Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001127323.1
Sequence Length
3873 nt
GC Content
0.4534
AGUAAAGAGGUUCAGAAAAGAGGGAGACUUUACCCGGAACUCCCAAGGCUUGGAGAUGUGAUCCCCCAAAAGUUUAGUCGGCGAAUGGGAGACUGAAGGGUGACGGGAAGGGGGCAGGCGCGCUCGGCGCUCUGACUGGGCGUGCGGCGGCAGGAUUUUAAAGCGCUCUGCCUCGGAUCGUCUGCCCUGGGUGACCUCCCGGACCUGCCCUGGUGGAAUCCGGACUUGCCCCGCCGAGAUGACGAGGAAUAAUUCUGCUACAAGGCUGAUUUCAAGGACAUGAAUUGUUGACCUCAUCCCAACAUCAGAACCUCAGAUGUUCUAAUUUUUGCACCAUUCCAGGCAAGUUGAUCUUAUAAGGAAAUAAAAUUGAACCUUAGGGGUCUGAUGGAAAUUCACUGUGACAUUCAAAUCAAGAAAACUUGCUAAUGCCCACAGAGCCUUUUCCCCAUGGGCCCUGAUGGUAGCCUCCAGAAGGUGCAGCCUCAGGUGGUGCCCUUUCUUCUGUGGCAAGAAUAAACUUUGGGUCUUGGAUUGCAAUACCACCUGUGGAGAAAAUGGUAUGCGAGGGAAAGCGAUCAGCCUCUUGCCCUUGUUUCUUCCUCUUGACCGCCAAGUUCUACUGGAUCCUCACAAUGAUGCAAAGAACUCACAGCCAGGAGUAUGCCCAUUCCAUACGGGUGGAUGGGGACAUUAUUUUGGGGGGUCUCUUCCCUGUCCACGCAAAGGGAGAGAGAGGGGUGCCUUGUGGGGAGCUGAAGAAGGAAAAGGGGAUUCACAGACUGGAGGCCAUGCUUUAUGCAAUUGACCAGAUUAACAAGGACCCUGAUCUCCUUUCCAACAUCACUCUGGGUGUCCGCAUCCUCGACACGUGCUCUAGGGACACCUAUGCUUUGGAGCAGUCUCUAACAUUCGUGCAGGCAUUAAUAGAGAAAGAUGCUUCGGAUGUGAAGUGUGCUAAUGGAGAUCCACCCAUUUUCACCAAGCCCGACAAGAUUUCUGGCGUCAUAGGUGCUGCAGCAAGCUCCGUGUCCAUCAUGGUUGCUAACAUUUUAAGACUUUUUAAGAUACCUCAAAUCAGCUAUGCAUCCACAGCCCCAGAGCUAAGUGAUAACACCAGGUAUGACUUUUUCUCUCGAGUGGUUCCGCCUGACUCCUACCAAGCCCAAGCCAUGGUGGACAUCGUGACAGCACUGGGAUGGAAUUAUGUUUCGACACUGGCUUCUGAGGGGAACUAUGGUGAGAGCGGUGUGGAGGCCUUCACCCAGAUCUCGAGGGAGAUUGGUGGUGUUUGCAUUGCUCAGUCACAGAAAAUCCCACGUGAACCAAGACCUGGAGAAUUUGAAAAAAUUAUCAAACGCCUGCUAGAAACACCUAAUGCUCGAGCAGUGAUUAUGUUUGCCAAUGAGGAUGACAUCAGGAGGAUAUUGGAAGCAGCAAAAAAACUAAACCAAAGUGGGCAUUUUCUCUGGAUUGGCUCAGAUAGUUGGGGAUCCAAAAUAGCACCUGUCUAUCAGCAAGAGGAGAUUGCAGAAGGGGCUGUGACAAUUUUGCCCAAACGAGCAUCAAUUGAUGGAUUUGAUCGAUACUUUAGAAGCCGAACUCUUGCCAAUAAUCGAAGAAAUGUGUGGUUUGCAGAAUUCUGGGAGGAGAAUUUUGGCUGCAAGUUAGGAUCACAUGGGAAAAGGAACAGUCAUAUAAAGAAAUGCACAGGGCUGGAGCGAAUUGCUCGGGAUUCAUCUUAUGAACAGGAAGGAAAGGUCCAAUUUGUAAUUGAUGCUGUAUAUUCCAUGGCUUACGCCCUGCACAAUAUGCACAAAGAUCUCUGCCCUGGAUACAUUGGCCUUUGUCCACGAAUGAGUACCAUUGAUGGGAAAGAGCUACUUGGUUAUAUUCGGGCUGUAAAUUUUAAUGGCAGUGCUGGCACUCCUGUCACUUUUAAUGAAAACGGAGAUGCUCCUGGACGUUAUGAUAUCUUCCAGUAUCAAAUAACCAACAAAAGCACAGAGUACAAAGUCAUCGGCCACUGGACCAAUCAGCUUCAUCUAAAAGUGGAAGACAUGCAGUGGGCUCAUAGAGAACAUACUCACCCGGCGUCUGUCUGCAGCCUGCCGUGUAAGCCAGGGGAGAGGAAGAAAACGGUGAAAGGGGUCCCUUGCUGCUGGCACUGUGAACGCUGUGAAGGUUACAACUACCAGGUGGAUGAGCUGUCCUGUGAACUUUGCCCUCUGGAUCAGAGACCCAACAUGAACCGCACAGGCUGCCAGCUUAUCCCCAUCAUCAAAUUGGAGUGGCAUUCUCCCUGGGCUGUGGUGCCUGUGUUUGUUGCAAUAUUGGGAAUCAUCGCCACCACCUUUGUGAUCGUGACCUUUGUCCGCUAUAAUGACACACCUAUCGUGAGGGCUUCAGGACGCGAACUUAGUUACGUGCUCCUAACGGGGAUUUUUCUCUGUUAUUCAAUCACGUUUUUAAUGAUUGCAGCACCAGAUACAAUCAUAUGCUCCUUCCGACGGGUCUUCCUAGGACUUGGCAUGUGUUUCAGCUAUGCAGCCCUUCUGACCAAAACAAACCGUAUCCACCGAAUAUUUGAGCAGGGGAAGAAAUCUGUCACAGCGCCCAAGUUCAUUAGUCCAGCAUCUCAGCUGGUGAUCACCUUCAGCCUCAUCUCCGUCCAGCUCCUUGGAGUGUUUGUCUGGUUUGUUGUGGAUCCCCCCCACAUCAUCAUUGACUAUGGAGAGCAGCGGACACUAGAUCCAGAGAAGGCCAGGGGAGUGCUCAAGUGUGACAUUUCUGAUCUCUCACUCAUUUGUUCACUUGGAUACAGUAUCCUCUUGAUGGUCACUUGUACUGUUUAUGCCAUUAAAACGAGAGGUGUCCCAGAGACUUUCAAUGAAGCCAAACCUAUUGGAUUUACCAUGUAUACCACCUGCAUCAUUUGGUUAGCUUUCAUCCCCAUCUUUUUUGGUACAGCCCAGUCAGCAGAAAAGAUGUACAUCCAGACAACAACACUUACUGUCUCCAUGAGUUUAAGUGCUUCAGUAUCUCUGGGCAUGCUCUAUAUGCCCAAGGUUUAUAUUAUAAUUUUUCAUCCAGAACAGAAUGUUCAAAAACGCAAGAGGAGCUUCAAGGCUGUGGUGACAGCUGCCACCAUGCAAAGCAAACUGAUCCAAAAAGGAAAUGACAGACCAAAUGGCGAGGUGAAAAGUGAACUCUGUGAGAGUCUUGAAACCAACAGUAAGUCAUCUGUAGAGUUUCCGAUGGUCAAGAGCGGGAGCACUUCCUAAUAGAUCUUCCUCUACCAAGACAACAUAUAUCAGUUACAGCAAUCAUUCAAUCUGAAACAGGGAAAUGGCACAAUCUGAAGAGAUGUGGUAUAUGAUCUUAAAUGAUGAACAUGAGACCGCAAAAAUUCACUCCUGGAGAUCUCCGUAGACUACAAUCAAUCAAAUCAAUAGUCAGUCUUGUAAGGAACAAAAAUUAGCCAUGAGCCAAAAGUAUCAAUAAACGGGGAGUGAAGAAACCCGUUUUAUACAAUAAAACCAAUGAGUGUCAAGCUAAAGUAUUGCUUAUUCAUGAGCAGUUAAAACAAAUCACAAAAGGAAAACUAAUGUUAGCUCGUGAAAAAAAAUGCUGUUGAAAUAAAUAAUGUCUGAUGUUAUUCUUGUAUUUUUCUGUGAUUGUGAGAACUCCCGUUCCUGUCCCACAUUGUUUAACUUGUAUAAGACAAUGAGUCUGUUUCUUGUAAUGGCUGACCAGAUUGAAGCCCUGGGUUGUGCUAAAAAUAAAUGCAAUGAUUGAUGCAUGCAAUUUUUUAUACAAAUAAUUUAUUUCUAAUAAUAAAGGAAUGUUUUGCAAAUGUUAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1135.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1207.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 1179.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.(((((.....((((.....)))).....)))))((((.((((((((.......)))......(((((.((((((.((((((((((.((..((.((((((((.(((((..((((((((((........)))))))))).))(((((.........(((.((((...)))).))))))))(((((......))))).(((.(((..(((..((((.(((((((...((((((((...((((.....(((((......((.(((..((((.((......)).))))..))).))......))))))))).(((((((.....((((..(((.(((((((((((((((((..(((((.............))))).)))))((((.(((..(((...)))..)))..))))....))))))).(((((((((...((((.........))))(((((((....(((((((((((.(((.((......))))))))....))))(((((((.((((.(((((((((((((.((((.....(((((((((.......((.(((((..((((((.((((((..((((((((((.(((((((.((....((.(((((((((..((.(((........))).)).)))))).....((((((..((((((..(((((....)))))..))).)))..))))))(((((((((((.((.(((.(.....)))).)).)))))).))))).)))))....)).))))))).))))).........((((......(((.....))).....)))).....)))))...))))))..)))))).(((((......))))).)))))))..((.((.((((((((((.((....)))))))))))))).))..(((((((...(((((((..........))))))))))))))...(.(((..(((((........)))))..))))..(((.((.......)).))).)))))))))((.(((.(((((..(((((...(((((((.(....((((((((....))))))))...........(((.((....)).)))(((((.(((..(((....)))(((((..((((..(((....))).))))..)))))....((((((.((....))..))))))..........))).)))))..).)))))))....))))).))))))))))((((......((((((((((((((((.(((...(((..((((((....)))))))))))).))))))))))))..))))......))))..)))).)))))))))))))..(((((........)))))(((.((((.((............)).))))))).)))).)))))))..))))....)))))))......((((....((........))...)))).)))))))))....))))).)))..))))..(((.(((...((((((.((((..((((.((.((((.......)))).))..)))).))).).))))))))).)))))))))).((((((.......))))))...............(((((.(((.........(((.(.(((.....))).).)))))).))))).)))))))).))))))).)))))))..)))...))).(((((((((...(((((((((((((((..((((.....))))(((((((((((((((((..(((........)))..)))))))..)))).((((((((.((.(((....))).))...))))))))....)))))).)))))).......((((((((.((((..((((.....))))..)))))))).))))(((((((((((.(((((((((.........(((((((((((..((((..(((.......)))....)))).((((..((...((((((((((......))))))..))))...))..))))..(((((.....((((.((((((((.(....((.((((.......)))).)).....).)))).)))).)).)).....)))))..)))))).))))))))))))))..)))).)))))))(((((((((((....(((..((((((((((..((((((((.((((((((((((((((.(((.......))).((.((((((((((.((((((....(((..(((((...)))))...))).........))))))....))))))))))))...........((((.......))))..((((((((..((.((((((((((((((((((((((((....(((..(((...((((.(((((((....))).......))))))))......)))..)))...(((((((((((...))).)))).))))((((((((....))))))))..........))))))))).)))))))))...))))))..((((((((...(((...(((....))).)))...)))))))).....))..))))))))((((..((....((((................)))).....))..)))).....)))))))......))))).))))))))).....))).)).)))).))))..))).((.(((((..........))))))).....(((((((.((.((((((....((.(.((.((((.....)))).))...).))......)))))).)).)))))))((((((((((..((.((((..((..((.(((((((......(((((((((((((...)))))((((...((.(((((.(....((((......))))...).))))).))..)))).......((((.((((.....)))).))))..........(((((.(.(((((((((...((.((((...(((((((((((.(((......)).).)))))))))))................((((((...((.....))...))))))..(((((((((.((((((((.....))))))))))))......................(((((...)))))......(((.(..(.((.....((((((....)))))))))..).))).......)))))(((.....))).)))).))))))))))).))))))..))))))))...)))))))))..((((((.((((........)))).).))))).))..))))...))..)))))))))).......))))))))).)).(((((...(((.(((...((((((..((((((..........((...(((((......((((....((((((.((((.((.........)).))))..))))))....)))).((((.((((.((.....(((((................)))))))))))...))))..........)))))...))....((((....(((((((...........))))))).))))...........))))))..((((.........)))).(((((((((..............(((..((.....))..)))..)))))))))......))))))))).))).....)))))((......)).))))))))).))))))))).......))).)))))))))).((((((((..........))))))))..)).)))))))))..).)))))).))))).))))).))))(((((..((((((..(((((........)))))...))))))..)))))......(((((((........)))))))))))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((.(((((.....{((({,...}}}}..,,.}}})}((((.(((((((,,,{...,}}|||,...{((((.((((((.{{((((((((.{{.,((.((((((({.((((({{(((((((((({.....}.)))))))))){{|(({({(,,,,....{,,,,}}))}||||||}.||||||{{(((,...,.}}})).,{|}|||.,|||}.||||,|{{||||,,,{(({{({{..,((((,,,,{((({({{....{{,{{{..{{{{.{{,,.,,,)),))}},,)),,}},,,{{(({({,||||.|||||{{..,,,((((,.(({,(((((((((((((((((,.(((((........,,...))))}}))))){(({,(((..{(,...|)}..}))..}}}|....})))))),||{{{({{{,|.((((.........)))){|||{{|}|,,(({({{{((((,((,,((...,,.)))))}}},}}}||}}|{||{{|,{|{{.|||||{|{{{{||.{{((,{(((((,||..,,,|....}))))}(((((((.,((,{....,,},))}.)})}}}}{{|{(({{({{.,{(.({.((((((..((.(((........))).)).)))))).....((((((..((((((..(((((....)))))..))).)))..)))))){((({((((((.((.(((.,.....}))).)).)))))).))))}})))}),}.,}}})}}}}},.,|(({{{{{...{,((((.(({{{({{.....|||..,|.}}||,,...((((.(((((((((((((({..........((((((((,,,{{,,((((,((((.{(((((,,((,(({...,{{|||{||||||{|||{|(((((((...(((((((..........))))))))))))))...|.(({..(((((........)))))..)))|..(((.((.......}).))),.|,}}}||||||}..,,}))..,|||||((((((((((,(,...((((((({....}))))))).,{{{,....{((({,{{..,,,.,,|{{{((,({{..(({,...},,(((((..{(((..{{{....))).)))}..)))))....{,{{{{.|{....)),.))))))},},,}|,.,))),))}}),}}|{{...,}})}},,},}))))}},))}))),}}))})))))})))})))))})),},...)))))))),...)))))))))))).))).)))).,..,|,|||||{{,|{{||}|||,.||,,.}}}}}))})))}),.{((({........})}}}{{{(((((.((..,,.....,,.)).))))),).,}}).})))}}},,||||{{{,|||||||.,..,.(({{.{,,{{{,......||...}},..))}|||}}|,{{{|||||{|}|{{|}||,,{{{((({{,,{{.,(({({,({{,{{{.,,.{{{{,.,,,,,|}||,||,||||||||{,{.,,|,|,|}|...,}}|||||.{{|||{}|,|||||||,,..,,,...,{|{||,,(((((.(({....,,,.,{{,.{,{{{,|||||}}|}.}}})}}.}}})).}}))))))||}))))|.|)))}|||||||,..}||.{((((((({...{{{{{{(({(((({(,.((((,...,)))),||{{{({({{{{{{{{,,(({.{{,....))),.|}}}}}},|}}||.((((((((.((.(((....))).))...))))))))....,}}|||,}|||||{.,,,,.((((((((.((((..((((.....))))..)))))))).)))}{{{((((((((.(((((((((.........(((((((((((..((((..({{.......}))..,.)))).((((..((...((((((((((......))))))..))))...))..))))..(((((.....(({{.((((((((.{....{{.{(((,......,})).)).,...}.))))))})}.}}.)).....)))))..)))))).))))))))))))))..)))))},)))))|{||||({{({....(((,.(((((((({(..({((((((.(((((((((((((((({(((,......,}}.((.((((((((((,((((((...,{({..(((((...)))))...,,....},....))))))..,.)))))))))))).....,....,|||{,....,,))|)|.((((((((..((.((((((((((((((((((((((((....(((..(((...((((.(((({{{....}}}.......))))))))...,..)))..)))...{((((((((((...))).)))).)))|((((((((....)))))))),.........))))))))),}))))))))...)))))}..((((((({...(((...(((....)),.)))...)))))))).,...))..)))))))).,{{{.,{{,,.,,,,.,||.,....,},.,.)))).,)})))}.,)})}}}).))))))),.....})))),,)))))))},....,)).)).)))).)))),.)))..,}|||||,|{,,||,.,}}}||||{{{{.{{{|{{|||{,{|||||,,,.||,,,,{.,,,,.,,..))},.)).},},)),,,}..}))))))))}))))).{((((((((((..((.((((..,,..((.(((((((......(((((((((((((...})))){{((,,{((,{(({{.,...,{{{,.,,,,,))),.,}},}}))),})..))}}|,||,..,{{|.((((.....)))).,}},..........(((((.(.((((((((({..{{.(({{...(((((((((((.(((......)).).))))))))))).......,,,,.....,,,,,,.|||{,,.||}|{{,|}}|||{{(({{{{{((.((((((((.....))))))))}))}......................(((({...}))))......,,..|.}},||,....||||{{||,|}}}},}||},,},})}..,}}..,}}},{((.....))).,})}.,)))))))))).))))))..))))))))...)))))))))..((((((.((((........)))).).))))).))..))))...))..)))))))))))......}}}}||}}}.}},(((({...,,,.{{{,..{{{((,..{{(({..,{{{...}}||,..|||{{...,,{({,,.}},|(((((.((((.((......,,.}}.))))..)))))}....||||,{{,{{({....}}}..,(((((,...............}}))},))))}},.,))),.........}}|||,,,|}....{{,|....{((((((...........))))))},|}}}.......,...,}|}}},.{{{{.......,,)}}|.{((((((((.|,.........,,,{....|....,|,..,}},.))))))))}......))))))),,.,}}..,..}})))}}}}}}}}))})))}})))),))))))))},.,,.,,))),)))))))))).((((((((..........))))))))..)).)))))))))..).)))))),))})).))))).))))(((((.,((((({..(((((........)))))...}})))),,)))))......(((((((........))))))}})))))....................
Back