Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001127596.2
Sequence Length
2150 nt
GC Content
0.4619
AGCCCCGGCUCCUAGGCUGACAGACCAGCCCAGAUCCAGUGGCCCGGAGGGGCCUGAGCUAAAUCCGCAGGACCUGGGUAACACGAGGAAGGGCUCCGGAUAUCUUUGGUGACUUGUCCACUCCAGUGUGGCAUCAUGUGGCAGCUGCUCCUCCCAACUGCUCUGCUACUUCUAGUUUCAGCUGGCAUGCGGACUGAUCUCCCAAAGGCUGUGGUGUUCCUGGAGCCUCAAUGGUACAGGGUGCUCGAGAAGGACAGUGUGACUCUGAAGUGCCAGGGAGCCUACUCCCCUGAGGACAAUUCCACACAGUGGUUUCACAAUGAGAGCCUCAUCUCAAGCCAGGCCUCGAGCUACUUCAUUGACGCUGCCACAGUCGACGACAGUGGAGAGUACAGGUGCCAGACAAACCUCUCCACCCUCAGUGACCCGGUGCAGCUAGAAGUCCAUAUCGGCUGGCUGUUGCUCCAGGCCCCUCGGUGGGUGUUCAAGGAGGAAGACCCUAUUCACCUGAGGUGUCACAGCUGGAAGAACACUGCUCUGCAUAAGGUCACAUAUUUACAGAAUGGCAAAGGCAGGAAGUAUUUUCAUCAUAAUUCUGACUUCUACAUUCCAAAAGCCACACUCAAAGACAGCGGCUCCUACUUCUGCAGGGGGCUUUUUGGGAGUAAAAAUGUGUCUUCAGAGACUGUGAACAUCACCAUCACUCAAGGUUUGGCAGUGUCAACCAUCUCAUCAUUCUUUCCACCUGGGUACCAAGUCUCUUUCUGCUUGGUGAUGGUACUCCUUUUUGCAGUGGACACAGGACUAUAUUUCUCUGUGAAGACAAACAUUCGAAGCUCAACAAGAGACUGGAAGGACCAUAAAUUUAAAUGGAGAAAGGACCCUCAAGACAAAUGACCCCCAUCCCAUGGGGGUAAUAAGAGCAGUAGCAGCAGCAUCUCUGAACAUUUCUCUGGAUUUGCAACCCCAUCAUCCUCAGGCCUCUCUACAAGCAGCAGGAAACAUAGAACUCAGAGCCAGAUCCCUUAUCCAACUCUCGACUUUUCCUUGGUCUCCAGUGGAAGGGAAAAGCCCAUGAUCUUCAAGCAGGGAAGCCCCAGUGAGUAGCUGCAUUCCUAGAAAUUGAAGUUUCAGAGCUACACAAACACUUUUUCUGUCCCAACCGUUCCCUCACAGCAAAGCAACAAUACAGGCUAGGGAUGGUAAUCCUUUAAACAUACAAAAAUUGCUCGUGUUAUAAAUUACCCAGUUUAGAGGGGAAAAAAAAACAAUUAUUCCUAAAUAAAUGGAUAAGUAGAAUUAAUGGUUGAGGCAGGACCAUACAGAGUGUGGGAACUGCUGGGGAUCUAGGGAAUUCAGUGGGACCAAUGAAAGCAUGGCUGAGAAAUAGCAGGUAGUCCAGGAUAGUCUAAGGGAGGUGUUCCCAUCUGAGCCCAGAGAUAAGGGUGUCUUCCUAGAACAUUAGCCGUAGUGGAAUUAACAGGAAAUCAUGAGGGUGACGUAGAAUUGAGUCUUCCAGGGGACUCUAUCAGAACUGGACCAUCUCCAAGUAUAUAACGAUGAGUCCUCUUAAUGCUAGGAGUAGAAAAUGGUCCUAGGAAGGGGACUGAGGAUUGCGGUGGGGGGUGGGGUGGAAAAGAAAGUACAGAACAAACCCUGUGUCACUGUCCCAAGUUGCUAAGUGAACAGAACUAUCUCAGCAUCAGAAUGAGAAAGCCUGAGAAGAAAGAACCAACCACAAGCACACAGGAAGGAAAGCGCAGGAGGUGAAAAUGCUUUCUUGGCCAGGGUAGUAAGAAUUAGAGGUUAAUGCAGGGACUGUAAAACCACCUUUUCUGCUUCAAUAUCUAAUUCCUGUGUAGCUUUGUUCAUUGCAUUUAUUAAACAAAUGUUGUAUAACCAAUACUAAAUGUACUACUGAGCUUCGCUGAGUUAAGUUAUGAAACUUUCAAAUCCUUCAUCAUGUCAGUUCCAAUGAGGUGGGGAUGGAGAAGACAAUUGUUGCUUAUGAAAGAAAGCUUUAGCUGUCUCUGUUUUGUAAGCUUUAAGCGCAACAUUUCUUGGUUCCAAUAAAGCAUUUUACAAGAUCUUGCAUGCUACUCUUAGAUAGAAGAUGGGAAAACCAUGGUAAUAAAAUAUGAAUGAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-633.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -678.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 585.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((.((...(((((......)))))..)).)).).)))(((.((((((((((((....(((...))).((((((..(((((((..(((....((.....((((((.((((((.(.(((((.(((.((..(.(((((((((.(((((.....(((((...(((......((..(((((((.....))).)))).))......))).)))))......))))).(((((((.....((((((((((.......(((((.....(((((.((((((((....)).))))).).))..))))))))..(((((......(((((......))))))))))...))))))).)))))))))).))))))))))..).).))).))))).).))))))))))))....))..)))..)))).))))))))).((((((((..(.......)..)))))))).))).)))))))))))).((((.(((......))).))))((((((.....((((((((((((.(((((.(((((((((.((.((((((...........(((((...(((.(((((................))))).)))...)))))....((((.(..((...))..).))))(((.(....).))).)))))).)))))))).....))))))))..)).))))).)))))(((((.......((((.(((...))))))).(((((((.((((.((.(((....((((((((........))))))))..)))..((((((((.((((((.(((((((.......)).)))))..........(((.(..(((.....)))..).)))...)))).........)).))))))))...............((((((((...)))))))).....(((.(((((((((((.((((.((..((((((..((((.(((((.(((((((((((((((.(((((............(((.....(((.(((((........(((((((((.....((.(((((((.((((((.(((.((((.........(((..((((((((.((((((....)))((((.((((((......((.(((((....))))))))))))).....))))..(((((((.((((((((....(((((((((((..........)))((((((....))))))..............))))).)))...........(((.((((...(((((.............)))))...)))))))............)))))))).)))))))((((((...))))))....)))))))))))..)))..)))).))))))))).))))..((((((((....(((.(((..((((......((((..((((((((....)))))...)))..))))..))))..))).))).....))))))))))).)).......))).....))))))..........)))))))))))(((((((((.(((...((((((.....))).))).......))))))))))))...(.((((((.((.....)).)))))).)))))).))))))))...)))))))(((((((.((....((((((((((........))))((.(((......))).))..((((((((......(((((((.((.......))..).))))))................(((((((((((((((((((((.((((((((....(((.(((((((((....((((....))))..))).....))))))..)))....)))))))).))))).....)))..))))))))).))))))))))))((((((.......)))))).((((.....))))...(((.((((((.(((...))).)))..))))))...))))))...))))))))).)).))).))))..))))))(((((.((((((.....((((((............((((.((((..(........)..))))..)))))))))))))))).)))))..............)))))).)))).)))))))))).)).))))))))))).....))))).........))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.((.({,{.(((((......))))).})}.)).).)))((,(((((((((((((....{((...))|,((((((..(((((((..(((....((.....((((((.((((((.(.(((((.(((.({..,.(((((((((.(((((.....{((((...(((......{{..{{{{{{|,....))).)})}.,,......))}.)}))}......))))).(((((({....{({{(((((((.....,.(((((.....({,((.((((((((....)))))))).).))..,))))))).||({{{,,,...(((((......)))))}})),...))))))).}))))))))).))))))))),..}.).))).))))).).))))))))))))....))..)))..)))).))))))))).((((((((..(.......}..)))))))).))),}))))))))))).((((.(((......))).)))){{(({{,,{{{((((((((((((.((((,,(((((((((,({.{{((((...........{{{{{,,.,{{||{((({,{,,...........}}})},))).,.}}|||,,,,((((.{.,({...||..|.||}|{{{.|...,}.)))})))))),)))))))).....))))))))..)).)))))}.,,,)|||.|,,.....(({{{(((...))))))).(((((((.((((.((,,,,.||,{(((((((........)))))))|,.||,..((((((((.({(({{.(((((({.......}).)))))...,,...|.{((.{,,(((.....))).,).))}...||||........,)),)))))))),},,,..........((((((((...))))))))..,..(((.(((((((((((.((((,{{.,({((((..(({(.(((({.(((((((((((((((.(((((,,..........({{.....,,..(((({,,,,,,,(((((((((,...{{{,{,((((((.((((((.(((.((((.........(((..((((((({{((((((....|}},{({.((((((......{{.(((((....)))))}})))))).,...||||..(((((((.(((((((({{{((,,{((,.{({..........}}}{(((((....)))))}....,,,.......}))}}.)))},.,,,,{{,.,{|}||||,,}|||{,..........||.}|||,...,,,,,)),,,,,,......}))))))).)))))))((((((...))))))...})))))))))))..)))..)))).))))))))).)))},..,{((({{,....,,,.{{..,,)}.}},..,,||.,||||{,,,.,}}}.||||}}|||.,,}}},,))),}}}|||||,,..{{{{{.,,.)})))........}))},..,,},.|||.{{{.{,....)),))),)))(((((((((.(((...((((((.....)))},)).......))))))))))))...{.((((((.((.....)).)))))).}))))).))))))))...))))))){{{{{||.{{,...{{{{({.|||,,,....,(((({({{((.,,,...,,,|{,.}|||}}|}}..{{.(((((({.{{....,,,,,..}.}))))),,...........,,,,||||{{{{||{{|{{,,|||,|||{{(({....{{{||{|({{{{{,{{,,{{{..{,{||{{{,||{...((((|||.,||,....}))}})))})))}}.....))),,)))}}|||}.||||,||},..{(((((((....{{,...|}}{|,|,....}}},}))))))}..||{.|||,.,))}.))}..||||.,,..))))))...}}|}}}}}|.|},||}.}}}}..))))))|{|||,|(({{(,.,..(({{(({{........,|((,,.||{|,,|,...,,,,),,)|||..})))}}}}}}}})))),))}))...}}}}}..,))}),)))).)))).)))))))))).}).))))))))))).....,}))}.........,}}}}}......
Back