Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001113528.2
Sequence Length
4208 nt
GC Content
0.3828
AGCCACUUGAGAUCACCAGGCCUCCUGUAGACCGGCGGGUGCAGGGCCCGGUCCCAGAGUUAAGGGAAAGUCGUUUGGAAACCCCAGGCCAACAGGACCCUUUGGCAGCUGAGGCUGGAAACAGCGGAACCAAAGGCAGACGGUCCUCAGUUGCUUGGGCGGACGUGGACCCAAUCUGUCCGUCCUUACAAGUUUCCCCCAGGGGCAGGACCUAGACGCGCGGCGCAUUCAGGUUCUCCUGGACCGUAGUGGUAGUCGCUGGCCCGAGUUAGAGGCCAGCUGAGAAGUCUUCGUGCUUCAGAUUUGUUUACCUACAAAAUGCUUCGGUAUCCAUAUUUUUGUAGAAUGUAUAAAGAAUGCCUUUCAUGUUGGUUGGAAUCUGGCAUACCUAAUUUAGGUGUCUGGCCAAACAGAAUACAUACUACAGCAGAAAAAUAUAGAGAAUAUGAAGCCCGGGAGCAAACAGAUCAAACUCAAGCCCAGGAGUUACACAGAUCUCAAGAUAGAGAUUUUGAAACUAUGGCUAAAUUACAUAUUCCAGUAAUGGUGGAUGAAGUUGUUCAUUGUUUGUCACCACAAAAAGGACAGAUUUUUCUAGAUAUGACAUUUGGUUCGGGAGGGCACACAAAAGCCAUUCUGCAGAAGGAGUCAGAUAUUGUUCUCUAUGCCUUGGACAGAGACCCAACAGCUUAUGCAUUAGCUGAACAUCUUUCAGAGUUGUAUCCUAAACAAAUCCGAGCUAUGCUGGGCCAGUUCAGCCAGGCAGAAGCCUUAUUAAUGAAAGCUGGAGUGCAGCCAGGAACUUUUGAUGGAGUUCUUAUGGAUCUUGGGUGUUCCUCCAUGCAACUUGAUACUCCUGAAAGAGGUUUUUCCCUUCGGAAAGAUGGCCCUUUGGACAUGAGAAUGGAUGGUGGCAGGUACCCUGACAUGCCCACUGCUGCUGAUGUUGUGAAUGCUUUAGAUCAACAGGCACUUGCAUCUAUCCUAAGAACAUACGGGGAGGAGAAGCAUGCCAAGAAAAUCGCUUCAGCAAUUGUUCAGGCACGCAGCAUCUACCCCAUCACCAGAACCCAGCAGCUUGCCAGCAUCGUUGCAGGAGCAUUUCCUCCCUCUGCUAUUUAUACACGGAAAGACUUACUACAGCGAUCUACCCAUAUUGCCACCAAGACUUUCCAGGCUCUUCGCAUAUUUGUGAACAAUGAGCUCAAUGAACUCUACACGGGACUGAAGACAGCUCAGAAGUUUCUGAGACCUGGUGGUCGUCUUGUUGCCCUCUCCUUCCAUUCACUAGAGGAUCGCAUCGUCAAAAGAUUUUUGCUUGGAAUAAGCAUGACAGAAAGAUUUAACCUAAGUGUUAGACAACAAGUGAUGAAAACAUCUCAAUUGGGUUCAGAUCACGAAAACACGGAAGAAGUCUCUAUGAGAAGAGCUCCUUUAAUGUGGGAAUUGAUACACAAGAAGGUACUUAGUCCACAAGAUCAGGAUGUACAAGAUAACCCCAGAGGGCGCUCAGCCAAGCUUAGAGCAGCUAUCAAAUUAUAAGUUAUCAUCAUCUUAUUCUUCAAAUUUUUUUCUCACAAUUUCUCUAAUCUUUACUCAUGUUAUGUCCCUGAAUGUCUUGGUAUAGGUUUAAGUGUGGGACAGUCUGAAAAUUGAUAGCAUUUAGCAUUUCUUUUUUCUCAAAAAGAAACUGUAGGAAAUACAUGACAGAGAAAGUUACACUCAGGGAGCAGCAGCACCUCCAGACUGGAAAAAUAUGUUAAUCUUUGCAUCAUAUUGGACUCUUGAAGGCAAUCCUUCCUCUGGCCAGGAAAUUUUUUAAAAAAUAAUACUGUGUUGUGUUUAUCUAAAUACGUAAACUCAAGCUACCAAAGAGAAAGAUGUUGUAAUCAUAUCUGCAUGUCCUAAAUUUUGAAUUUAGAUAUUCCAAUUUGCAUCAGUCUUUCUGUGGCUCAAAUAAUGAUGAUUAUGGAAUGAAUUUUAAUGUCCCUACUUGUGAAUAAUUAGCUUUCUCAAAUGUAGGCUUUUUACAAAUUUUAAAUUUUAAAAUAUUAGUUUAAAUGUGUGUUAUACUGAUAAAAUUUCAUCUUUCAAAUUAUAGUCUAUUAUUUUAAAGGGAUUUUUCAGUAUGAUAUGGGCCAUUUUGUUCAUCUAUCGCAAAGUAAAAAUGUAAAAUCCUUACAGAGAAUUGUUUCACAAAACUUAUAUUUCAUGUCAAUUGUAUUUAUUUUAAUAAUAGCUCACAAUGCCUUUAGUAAGUAAUAAAGUCUCUUAUUAGAAUCUUGUAUUUUUUAAUUGAGCUAAUCAAAAUAAUUCAGCCAAGUCUAUUUGAAAUAGAAAACUGUCUAUUUAAUAUAGUAAAAUCAAUGCUCCCUUAAUGUUGUUACAAAGAUAUGGUAACUGUAAUAUGGGUAAAAGUUUAUUCAAGAAAAGAGUACUUGGUAGAAGAUUCUUUAACAAAUUGAGGAGAUUGAUUCAUAAUUCACAUGUCAAUUUUUUAUAGUAAUAUGUACUUCUAAUUUAUUAUUUAUACUUAAAUUGUGACCUGAAAGAUGAGUUGGAGAUAAUUAGUCAAAGGGCACAUGGAGUAUGGAAGGGGGCAUGUUGAUUAACCAUACAUAGAAAUAAAUAUUCUCUUAGUUAUCCUUGAAAUCAUAUUUAUACUAUUAAUUUGCUCAGUGCACUUUUUUCAAAUACAGAAAAAAGAUUCUCCAUUAUAGUUACAAAUUUUAGGUUGGUGAAUCCAAGUGAAUGAAAUAUCAGCAUAACUAUGUGGGCAAAAUAGAUAGAAUUAAAUGCAUGAAUUUUCCUCAGACUUAUUUUAUCUGCCUCUGUAAUAUUUAACUUUAGUACCCAGGCUUGUUCACUACUUCUGCUUUACAGGCUUUAUUUAAAUCUGAACAAUCCUACAGGGAAAUCAGAAUUAGGAAAAAAAUCUGGAGAACAAUAUGGUUGAAAUAGAAACAAGAGAAUGCACCUAGGUUAAUUCCCUGAAUCCUACUUGAACAUUGUAUAAAUUUCUCUUUGCAUAUAAUACAUAUUUGUGAAUGAGACAUAUUCCCAAAAAAUUCUUAUCUCUGUAUGUGAUUGGAAAAGAAAAGAUCACAUUUGUAUAUUCAACAAUCUUUCACCUAUUUCAUAAGUCAUUUUUUCACCCUGUAUAGUAUGGGAAUUAUUUUUUAUGUUAAAUAGAAACUGAAUGUACUGGGUUGAAUGGUGUCCUCUCCAAAAUUCAUGUACUUCCUGGAGCCUCAGUAUGUGACCUUAUUUGGAAAUACUGUGGUUGUGGUUGUAAGUAGCUAAGAUGAGGUCAUACUGGAGCAGGGCAGGCCCUUAAUCCAAUAUGACUGGUGUUCCUUAUAAGAGAAGAUAGGGCGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUGUGGGAGGCCAAGCCAGGCAAAUCGCUUGAGGCUGAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGCGAAAACCCAUCUCUACUAAAAAUAAAAUUAGCCAUGCGUGGUGCUUGUAAUGUCAGCUACCCAGGAGUCUGAGGCACAAGAAUCACUCGAACCUGGGAGGUGGAGGUUGCGAGAUCACACCACUGCACUCCAGUGUGAGCAACAGAACGAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGAAAGAGAAGAUAGAGACACAGGGGAGAAUGCCACAUGAAGCUGGAGGCAGAGAUUGGAGUGAUACAUUGUGGGAACCCUCAGAAGAUAGGAAAAAAGCAUGGAAUAGAUUCUCCCUCAGAGUUCCAGUAGUUGCCAACCCUGCUAACAUGGUUUUGCACAUCUAGCAUCCAGAACAGUGAGAAUGUAUUUCUGCUGUUUUAAGGUACCCAGUUCAUGGUAAUUUGUUACAGCAAUCCUAGGAAGCUAAUACUCUGACAGAAAAAAAUCUUGGAUAAUAUGCAUGAGAAAAAUCCUUCAAUAAACACAAAAUUGGUUUCAAAAUGUUUUCAUGUAAAAAUAAAUUAACUUUUCUGUAAUUAGAUUGUGUUUUAUAGUAAUUCUUGCCUGCUUCUUAGUCUUUGUUGUAGGAUGCAUAAUAAAAUACAUGAAUGAGUUUUAAAUGGUUAGCUUUGGAGAAUGGUUUUGGGAAGUUCCUACAGUACACAGAAAUAAAAGCUAAUGUUACUAUGAAUGCGCAUUACUUUUCUAAUAAAAUGUUUCUGAAUCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1091.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1171.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 1358.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((..((((.((.((((((((((......)))))....))))).))((((((.(((..((((((.(.((..(((...(((((((.(((((((((.((((.(.......((((....)))).........).)))).))))))..))))))))))((((((.(........))))))))))..)).).))))))(((((((...(((((.((.(((...))).)).))))))))))))(((.....)))....((((((((......).)))))))((((...((((.(((((((((((((((......))))...((((((...((.((((((((((((.((((((.....((((((((((.......)))))...)))))(((((...))))).((((......)))))))))).))))).....))))))).)).....))))))((((((((..(((.........((((((((.(((((.((.(((((((......))))))))).))))(((((((((((((........))))).((((((.(((((.(((.((((.((((((((((.((((((....((((((((((...(((.........(((((((((.((((..........(((((.((((...((...((((((...((((.((..(((((..((..(((((........)))))....((((((((.(..(((((..........((.(((...))).))....((((...((((....))))......)))).(((((((.(((.((((((.((...((......))....)).)))))).)))..))))).)).....))))).))))))))).((((((((....))))))))))..)))))..)).)......((((.(((((((((........))))....(((((((....(((((.(((((.........))))).)))))(((......)))......(((((((.(..((.((((..((((((.((....)).))).))).)))).))..).))).))))............))))))).))))).))))...)))))))))..)))))).)))))...........((((((.(((......(((((........)))))....))).)))))).(((((((((((....))))))....)))))....((...((((.((((.(((....)))((((((....)))))).))))))))...)))))))))))))))(((((...((((..((((((...((((((.........((((((...)))))))))).))..)))....))).))))...........((((((((..((.......))..))))..))))........)))))..))))))).))))))...))))))..)))))....))))).))))))).).)))).)))))).....(((((.(((((.((.......(((((((((((((((..(((...))).((((((((...(((((..........)))))..((((.(((....(((((((....((..(((((.(((.((...(((........)))...))))).)))))..))))))))).))).))))..))))))))........(((((((((....))))))))).((((.....))))..(((((((((((.....(((((((((....))...((((...)))).......((((((((.((((((((((((..(((..(((((....)))))(((((...((((....(((((........((((.(((((.((((((........)))))).))((((((.....((((((((..(((((..(((((((.((..............)).)))))))......)))))...))))))))))))))...(((((....)))))(((.(((((...((((.(((...(((((((.....(((((.(......).))))).)))))))..((((((((..........))))))))...((((((((((((.((((((...(((((.((((.(((...))).)))).)))))))))))))))))))))))))).))))..))))))))...))).))))......)))))))))..)))))....((((....))))..(((((((((.(((.(((.((((((........((((((((((.(..(((((((((...........)))))))))..)))))...........))))))............(((((....((((...(((((((......)))))))...))))...(((((((((((((((.....(((((((.............)))))))(((((((....)))))))...(((((((.(((.....)))))))))).........(((((((((((.............)))))))))))(((((((..............)))))))((((((((....((((.(((....(((.(((((....))))).)))...)))))))..))))))))))))))))))..)))))........((((..((((((((....((((......))))....)))))))).)))).....(((.....)))((((((((.......))))))))..........................))))))))))).))).)))))))))))).((((.((.((.((((((((...(((((((((.....(..(((.......)))..)..)))))))))((((..(((.((........)).)))..)))))))))))))).)).))))...((((.(((.(((((.(((((....((((...))))..))))).)))))...))).)))))))..)))))))(((........)))......)))))...))))))))))))))).....))))................((((((((((.(((.....))).)))))).)))).....................)))))))((((((((...........))))))))..(((((((((............((((((((((((.....((((((..((....))..))))))......))))))..))))))....)))))))))..))))))...))))))))).......)).))))).))))).((((.((((((....((......))..)))))).)))).........(((((...(((((.(((((((.((((..((((....))))...)))).)))))))(((.((((((((........)))))((((((.(((....))).))))))..(((((......))))).((((.(((((((......((((((.((....))))))))....))))))).....))))))).)))))))))))))..........)))))))).).))).)))))...)))..))).))).)).)))))))))))))))....)))))))))))))((((..((((....)))).)))).((((.((((((((((.(((......(..(.(((((((((...........................).))))))))...)..)......)))))).....))))))))))).)))).)))))....((((((((((((((........)))..........(((........)))(((((((((((((.((((((((.....(((..((((..(((.........((((((((((((((.((((.....))))))))))))....((((........))))......((((((((..(((((((((.(((((((((((((((((...............((((((((((.......(((((.........)))))..........)))))))))).............))))))))...))))..))))).....((((...))))..)))))))))...))))))))))))))......)))..))))....)))......))).))))))))))).....)))))))..)))))))))))...((((((((((((.((((((............))))))))))..........))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,,,(((((,(((.((({.{((((..,{{.,,,))}}}}))))).))|{{{.{.{,...((((((.(.((..(((...(((((({,(((((((((,((((,{...,...((((....))))....,},..).}}}}.))))))..))))))))))((((({.({,.....,})))))))))..)).).)))))),(((({{|{,|,||({({.,||..(((((((({|((((((((((((((.{(({,{,{((((((((((......).))))))).(((((((({..{(,(({,.((((((({,.....,.....((((((,..((,((((((((((((.((((((.....{(((((((((.......)))))...))))|(((((...))))),((((......)))))))))).))))),....,}))))}.)}}},,,)))))),.,}}}}|)}}}))))}....,,.((((.,..((((.((.(((((((......))))))))).)))).,))))..{((((........}}}})|{(((({{((.,,,|||,}|,{,{{||,}},,,..}})}))))})))})),.))),}.,)}},)))))))))))))).....{{{((((((((,((((,(({(,{{{,..,|{{||},,.,,|,,{{|.,||,|..}},.(((((........))))),{{.(({{{{{|.{,{(((((({.{((((({....((({((((((({,..{{{{...((((....))))......}}},.((((((((((({((((((((({{{((.((((.{{{.,,{{{,{.,,,.,),}}){{(((((..,,{|,{|{{(||||,,}}|((((((((....))))))}},|{{|||{{{,(,{,,{.|||(((({((((((((,........}}}}....((((((({{((((({(,(,,(({{({{.....,|||,|||,|{{{{,.,,{||,.{{,.,((((((({(..((,(({{..({{(((.((,,,.||,||},|},.||||.||.,|.}}}.}}}}......,.,...}}))})).))))}}))}|||}||{||||,,|||,}},,...}}}...........((((((.(({......(((((........)))))....))).)))))).((((((((,((,.{{{(((|....{((((((((({{...{{,,.{(((.({(....|}}((((((....)))))).})))}}))}}}}||||{{{|{{{{{,............}}}}}{{{...,{((({.........((((({...})))))})}}.,,..|||{{{{{,,..,|}}}}},}}}}},|.((((....)))),).,)))))))))..)))))}}.....,||||..|}}},|}}},}}))})}}{||||..(((({,...,{,,,|}}}.,}}}),}}}},})))},,,,,.,||||,||||,.{{{,,{.,.,{{|||{(((((((...))}..)))).|||,||......,.,|}},,,...,|||||,|||{{........||||{|{{,{,.{{{{{{{{{|{.{{||,||{{{,||||||.}||||||}},}}}}}},||}||||.,,.,,||}}}},.)))}})})))}}}))),(((((((((....})))))))}.((((,....}|}|,,{{{(((,,,{{,....||{((({{{,,,,}}.},|(({...}))}.....,|||,..|||,||{.{{{{{{{(({,....(((((....))))){{,,{.,,||||,.,,{{,....,,,,..,,{{{{{{((,((((({......,.)))))).}}((((((.....(((((((({.(((((..,,{{,{(.(({(,,{{{{{,...}))})))))))......))))).}.})))))))))))))...,,,,{....}}}||{(|,{{(({,..{{((,(((...{((((({.....{{{{{,(,,...,},|||}},|}}}}},..((((((({..........}))))))}..,((((((((((((.(((((({,.{((((.((((.({,...,}}.)))).)))))))))))))))))))))))))).}}||.,|}})}}}},,.))),})},....}}}}}}},}))}})))}}{{(((((({.||,.{(((((.(((((.((({.,{{.,.(((((((.{{..((((((((((.(..(((((((((..,,...,,..)))))))))..}}))}..........})))))),}.)))))))..}},......((((...(((((((......)))))))...))))...(((((((.((((((((((.{((((((,........},,,}},},,,.(((((((....)))))))...{((((((.(((.....)))))))))),}}}.}))))))))))))))}.........,,,|,{{{{{{..{{{{{{{{||,||.....,,||,|}}}}}|||||...}}}}}))))).))))}.))))))))))))))))).}}},}}})))|||||||}}}||||,||||||||,,.||||,,||,,,,,|,|...,,..{((((((((.(((.,,.,{..(((((((({.,...........{((.....))}((((((((.......)))))))).(((((((..{((((({...,,{,,{,.({((,,,,.}}||,|,,.||||||.,,|{{,}}}}||}((((((({...(((((((((.....{..{((.......)))..,..)))))))))((((..(({.((........)).)))..))))})))))))......||||...}})},{{,.,{(((.(((((....((((...))))..))))).)))}|,,.......})))))}.}))))))))..,,..},)))))))))))},,..||||},,}}}},}}},.,,}}},,},,,...,|,.......((((((((((.(((.....))}.)))))).))))..|,||||.......||||{{||||||}{(((((((...........)))))))}.{(({{{{{{,.{{|{{{{{,..{{{{{|{{{..{.|||,|,{{{,{{{{{|,,|,,||||}}},,,,{{|||||,..,,))))}},.,}}}))))}||))}|}}.|||}}}}}}}}}}}...}))}}))}}|}}|||,((((.((((((....((......))..)))))).)))),|||{{{,,{{{{{,..{{{{{.(((((((.((((..((((....))))...)))).))))))){{{.||{|||,{.,,.|,,.||}||((((((.{({..,,})},)))))}..(((((......))))).((((.(((((((......((((({{((....))))))))....))))))).....)))).....}})))))))}}}...........}})))))|{((((((((((((((.((.(((.((((((..{{{(((............))))}.)))))).))).)).))))))))....)))))),||.{||}}}||||,|||,.,,..,,.,.({{{|||{|..................,,,,...,.)},}))}))),}})})))},,.,}},}}}))}},)}}})})}.)))))))))))}}}},,},||||||||.,|,}})}}))))))).....}}}})))}})}}..)))).)))))))))){{{((.,,,.,...}})}}..,.}))),.})))).)))))),,{,{(((((((.((((.....))))))))))))..}},.}}})}..,})))).}))))}|(((((((..(((((((((.{((((((((((((((((...............((((((((((.......{{{{{.,.......,}))),,........)))))))))).............)))))))}...))))..))))}.....(((,...,)))..)))))))))...))))))))))))))}...,,,{{,.|,,,,,.},)))}},..,,,,,,}})))).))))))))))}((({...))))}.{{{{.{((..,.....,,.,..})}}}}}.}))))))))..,,,,,,}}},......}))))))).})))}
Back