Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001103149.2
Sequence Length
3479 nt
GC Content
0.5091
AGUGCGCAGGCGCGCGCUGCGACGCCAACCUCGGCUUCUCGCCGCUAACGGCAUCGAGUCUGGACGCCCCGUGACCCGCCUGGGCCGGAGCGGGGGCGGACGGCGCCUUCUUGGCCCUUUCUGCCUCUAGCAGCGGCGCCGGGGUAGCCGGAGCCAGCGACUGGGAAACGGCUGCAUUCCACUGCGUCUCCUUGGCCUGGCUGGGCGGUCGGAGGCUGAUCUGCCAAGAUUACUGUUUGGAGACCGCUGCAGCCCACGUCCACCUGAUAGACUAUUUACUACACAUAGUAGGUUCAGAGCCGCUAAAUGUCCAAGACCAUGGCGAUGAACCUUCUGGAGGAUUGGUGCAGGGGAAUGGAAGUGGACAUCCACAGGUCCUUGUUGGUCACAGGCAUCCCAGAGGACUGUGGGCAGGCAGAAAUUGAGGAGACCUUGAAUGGGGUCCUCUCCCCACUGGGCCCGUACCGCGUGCUCAACAAGAUUUUUGUGAGGGAAGAGAAUGUUAAAGCUGCCCUCAUUGAGGUUGGUGAAGGUGUGAAUCUGAGCACCAUCCCCCGUGAAUUCCCAGGAAGGGGUGGUGUCUGGAGAGUGGUCUGUAGAGACCCUACCCAGGAUGCCGAGUUUUUAAAAAAUCUGAAUGAAUUCCUGGAUGCCGAGGGGCGCACCUGGGAGGAUGUGGUCCGCCUGCUCCAGCUCAACCACCCCACCCUGUCCCAGAACCAGCAUCAGCCCCCAGAGAACUGGGCAGAAGCUCUGGGGGUGCUUCUGGGAGCAGUGGUGCAGAUCAUCUUCUGCAUGGAUGCCGAGAUCCGCAGCCGGGAGGAAGCCAGGGCCCAGGAGGCCGCUGAAUUCGAGGAGAUGGCAGCCUGGGCUUUAGCAGCAGGGAGGAAGGUGAAGAAAGAACCGGGGCUUGCAGCAGAGGUGGGUUCUGCCUUAAAGGCAGAGACCCCCAACAACUGGAAUGCCACGGAAGACCAGCAUGAGCCUACCAAACCUUUGGUUCGCAGGGCUGGAGCUAAGUCUCGCUCCAGGAGAAAGAAGCAGAAGAAGAACUCCAGGCAGGAAGCAGUGCCCUGGAAAAAACCCAAAGGCAUCAAUUCCAACAGCACAGCUAACUUGGAGGAUCCUGAGGUGGGUGAUGCUGAAAGCAUGGCGAUCUCAGAGCCGAUCAAGGGCAGCAGAAAGCCCUGUGUGAAUAAGGAGGAGUUGGCUUUGAAGAAGCCCAUGGCGAAAUGUGCCUGGAAGGGUCCCAGAGAGCCACCUCAGGAUGCCCGGGCAGAAGCCGAGAGCCCAGGAGGCGCCUCUGAGUCAGACCAAGAUGGUGGCCAUGAAAGCCCACCAAAGAAGAAGGCCGUGGCCUGGGUGUCUGCCAAGAACCCCGCUCCCAUGAGGAAGAAGAAGAAGAAUCCAGAAAGGUUUGAUCUGGGGGACCACCCAUACUGAGGAGUUGAAAGAACAAGGAAGAAGUACCAAGUCAACCAAGUUCUCUCUUGUCACUGAAUAAGACUUUGGACUCUCUUAGGGCCCCUGUUGAUAGAGAUCUGGCCCUGAGGUAAACGAUAGGUGAGGUCUUGGGUGGGAGGGAGUUGGGGAAGGGAGGUGGAUCUCUAUGCCCUUUUCUCUACCAGGCCUGCCGUUUCACCGCCUUCUCUACUCACCUUCUCUUCGGAGGCAGGAGAGUUGGUAAGAGGAUUGGGAAAAUUCUAGAACAUUCAUUCCCCUUUAUGCAUGAGCAGGGUCACUGUUACACUCAUCCAUGUUCAGCUUUUCUCCCCCACGCCUUGCUCCCUCCUCGGAAUGGUCAGCGACCUCUGCAGGCCCUGGCAUUUGGAAGAGCUGGGUGGCCCUGCCAUAUUCUUCCUCCCGCCUUCCUCUCGUGUAACCAGCGGGGUAAGUUAAGCCAGGACCUUCGCUGCAAACCUGGUUUUAUUGCUCCUUCAGUCUCCAGCUUCCAUCCUCCAGUUAUCUAGCCAGGAGGUCCCAAGAGUUAGUUUUAGGGAAAAAGAAUGUCUGCCUAGACCUCAAAGUCUUUGAGUUUUAGAGUCUGUUAGUAAAAAUGGCACUUUGAUUCCCAUUUGGGAUGAGCCCUCUCAGGAAUCCUGUGGGGAAGGGGGGUGAUUAUAGGGAAGGACGCAGGCAUUCCUAGGUCCCCAGCUCUAAUUCCAUCCAUCUACCCAACUGUCACCAUCUUUGCACCAAACUGUCACCAUCUUUGCAGCAGAAGGUCACUACUCACAUUAUAGUAAGAGGGGAAAAAAAUCUUUUAAAACUUGGCUGUUGGCCGGGCACGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCAGGUCGAUCACGAGGUCAGGCGUUUAAGACCAGCUUGACCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGCGCGCGCCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGAUGAAUUGCUUGAAUCCAGGAGGCAGAGGUUGCAAUGAGCCGAGAUUGUGCCACGGCACUCCAGCCUGGGCAGCAGAGUGAGACUCUCUCUCAAAAAAACAAAACUUGGCUGUUAAUGUCUGCCCUCUGAAUUCAGACACACUAUAUUAGACCAGACCACCAUGUGUCAUUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUUGCGUGCGCAUGUGUAGAGGAGAGAGCAGGGUCCCUGAGAUAAUGGUUUCCAAACUGUAUCGUAGCCGUCCACAAAGAUGUAAUCCAAAUCUAUUUUUCUCACGUGUUUAAAAAACUGAAAAGUGACUACUCAGAUAUGUUGGAAGUCACAUCGAAGACUAUCAGAAUAUUACCUUGUGUUCAUAGGUUAACUUGUUUUUGUACACGUCUUAGUUAUUUCAGGCAUCUCUUUGCUUAAAAUUGAGUUUCUUGUAAAUGUGACUGAUGAGCGAGGUUAGAAGUGGAAGAAAUUCCUGUGCAUGUUCUAUAAUCUGACACCCUGAAAGCAAGUUUCCUUUCGUCAUUCACAUGCUCUUGUUCUGCCGUGACUGUUCAGGUGUAUGGUAGUAAGUAAAUGUAUUAACAUGGUGAACAGUAGUAAUAUUCUAUCAUAGAGUAUUAGCCCUUGCAAGUUUUCAGGGCGUCUUUUCCGACUUCAGUUUUUGUGAUAAAGAAUGUGAACAGUUGUUAGAUGUUCUCAGUGAUUCAACUUUAAAACAAAUUUCUCGUGAUGAUUCAUUUCAAAAUCCUGAGUGAGUCUGACUGAAAAAUACGAGAGAAAAGAGAGUGGUUUCCGUUUGCAGCUACACAGCUGUGUGCAUCGACGUUCUCCUGGGGUGUGUGCCAAGCGAAACCCAGGGGUGAAUUGGAUUCUUGAAGAGACCAAAGCCUGUAACUGUCCAGCUUCUAAUUUCAAAACGGGUCCAUUAGGGCUUCGUUGUGUUAACAAGUUGACACCAUGACUAGUAAAUGUAAACGUGUAUGUAUAAAAUAAAGUUUAGCAAAUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1268.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1328.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 664.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((....))))))).(((.(((.....((((.....)))).....))).))).(.((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((((((.((.(((.....)))))..))))))))).))..)))).)))))(((((((...((((...))))....)))))))(((((.(((((((((((((((..((((((((((((..((((((((((....))))))..))))...))))))).)))))...)))....((.(((........)))))..(((.(((((((..((((......(((...)))..))))..))))))).))))))))..))))))).)))))(((((((((((...((((((.....((((((.((.(((((((((((((((((((((.(((......(.(((.(((((((..(((((......)))))((((((((......((((((..((..((((((.(((((((.((............)).))))))).)))))).))..((((....))))..((((((((((.(.((......)).)..))))))))))((((..((.(((((....)))))))..))))..((((((((((((......((((......((((((((.((.((((((((.(((...........))).)))))((((((((((...((((((.((((((((((((...(((....((((((((((..((.......))))))))))))))))))))).(((.(.(((((((......))))))).).))).....(((.......)))....((.((((((((((..((((((..........)).))))..)))))))))).)).)))))).))..)))).........(((.(((((.(((....((.(((((((((((...))))))).)))))).....))).)).))).))).............((..(((((....)))))..)).)))))))))).....))))))))))))).......))))..))))))))..))))((((...(((((.(((.......)))..)))))...))))..(((((((.((..(((((......)))))..)).)).)))))..))))))((..((((((((((((((((((((........))))).)).............)))))))))).))).))(((.((((.....)))))))..))).))))).((((((((....(.(((((((.(((.(((((((.(((.....))).(((((..((((((((....(((.(((((((...(((.............)))))))))).((((.(((....)))))))...(((.....)))..............)))....)))))))).((((......))))..((((((((((.((((.((((((.((((.(.............).)))).))))))..((.....)).)))).))))).)))))((((.((((((.(((((((.((((..((..(((((.(((.((((((((..(((((((((.(((((((((((.((((((((((................))))))..((((((.((.......(((((((((.((((((((.((((((((((.(((((((((((.((((((.(((((...........(((.(((........))).))).(((((((((((.....((........)).((((((((((...(((.((((.(((((......)))..((((...))))...))))))..))).....)))))))))))))))))))))...........)))))...))))))......))))))(((((((...((((((((..............))))))))..))))))).....))))).))))))..(((((.(((....)))..)))))((((((((.....)))).))))........((((....))))((((((...))))))..((((((((((((......))))).))))))).((((....))))....(((...((((...)))).)))))))))))))))...)))))))))))))))))..))))...)))))))))))..)))))))))...)))......)))))))))))))..))....))))..)))))))))))))..))))..((((........)))))))))(((......))).......))))))).))).))))))))))))))))..((((....((((((....)))))).....)))).(((...((((.(((((((((...........))))))))....).)))).))).(.((((((((.....((((((((......(((....)))......))))))))(((((....)))))((((.....))))((((((.((((.((((((.((((.....(((((((.(((((((..(((......)))..)))....(((.(((...))).)))......))))..)))))))..)))).)))))).)))).))))))(((((((((((..(((((........)).)))...))))).))))))..((((((......)))))).)))))))).)....)))))))))).)((((.(((((....)))))))))...)))))))))).(((((.((.(((..(((.((((((((.(((((((......(((((..(((((((...((((.((((((.((((........)))).)))((((((......))))))(((((....)))))......))).))))))))))))))))(((......)))........(((((((((.((..(.(((((.........))))).)..)).)))))))))((((.((((((((.......(((.((((((((((..................(((..((.........)).)))((((((((.((((.(((((...........)))))))))..))))))))..((((((((((...))))))))))((....))..)))))))))).)))..........(((.......)))...)))))))).))))..(((((((...(((((.((((.....................((((....)))).....)))))))))...)))))))....))))))).))))))))))).))).)).)))))((((((....))))))((......))))))).))))))))).))((((.....(((....)))...))))...........)))))).))))))...)))))).)))))..........))))).)))..))))..(((.(((((((....))))))).)))((..((........))..))..............))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((....))))))},(((.(((.....{(((.....||||....,))).}}),|,{{{{{,((((.({(((((((((((((((..(((((((((((.((.(((.....)))}),.))))))))).))..)))).)))))(((((((...((((...))))....))))))),((((.(((((((((((((({.,((((((((((((..((((((((((....))))))..))))...))))))).))))),,.),)}....,.,{{........|||....|||,(((((((..((((.....,({{...}}}..))))..))))))).}}})))))..))))))).)))}|(((((((((((...((((((..{{,(((({(,((.(((((((((((((((((((((.(((......{.(((.(((((((..(((((......))))}((((((((.,.,{{{(((((({.{..((((((.(((((((.{(............)).))))))).)))))).,)),((((....))))..(((((((((({(.((......)),)..))))))))))((((..((.(((((....)))))))..))))..{(((((((((((......((((..,...((((((((.({{((((((((.(((...........))).))))}((((((((((...((((((.((((((((((((...(((,...{(((((((((..{(.......,,))))))))))))))))))),(((.{.(((((((......))))))).}.))).....{((,....,,}}.,,..((.((((((((((..((((((..........)).))))..)))))))))).)).}))))).))..)))).........(((.(((((.(((....((.(((((((((((...)))))))}}))))).....))).)).))).)))...........,,((,.((({,....}}))),,)).)))))))))).....)))))))))))))....,..))))..))))))))..)))}((((...(((((.(((.......)))..)))))...))))..(((((((.((,.(((((,...,,)}))).})).)).)))))..,}||||{|..((((((((((((({,(((((........))))).,..............))))))))))},)).}}|{|,{{{,.....)))))))..))).))))).((((((((....{.(((((((.(({.(((((((.(((..,,.}}}.((((({,(({(((((....(((,(((((((...(((..,.......,..)))))))))){((({,(((....))},}}}|.{({(,....)),.,............}}}....)))))}})}|||{},....))),..((((((((((.((((.((((((.((((.{.............}.)))).})))))..{{.....}}.)))).))))).)))))((((.((((((.(((((((.((((..((..(((((.(((.((((((((..(((((((((.((((((((((({((({((((({.........,,.....}))}}}..(((((({{{.......(((((((((.(((((((({((((((((((.(((((((((((,((((((.(((((........{{.,,,.{{{........}}).|||.(((((((((((....,{,.......,)}.((((((((((...(((.((({{(((((......)))..((((...))))...))))))..))).....)))))))))))))))))))))}},........)))))...))))))....,.))))))(((((((...((((((((..............))))))))..))))))).....))))).))))))..(((((.(({....}))..)))))(((({(((.....)))).))))........((((....))))((((({...})))))..((((((((((((......))))).))))))).((((....))))....{((,,.((((...)))).)))))))))))))))...)))))))))})))))))..})))...)))))))))))..)))))))))...)))......)))))))))))))..))....))))..)))))))))))))..))))..{{{{........})),}}})}||,......}})}},....))))))).})).))))))))))))))))..((((,...((((({....}))))).....)))).(((...((((.{((((((((...........))))))))....}.)))).))),{.((((((((.....((((((((..,{,.({{...,)))......))))))))(((((....)))))((({.....}))){(((((.((((.((((((.((((.....(((((((.{((((((..(((......)))..)))}.,,(((.(((...))).)))......,,,,..)))))))},)))).)))))).)))).)))))}(((((({((({..(((((........)).)))...)))))}))))||{{(((({{...,..)))))).)))))))).}....)))))))))).}(((,,(((((....)))))))))...)))))))))).{((((.({.(((..(((.((((((((.(((((((.,{{(((((((..((((((.{,{({...,,}})}.)))))).....,{{{{,{.{((((((,{{,,.|{{|||{{{{({,{{{{{{{{{{{,,|{|,||{{{{{{{{{{{,(((((.,.,..|}}||,.,,,,|||{{.|||,,|..,}|||||.}}}}}}},)||||{|.,|((({.,.,}}}|.|,.||||||}}}}..}}}|||.{{{{{{{{||,,|,,.,}},{{{{{{,..{{{{,,.,{{{..((((((({(((.....))).))))))))}))}...}}))}}..,,))})))))}},..,{(((((((({...)))))))))}{{{{|,|,..,,}}}))))),|||......}}}}))))))}}|{{..{{,{{,,{{,{((({...,,,,,|}}})),||,.,,,,...}}},,..,,,...{{{..((.{.(((((({{{{{......))))))))))).)).}},))))))).))))))))))).))).}}.))))}((((((....)))))){{......}})))))}})))))))),))||||.,,..{{(....)}}...||||.,{({...,)))})))).))))))...)))))},)))))}.........)))))},}}..)))).{(((.(((((({....})))))).)))),.......,,{,,{|.,,|||.......,,...))))))).......
Back