Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001098668.4
Sequence Length
2201 nt
GC Content
0.5320
AACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGUCGCUGAUUUCUUGGAGCCUGAAAAGAAGGAGCAGCGACUGGACCCAGAGCCAUGUGGCUGUGCCCUCUGGCCCUCACCCUCAUCUUGAUGGCAGCCUCUGGUGCUGCGUGCGAAGUGAAGGACGUUUGUGUUGGAAGCCCUGGUAUCCCCGGCACUCCUGGAUCCCACGGCCUGCCAGGCAGGGACGGGAGAGAUGGUGUCAAAGGAGACCCUGGCCCUCCAGGCCCCAUGGGUCCGCCUGGAGAAACACCAUGUCCUCCUGGGAAUAAUGGGCUGCCUGGAGCCCCUGGUGUCCCUGGAGAGCGUGGAGAGAAGGGGGAGGCUGGCGAGAGAGGCCCUCCAGGGCUUCCAGCUCAUCUAGAUGAGGAGCUCCAAGCCACACUCCACGACUUCAGACAUCAAAUCCUGCAGACAAGGGGAGCCCUCAGUCUGCAGGGCUCCAUAAUGACAGUAGGAGAGAAGGUCUUCUCCAGCAAUGGGCAGUCCAUCACUUUUGAUGCCAUUCAGGAGGCAUGUGCCAGAGCAGGCGGCCGCAUUGCUGUCCCAAGGAAUCCAGAGGAAAAUGAGGCCAUUGCAAGCUUCGUGAAGAAGUACAACACAUAUGCCUAUGUAGGCCUGACUGAGGGUCCCAGCCCUGGAGACUUCCGCUACUCAGAUGGGACCCCUGUAAACUACACCAACUGGUACCGAGGGGAGCCUGCAGGUCGGGGAAAAGAGCAGUGUGUGGAGAUGUACACAGAUGGGCAGUGGAAUGACAGGAACUGCCUGUACUCCCGACUGACCAUCUGUGAGUUCUGAGAGGCAUUUAGGCCAUGGGACAGGGAGGAUCCUGUCUGGCCUUCAGUUUCCAUCCCCAGGAUCCACUUGGUCUGUGAGAUGCUAGAACUCCCUUUCAACAGAAUUCACUUGUGGCUAUUAGAGCUGGAGGCACCCUUAGCCACUUCAUUCCCCUGAUGGGCCCUGACUCUUCCCCAUAAUCACUGACCAGCCUUGACACUCCCCUUGCAAACCAUCCCAGCACUGCACCCCAGGCAGCCACUCCUAGCCUUGGCCUUUGGCAUGAGAUGGAGGCCUCCUUAUUCCCCAUCUGGUCCAGUUCCUUCACUUACAGAUGGCAGCAGUGAGGCCUUGGGGUAGAAGGAUCCUCCAAAGUCACACAGAGUGCCUGCCUCCUGGUCCCCUCAGCUCUGCCUCUGCAGCCCACUGCCUGCCCAGUGCCAUCAGGAUGAGCAGUACCGGCCAAGCAUAAUGACAGAGAGAGGCAGAUUUCAGGGAAGCCCUGACUGUGUGGAGCUAAGGACACAGUGGAGAUUCUCUGGCACUCUGAGGUCUCUGUGGCAGGCCUGGUCAGGCUCUCCAGGUGGUCAGAGGGCCCAGUGGUGCCCCAGCACGGUGGUGCCCAAGCCAACCCUGUGACUGACAUGUACGAUUCACUCCUUUGAGUCUUUGGAUGCCAACUCAGCCCCCUGACCUGGAGGCAGCCGGCCAAGGCCUCUAGGGAAGAGCCCCCCACUGCAGACAUGACCCGAGUAACUUUCUGCUGAUGAACAAAUCUGCACCCCACUUCAGACCUCGGUGGGCAUUCACACCACCCCCCAUGCCACCGGCUCCACUUUCCCCUUUUAUUAAUACAUUCACCCAGAUAAUCAUUAAAAUUAACAUGUGCCAGGUCUUAGGAUGUGUCUUGGGGUGGGCACAGUACCCGGUGACUCUUGGGGAUAUUUAUUUAUUUUCCCUGAGCCUAUAUCUUCAUCUGUGAAAUGGGGAUAAAAAUACUUGUUGCUGUCACAAUUAUUACCAUCUCUCCAGCUAGCAAAAUUACUACCAGAGCCGUUACUACACACAAAGGCUAUUGACCGAGCACAUACCAUGUGCCACACACCUUGACAAAAUCUUUUAAUACAGUUUAUUAUGUACUAUUCAAUCUUUACACAAUGUCACGGGACCAGUAUUGUUUACCCAAUUUUUUAUAAGGACACUGAAGCUUAGAGGAGUGAAAUGUUUUGAGUGUUAUUUCAGAGAGCAAAUGGCAAAGACUGGAUCCAAACCCAUCUUCCUGGACCUGAAGUUCAUGCUCCCAGCCACCCCACCCCUGAGCUGAAUAAAGAUGAUUUAAGCAUAAUAAAUCGUUAGUGUGUUCACAUGAGUUUCCAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-800.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -837.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 544.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((..........(((((((.((((((((.((.(.((((((((.((((((.............)))))))))))))).))).))))))).).)))))))(((((((((((...((.(((((((((((((((....((((.((.((((..(((((((.((((((((((((((((.(((..(((.(((..((((((......((((....(((((...)))))...)))).....))))))...))).)))..))).((((((((.((...))...)))))))).....((((((.((((.((((.....(((((......)))))......)))).)))).))))))...((((..((((..((((....(((((((....))))))).(((((.((.....)).)))))....))))..))))....))))((((......((((((.(.((...((((((((((...)).))))))))....)).).))))))......))))..)))))).)))))).)))).)))))))..))))......(((((((.(((((((.((((((((((.((((((((((..((((((((((((((((((.((((((.......(((((.....)))))...........((((....))))...((.(.((((((((...((((((.(....))).).))).))))))))).)).......(((....)))..(((((((((.(.((.(((((((((..(((((((.(((((......)))))((((((.((((((....(((((.....)))))....)).)))).))))))(((((((((((((((.....((((((...((((((......))))))))))))..(((((.((((.(..(((((.....)))))..).))))...))))).))))))...)))))))))..(((((((.....(((...))).....))))))).......(((....)))..))).))))))))).........)))).))...)...)))))))))....(((((.((((.(.....((.((((((......)).)))).)).....))).)).))))).)))))).)).))))...)))))....)))))))...........)))))))))).))))((((((.(......).))))))(.((.....)).)))))))...))))).......))..)))))))((((....))))..)))))))))))))))))))))..))...))))..............)))).))).....((((((...))))))(((.(((((...((((....(((((((......(((((....(((((((..((((.((((((((((.(((((((((...((((((.((((..(((((((.((((((((((.(((((....))..)))))))).)))........((((((......))))))...)).)))).)))..)))).)))))))))))..)))))))).))))))...(((........)))..((((((..((.....((((......))))......))..))))))..))))...)))))))(((((.........))))).....)))))....)))))))....))))...........))))).)))..................((((((..((((.((((....(((.(.(((((.......))))).).))).((((((((.............))))))))))))(((((((((.......))))))))).......(((((((((.....................)))).)))))............((((...............))))...))))..))))))..((((((..((((((...................((.(((((((((((.....(((.((((((......(((....)))((((.((.((...............)).)).)))).(((((((.((.(((....(((..((((((.(((((((.(..((...((..((((.(((........)))))))))))..))))))))..))))))..))).....))))))))))))...))))))))).....))))))))))).))..)))))).)))))).)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((.,,,,,,...(((((((,((((((((.((.(.((((((((.((((((.............)))))))))))))).})).))))))).}.}}|}|||(((({{(((((...{{.(((((((((((((((....((((.((.((((,.(((((((,(((((((({(((((({.(((.{((.,(((,.(({.{{||{|,,|{||,.,|{{{.|,}}))}}))}))||||,.{{((({({..{{|,,||||,|||,((((((((|{,..,)),,.})))}}})..,|,||||{|.||||,((({.,.{,((((({{{{{{||||}.{{{{{||}},||||.,|||||{{.,.,{{{((,(,{(,,{....|||||||}}}.}|||||,.(((((.((.....)).)))))..}}))),,.))))}}}.))))||||}}},..,{((((((((.{(((,..})))..)))))))))))))).........||.|||{{{....,})})))),}}..}}|||,}}}|||},}}}}||})}}...}||||||{{|.||{{{{,.||{|||((((.(((({{({|{,,{{((({{((((((((({{.((((((.,{{...(((((.....))))).,.........((((.,,,||}},|,,,.{.((((((((...((((((......,}}.}}))).))))))))}.||,...,,,|{{...,|||..(((((((((.,.((.(((((((((..(((((((.(((((......))))){(((((.((((((....(((((.....)))))..,.)).)))).)))))}(((((((((((((((.....((((({..{((((((,....,))))))))))))..(((((.((((.{{{(({,(,....)))))}.).))))...))))}.)))))),..}))))))))..(((((((...,.(((...))).....))))))).......(((....)))..))).))))))))).........)))).))...}...)))))))))...,|||{{.|||{.|,,,..,{.{((({{......}}.)))}.)).....))).}).)}))).)))))).,}.))))...))))).,,.))))))),,,,...,,,.||}||}}}|}.||}}{{((((,{,..,,.,,})))},,..(,{...,.}))}))))})}}}))}..,,,,,})}})))))))|{{{..,,)}))..)))))))))))))))))))))..))...))))}.,,,...,,....|}}},||},....((((((...)))))}{(({(({{{...((((....(((((((..,{..(((((....(((((((..((((.((((((((((.((((((((({{.,,((((.((((..(((((((,({((((((((.((({{....))..)))))))).)))........((((((......))))))...)).))))},))..)))).)))))))))))..}))))))),,)))))...(((......,,)}}..((((((..((.....((((......))))......))..))))))..))))...)))))))(((((.........))))).....)))))..},)))))))....))))......,,,,,,}}}|.}||,...,.............,|||{{,.}}||||{(({{.{{{|,}||||{{|||||||}.,.,{|{|,{{({{(((((.,.......,..,)))))))),,,.{{{{{{{{{.,.,,,.}})))||||.......{{{{|{||{.,,,,..............,,)))),}))},.........{{{((((...............)))).})),,,,.}}}},,..,{||||},{|||{|,..|||,..,,,,......,,.(((((((((((.....((,{((((((..{,.,(((....}},,{{,,{({,,....},,,........,,))}),)).(((((((.((.(((....(((..((((((.(((((((.(..((...((..((((.(((........)))))))))))..))))))))..))))))..))).....))))))))))))...))))))))).....))))))))))).))},|||}}}.)))}}}.)))))))..
Back