...)).........)))))).)))).)))....(((.((((((.(((.(.{(.(((.((((.(((....(((...((((..(((((((((.(........)))).))))))....))))...)))..)))))))))).,.,}.).))))))))).)))..)))).))))))).))...))))).)))))))))))))))))))))}.,.})))).))).........(((((((((..(((((.((....)).))))).))))))))))).))))).((((..(((((....((((........))))..)))))..))))........................,,||,{{{,||,,,,.,,}}},},,...
Back