Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001127663.2
Sequence Length
2707 nt
GC Content
0.5840
GGAACCAGCUGAGCGCAGCUGGACCCAGCAGCCGCUGUCUCCAGUGCCGCAGCAGCAGGUAGUGCUCAUAGCUCUCUUUGUCCAGUGCUUCGGCCUUGGUCCCAGCGCCUUCCCACGGAGCAGCACUCUUCACCCUGCACAGCCUUGUUAGGAGAAGGGGAUGAAUGAAUACAGGACUUACGCGUCUGCUGUGGCCCAGCUGGCUUCCAGAUGGUGACAUGAGCCACCCACAGCCGGAGCUGUUCCUCUUUCCCAAAGCUCAGCCCAACAGCAUGGUGGUGGAACACCCCGAGUUCCUCAAGGCAGGGAAGGAGCCUGGCCUGCAGAUCUGGCGUGUGGAGAAGUUCGAUCUGGUGCCCGUGCCCACCAACCUUUAUGGAGACUUCUUCACGGGCGACGCCUACGUCAUCCUGAAGACAGUGCAGCUGAGGAACGGAAAUCUGCAGUAUGACCUCCACUACUGGCUGGGCAAUGAGUGCAGCCAGGAUGAGAGCGGGGCGGCCGCCAUCUUUACCGUGCAGCUGGAUGACUACCUGAACGGCCGGGCCGUGCAGCACCGUGAGGUCCAGGGCUUCGAGUCGGCCACCUUCCUAGGCUACUUCAAGUCUGGCCUGAAGUACAAGAAAGGAGGUGUGGCAUCAGGAUUCAAGCACGUGGUACCCAACGAGGUGGUGGUGCAGAGACUCUUCCAGGUCAAAGGGCGGCGUGUGGUCCGUGCCACCGAGGUACCUGUGUCCUGGGAGAGCUUCAACAAUGGCGACUGCUUCAUCCUGGACCUGGGCAACAACAUCCACCAGUGGUGUGGUUCCAACAGCAAUCGGUAUGAAAGACUGAAGGCCACACAGGUGUCCAAGGGCAUCCGGGACAACGAGCGGAGUGGCCGGGCCCGAGUGCACGUGUCUGAGGAGGGCACUGAGCCCGAGGCGAUGCUCCAGGUGCUGGGCCCCAAGCCGGCUCUGCCUGCAGGUACCGAGGACACCGCCAAGGAGGAUGCGGCCAACCGCAAGCUGGCCAAGCUCUACAAGGUCUCCAAUGGUGCAGGGACCAUGUCCGUCUCCCUCGUGGCUGAUGAGAACCCCUUCGCCCAGGGGGCCCUGAAGUCAGAGGACUGCUUCAUCCUGGACCACGGCAAAGAUGGGAAAAUCUUUGUCUGGAAAGGCAAGCAGGCAAACACGGAGGAGAGGAAGGCUGCCCUCAAAACAGCCUCUGACUUCAUCACCAAGAUGGACUACCCCAAGCAGACUCAGGUCUCGGUCCUUCCUGAGGGCGGUGAGACCCCACUGUUCAAGCAGUUCUUCAAGAACUGGCGGGACCCAGACCAGACAGAUGGCCUGGGCUUGUCCUACCUUUCCAGCCAUAUCGCCAACGUGGAGCGGGUGCCCUUCGACGCCGCCACCCUGCACACCUCCACUGCCAUGGCCGCCCAGCACGGCAUGGAUGACGAUGGCACAGGCCAGAAACAGAUCUGGAGAAUCGAAGGUUCCAACAAGGUGCCCGUGGACCCUGCCACAUAUGGACAGUUCUAUGGAGGCGACAGCUACAUCAUUCUGUACAACUACCGCCAUGGUGGCCGCCAGGGGCAGAUAAUCUAUAACUGGCAGGGUGCCCAGUCUACCCAGGAUGAGGUCGCUGCAUCUGCCAUCCUGACUGCUCAGCUGGAUGAGGAGCUGGGAGGUACCCCUGUCCAGAGCCGUGUGGUCCAAGGCAAGGAGCCCGCCCACCUCAUGAGCCUGUUUGGUGGGAAGCCCAUGAUCAUCUACAAGGGCGGCACCUCCCGCGAGGGCGGGCAGACAGCCCCUGCCAGCACCCGCCUCUUCCAGGUCCGCGCCAACAGCGCUGGAGCCACCCGGGCUGUUGAGGUAUUGCCUAAGGCUGGUGCACUGAACUCCAACGAUGCCUUUGUUCUGAAAACCCCCUCAGCCGCCUACCUGUGGGUGGGUACAGGAGCCAGCGAGGCAGAGAAGACGGGGGCCCAGGAGCUGCUCAGGGUGCUGCGGGCCCAACCUGUGCAGGUGGCAGAAGGCAGCGAGCCAGAUGGCUUCUGGGAGGCCCUGGGCGGGAAGGCUGCCUACCGCACAUCCCCACGGCUGAAGGACAAGAAGAUGGAUGCCCAUCCUCCUCGCCUCUUUGCCUGCUCCAACAAGAUUGGACGUUUUGUGAUCGAAGAGGUUCCUGGUGAGCUCAUGCAGGAAGACCUGGCAACGGAUGACGUCAUGCUUCUGGACACCUGGGACCAGGUCUUUGUCUGGGUUGGAAAGGAUUCUCAAGAAGAAGAAAAGACAGAAGCCUUGACUUCUGCUAAGCGGUACAUCGAGACGGACCCAGCCAAUCGGGAUCGGCGGACGCCCAUCACCGUGGUGAAGCAAGGCUUUGAGCCUCCCUCCUUUGUGGGCUGGUUCCUUGGCUGGGAUGAUGAUUACUGGUCUGUGGACCCCUUGGACAGGGCCAUGGCUGAGCUGGCUGCCUGAGGAGGGGCAGGGCCCACCCAUGUCACCGGUCAGUGCCUUUUGGAACUGUCCUUCCCUCAAAGAGGCCUUAGAGCGAGCAGAGCAGCUCUGCUAUGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUUUCUUUUUUUUUUUUUUACAGUAUCCAAAAAUAGCCCUGCAAAAAUUCAGAGUCCUUGCAAAAUUGUCUAAAAUGUCAGUGUUUGGGAAAUUAAAUCCAAUAAAAACAUUUUGAAGUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1095.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1139.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 766.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((((......((((((..((((....))))..))))))(((((((((((.(..(((.((....(((((((.((....(((((..(((....)))..))))).....)).)))).)))..((((((((((......(((....)))....)))).)))).))....)).)))..)..).)))))))))).))))))).(((((((((.((((((((((..((((((((((((.((((..(((((((((...(((.........(((.(((.((((...))))))).)))......))).)))))))))........)))).)))))).))))).)..))))((((((((.(((((((((((((.......((((((((((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...((((.(((.......))).)))).....)))))....))).))))))((((((...(((((((...(((.((((.(((..((((((((.((...((((((((((.(((((((.((((..(((((.(((((((((.(((((((((.(((((.(((((.(((((((((((....(((((((.((...)).)))))))......)))))).))))).....))))))))).).))).))).....((((((((((((.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).)))))))))).)))......(((((((...(((((((((..((((((.....(((......)))((((((..((..((((..((.....))..).)))..)))))))).((((((.(((((((((((...((.((.((((.((((((((((.((......)).)))))(((((((.((((((((.(((....((((.((((((((((........)))))...)))))...((((((.(((.(((.....((((.....(((((.........)))))...))))....))).)))..)))))).(((.....((((((((..(((((.....)))))..(((((......)))))....((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...))).))))..))).)).)))))))))))))..((((((((......))))))))...(((((((...)))))))(((((.(((((.(((......))).))))))))))............))))).))))...))))...))))))))))).))))))...(((((((.((...((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...)))))........(((((.(((.(...(((((.(((((..((((.(((((((((....))).......)))))).))))....)))))))))).)))).))))).............))))))))))))))).....))))))))))))))))))))).)))).)))..((.((((......)))).))(((((.....(((((((((((.((((((.(((....(((.....))).....))).)))).)))))..(((((((..((((.((........)).))))(((..(((((((....))))).))...))))))))))(((((.((((.....((((..((..(((((((.((((......)))))))))))..))...)))).)))).)))))............(..((((((.(((((....((((((((((........))).))).))))...)))))....))))))..)..))))))))))))).......))).))))))))))))))...)))).)))))))....(((((((..(((....((((((...))))))...)))......)))))))......)))))....)))))..))....))))))))..)))...)))))))(((((((((..((((((((.....)))))......)))..))))))))))))))))..)))))).((((....))))((((((.....)))..)))...........))))))))))))(((((..((((((....((((.((.(((((((((((((((((((((......))))))...((((((((((..(.(((.((((((((((..(((((((((((....)).((((....))))((..(((((...)))))..))((.....))))))))))))))))))).............((((....))))(((.....)))((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).)))....)))))).)))))).))..)).))).)..)))))))))))))))))))))))))...)).)))).....)))))).)))))..............(((....))).....)))))).))))))))).......))).......(((((....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({.(((((((.,,,{,{(((((..((((....))))..))))))|{(((((((((,{({(({,((....||{{{{{,{{,...(((((.,({{..,,}}}.,}}})},,...},.)))),}}}.{{((((,{((({.,,..,,,,},,))).}}})))},}}}}.},....,).)},.}}..).)))))))))).))))))).(((((((((.((((((((((..((((((((((((.((((.{(((((((((...(({..{,,....,{{.{((.((((...))))))}.))}.,,,..))).)))))))))...}}...)))).)))))).))))).}..))))((((((((.(({{(({(({(({.,,....{(((({{{((((((.(((.((((....)))).))))))))).}}|.{{((((.{{{.,,,...})),))}}..,..}))))..,.|)).)))||,{(((((.,,{((((({...(((.((((.(((..((((((((.{(.,.(((((({,((.(((((((.((((..(((((.(((((((((.(((({(((.(((((((..(((.(((((((((((..,.(((((((.({...)).)))))))......)))))).))))).,,,{{||||,.||,{,{{|,{{|...,|,|||(({({{((.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).))))))))))}))}......(((((({..,(((((((((..((((((.....({{......)))(((((({,,,..((((..((,....)}..}.)))..)))))))).((((((.(((((((((((...(,{((.((((.((((((((((.((......)).))))}(((((((({..,(((((,{(((.((.,{,,.(((.((((({(({..((,(({...))).}}..((((((.(((.(((.,,..((((,.{,,(({{{.|},,..|,|}}}}.,,))}}....))}.)))..}))))}.(((.....((((((((.,(({{{{{..,|}}}}..{{{|{,,,,,.}))))}...((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...})}.,({((.....(((((({((((({...})))))..}))))))..,))))}...|(((((({...)))))))}}))).)))))))).,....}).))))))))))))))).))).....))))).))))...)))}...))))))))))).))))))...(((((((.({{{{((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...))))).....,}}|((((.(((.{...(((((.(((((..((((.(((((((((....))}.......)))))).))))....)))))))))).}))).))))|,.....,......})))))))))))))).....))))))))))))))))}}},},}}|}}}|||,((,(({{{{{{{,||||{,}||(({{((|.{{({({{{{{{.(((,{,.|||.,..|||,.}}.}}}..||{|||.}|},.,|,|},.,}|||||..((((.((........)).))))||{,||||||{{,,|||||||{||...}}}}))))),||{||,||||,.,..{|{{,,{{,.(((((((.((((......))))))))))).,}}...|||}.,})).})))).,||.,,,,,,,{,,,|||||}|||(({,...{{{{{||||,,{{,,,.}}}.)))})))).}})),})})}},})))),.,..))).))))))).))).)..}))).))))))))))))))..,)})).)))))))|,{.{({(({{..{((,|..||||||,,,||}||},|||||{{....})))))),..)).)}))),..,)))))..})....))))))))..)))..,)))))))(((((((((...(((((((.....))))).}}...}},..)))))))))})))))),.)))))),|(((,.,.|}||({{{((.....})}..}}),.,}||.,,},}))})))))))){{(({..((((((....((((.((.(((((((((((((({((((((......)))))),.,((((((((((..(.(({.,(((((((((..(((((((((,,..{{||,{{{,.,.}))),,|,.(((((...))))).,|.{,.....))))))))))))))))))))..........,,{||||,.||})},},,}}|||}|{{((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).}))....)))))).)))))).}).,}).)}).}..)}))}}))}})))))))))))))))...)).)))).....)))))).)))},........,,..},|||....,,,,....)))))).))))))))}.......))).......(((({....})))).
Back