Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001113381.1
Sequence Length
2924 nt
GC Content
0.4138
GCUGGAGAGGCAGAGGGAGACAGAGGAGCUGGUACUGCAGAGCGGUCGUCUGAUUGGCUGGACGGUCGUAGCUGGGCUAUAAAAGAGACCCCUACAGGCUUAGCAGGAAGACGCUCAGAGGAUUCUGACAAUAUCUUUACCGGAGAAGAGGCAAAGUACGCUCAAAGCCGAAGCCACAGCUCCUCCUGCCGCAUUUCUUUCCUGCUUGCGAAUUCCAAGCUGUUAAAUAAGAUGUGCAAAGGGCUUGCAGGUCUGCCGGCUUCUUGCUUGAGGAGUGCAAAAGAUAUGAAACAUCGGCUAGGUUUCCUGCUGCAAAAAUCUGAUUCCUGUGAACACAAUUCUUCCCACAACAAGAAGGACAAAGUGGUUAUUUGCCAGAGAGUGAGCCAAGAGGAAGUCAAGAAAUGGGCUGAAUCACUGGAAAACCUGAUUAGUCAUGAAUGUGAACCUGGAUUCUUGCACCAGGGAAGAGACAAGCCGGAACAUGCUAGAGCCUACAAUAACCUGCUUUGAUGAGGCCCAGAAGAAGAUUUUCAACCUGAUGGAGAAGGAUUCCUACCGCCGCUUCCUCAAGUCUCGAUUCUAUCUUGAUUUGGUCAACCCGUCCAGCUGUGGGGCAGAAAAGCAGAAAGGAGCCAAGAGUUCAGCAGACUGUGCUUCCCUGGUCCCUCAGUGUGCCUAAUUCUCACCUGAAGGCAGAGGGAUGAAAUGCCAAGACUCUAUGCUCUGGAAAACCUGAGGCCAAAUAUUGAUCUGUAUUAAGCUCCAGUGCUUUAUCCACAUUGUAGCCUAAUAUUCAUGCUGCCUGCCAUGUGUGAGUCACUUCUACGCAUAAACUAGAUAUAGCUUUUGGUGUUUGAGUGUUCAUCAGGGUGGGACCCCAUUCCAGUCCAAUUUUCCUAAGUUUCUUUGAGGGUUCCAUGGGAGCAAAUAUCUAAAUAAUGGCCUGGUAGGUCUGGAUUUUCAAAGAUUGUUGGCAGUUUCCUCCUCCCAACAGUUUUACCUCGGGAUGGUUGGUUAGUGCAUGUCACAUGACAUCCACAUGCACAUGUAUUCUGUUGGCCAGCACGUUCUCCAGACUCUAGAUGUUUAGAUGAGGUUGAGCUAUGAUAUGUGCUUGUGUGUAUGUCUAUGUGUAUAUAUUAUAUAUACAUUAGACACACAUAUACAUUAUUUCUGUAUAUAGAUGUCUGUGUAUACAUAUGUAUGUGUGAGUGUAUGUAUACACACACACACACACACACACACACACUUUUGCAAGAGUGAUGGGAAAGACCCUAGGUGCUCAUAACUAGAGUAUGUGUAUGUACUUACAUGGGUGUUUUGAUCUCUGUUCUUUCAUACUACAUUUGAACAGGGCAAAAUGAACUAACUGCCAUGUAGGCUAAGAAAGAAAUGCUAACCUGUGGAAAGUUGGUUUUGUAAAAUUCCAUGGAUCUUGCUGGAGAAGCAUCCAAGGAACUUCAUGCUUGAUUUGACCACUGACAGCCUCCACCUUGAGCACUAUUCUAAGGAGCAAAUACCUUAGCUCCCUUGAGCUGGUUUUCUCUGAUGGCACUUUUGAGCUCCUAAGCUGCCAGCCUUCCCUUCUUUUCCUGGGUGCUCAGGGCAUGCUUAUUAGCAGCUGGGUUGGUAUGGAGUUGGCAGACAGGAUGUUCAACUUAAUGAAGAAAUACAGCUAAGGCCUUGCCAGCAACACCUGCCGUAAGUUACUGGCUGAGUGAGGGCAUAGAAGUUAAAGGUUACUGUUUUUAUCCUCUAUCCUUUUUUCCUUUCCUGAUCAAGGUGCUCUUCUCAUUUUUUCCUGAGAACCUUAGCCAUCAGAUGAGGCUCCUUAGUUUAUUGUGGUUGGUUGUUUUUUCUUUAUAAUGGCUCUGGGCUAUAUGCCUAUAUUUAUAAACCAGCAGCAGGGGAAAGAUUAUAUUUUAUAAGAGGGAACAAAUUUUCACAAUUUGAAAAGCCCACAUAAGUUUUCUCUUUUAAGGUAGAAUCUUGUUAAUUUCAUUCCAAACAUCGGGGCUAACAGAGACUGGAGGCAUUUCUUUUUAGGCUCUGAGACUAAAUGAGAGGAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAUGAUUGUCUAACCAAUUGUGAGAAUUACUGUUUGAAACUUUUCAAGGCACAUUGAAAUACUUGAAAACUUCUCAUUUAUGUUAUUUAUGAUGUUAUUUUGUACGUGUUAUUAUUAUUAUAUUGUUUUAUAAAUGGAGGUACAGGAUAUCACCUGAAUUAUUAAUGAAUGCCCAGGAAGUAAUUUUCUUCUCAUUCUUCUAAAACUACUGCCUUUCAAAGUGCACACACACGCGUCCACAUACACUGCAUUCGUUGCUCCAGUAUAAAUUACAUGCAUGAGCACCUUUCUGGCUUUUAAGCCAAUAUAAUGGGCUGCAAAAUGAAGACACCAGAGUGUAUGCAUACAAAUCUCACUGUAUUAAAGAUGCAGGUUUUCUAAUUGUACCCUUCUUGUCUCUCUGGCAAUCUUGCCCUUAAUAUCCCUGGAGUUCCUCAUCAGUGUCAUUUUCUGUUAUACACAGUUCCACAAUUUUGUCUCUAGUUGACUUCAAAUGUGUAACUUUAUUGGUCUUGCCCUAUUAUAAUUGUCAUGACUUUCAGAUUGUAUCUGAACUCACAGACUGCUGUCUUACUAAUAGGUCUGGAAGGUCACGCUGAAUGAGAAGUAAAUUAUUUUAUGUAAUACAUUUUUGAGUGUGUUUUUCAGUUGUAUUUCCCUGUUAUUUCAUCACUAUUUCCAAUGGUGAGCUUGCCUGCUCAUGCUCCCUGGACAGAAUACUCCUUCCUUUUGCAUGCCUGUUUCUAUCAUGUGCUUGAUAGGCCUCAAAGCUAAUGCUUCCAGUGAAACACACGCAUCUUAAUAAUAAGGGUAAAUAAACGCUCCAUAUGAAACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-835.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -891.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 829.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.....(((((((((((((.((((.((((..((((((((((........)))))))))).((((((((..................)))))))).((((((.(.(((.((((.((.((..((((((((.((........))....((((.(((((.((.((((((.(((..((((..(((((((.((((....(((((.(....))))))........)))).))))....)))..).))).)))..))))))..)))))))..)))).)))))))).......((((.(((...)))))))......)).)).)))).)))...)...))))))........((((((...((.(((..((((((((.((((((((((((.((((((((.((....((((((.(((..((....)))))))))))..(((.((((..((((......((.((((((((((((((((......((((((..(((((.........((((((.(((.(((((.(((((.(((((.........(((((((((..(((((((.........(((((((..(((...)))..))))))).........(((....)))(((((...((((((..(((((..((((((.((((.....))))....(.(((((((....(((((...((......)))))))))))))).)........))))))..)))))((....))..(((.(((...))).)))((((((.(((.(((((.........))))).))).)))))))).))))..))))).((.(((((.(((((..((((..((((((....))).)))..))))..)))))))))))).)))))))..)).)))...))))........))))))))))..))))).))).))))))..((((((((((.....((((..((((((((......(((((((((((.((.......)).)))))))))))......(((((((((((((((((((((..((((.......)))).)))))))).....)))))))).))))))))))))))))).))))))))))))))).))).)))...((((..(((((((.(((((((((((((((...))))))))).))))))(((((((((((......(((((((((....)))))))))...))))))))))).((((.(((......))).)))))))))))..))))((((((....))))))..(((.....))).((((((((((.......(((((((.((((.(((((((((..((((((..((((((((...............))))))))))))))..........)))))))))...(((((((((((((..(((.((....((((((((.(((((.((((.((((...((((.....)))))))).))))......(((.............(((((((.((((..(((((.......((((((((....(((..(((((....)))))))).((((((((((((......((((.(((...((((((((..(((...((...(((((.((((.(((.....)))...)))).)))))..))...))))))))))).((((((.((((......)))).)....((((((....(((((..(((.....))).)))))....))))))...(((((.(((((.(.((((((......)))))).).)))))))))).......)))))....))).))))((((((........)))))).....))))))))).))))))))))))))))..))))..))))))).............)))..(((((.....)))))..)))))))))))))..)).))).((((((.(((((((.((((((((((...((((((.....))))))..........)))))))))).))))))).))))))...........((((....((.(......).))...)))))))))))))))))((((..(((((...(((((((((((((((((((....(((...(((((.((...........)).)))))...)))....))))))..((((((((((...........(((((.((((((((.....(((((((.((...............)).)))))))......))))))))))))).((((......)))).....))))))..))))..........)))))))))))))..))).....))..))))......(((......))))))).)))))))...(((.....)))....(((.....)))....))))))))))...(((((....))))).......(((.(((((...((((((....(((((((....))))...))).(((((((...)))))))))))))...))))))))..)))))))))..((((....)))).......))))))).))......))))..)))).))).((((((((........(((((........)))))........))))))))......(((...)))............)).))))))))((((.(((((((......)))).))).))))...(((((((.((((((((.(((((((((((....(((((....)))))......)))))...)))))))))))))).........))))))).....((((((((...)))))))).))))...))))..)))).)))).))))..))).)))))))))))))))).)))))..)).))).))).....)))))..(((....)))))))))........................((((........))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{(((((((((,,((((((,((,.{((((.((((..((,{{((((((((((,...|||,|((((((,((((..((((,......({{{{{.,,,,,||,,|{{|(((((({{{{({((({{{,||||,..{(((((((.((........))....((((.((({{{((.((((((.(((..((({..(((((((.((((..,.(((((.(....)))))).,......)))).))))....)))..).))).)))..))))))..)))))))..)))).}})))))},......{(({.{{{,,,)))))))......,,,,..,}}|||},.,,,..,{{{{|...,....,||||{{..{{(,(({..,((({((({((({{{{{,,,(((({({({,.,,,.,{(({{{{{(((.,((,,,,||||}}||}||{,,,,,|||,.,,{{{|,||,|||.{((((({{({{((((({{{{..{,((((.,{((((........,((((((.{((.(((((,(({((({{{,,,.....,{{{((((,,((..{{{{{{{.,.,,,,,,|{{{{{{..{{{...})),,))))))}.....,,},|||...,)))|{|{{.,,|||||,..{((((..{(((({,{({{...,.}}))|,,,|,{((((((....(((({...((......)))))))))))))}.,..,},...))))))..))))|((,,.,||{{{({,,,,,,,|,|.,.|{{({|,.(({.||(((,||,,,...,,|||{|||,||}||}}}.||||.{|}}||.{{.(((((.(((((..((((..((((((....))).)))..))))..)))))))))))),)))||||,,||.,}},,,,,,,.,,,....}}}))}}))),.))))),))).)}))))..{(((((((({.....((((..(((((((,......(((((((((((.((.......)).))))))))))).....{(((((((((((((((((((((..((((.......)))).)))))))).....)))))))).))))))))))))))))).))))))))))))))}.}}).}}}...((((..(((((((.(((((((((((((((...}))))))))}})))))(((((((((({.{{...(((((((((....))))))))).}}))))))))))).((((.(({....}}),)})))))))))}},,))},((((({....})))))..(((.....))).((((((((((....,{.(((((((,((((.(((((((((,,((((((..((((((((...............))))))))})}})}..,...,,..)))))))||{{.(((((((((((((..(((,({....((((((((((((((.((((.((((,..((((.....)))))))).)))}...,,.{{{......,,.....(((((((.((((..(((({......,((((((((....{{{.,(((((....)))))))}.{(((((((((((....{(((((((((...((((((((..(((...({...(((((.((((.(((.....)))...)))).)))))..))...))))))))))).,)))).)))))},,.....,},.....{(((({.{,.(((((,,({(.....}}}.))}})...}))))}),|.(((((.(((((.(.((((({......}))))).).)))))))))).,,}....,||....,|||,.,,,,(((((........)))))),,,,.))))))))).))})))))))))))))..))))..))))))).............)))..(((((.....)))))..})))))))))))).,)),)}}.((((({.(((((((.((((((((((...((((((.....))))))..........)))))))))).))))))).})))))...........((((....((.{......).)),..))))))))))))))))),|||,..,(((...(((((((((((((...,,,....,,,...(((((.((.......,,,.)).))))}...}}}....},|{(((((.............)))))},(((((((((((((,..(((((.(.((.((((((((((.(.{,{{{,.,,,{{{{......))))))))}).)))))))))).)),}))))).....)))))))....))))))..)))))))))))))..))}.........||||.....,|{|},..,,},.)))).))))))).},(((.....)))....(((.....}}},}},))))))))))...{((((....)))))......,|||}|||||.,,||||{|,,..||||{{|...,}}}}...}},.{{{{{{{...}))}))))))))),..})))}})),,))))))))),,||||....}))),,,....}))})))}}}}}}||,|,|||||}||||||}}|}|.,|,.{{{{.|{({.,|,.|||....,,,)}}....,.)))),}))}.....}|}}}}}})}..}}}}.}}})})..||,.{((((((...})))))).,,,|||||,,}}}},,...{{{{{||.{{||||||,{|||||}{{||||,.(({,{,{{{,,,,,}}}})})}))),}.)))))))))))))).........))}}}}}.....((((((({...}))))))))).)})).)))),}))))}))|{{,,{|....)},,))).,,.}}}}},}}}},,((((((......)))))))}}}}.{(((....)))),,}||{.....,,,,,.,{{{,....}}}||||.......,.)}}}...........
Back