Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001098670.2
Sequence Length
2213 nt
GC Content
0.6132
GCAGCCGCAGCGAGGCCGGCGGGCGGGAGCGCACGGAGGUGGGGUCGGCCAGGCCGGUGCGGGCUCCUUGCGGCAGGUCCCAAGAGGGUUCGGUCCGAGCCCGGUGGGAGGCUCCCGGAGCGCAGCCUGGGCCCAGCCCACCCCGCGCCGGCGGCCAUGGCAGGCACCCUGGACCUGGACAAGGGCUGCACGGUGGAGGAGCUGCUCCGCGGGUGCAUCGAAGCCUUCGAUGACUCCGGGAAGGUGCGGGACCCGCAGCUGGUGCGCAUGUUCCUCAUGAUGCACCCCUGGUACAUCCCCUCCUCUCAGCUGGCGGCCAAGCUGCUCCACAUCUACCAACAAUCCCGGAAGGACAACUCCAAUUCCCUGCAGGUGAAAACGUGCCACCUGGUCAGGUACUGGAUCUCCGCCUUCCCAGCGGAGUUUGACUUGAACCCGGAGUUGGCUGAGCAGAUCAAGGAGCUGAAGGCUCUGCUAGACCAAGAAGGGAACCGACGGCACAGCAGCCUAAUCGACAUAGACAGCGUCCCUACCUACAAGUGGAAGCGGCAGGUGACUCAGCGGAACCCUGUGGGACAGAAAAAGCGCAAGAUGUCCCUGUUGUUUGACCACCUGGAGCCCAUGGAGCUGGCGGAGCAUCUCACCUACUUGGAGUAUCGCUCCUUCUGCAAGAUCCUGUUUCAGGACUAUCACAGUUUCGUGACUCAUGGCUGCACUGUGGACAACCCCGUCCUGGAGCGGUUCAUCUCCCUCUUCAACAGCGUCUCACAGUGGGUGCAGCUCAUGAUCCUCAGCAAACCCACAGCCCCGCAGCGGGCCCUGGUCAUCACACACUUUGUCCACGUGGCGGAGAAGCUGCUACAGCUGCAGAACUUCAACACGCUGAUGGCAGUGGUCGGGGGCCUGAGCCACAGCUCCAUCUCCCGCCUCAAGGAGACCCACAGCCACGUUAGCCCUGAGACCAUCAAGCUCUGGGAGGGUCUCACGGAACUAGUGACGGCGACAGGCAACUAUGGCAACUACCGGCGUCGGCUGGCAGCCUGUGUGGGCUUCCGCUUCCCGAUCCUGGGUGUGCACCUCAAGGACCUGGUGGCCCUGCAGCUGGCACUGCCUGACUGGCUGGACCCAGCCCGGACCCGGCUCAACGGGGCCAAGAUGAAGCAGCUCUUUAGCAUCCUGGAGGAGCUGGCCAUGGUGACCAGCCUGCGGCCACCAGUACAGGCCAACCCCGACCUGCUGAGCCUGCUCACGGUGUCUCUGGAUCAGUAUCAGACGGAGGAUGAGCUGUACCAGCUGUCCCUGCAGCGGGAGCCGCGCUCCAAGUCCUCGCCAACCAGCCCCACGAGUUGCACCCCACCACCCCGGCCCCCGGUACUGGAGGAGUGGACCUCGGCUGCCAAACCCAAGCUGGAUCAGGCCCUCGUGGUGGAGCACAUCGAGAAGAUGGUGGAGUCUGUGUUCCGGAACUUUGACGUCGAUGGGGAUGGCCACAUCUCACAGGAAGAAUUCCAGAUCAUCCGUGGGAACUUCCCUUACCUCAGCGCCUUUGGGGACCUCGACCAGAACCAGGAUGGCUGCAUCAGCAGGGAGGAGAUGGUUUCCUAUUUCCUGCGCUCCAGCUCUGUGUUGGGGGGGCGCAUGGGCUUCGUACACAACUUCCAGGAGAGCAACUCCUUGCGCCCCGUCGCCUGCCGCCACUGCAAAGCCCUGAUCCUGGGCAUCUACAAGCAGGGCCUCAAAUGCCGAGCCUGUGGAGUGAACUGCCACAAGCAGUGCAAGGAUCGCCUGUCAGUUGAGUGUCGGCGCAGGGCCCAGAGUGUGAGCCUGGAGGGGUCUGCACCCUCACCCUCACCCAUGCACAGCCACCAUCACCGCGCCUUCAGCUUCUCUCUGCCCCGCCCUGGCAGGCGAGGCUCCAGGCCUCCAGAGAUCCGUGAGGAGGAGGUACAGACGGUGGAGGAUGGGGUGUUUGACAUCCACUUGUAAUAGAUGCUGUGGUUGGAUCAAGGACUCAUUCCUGCCUUGGAGAAAAUACUUCAACCAGAGCAGGGAGCCUGGGGGUGUCGGGGCAGGAGGCUGGGGAUGGGGGUGGGAUAUGAGGGUGGCAUGCAGCUGAGGGCAGGGCCAGGGCUGGUGUCCCUAAGGUUGUACAGACUCUUGUGAAUAUUUGUAUUUUCCAGAUGGAAUAAAAAGGCCCGUGUAAUUAACCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-936.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -969.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 665.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((..((.((.((((((((((((((((.((((.((((...((((((((.(((((((.((((((((((.(((.((.((((...(((((((...)))))))..))))((((((((((.((((.(..(((((...)))))..).))))((((((((.((.(((((......).))))..))..)))))).))((((((.((((...((((.(((.(((((((...))))))).....((((.((.(.((((....(((..((((((((((.....)))).)))))).))).....))))).)))))).))).))))...)))).))))))..............((....)).....((((....((((((((((.........))))))..))))...))))((((((((......(((((((.((...(((.((.((.(((.((((((..(((((..((((((...((((((((((.(((....(((..(((..(((......))).....(((.........)))...........((((((((((((((.(((((.(((.....((((...))))......)))..)).)))))))))))))..)))).)))..))).)))..))))))))))....((((((((..(((...((((......(..((((.((((((((((((..(((((((.(((((...)))))....)))))))........))))))))))))...))))..)........)))).)))..)))))))))))))).))))))))))).))).....((((......)))))).)))))...)).)))))))......)))))))).(((((((((((((..((...))..)).)))).)))))))..))))))))))((((....)))).....)).))).))))))).)))...((((.(((.(((.((.(.((.(((((.((((.(((...))).)))).))..))).)))..))))))))..))))...))))))).).))))))).)))).)))).))))))))))......(((((.(.(((.(((((...((((((..(((((((.(((((((((..(((((.(((((....)))))(((....(((...(((((((((((..((.(..((((.......(((((((((.(((((.((...)).)))))..(((((..((.((((((..((.(((((.....((((..(((.((.(((.....))))).)))..)))).))).)).))..))))))..(((((....)))))))..)))))((.(((.((((((.((((((((((....(((.(.(((.((.(((..((((...))))...))).)).))).).)))))))).........(((((((.(...((((..(((((.(((.((((.......((((.(((.....(((((.(((....(.(((...((((((.((.....((((((.(((.((........)).))))))))).....)).).)))))))).)))).)))))))).)))).......))))))).)))))..))))(((((((((....)))))))))..).)))))))....))))).)))).)).)))))...........)))))))))))))..))))))).))))))).)))..))).((((((...((((.......)))).((((((.((..(((.......)))..)).))))))(((......)))..))))))..(((....))))))))...)))))))))))))))))))).))(((((....(((((.......)))))...)))))...((((..((((((.(((.(.((((((((...(((((..((((((((((((((..(.(((((((..((((((.....(((....))))))))).((..(......)..))((((((...))))))............((((.((((((((((((((.(........))))))).........)))))))).)))).))))))).)...))))))))).)).))).))))))))))))).)...))).)))))).))))..)))))))).).))))))))))).)).))..))))))(((((.((....))...)))))...((((....))))....((((.............))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{({{{{{{{{{({{({(((,((((((((((.((((.((((...((((((((.(((((((.((((((((((.(((.(({((({...(((((((,,.}||||||,.|||||((({{((((,((({,(,.(((((...))))).,|,}|{||||{||((.((.(((({.{,,,,|.}}}},.}}..}}}})}.}||||{{||{||,,}||||{||({.(((((({...})))))),}||||||{(({((,(({,.,}|||,||((((((((((.....)))).))))))..,{{.....}}|},}}}},,.}}}})}))}}.,))))}))),,.,,}........}}||}},.||{....((((....((((((((((.........))))))..))))...)))){{||||||..,,,,{|||{||,||},.|||}||}((.(({.((((((..(((((..((((((...((((((((((.(((...,(((,.{(({.(((......)))...}}|.....,.....})),},..,..,,.((((((((((((((.(((((.(((.....((((...))))......)))..)).)))))))))))))..)))).))}..}}).)))..))))))))))....((((((((.,(((...((((......{..((((.((((((((((((..(((((((.{{(({...}}}}),...))))))}........))))))))))))...))))..}........)))).))).,)))))))))))))).))))))))))).,))||...((((......)))),,,}|}}}...,,.}}}}})},,..,.)))))}}}.(((((((((((((..{,...})..)).)))).)))))))}}))}))))))){(((....)))).....}).))).))))))).))).,.((((,(((,({({(({({((.((,,,.,,{,.||,}}})))},)),.}}.,))}.)}|..,||}},,}..))))...,)))))).).))))))).)))).)))).)))))))))).)}}.{((((({{.,,,,|||,,|||}.(((((((((..(((((((((((({,{.....(((((....))))).((.((((......)))).)).....,...{(((((((({(....})}}))))))))}},,,)))).))))},))))))))))))....(((((.((((((((((.((((....))))))).)))((((((.((....(((((.((((((((((,((.((.(((((....))))).)).)).,.))))...)))))).((,,(((.,..,.(((..(((...(((((((...((((.(((((..{((.(({{(.{..,,).))),))...,},,.}})))....))))...))))))).)))..))).,....)))))).))))))).))))))...,,,..,.,,,.)))).)))))...{(((((.(((.((........)).)))))))))...,||{,..{({{{{{{{{.,,|}|{{{{{{..{{{{..{{,.,.})){{{{....))))(.(((((((((....))))))))).){{{({{((((((.|||{(.((((((((.((({{{{............,|||||,}}..,})),)))))))).))|(({({{{,(((({({..((((...,,,.}}||.((((((.((..(((.......)))..)).)))))},{{.{{{{{,,,..)))))||.{{{...,)))}}},,,,,})})})))))},))))})})}})},)))))))),)))))}|,{((((((((((,{.(((((.(.(((((.((.,{.((((((((((((,,{((((((((({((((,,,,.,}}}}.}}|{{|,.((((((.....(((....)))))))))......{{{{{{(((,.((((.(((((((.((((..(((.....))).)))).))..))))).))))..))))}))|(((((......)))))}.,},})}}))))),))))))))).))),}..)).))))).).))))),).)))...))))))))}).,}),)})))))}})))}||}||||}}}}}})})}..}}}}||(((({.((....)}...}))))}}.{{{{....)))}.....,))}}},},,......,,,,..
Back