Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001099403.2
Sequence Length
3130 nt
GC Content
0.5760
AGUCACUGCAUCGGGUCCAUCUGUACAACUCUCUCCGUUUCUCCGUCUCUCUCCCUCCCUCCCUCCCUCCACCCCCCCAAUCUUUUUCUCCCCAUCUCUCCAUCUCUCUCUUAUCUCUUCAGGAAGAGCCUAAAAGGCGGCAACACCAACACCUCUUGACAUGGAAAUACACUGAUACAAUAGGCAAAAGGAAACACUCGAUUGCAUCUUCCCGGUUCCAGGUGGCCUUAUUUGGGAGAUUCUAUACUGACCUUAUUCCUGUGAUGGAGGAUACUGGCAUCCAGCGAGGCAUCUGGGAUGGAGAUGCCAAGGCUGUCCAACAAUGUCUGACAGAUAUUUUUACCAGCGUUUACACCACCUGCGACAUCCCUGAGAAUGCUAUAUUUGGUCCCUGUGUCCUGAGCCAUACUUCCCUAUAUGACAGCAUAGCUUUCAUAGCUCUCAAGUCUACUGACAAGAGAACAGUACCGUAUAUCUUUCGGGUAGACACCUCAGCAGCAAAUGGUUCCUCAGAAGGUCUCAUGUGGCUGCGGUUGGUCCAAUCGGCCAGAGAUAAGGAAGAGCAGAACCUUGAAGCCUACAUAAAAAACGGACAGCUGUUCUACCGCUCUCUCCGCAGGAUUGCCAAAGACGAGGAGUUACUAGUUUGGUACGGGAAAGAACUGACUGAGUUACUCUUGCUCUGCCCCUCUAGAUCCCACAACAAAAUGAAUGGGUCGUCCCCUUACACAUGCCUGGAAUGCAGCCAACGUUUCCAGUUUGAGUUCCCCUAUGUGGCGCAUCUGCGUUUCCGCUGCCCCAAGAGACUUCACAGCGCUGAUAUAAGUCCCCAAGACGAACAAGGCGGCGGCGUGGGCACCAAGGACCACGGGGGCGGCGGCGGCGGUGGCAAAGACCAGCAGCAGCAGCAGCAGGAGGCACCUUUAGGCCCGGGUCCCAAGUUUUGCAAAGCCGGCCCCCUCCACCACUACCCAUCCCCCUCCCCGGAAAGCAGCAACCCAUCCGCUGCCGCCGGCGGCAGCAGCGCGAAGCCAUCCACAGACUUCCACAACCUGGCCAGGGAGCUGGAAAACUCCCGGGGAGGCAGCAGCUGCUCCCCAGCCCAGAGCCUCAGCAGCGGUAGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCCACCAGGAGGCGGAGCUGAGUCCCGACGGCAUCGCCACGGGCGGCGGCAAAGGAAAGAGGAAAUUCCCGGAGGAGGCGGCGGAGGGCGGCGGUGGCGCUGGUCUGGUAGGGGGCCGGGGCCGCUUCGUAGAGCGGCCCCUCCCGGCCUCCAAGGAGGAUCUGGUGUGCACACCGCAGCAGUACCGAGCCUCGGGCAGCUACUUCGGCCUGGAAGAGAACGGCCGCCUCUUCGCGCCGCCAAGUCCCGAGACGGGCGAGGCGAAGCGCAGCGCCUUCGUGGAGGUGAAGAAGGCUGCCCGCGCGGCCAGCCUGCAGGAGGAGGGGACAGCCGACGGCGCGGGAGUCGCCUCCGAGGACCAGGACGCUGGCGGCGGCGGCGGCUCCUCCACGCCCGCGGCCGCGUCACCGGUGGGCGCCGAGAAGCUGCUGGCCCCGCGGCCUGGGGGCCCGCUGCCCAGCCGGCUCGAGGGCGGCAGUCCUGCGAGGGGCAGCGCCUUCACUUCGGUGCCGCAGCUGGGCAGCGCGGGCAGCACCAGCGGUGGGGGCGGAACGGGCGCCGGGGCCGCAGGCGGCGCGGGCGGGGGCCAGGGCGCCGCGUCGGACGAGCGCAAAAGCGCCUUCUCGCAGCCAGCACGCUCUUUCUCGCAGCUGUCCCCGCUGGUGCUGGGCCAGAAGCUGGGCGCGCUCGAGCCAUGCCACCCCGCCGACGGCGUGGGCCCCACCAGACUCUAUCCCGCCGCCGCGGACCCUCUAGCGGUGAAGCUCCAGGGGGCCGCGGACCUGAACGGAGGUUGCGGGUCCCUGCCGAGCGGCGGCGGCGGCCUGCCUAAGCAGAGCCCCUUCCUGUACGCCACCGCCUUCUGGCCCAAGAGCUCCGCUGCCGCUGCAGCCGCGGCUGCGGCGGCGGCCGCGGGGCCCUUGCAGCUGCAGCUGCCCUCGGCGCUCACGCUGCUGCCGCCCUCCUUCACCUCGCUGUGUCUGCCCGCGCAGAACUGGUGCGCCAAGUGCAAUGCCUCCUUCCGCAUGACCUCCGACCUGGUGUACCAUAUGAGGUCGCACCACAAAAAGGAGUAUGCGAUGGAGCCCUUGGUGAAGCGGCGGCGAGAGGAGAAACUCAAGUGCCCCAUCUGCAAUGAGUCCUUCAGGGAGCGCCACCACCUCUCCAGGCACAUGACCUCGCAUAAUUGACUCGGAAAGGACCCCAGCUUUCCACGCGCGCGCAAGCACAGUUAAGCCACCUGCAGGAAUAAACACGCGAGAACAUCCACCGCUUCCUUGCACCCCGAAACCCUGCACAAAGACACAUACAUUCACCGCCCCCCCGCCCCCCCAACGCGCACACACACGUCCUCUCCUCCCAGGAACCUCAUUCAAAUAUUUACCCGGGACACACACCCCCCCCCACACACACACACAGACACACUCACACACAAGAGCCAGGAUGGUGGAGUUUUGAUUGGGUGGGUUGUUUGAGGGGGUUUUCUUUUGAAUGCACGCAUUUUCACUUUCCCCAAAACAAAGGUACAUUUUUUAAAAUGUCAUAUAUUGCAACAUAUUGAUGCAUUUGUCAUACGUUUCUACUUAAAUUAUUAAGCACUUACGAUUUAGAUGUAAUAAUUAUAUGUAAGGGCAAAAUUUAUUUUAGAUAUAAAGUAAAGGAGGAGGGUGAGAUGCUUUCUGCAUUUCUUGAUGACAGUUUGUGUUCCUACAAAAAUAAACAAAAUGAAUAAAAAGGGAUCACCAUUCAAUUUGAGUUUCCAGGGGGAAGUGCAUGUAUAAUGAAAUGAUAAUGGACUUCAAUGAAGAAUGUCAUCAAUUAUGUACAUAUGUAUUUUCUUUUAAUACAAAGUGUAAUUUUGUGCCAGUGAAAUGGAGUCUGAAUAGUUAUGUGUUUCUUUUAUCCCUGGAAAUAUUUAUUAAACUUUAUAGUUUAUCCGAGUAUGUUGGAUGCUUUGACAAUAAAUGACUAUUUUCUUCAAAGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1212.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1269.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..............(((((.....(((((((.............((.((((.((((((.((((((((((((.((((((((((.....(((((((((((((((((.(............((((..((((((((((((((((.....))..(((((...(((..((((.....(((......)))((((..((......))..))))...))))..)))..)))))))))..))))))...))))...))))..........).)))))))....((((...)))).((((..(((((((.(((((((..((.((((......(((((((...))))))).....)))).))..))......(((...((...))...)))......((((((..((((((((((((((.........(((((.(((...))).)))))(((.....(((((((...((((..((......))...))))...))))))).....))).....))))...))))).(((((((.((.(((.((((((((..(((((.((.(((((...((.(((((((..((....................))....))))))).))..)))))..))..))))))))).(((((.......((((...((((.(((.(((((((.....)))...)))).)))))))...))))..((((((......))..)))))))))......((((((...(((((.((...(((.......))))).)))))..))))))((((....))))..)))).))).)).)))))))(((..(((((......(((.....)))........)))))..))))))))...)))))).((((((((.((.(((((((((........)).((....)).(((((.(((.((....)).(((((((((...((((((...((((.(((((.(..((.(((((......(((((((((....((((..(((.((((((((.(((...))).)))))).)).((((...................))))..))).))))........))))))))).....((((((.....((.....))...))))))))))).))..).)).)).).)))).(((.((.(..(((((.((((........)))).))))).).)).))).))))))....).)))....)))))..((((.((.(((((((((((((((((((((((..((.(((((((((((((((((....))))))))))....)))))))...((((.((.(((((((........))).)))))).))))((((((((.(((((.(((....(.(((.((((((..((((((..((((..(((....))).))))..)))))).)).).)))))).)..))))))))..))))))))))..)))))))((.(....).))(((((.((((..((((.((((((((((.(((..(.((((....)))))..))).))))))))))...))))..))))...))).)).((((((((((((.((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..(((.(((((....)))))...)))....)))))).))))..))))))))))..))))(((((((((((.((.(((((((.(((((....(((.((..(((((((.(((....)))...)))))))...(((.(.((((....))))).))).)).)))....))))).))))....))).)).)))))))))))(((((((((((.(((((.((..(((....(((...((((((.(((((.((((((...((..((((.........((((((.(((((((((......)))..))))))))))))........))))..)).)))))).)))))..)))))).)))(((((((....)))).)))..)))..)).)))).).).)))))))))).....)))))..(((((((((((....)))))))))))))))))))))))...))))))((....)).)))))))))))))))))))))))))))).)).))))(((((((.(((.(((((.....((((((((((.((...((((........))))........)).))))))))))...((((((((.((.....(((((.(.((((((((.((((((....))).)))((((.(((......)))...))))))))).)))...).)))))...)).))(((............)))....)))))).............((((((........))))))..))))).))).)))))))...))).)))))(((((.......(((.(........)))))))))((((...........))))................))))))).))))))))))...(((.(......).)))..))))))))))))..))))................(((........)))........................(((........)))...)))))).))))....))))))).))).))...))))))).........(((((....)))))....(((.(((...........((((((....))))))......(((((....((((.((((((((..((.(((.....(((((....))))).....))))).)))))))).))))....)))))))).))).(((((((((....)))))))))))))))))).)))).))...(((((((....)))).)))((((((....))))))......((((.(((((.....((.....))))))).)))).((((((((((((((((((((((.((...((.((((....((((((......))).))))))).))...)).))))))))))))......((((((((...))))))))(((......))).....(((((......))))).......))))))))))......((((((....))))))...)))).))))))))(((((((....((((....))))...)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,(({(((.((((({....{(((,,,.....(((((((((...((.((((.(((({{((((((((((({({((,(((((((.....(((((((((((((((((.{..,,,,......,{|||||||{((({{{{(({((.....))..{{(((...({(..(({{.....,{{.....,,}}({({.,({.....,}}..)))},,,}}}}.,))}..})))))))),..))))),,.}}},...,})).........,}.)))))))}...(((({..},}}.((((..(((((((.(((((.{..,{.((((,..,,.{((((({...))))))}.....}|||,||..,,......{{{...,,...}.},,})),.....((((((.{((((((.(((((({.........(((((.(((...))).)))))(((,,...((((((({{.((((..{(......)}...))))},,))))))).....))},}|..})))}}}..,.|,(((((((.((.(((.((((.{((((,....))))|((((...((.(((((((..{(,{..................))....))))))).))..))))).(((({{,,{((({..,,.{,((({{.,((((...((((.(({.,((({|{,,,..))),,,)))}.)))))))...)))}..{{{,,.......}}..,|||....,,,....{,{{,{.{{((((,,{......,},}})))),.}).}))))..,,,,))))}..})))))...)))).))).)).)))))))|{{.,(((((......(((.....))).......,))))),,}))))))).}.)))))).((((((((.((.(((((((({........||.((....)).(((((.(((.{{....}},(((((((({...((((((...((({,(({{(,{,.,,.{{,{{..,,,.((((({{((...,(,((..(({.,((((((({(((,,,||},||||||,}}.(((,,,,...{..,,,,.....,}}}|..})|,|})).....,)}))))))))),.|,.||||||,,,,.||,....||,..,}},)})))})}))},),)),}),}}},)).}||.||.}},||((|.((((........)))).})))).})))}))).)))}})....}.)))....))))).,((((.((.(((((((((((((((((((((((..((.(((((((((((((((((....)))))))))}...,)))))))...((((.((.(((((((........))).)))))).))))((((((((.(((({{(((....{.(((.(({{((,.((((((..((((..(((....))).))))..)))))).),.)})))))).,..))))))))..))))))))))..)))))))((.{....).}}(((((.((((.,((((.((((((((((.(((..(.((((....)))))..))).)))))))))}...)))),,))))...))).)).((((((((((((.((((((.((((((((((((,((((((((((((((((((((((((((((((({(.(((((....))))).}))))}....,)))).))))..)))))))))}},)))){((((((((((.(({(((((((.(((((....(((.((,.(((((((.(((....)))...))))))).,.{((.(.((((....))))).))},)).)))....))))).))),,},.})).))}))))))))))|(((((((((((.(((((.((..(({....(((.{{(((({{.(((((.((((((...((..((((.....,...((((((.(((((((((......)))..))))))))))))....}...))))..)).)))))).))))).,)))})).)))(((((((....)))).)))..,))..)).)))).).),}))))))))),....))))}..(((((((((((....)))))))))))))))))))))))...))))))((....)).)))))))))))))))))))))))))))).)).))))(((((((.(((.(((((.....,{{(((((({,(|{|...{{,(((.,.,(((({..((((....(((((((((......))).))))))......))))})))))|.})}||||||||,||,|.||,((((.{{(,,,..,|||,..|||},,..,.))}.}|}|}|}}},.,,|.|}|}|.,,.},}}.}}}))}...,}.}}})}},.....}.,..((((((........))))))..))))).))).)))))))...))).)))))((({{.......(((.(.........))))))))|||,.........,}))),................))))))),),))))))))...,,(,(......,.)))..))))))))))))..))))................(((........})}........................{{{........)))}}})))))).))))....))))))).))),})...)))))))....,....{{{{{....}}}}}....,,,.,{{........,|.((((({....))))))......,((({.({,{{{|.|||{((((,.,{.(((.....(((((....})))).....))),,.}))})))}.}},},}}))))},,})})),.(((((((((....)))))))))))))))))).)))),))...(((((((....)))).)))((((((....})))}}......((((.(((((.....((.....))))))).)))).||,,.,{((((((((((((((((({{({{.,((((....,,((((...}}}),,,)))))}}.))))}))})}}))))))))))}},..{(((((({...))))))))...,.)))))))))...},||||.,,.{(((((((.........)))))))}.,,.{{{(({....))))}))))))))).)},}}.{(((((((....(({{....}))}...)))))))}..
Back