Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001099685.3

Sequence Length

1257 nt

GC Content

0.5219

GGAUACACUGUUGCUGAGUCUAGACACCAGAAGAACGUUGCAGGCGGCGACUCACAGUUCUAGCACUGCCUAGGAGAGCGUGGUGGCCCCAGCUCAGAAUCUGCAGAAGUGCACAGCUCCAUCCACACCACUCAGGGUAUGGAGCCUCCGGACCAGUGUAGCCAGUAUAUGACCAGCUUGCUCAGCCCUGCAGUCGACGACGAGAAAGAACUACAGGAUAUGAAUGCUAUGGUGCUGUCGCUUACUGAAGAGGUCAAAGAGGAGGAAGAGGAUGCACAGCCUGAGCCUGAGCAAGGCACAGCAGCAGGAGAAAAGUUAAAGUCGGCAGGAGCCCAAGGCGGAGAAGAAAAAGAUGGCGGCGGAGAAGAAAAAGAUGGCGGCGGCGCCGGAGUUCCUGGCCACCUAUGGGAAGGAAACCUCGAGGGCACCAGCGGCAGCGAUGGCAACGUUGAGGACAGCGACCAGAGCGAGAAGGAACCUGGGCAGCAGUAUUCGCGCCCACAGGGCGCCGUCGGGGGGCUGGAGCCUGGCAACGCGCAGCAGCCCAACGUCCACGCCUUCACCCCAUUGCAGCUGCAGGAGCUGGAGUGCAUUUUCCAACGCGAGCAGUUCCCCAGUGAGUUCCUGCGAAGGAGGCUGGCAAGAAGCAUGAAUGUGACUGAACUCGCAGUGCAGAUUUGGUUUGAGAAUAGAAGAGCCAAAUGGAGGAGACAUCAGAGGGCAUUAAUGGCAAGAAACAUGCUGCCCUUCAUGGCAGUGGGCCAGCCUGUCAUGGUAACCGCAGCUGAGGCCAUAACGGCACCCUUGUUCAUCAGCGGGAUGAGAGAUGAUUACUUCUGGGACCACAGCCAUUCCAGCAGCCUGUGUUUCCCCAUGCCACCCUUUCCUCCUCCGUCCUUGCCCCUUCCACUCAUGCUUCUUCCACCUAUGCCACCCGCUGGCCAGGCUGAAUUUGGCCCAUUCCCUUUUGUUAUCGUGCCUUCUUUCACAUUCCCCAAUGUCUAAGGGAUAGCCUCUGUGCCACUUUUUGCCAGAGUGUCUUUGAGCCAGAUUCAUAUUUUGCAUAGCACCCCAUCAAAAGUAGUUCAUCAAAUGUCUAUUAAACGUUUUAAAGAAAAGUACAUCAUUGACCCAUUUUUAGGGCACUUGUAAAAAUGUUUCUAUAAAUAUGUGAAGGGUAUGUACAUUUGUUUUGUGUGUCACAUGGGGUCAGUAAGUUCUCAAUAAAAAUUGUUAAGAAAUGCCAUUCAAACCGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-405.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -426.56

Frequency: 0.0000

Diversity: 337.23

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.(((((((.(.(.((((((((.((.....((((((((((.....))))).....))))).....)).))))).((((.(((.....)))))))......((((....))))..(((((((((.(........))).)))))))))).).).))))))).))......(((..((((((((..((((((..((.((((((((((..(((((((((.((....)).))..((((((((.((....((((..(((((((((.(.((((((((..((((.((((..((....)).))))..(((((.(((.(((..((((((.(((((..(.(((...(((((.(..........((((((.(((((((.........((.((((.(((.((((((((..(((....)))..)))))..)))...))).)).)).)).((..(((...(((((....))))).)))..))....(((((((((((.(((.((..(((((.....((((((..(.((..((((((..((.((....)).))..))))))..)).)..)))))).....((((.(((((.....))))).))))..........))))))).))).)))))...)))))).....(((((..((((((..((((...(((((......)))))))))..(((((((((..........)))))))))(((((((.....((((((.....((((...((((((((((((.....(((((.((((.((((...(((((.....((((.(.(((((((.....))).......)))).).))))........))))).....))))..)))).)))))....)))))..))))))).))))....)))))).)))))))...)))))).))))).......)))).))).))...))))))))))))))..))))).))))))...)))))).)))))...))))))))))))....((((..........))))....(((((.((........)))))))).))))))).))...))))......)))))))))).........)))))))..((((((((((((..((((((((.(((((..((((....((.(((.......)))))..))))......))))).)))).))))....)))).).))))))))))))).)))))).)))))).)))))))).)))..................................

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.{((((((.(,({(({(((,{,{,,{|||{,{.,,,,((.((.(((,((.{{{.|{{{{,{{.,,,.,},}|}||||}}||}.}}})).))}}.,...,{(((....)))}..((((((({{.{.,,.....))),)))))))})).}.}.))))))}.}}.,,...,,,..,(((((((..{((({|.,((.((({((({({..(((((((,,.,,.{{.,|,,,..((((((((.((..,.((((..(((((((((.{.((((((((..((((.{|{{,.{{||,,|.,||||{{{((((.(((.(((..((((((.(((((..(.(((...(((((.{..........((((((.(((((((.....,.,{((,((((.(((.((((((((..(({....}))..))))}..)))...))).)).}),}).((..(((...(((((....))))).)))..))..,.((({{{,(((({.((.,....,|||}}},.,(((((..(.((..((((((..((.((....)).))..))))))..)).)..)))))).....(((({{(((({{..{|||{({||,|....,}}},.)}),.))}))).},)))}}.)))))}.,..,||{((.,((((((..((((...(((((......)))))))))..{((((((((..........))))))))}(((((((.....((((((.....,(((,,.((((((((((((.....(((((.((((.((((.,.(({((,,,..(({{.{,{{,{{{{,..,.)))..,,,,,}||,,}.)}})}.},,..,}}}}}.....))))..)))).)))))....)))))..))))))).}}})}}},)))))).))))))),,.)))))),))))).})}.,.))))}})).))...))))))))))))))..))))).))))))...)))))).)))))...))))))))))}}.,..{{({..........)))}..,.(((((.((........))))))),.))))))).))...))))...,..)))))))))).,}},,...)))))))..((((((({((((..(((({(((.(((((..((((....((.(((.......)))))..))}}....,.))))).)))).))))....)))).).))))))))))))},))))}}.})))}),))))))}|{|,{{{{....,}}},.}}},.......,,........