Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001127664.2
Sequence Length
2674 nt
GC Content
0.5826
GGAACCAGCUGAGCGCAGCUGGACCCAGCAGCCGCUGUCUCCAGUGCCGCAGCAGCAGGUAGUGCUCAUAGCUCUCUUUGUCCAGUGCUUCGGCCUUGGUCCCAGCGCCUUCCCACGGAGCAGCACUCUUCACCCUGCACAGCCUUGUUAGGCCUUGGUUGCUAUUCUGUAGAAGAGCAGAGUCCCCAUAAAGAGGAGGUGCAGGAAUUCUUCCCAGAGGCUUUGGAGAGCCCAACAGCAUGGUGGUGGAACACCCCGAGUUCCUCAAGGCAGGGAAGGAGCCUGGCCUGCAGAUCUGGCGUGUGGAGAAGUUCGAUCUGGUGCCCGUGCCCACCAACCUUUAUGGAGACUUCUUCACGGGCGACGCCUACGUCAUCCUGAAGACAGUGCAGCUGAGGAACGGAAAUCUGCAGUAUGACCUCCACUACUGGCUGGGCAAUGAGUGCAGCCAGGAUGAGAGCGGGGCGGCCGCCAUCUUUACCGUGCAGCUGGAUGACUACCUGAACGGCCGGGCCGUGCAGCACCGUGAGGUCCAGGGCUUCGAGUCGGCCACCUUCCUAGGCUACUUCAAGUCUGGCCUGAAGUACAAGAAAGGAGGUGUGGCAUCAGGAUUCAAGCACGUGGUACCCAACGAGGUGGUGGUGCAGAGACUCUUCCAGGUCAAAGGGCGGCGUGUGGUCCGUGCCACCGAGGUACCUGUGUCCUGGGAGAGCUUCAACAAUGGCGACUGCUUCAUCCUGGACCUGGGCAACAACAUCCACCAGUGGUGUGGUUCCAACAGCAAUCGGUAUGAAAGACUGAAGGCCACACAGGUGUCCAAGGGCAUCCGGGACAACGAGCGGAGUGGCCGGGCCCGAGUGCACGUGUCUGAGGAGGGCACUGAGCCCGAGGCGAUGCUCCAGGUGCUGGGCCCCAAGCCGGCUCUGCCUGCAGGUACCGAGGACACCGCCAAGGAGGAUGCGGCCAACCGCAAGCUGGCCAAGCUCUACAAGGUCUCCAAUGGUGCAGGGACCAUGUCCGUCUCCCUCGUGGCUGAUGAGAACCCCUUCGCCCAGGGGGCCCUGAAGUCAGAGGACUGCUUCAUCCUGGACCACGGCAAAGAUGGGAAAAUCUUUGUCUGGAAAGGCAAGCAGGCAAACACGGAGGAGAGGAAGGCUGCCCUCAAAACAGCCUCUGACUUCAUCACCAAGAUGGACUACCCCAAGCAGACUCAGGUCUCGGUCCUUCCUGAGGGCGGUGAGACCCCACUGUUCAAGCAGUUCUUCAAGAACUGGCGGGACCCAGACCAGACAGAUGGCCUGGGCUUGUCCUACCUUUCCAGCCAUAUCGCCAACGUGGAGCGGGUGCCCUUCGACGCCGCCACCCUGCACACCUCCACUGCCAUGGCCGCCCAGCACGGCAUGGAUGACGAUGGCACAGGCCAGAAACAGAUCUGGAGAAUCGAAGGUUCCAACAAGGUGCCCGUGGACCCUGCCACAUAUGGACAGUUCUAUGGAGGCGACAGCUACAUCAUUCUGUACAACUACCGCCAUGGUGGCCGCCAGGGGCAGAUAAUCUAUAACUGGCAGGGUGCCCAGUCUACCCAGGAUGAGGUCGCUGCAUCUGCCAUCCUGACUGCUCAGCUGGAUGAGGAGCUGGGAGGUACCCCUGUCCAGAGCCGUGUGGUCCAAGGCAAGGAGCCCGCCCACCUCAUGAGCCUGUUUGGUGGGAAGCCCAUGAUCAUCUACAAGGGCGGCACCUCCCGCGAGGGCGGGCAGACAGCCCCUGCCAGCACCCGCCUCUUCCAGGUCCGCGCCAACAGCGCUGGAGCCACCCGGGCUGUUGAGGUAUUGCCUAAGGCUGGUGCACUGAACUCCAACGAUGCCUUUGUUCUGAAAACCCCCUCAGCCGCCUACCUGUGGGUGGGUACAGGAGCCAGCGAGGCAGAGAAGACGGGGGCCCAGGAGCUGCUCAGGGUGCUGCGGGCCCAACCUGUGCAGGUGGCAGAAGGCAGCGAGCCAGAUGGCUUCUGGGAGGCCCUGGGCGGGAAGGCUGCCUACCGCACAUCCCCACGGCUGAAGGACAAGAAGAUGGAUGCCCAUCCUCCUCGCCUCUUUGCCUGCUCCAACAAGAUUGGACGUUUUGUGAUCGAAGAGGUUCCUGGUGAGCUCAUGCAGGAAGACCUGGCAACGGAUGACGUCAUGCUUCUGGACACCUGGGACCAGGUCUUUGUCUGGGUUGGAAAGGAUUCUCAAGAAGAAGAAAAGACAGAAGCCUUGACUUCUGCUAAGCGGUACAUCGAGACGGACCCAGCCAAUCGGGAUCGGCGGACGCCCAUCACCGUGGUGAAGCAAGGCUUUGAGCCUCCCUCCUUUGUGGGCUGGUUCCUUGGCUGGGAUGAUGAUUACUGGUCUGUGGACCCCUUGGACAGGGCCAUGGCUGAGCUGGCUGCCUGAGGAGGGGCAGGGCCCACCCAUGUCACCGGUCAGUGCCUUUUGGAACUGUCCUUCCCUCAAAGAGGCCUUAGAGCGAGCAGAGCAGCUCUGCUAUGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUUUCUUUUUUUUUUUUUUACAGUAUCCAAAAAUAGCCCUGCAAAAAUUCAGAGUCCUUGCAAAAUUGUCUAAAAUGUCAGUGUUUGGGAAAUUAAAUCCAAUAAAAACAUUUUGAAGUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1087.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1129.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 945.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((((((((.(((.((((((..((.((..(((((...((.((((((....)).)))).))...))))).))))..)))))))))))))))..)))).)).((.((.......)).))..(((.((((..(((((((..((((.(((((......(((((.(((....))).))))).....)).))).))))..)))))))...........(((((((((.(((((....((((.((((((((.....((.((.((.(((..((((((((..((.....((((((((..((((((.((((((((((((.....(((((........))))).((.....)).)))))))))))).))((((....)))).((((..((((((((((.((..((..(((...(((((.....((((..(((((((((.((((...((.((.((((((((((((.(((((.((.(((((((((((..((((.(((.(((....))).))).)))).(((((......)).)))((.((((((.(((((.(((((.(((((((((((....(((((((.((...)).)))))))......)))))).))))).....))))))))).).))).)))))..)))))))))))...(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).)))))))))).))).......))..))))))))))))))..))).))..))...))))))))))))).))))......((..(((((.......)))))..))......((((((....))))))((......)).)))))....)))..))..))))))).))))).))))((((.....))))(((......)))))))))).))))).....))..))))))))..))).)))).)).)))))))).......(((((....))))).)))).....))))).)))))))))((((..(((((((((...((((((((..(((((.....)))))..(((((......)))))....((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))((((.((.(((.((((.(((((((((((((...))))))..)))))))((.((((((((((((((((...)))))))..(((.((((((((((.((.(((((((((((......((((((.(((((....((((((..((.(((((((((((((.....(((((((.......(((((((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...))))).....))))).(((((((..((((((....))).))).))))))).((((..((.((((......))))...))..)))).))))))).(((((....(((...)))....))))))))))))))........(((((((((((......))))..)))))))...)))).))))).)))...))))))))))).....)))))).))))).))((((.((.(((((((((.((((((((((.((((((((((((((((..((((.((........)).))))((((((((((((.(((((.(((((.......))))).(((((.((((.....((((..((..(((((((.((((......)))))))))))..))...)))).)))).)))))......((((..(..((((((.(((((....((((((((((........))).))).))))...)))))....)))))).....)..)))).(((((((((((.((.((.((((((..(((..((((....))))))).....))))).).)).)))))))))))))..)))))..))))).))).))))..((((..(((((...(((((.(((....((.(((((....))))).))....)))..........(((((.....)))))(((((((((((((..((((.((((..(.((((((.(.(.((((((((((....(.(((....))).)((((((....)))))))))))))))).)))))))).)..)))).))))............((.((((((......))))))))...)))).)).)))))))....)))))....)))))..))))...))))))).........))).))))))))))............)))))).))))))))).)).))))........)))))))).)).))))))))))))))..(((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).)))....)))))).))))))))).))).)).).)))...(((((((..........................))))))).(((........))).)))))))))..))))...(((((((...((((.(((........)))))))...))))))))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((..(({((((.,.,}}}||||,.}|,{({{{{||||..,||||,{{{{,{{|{(((((,((.(({...})}.}}.}}}}}...,}))).||||,||||.,,|||}((((((((..((((,..,.|||}....(((((((.,((((.{({((,{{{,,{((({.(((,,,.}},.}))))}},,.}}.}}}.}}|}..|}}}}||..,,{(((((,{,{(((((((.{|({,.....{{,{(({((((,..|,|||||.||||,||}||||,||}}}}},.}}||||||{((({(({(((.((((((((((((,.,,.(((((........))))}.,{...,,}).)))))))))))).))((((....)))).{(((..,,,({{{,,.}})})))}.}||}..||}}},|...{{,{,,|{,{,(((({((,({.....||.|||||||{{{|{|,{|||,|,|,|||||{{{,,..||||||.({({,.{{.|||((((.|{((.,(((((.{({{{{(((.({{({((({,((((({{,(((.(((((((((((..,.(((((((.({...)).)))))))......)))))).))))).,,,{|||}}},}},|,|||,|||...,}}|||||||||||.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).))))))))))}))}......{{{{,||}}||||||||||..|||{||..,..,.|}},,,,)))|||{||||....{,((..((({{..,,..,})))}.}))}}}}}.((((((.(((((((((((...{,{((.((({.((((({((((.{{.,,,,.)},))))}{{{|(((({..,{|||||{(((.{(,,|,|.(((,(((((,{{{..{{,{{|.,,))),}}.,||{||{.(((,{((,,,..{(((,.{{{((,,,.}}}},.|{|}}}}.,}))},....||},|||..}}}||},(((.....((((((((.,((({({{..,|}}}|..{{{{{,,,.,.)))))}...((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...}}}.,((({.,...(((((({((((({...})))))..}))))))..,))))}...|(((((((...)))))))}}))).|||||}||,,..,.}),)}))))))))))))).))},..,.))))).})))...)))}...))))))))))).)))))),,,{{{{{{{.{{{{{{{..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...))))).....}}}|((((.(((.,...(((((.(((((.,((({.(((((((((....}}}.......)))))).})))....)))))))))).}))).))))|,.....,,....,))))))))))))}}|,,,.,|||||||}}}}|||||||,|||||||}||||,{{{({{,{{{{{,||||{,}||((|{{{|.,{|||{|||||.{||,|,.|||,|..|||,.||.|||,,{{{|||,||||.||,|||.,||||||..((((.((........)).))))|{{,||||||{{,,|||||||{||...}}}}}}}}},(({((,(({{,,,,.{(((,,{(,.(((((((.((((......)))))))))))..}}..,||||.,}||,|||}}.,{{.,,,,,,,({,,,,,,|}|||(({,...,,,,{||||,,{{{,,.},}.)))})))).}})},))))}}.))))),.,..}})}))))))}.))}}}.,}})},))))))))))))))..,)})}.))))))))),,.,))})),,,||,,..})))))))))))||,,}}))))))}}))}|{|.....)),..,,,,...)))))|||{||..({.(((((....))))).)).,.{((((((((,.,{{(((((.....})))).}}...}},..)))))))))(((({{({,,,.}}}.}}}}}{(((((((,..((,.,{.,|||,,,,,,{|||.,,.))),},)))))))}|{{|..((((({....((({.((.{((((((((((((({((((((......)))))),,,{(|({{{({{.,{,{(|.,(((((((({..(((((((((,,..{|||,{{{,.,.}))),,|,.(((({...))))).,|.,,...,.))))))))))))))))))))..........,}|||||,,||})),}}}}}|||}||{((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).}))....)))))).)))))).}}.}}).)}}.}..}}}}}}}}},})))))))))))))}...)).)))).....)))))).)))}.........))))))||,...,,,,{,(((((((...{{{{{(({........)))))}}...))))))))..,,,,.
Back