Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001127691.3
Sequence Length
2526 nt
GC Content
0.4766
CUGGUGCUGGUGGAACCCCUGCACAGAGACGGACACAGGAUGAGCUCUAAGUACCCGCGGUCUGUCCGGCGCUGCCUGCCCCUCUGGGCCCUAACACUGGAAGCAGCUCUCAUUCUCCUCUUCUAUUUUUUUACCCACUAUGACGCUUCCUUAGAGGAUCAAAAGGGGCUCGUGGCAUCCUAUCAAGUUGGCCAAGAUCUGACCGUGAUGGCGGCCAUUGGCUUGGGCUUCCUCACCUCGAGUUUCCGGAGACACAGCUGGAGCAGUGUGGCCUUCAACCUCUUCAUGCUGGCGCUUGGUGUGCAGUGGGCAAUCCUGCUGGACGGCUUCCUGAGCCAGUUCCCUUCUGGGAAGGUGGUCAUCACACUGUUCAGUAUUCGGCUGGCCACCAUGAGUGCUUUGUCGGUGCUGAUCUCAGUGGAUGCUGUCUUGGGGAAGGUCAACUUGGCGCAGUUGGUGGUGAUGGUGCUGGUGGAGGUGACAGCUUUAGGCAACCUGAGGAUGGUCAUCAGUAAUAUCUUCAACACAGACUACCACAUGAACAUGAUGCACAUCUACGUGUUCGCAGCCUAUUUUGGGCUGUCUGUGGCCUGGUGCCUGCCAAAGCCUCUACCCGAGGGAACGGAGGAUAAAGAUCAGACAGCAACGAUACCCAGUUUGUCUGCCAUGCUGGGCGCCCUCUUCUUGUGGAUGUUCUGGCCAAGUUUCAACUCUGCUCUGCUGAGAAGUCCAAUCGAAAGGAAGAAUGCCGUGUUCAACACCUACUAUGCUGUAGCAGUCAGCGUGGUGACAGCCAUCUCAGGGUCAUCCUUGGCUCACCCCCAAGGGAAGAUCAGCAAGACUUAUGUGCACAGUGCGGUGUUGGCAGGAGGCGUGGCUGUGGGUACCUCGUGUCACCUGAUCCCUUCUCCGUGGCUUGCCAUGGUGCUGGGUCUUGUGGCUGGGCUGAUCUCCGUCGGGGGAGCCAAGUACCUGCCGUUUCCUCAUUUGGCUGUUGGAUUUUAAGCAAAAGCAUCCAAGAAAAACAAGGCCUGUUCAAAAACAAGACAACUUCCUCUCACUGUUGCCUGCAUUUGUACGUGAGAAACGCUCAUGACAGCAAAGUCUCCAAUGUUCGCGCAGGCACUGGAGUCAGAGAAAAUGGAGUUGAAUCCUUUCUCUGCCACUCUUUGAGGAGAAUCUCACCAUUUAUUAUGCACUGUAGAAUACAACAAUAAAAUACAGCCAUGUACCACAUAACAACAUCUUGGUAAACAACAGACUGCAUAUAUGAUGGUGGUCAUCCAGUAAGCUAAGGUUAAUUUAUUAUUAUUCCUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGUAGUCUUACUCUGUCACCCAGGCUAGAGUGCAAUGGCACCAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUACCUCCUGGGUUCAAGCAAAUCUCCUGCCUCAGCCUCCAAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCCACCACAUCUGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAAAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGAUCUCAAACUCCUGACCUCAAGUGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGAACCACAGGCCUGAGCCACUGUGCCCAGCCUUGUUUGCUUUUUUAACAGAUAACAGUGUGCUCAUAGAAACUGCUUUGACAUGACUGCAAUCAUGUGCUUCAUAGAAACUUAAUUAGAUUAUACCACUAGAGUCUUCAGAUUUUUAUACUUUUUUUUUUUGAAACGGAGUCUCACUCUGUCACCAGGCUGGAGUGCAGUGCCGCAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGAAUUACAAGUGCGCACUACCACACCCAGCUAAUUUUUGCAUUUUUACUUGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCUAGGAUAGUUUCACCAGGAUCUCUUGGCCUCAUGAUCAGCCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCGUGCCCAGCCUAUACUUCCCUUUUUGAAUACCAUUUGGUGUUUUGAAGAAUUAACAGCUUUGUGAACGUGGCAGUGCUUGUGAUUCAGGCUUCCAUUGAGACCAAGGGGAGAACCUGGUUGCAGGACAAACAGACGGACAGCGUGUGGCAGUGUUUAAAUGCUCUUCUGAAGGCUGAUACGACAGCUCUCUGUGCACUGAUUGCAUAUGCAUCCCAAGAUUAUAUUAUUGUUUUCUACUGCUAUGUGUCACACUUUGCCAAACAGGAUGUGGAAAAUGAAUAAGCGGUUUUCUUAGGCACUUCUUAACAGACAAUUGGUCAAAAUGAACUCCAUUGCUUAAGAAACACAUAAACACCAUUUAGUCACUGAACAUAGCUAUAUGUAUGGUUGUUACUAUGGGAAAUCUUGUUUUGCCAAUUUUCUUUGAAAAUUCUGGCAGACCAAGGUUCUUUUUGUUUACAUAAUACUUGAAAAAUAAAAAUGAACAAGCUAACAAACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-808.57 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -858.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 711.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((.((.(..(((((((((.......(((((.((((..((((((((((((..(((((((..(((((..((((((.((..((((((....((((((..(..................................)..)))))))))).))..))..))))))..)))))...(((((((.(..((((((...(((((((((.((.((((.........)))).))))))......(((((.(((((((((((((((.((.((........))))))))).))))((((.....))))((.((((..(((....)))..)))).))..((((.(((((....)))))..))))((((.(((((.(((((((.((((.(((.((.....)))))..)))))))))))...))))))))).)))))).)))))))))).))))))..).))))))).((((((((((((((((((....((...(((((.((((((((((...........)))))))).(((((..........(((((((...........)))))))((((((((...)))))))))))))....)))))))))....))))))))).(((((((((((((........((((((..(((........)))))))))((((((((((((...(((((((.(((((.(((((((..(((.........)))..))).)))))))))......))))))).))))((((...))))((((......))))....))))))))((((..((......))))))..((((((((.((((..(.(((.(((((((...((....))(((...)))((((((.((((.........)))).))))))(((.(((((..((.(((..(.((((((....)))))).)..)))))..)))))))))))))))))).).))))))))))))..))).)))))))))).....(((...........)))....((((((((((((((.((((.......(((((((((.....((((((.......(((((((...((.((((((((...(((......)))....))))..)))).)).)))))))..(((((((((((((..(((......)))))))))))..)))))..))))))....((((((((...(((((((((((................))))).....(((((.............)))))..........))))))...))))))))..........(((....)))...............))))))))).......)))).))))))))).))))).....(((((((((.....))).))))))....)))))))))(((..((.(((((((((((.((((.(((..((((........((((.((((((..(....)..))))))(((((((((((..(((.(((((.(((((............)))))..))))).)))....(((((((.((.((((((.....((((.((((...((((((((..(((....(((((.......(((.(((((...(((((((....)))..)))).))))))))((((.((......((((((..(((((((.(((.((......)).)))))).))))..))).))).......))))))((((..(((..........((((((....)))))).........)))..)))).(((((((...)))))))....((((.((((((((((((((......))))..))))))..))))))))...(((((...(((.......)))...))))).)))))(((((((.......(((....))).......)))))))......)))...))))))))))))))))...((((..((((((((....(((....)))..)))))))).))))....(((......))).......((.((((((..(((.((((.....)))))))))))))))........((((..(((((((....))))))).))))......)))))).)).)))))))..))))))))))).))))......))))..))).)))))))....))))))))))....))).)))))))..)))))..)))))))...)))))))))..(((((......))))))))))))))..).)).)))..)).((((((((..(((....)))..)))((((((((...(((((.((((.....)))).)))))...)).....))))))((((((((((...........(((.....)))..((((.....))))))))))))))......((((((((...........(((((....))))))))).))))....)))))...((((.(((((((((((((...))))))..))))))).))))(((((((((((((.((.......))..))))))))).))))..))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{{{{{(((({(({({{,(({((((({,{{{{.({(({.({((,.{{{{{{{||{{{|||||||{(|,(((((..((((((.{{{,((((((....((((((.,...,,,,..........................,,)},)))))))))).)).})}..))))))..))))|,{{(((((((.(,,((((((...(((((((((.((.((((,......,,)})).))))))......{((((.((((({(((((((((,((,(({,....,.}||}}}}}}.||||((,{..,,{((.(((((((....))))))).))||}|,.,.}.||||,|((((....)))))},)}},{(((.(((((.((((((,{((((.(({{((.....)))))..)))))))))))...))))))))),)))))).))))}))))).)))))).,),))))))).||||(({{((((((((((,.{.((.{{((((..|||(((((({.,|........}))))))}.{{{{{{|..,,....(((((((.,,......,.)))))))|(((((((...))))))))}))))|...)}|)||))|,...})))))))).(((((((((((((........((((((,.,((........)))))))))((((((((((((...((((((({(((((.{((((((..(((.........)))..))).)))})))))..,,..})))))).))))((((...))))((((......))))....))))))))|(({..((......))))}}..((((((((.((((,.{.((,{(((((((...,,....||{((,,,|}}{(({((.{{{{,,.,,...,)))),}))))},({.(((((..((.(((..(.((((((....)))))).)..)))))..)))))}}})))))))))).).))))))))))))..))).))))))))))....||||,||||,,....,||....||||||{(((((((,((({..{{{,.,,,||||{{.....,{((((.....,.{((((((...((,,(((((({...{||,,,,,,))}....}}},..,})}.,).))))))),.(((((((((((((..(((......)))))))))))..)))))..)))))}....{(((((((...(((((((((({...,,...........}|||}...|||{{{{.............)))),..,.}}}}..))))))...)))))))}...,,,,,,,({{.,,{|.|,{|.....,}}}..)))))))))},.......,,,.}}}}}}}}),))})).}}},,||||{{|,{{{{{||.{||||||{{.{|||,|||,,.,}},|}},||||,,|}}}}.,.|}|}|}},||,{{,.....,,||}((((((..(....)..)))))),,,,||||||||,,||,|((((.(((((............)))))..)))))})))}}}}))}{{{{(((,{((({((((..,,{{.,,{{...,{{{|{||,,,||,.{{,,.|)}.{{{{{.(({(((((...(((((((....))}.,)))).))))),|{((({,,{......,|))||)}|||,((({(,{.{({{{{{{{|,||,{(({,.{{{{{||{,||{{..,{,{{{,,,,.....{{,,,.......,},|||{{(((({...................,}},(((((((...)))))))....((((.((((((((((((((......))))..))))))..)))))))).,{(((((,..,,,..,,{{{|||,{,||}||...|||,(((({({{{{{{{((({,,.,|,..{,{{,,,|||||......}||...,,,,,))}}}||||},...{(((..((((((((..{.(((....))).,)))))))).)))),,,}}}}}}|,..|}}...,,..((.((((((..{((.((((.....))))))}))))))}}........{(((..(((((((....))))))).)))),......}))}.))))...)))),.))))))))))))),)))},,..}}))}.}},}))))))),}}})),,||||||{{..{{.{||}},}}}})}))}..}))))),..,)),,,))))}}|((((......))))}}))))))))}})}))}))},,))}||.,.,{{..,,,...{|||{{||{(({,((.{{{,,{{{,...|}.,...,)),,.))))}}}))}},,}))))))|||||{,||||}{{({{{..,(,({,..{|||....|},...}))))))))))))),......{{{{((((.,{,...|,,.(((((....)))))})))},))}}}).))))}...((((.(((((((((((((...))))))..))))))).))))(((((((((((((.((.......))..))))))))).))))..))}},}}.....
Back