Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001127380.3
Sequence Length
2034 nt
GC Content
0.3889
ACUAUAAAUAGCAGCCACCUCUCCCUGGCAGACAGGGACCCGCAGCUCAGCUACAGCACAGAUCAGCACCAUGAAGCUUCUCACGGGCCUGGUUUUCUGCUCCUUGGUCCUGAGUGUCAGCAGCCGAAGCUUCUUUUCGUUCCUUGGCGAGGCUUUUGAUGGGGCUCGGGACAUGUGGAGAGCCUACUCUGACAUGAGAGAAGCCAAUUACAUCGGCUCAGACAAAUACUUCCAUGCUCGGGGGAACUAUGAUGCUGCCAAAAGGGGACCUGGGGGUGCCUGGGCUGCAGAAGUGAUCAGUUUAUUUUCAGCUGAACUGUAGAGAGUGAAGGAAGAAGCCUUUUUUCUUCACUCCUACAUGACCCAGGCAUUGAUCCAGGCAAUGAAGAUUCAGUGUAAAUAACCACCACUAACAAGACCAUGGCCUUUGGAACCUGUGCUAAGAGGCAUGGAUGAGCUCCCUCAGCAUGUGGAUGGAGACUGAAGAGAGGUCUGAAGGCUCAGUGUGGUGUCUCCAUUCUCUAAGAAGUUUGGAGGAGAAGCUGGAUACAGCAAAACAGACUGAGAAGGAGCAGCUGUUGGGAAAGGAGGAAAACUAGGAAAGCAUGGUGUUCCAGAAUCCCUGAUGGAGAUAUUGAUUAGUAGUAUCAGAUUCUGCUUAGCAGUUGAGGAGUUCACCUUUGGCUUAAGCAACAUGGAGUCAUUGACUAUCUCGUGAAGGUGGUUGCAGGAGAAGGUCUGGAGAACUAAAUGGAGCAGUGAUAAGAGAGAAUGGGAGAUGGUAUGAUAGGACUCCUGGACACCCCAGACAUCAAUCAAAACACCACAGACAAGAAGGUGUGGAUACAAAAACUAGCAGUUAGAAGAAAUAAUAGAAAAUGAACUCCAACUACUUCUGAAAAAAAAGUAAUGAGGGCAAUUAAUACAUUGAAGAAAGCCUCAAUAAGUACAACAGUGUAGUACUGACUUAUAUAUAGAAAAAACCUGAUCAGUGGAACCAAAUCCUCAGAAUUAGACAUAAGUGCAUAUGAGAAUUUUGUAUGUGAUAAAGGUUGUAUGUUAACGUAUUAAGUAAAAGACGGACUAUUCAACAAAUGGGAUUGGUACAACUGGGUGACCAUCUAAAAUAACAUCAUGUUGAAAACAUACUGUAUAUAUUACGGUAGGACAAAUUCCAAAUAUGCUAAAUAUUUAUAAACAAAUAAGGAAAAUGAUAAUAAUAAUAUUAACAUUAUCUGGUGAAUCCAUGGAAAAUUCUUUUAUAGCCCAAAGUAGGGAAAGCUGCAACAACAAGGAUGGAACUGGAGGUCAUUAUGCUAAGUGAAAUCAUUCAGGAACAGAAAGACAAACAUCACAUGUUCUCACUUAUUUGUGGGAUCUAAAAAUCAAAACAAUUGAAUUCAUGGAGAUAGAGAAUAGAAGGAUGGUUACCAGAGGCUGGGAAGGGUAGUGGGGAGGGGGGGAGUGAGGGGAGGUGAGGAUGGUUAAUGAGUACCAAAAAAAUACUUAGAAUGAAUAAGAGCUAGUAUUUGAUAGCACAACGGGGGACUAUAGUCAGUAAUAAUUUAGCUGUACAUUGUAAAAUAACCAAAAGAGUAUAAUUGGAUUAUUUGUAACACAAAGGAUAAAUGCUUGAGGGGAUGGAUACCCAAUUUUCCAUGAUGUGAUUAUUGCGCAUUGCAUGGCUGUACCAAAAUAUCUCAUGUACCCCAUAAUUAUAUACACCUACUAUGUACCCACAAAAAAUUUUUAAAAAGGAAUGAAAUAAAAACAUUUGAGUUUAAGAAAACCACAAAAAAACAAAGUAGGGAAAGCUCUUCAAAUACUAUGAAAUUGAGAAGACAACUAAAGAAAAUAUUAAUAAAGACAAGAACAUAAAUAAUUUCUUUGGCAGAACAUAAGCCAUCAUAAUCAGAAGAUAAAUAAGCUGGGAAAAAUAUUUGUAACUCAUAUCCUAGAUAACAUACUCAUUUUCCCUGUAUAUAAAAAGUUUCUCUAAUGUGAUAAAUAAAAACACAAUAAACCAGUAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-510.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -553.69
Frequency: 0.0000
Diversity: 394.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..............((.((((((((((.....))))))(((((.((((..((.((((....((((((.((((..((.(((((.(((((((..(((((((((((...(((((((((.(((.((...((((((((...(((.....))).)))))))))).))).)))))))))....))).((((.((.((..(((((((..((((.........))))..........(((((......)))))..(((((.((((((((((.((...(((((((((((((((((((..(((((((.....))))))))))).....(((((.((((((((((((((...)))))))))))))))))))....)))))))))..))))))...(((....)))(((........)))...........(((((.(((((((........)).)))))))))).((((((((.(((((.(((....(.(((..........((((((..(((((((..((((((((((((((((((.....)))))).....((((....))))..(((((.(((........))))))))((((.....((((.((((........)))).))))....)))).)))))))))))).))).).))).))))))))).)...))))))))))))))))))))))))...)))).)))))((((...)))).))))))).))))))))))))))))))))))))))))))..)))).))..))))......((.(((....(((..((.((((...))))..))..)))....))).))......(((((..........)))))........(((.....(((((((.......((........)).......)))))))......)))..(((((......................)))))((((((....(((((...)))))))))))..................((((.(.(((((.((((.................((((((((.....)))))))).......((((...(((..(((.((......)).))))))....))))....))))))))).).))))(((((((((((.......((((.(((((......(((((((.....)))))))(((.....)))((((((.....))))))............(((.((((.(((((....))))).)))).)))(((........(((....)))......)))....((((......))))..)))))..))))...(((((..(((((......))))).....)))))..............((((...))))((((((......))))))((((..((((((.....))).)))..))))..............)))))))))))....))))))..)))).))))))))))).((((..(((((((((((((((((((.(((...............((((.......))))...((((((((((.(((.....((((.((...((............(((((((.((.(((..(((((.((.........((((((..(((((((..(...(((........)))...)..))))))).))))))..........)).)))))..))).)).)))))))...........))...)).)))).............((((((.(((............((((((((...(((((.........)))))...))))))))............))).))))))....)))..)))))))))).................(((((((((.((((..................)))).))))))))).....))).)))))))...(((....))).......((((((...................))))))........))))))))))))...............))))..((((...........))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,.......,,..((.((((((((((.....)))))}(((((.{(((..({.((((.,..((((((.((((..((.(((((.(((((((..(((((((((((...(((((((((.(((.((,..{(((((({...{{{.....,)),)))))))))).))).)))))))))....))),{(((.((.((..((((((({.{(((.........))))}.........(((((......)))))..(((((.((((((((({(((.,.(((((((((((((((({,,,...{||{.{{(({|.,.....)))))}.,(((((.((((((((((((({...})))))))))))))))))).,.))))))))))..)))))),..{{{....}}|(((........,}},,,,.......(((({,(((((((........))})))))))))).(((((((({(((((.(((..,.{.(({{{....,,,,((((((..(((,{{{.{((((((((((((((((((,...,)))))),....((((....))))..(((((.(((........))))))))((((.....((((.((((........)))).))))....)))).,))))))))))),}}}.}.))).))))))))).)},.))))))))))))))))))))))))...)))).)))))((((...)))).))))))).))))))))))))))))))))))))))))))..)))).))..})))..,,,.,..{{({,{.(({,.{{.({{(...}|||,.}},,))),...)).|}}...,{{((,{,........}})))}}........,{{.....((({{{{.......,{........|},,...,,|}}}}}}......}}}..(((((.,..,,,......,,......,))))}((((((....(((({...))))))))))).............,},..((((.{.((({{{(((,{,........,.....|((((((((,...,)))))))),......((((.,{{{{..(((.{{......},.))),}},},.))))...,))))))))).}.))))(((((((((((.......{{{{.{||||......(((((((.....)))))))(((.....)))((((((.....))))))............{{{.((((.(((((....))))).)))).|||{{,...{{{{((({....{{{{{,....{{{...{{{|},....}}}}..,,,|}.,||||...(((((,,(((((......)))))..,}.)))))...,,....,,....|||,...)))|(((((......)))))}.,,.....((({.....)))).})}}))))..,.,,,.......))))))))))).,.,))))))..)))).)))))))))})||{,||,(((((((((((((((((((.{((,,,,.........,,|||{.......}}}}...((((((((((.(((.....(((({{(,,,,|||{{{{({{{{{{{|,||{{{.{{,,..,,,.,,{,...,.}}}}}.})))}))))||{,...,},|{{......,.))}..((({{{((....)),..,,}}},|{(((((.......)))))}{|{|||.|||,.....,}}.,,))})).)))).............((((((.(((............((((((((...(((((.........)))))...))))))))............))).))))))....)))..)))))))))).....,,,......,,.(((((((((.((((..................)))).))))))))).....}}}.)))))))...{((....))}.......((((((................,,.))))))........))))))))))))............,,,,}},..{(((...........)))}................
Back