Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001127704.2
Sequence Length
3435 nt
GC Content
0.5377
AGAGUCCUGAGCUGAACCAAGAAGGAGGAGGGGGUCGGGCCUCCGAGGAAGGCCUAGCCGCUGCUGCUGCCAGGAAUUCCAGGUUGGAGGGGCGGCAACCUCCUGCCAGCCUUCAGGCCACUCUCCUGUGCCUGCCAGAAGAGACAGAGCUUGAGGAGAGCUUGAGGAGAGCAGGAAAGGGCGGCAGUAAGUCUUCAGCAUCAGGCAUUUUGGGGUGACUCAGUAAAUGGUAGAUCUUGCUACCAGUGGAACAGCCACUAAGGAUUCUGCAGUGAGAGCAGAGGGCCAGCUAAGUGGUACUCUCCCAGAGACUGUCUGACUCACGCCACCCCCUCCACCUUGGACACAGGACGCUGUGGUUUCUGAGCCAGCCUCCCCCGUUGCCCCUCUGGAUCCACUGCUUAAAUACGGACGAGGACAGGGCCCUGUCUCCUCAGCUUCAGGCACCACCACUGACCUGGGACAGUGAAUCGACAAUGCCGUCUUCUGUCUCGUGGGGCAUCCUCCUGCUGGCAGGCCUGUGCUGCCUGGUCCCUGUCUCCCUGGCUGAGGAUCCCCAGGGAGAUGCUGCCCAGAAGACAGAUACAUCCCACCAUGAUCAGGAUCACCCAACCUUCAACAAGAUCACCCCCAACCUGGCUGAGUUCGCCUUCAGCCUAUACCGCCAGCUGGCACACCAGUCCAACAGCACCAAUAUCUUCUUCUCCCCAGUGAGCAUCGCUACAGCCUUUGCAAUGCUCUCCCUGGGGACCAAGGCUGACACUCACGAUGAAAUCCUGGAGGGCCUGAAUUUCAACCUCACGGAGAUUCCGGAGGCUCAGAUCCAUGAAGGCUUCCAGGAACUCCUCCGUACCCUCAACCAGCCAGACAGCCAGCUCCAGCUGACCACCGGCAAUGGCCUGUUCCUCAGCGAGGGCCUGAAGCUAGUGGAUAAGUUUUUGGAGGAUGUUAAAAAGUUGUACCACUCAGAAGCCUUCACUGUCAACUUCGGGGACACCGAAGAGGCCAAGAAACAGAUCAACGAUUACGUGGAGAAGGGUACUCAAGGGAAAAUUGUGGAUUUGGUCAAGGAGCUUGACAGAGACACAGUUUUUGCUCUGGUGAAUUACAUCUUCUUUAAAGGCAAAUGGGAGAGACCCUUUGAAGUCAAGGACACCGAGGAAGAGGACUUCCACGUGGACCAGGUGACCACCGUGAAGGUGCCUAUGAUGAAGCGUUUAGGCAUGUUUAACAUCCAGCACUGUAAGAAGCUGUCCAGCUGGGUGCUGCUGAUGAAAUACCUGGGCAAUGCCACCGCCAUCUUCUUCCUGCCUGAUGAGGGGAAACUACAGCACCUGGAAAAUGAACUCACCCACGAUAUCAUCACCAAGUUCCUGGAAAAUGAAGACAGAAGGUCUGCCAGCUUACAUUUACCCAAACUGUCCAUUACUGGAACCUAUGAUCUGAAGAGCGUCCUGGGUCAACUGGGCAUCACUAAGGUCUUCAGCAAUGGGGCUGACCUCUCCGGGGUCACAGAGGAGGCACCCCUGAAGCUCUCCAAGGCCGUGCAUAAGGCUGUGCUGACCAUCGACGAGAAAGGGACUGAAGCUGCUGGGGCCAUGUUUUUAGAGGCCAUACCCAUGUCUAUCCCCCCCGAGGUCAAGUUCAACAAACCCUUUGUCUUCUUAAUGAUUGAACAAAAUACCAAGUCUCCCCUCUUCAUGGGAAAAGUGGUGAAUCCCACCCAAAAAUAACUGCCUCUCGCUCCUCAACCCCUCCCCUCCAUCCCUGGCCCCCUCCCUGGAUGACAUUAAAGAAGGGUUGAGCUGGUCCCUGCCUGCAUGUGACUGUAAAUCCCUCCCAUGUUUUCUCUGAGUCUCCCUUUGCCUGCUGAGGCUGUAUGUGGGCUCCAGGUAACAGUGCUGUCUUCGGGCCCCCUGAACUGUGUUCAUGGAGCAUCUGGCUGGGUAGGCACAUGCUGGGCUUGAAUCCAGGGGGGACUGAAUCCUCAGCUUACGGACCUGGGCCCAUCUGUUUCUGGAGGGCUCCAGUCUUCCUUGUCCUGUCUUGGAGUCCCCAAGAAGGAAUCACAGGGGAGGAACCAGAUACCAGCCAUGACCCCAGGCUCCACCAAGCAUCUUCAUGUCCCCCUGCUCAUCCCCCACUCCCCCCCACCCAGAGUUGCUCAUCCUGCCAGGGCUGGCUGUGCCCACCCCAAGGCUGCCCUCCUGGGGGCCCCAGAACUGCCUGAUCGUGCCGUGGCCCAGUUUUGUGGCAUCUGCAGCAACACAAGAGAGAGGACAAUGUCCUCCUCUUGACCCGCUGUCACCUAACCAGACUCGGGCCCUGCACCUCUCAGGCACUUCUGGAAAAUGACUGAGGCAGAUUCUUCCUGAAGCCCAUUCUCCAUGGGGCAACAAGGACACCUAUUCUGUCCUUGUCCUUCCAUCGCUGCCCCAGAAAGCCUCACAUAUCUCCGUUUAGAAUCAGGUCCCUUCUCCCCAGAUGAAGAGGAGGGUCUCUGCUUUGUUUUCUCUAUCUCCUCCUCAGACUUGACCAGGCCCAGCAGGCCCCAGAAGACCAUUACCCUAUAUCCCUUCUCCUCCCUAGUCACAUGGCCAUAGGCCUGCUGAUGGCUCAGGAAGGCCAUUGCAAGGACUCCUCAGCUAUGGGAGAGGAAGCACAUCACCCAUUGACCCCCGCAACCCCUCCCUUUCCUCCUCUGAGUCCCGACUGGGGCCACAUGCAGCCUGACUUCUUUGUGCCUGUUGCUGUCCCUGCAGUCUUCAGAGGGCCACCGCAGCUCCAGUGCCACGGCAGGAGGCUGUUCCUGAAUAGCCCCUGUGGUAAGGGCCAGGAGAGUCCUUCCAUCCUCCAAGGCCCUGCUAAAGGACACAGCAGCCAGGAAGUCCCCUGGGCCCCUAGCUGAAGGACAGCCUGCUCCCUCCGUCUCUACCAGGAAUGGCCUUGUCCUAUGGAAGGCACUGCCCCAUCCCAAACUAAUCUAGGAAUCACUGUCUAACCACUCACUGUCAUGAAUGUGUACUUAAAGGAUGAGGUUGAGUCAUACCAAAUAGUGAUUUCGAUAGUUCAAAAUGGUGAAAUUAGCAAUUCUACAUGAUUCAGUCUAAUCAAUGGAUACCGACUGUUUCCCACACAAGUCUCCUGUUCUCUUAAGCUUACUCACUGACAGCCUUUCACUCUCCACAAAUACAUUAAAGAUAUGGCCAUCACCAAGCCCCCUAGGAUGACACCAGACCUGAGAGUCUGAAGACCUGGAUCCAAGUUCUGACUUUUCCCCCUGACAGCUGUGUGACCUUCGUGAAGUCGCCAAACCUCUCUGAGCCCCAGUCAUUGCUAGUAAGACCUGCCUUUGAGUUGGUAUGAUGUUCAAGUUAGAUAACAAAAUGUUUAUACCCAUUAGAACAGAGAAUAAAUAGAACUACAUUUCUUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1189.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1254.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 836.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((..(((....((((...(((((((((((.(((((((....).)))))).((((((.((.(.(((.((....)).))).).)).))))))....((((((...(((.(((((...((((((..(((((.(......).))).))...))))))))))))))...))))))..(((((((....(((((.(((((...((((....((((.(((((((.....(((((......)))))(((((.....)))))..(((((.((((((.(.(((((((((((((((....(((.(((((((((((.(.....).)))..(((((((.((((((((((....))))..((.((((.(((.(((.((((.......))))...))).))).)))).))............((((((((....)))..)))))((((((((((.((.((((......(((((((......(((......)))..)))))))))))))...(((((((..((((((((..(((((..(((((.(((.....(((((((.((.((((((((((...((((...((((((.(((((..........((((((((.........))).......)))))..........(((((((......)))))))..........(((((....))))).............)))))))))))...))))((((((.((..........)).))))))))))))))))))..(((((......((((.((..(((((((((.(((..((.((..((((.((((...))))))))....))...))..))))))))))))..)).).))).........)))))...)))))))...)))..))))).)))))..))))))))...))).))))))))))))))(((((((((.(((((((......))))))).)))).))))).....((((..........((((((.....))))))))))......................))))))..)))).....((.((((((((((..((((.(((((...)))))))))..)))))))))).))..((((.....)))).........)))...)))))))))))(((((....))))).....(((..(((((.........(((..((((((.......((((.(((((((.((((...))))))))))).)))).(((((((((((......((((....)))).)))))))..))))...))))))(((...)))..(((((.(((.(((((...(((.(((((((.(((........(((...((((..((......))..))))..))).((((.........(((((((((.(((.((..((((.................((((....)))).(((((...(((((((.(....((((((.....))).)))....).)))))))..)))))..(((((((...((((.......((((((.........)).))))..((.((.(((((....))))))).)).((.....))..((((..((.........((((...........)))).........))..)))))))))))))))))))...)).))).))))))))).........)))).........))).))))))).))).)))))))))))))........)))..........)))))..)))..((((((.((.....(((((..((......))..)))))........)).)))))))))))).))))..)))).).).)))))))))))..............)))))))))))..))))))))))))))....(((((((.((((.((.(((.(((((((.(((((((((((((...)))))..((((((((((.((((..((....((..(((..(((.....((((((((((((......((((..(((((((((..((((((..(((((..........(((((((((((((.((((((.....))))))))))....)))))))))..)))))...)))..)))..)))))).)))...))))...)))).))))))))..)))..)))))..))..)))).)))))..))))).....(((.(((..(((...)))..)))...))).........)))))))((((((.(((((((..((((.(.((((((((((.((.......(((((....((((((.((((((...))))))))))))....)))))......)).))))).)))))).))))...))))))).)))))).......).)))))))))).)))))).))))))).....((((((..(((((((((.......)))))))))..)))))).))))))).(((((((..................(((.((((.((((((((..(....)..)))))))).).))).))))))))))..)))))))))))...))))....))).((((((((((((...(((............................)))...))).....)))))))))((((((......))))))....)))))))(((((....((((((((.((...........................)).))))))))...)))))....(((((((((((((.(((((...((......))....))))))))....((.(.((((((((((.(((.((((((.(((((((((.(((((.(((((((....)))))))))))).)).((((((.((((.((......)).))))..)))))).(((.((((((..(((((.(((..((((..(.(((.....))).).))))..))))))...(((..........)))...))..)))))).)))..)))))))..((((....(((((.((..(((((((((((......(((((.(.((((.................)))).).)))))........))))))))))))))))))....)))).(((........))).....((..(((((..(((....)))...)))))..))........((((..((((.(((((.((((......(((..(((..............................)))..)))..))))....))))).))))..))))..(((((((.(((....((....))..))).))))))).........))))))))).))))).))))).)))...........).))))))))).......((((((..((((........)))).(((((...((((...........(((((..........)))))............))))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,(((((((((,...({((..,(((((((((((.(((((((....)}}))))).((((((.((.(.(((.((....)).))).).)).))))))..,,||||{|,..|||{(((((.,{{{{{{{,,||||{.{.,,,{,|.|||,||,,,}|||||||||||||,{,||||||..(((((((,,,.((((((((((,..{((((....((((.(((((((..{,,(((((......)))))(((((.....)))))..(((((.((((((.(.(((((((((((((({.,{.(((.(((((((({{{.,.,,,,}.}}}..{{{((((.(((((((((({.,,||||,,{||||(((((((({(,{{{(,,,..,,||,}...,,|,|},,||||,,........,}},.{|{(((((....)))},}}}}}((((((((((.((.((((......(((((((.,,...({{......)))},)))))))))))))...(((((((,,((((((((..(((((..(((({.((({{{..((((,(({((.(((((((((({..((((...((((((.(((((..........{((((,{(.........,}}.......))))}..........(((((((......)))))))......,...(((((....)))))......,,.....)))))))))))...)))){(((((.((..........)).)))))))))))))))),,..(({{{....,,{{({.{{..((((((({{{(((,.,,.{,..((((.((((...|))))))).{,{,,....},.})))))))))))..}}.)}}))..}}}}}.}))),,}}}))),|||{...,)}}))))).)))))..))))))),...))),)))))))))))))){((((((((.(((((({......})))))).)))).)))))}}}}}}}},.,..,|,|..((((((.....)))))).}})}}}),....,.,,...,.....))))))..)))},,,..((.((((((((((..(((,{(((((...)))))))))..)))))))))).))..}}||.....,,,,........,))),..)))))))))))|||{{..,,|}}}),,...(((,.(((((.,.{,{..{{{{.{((((({.,,,...{(((.(((((((.((((...)))}))))))).)))}.((((((((({,{{,...((((....)))).}}))))),,))))...,)))))|{{...}}}..(((((.(((.(((((,..(((.(((((((.(((.(((.{{.(((...((((..((......))..))))..))).}},.}))......(((((((((.(((.((.{((,,...............}}((({....)))).(((((...(((((((.({,(((((.....}})))}.,.,....).)))))))..))))),.(((((((...||||}}},,..(({(((....,....}}.}}}}..{({(..,,....))})|,||||{||.{{{..|.|...((((..((......,,,((((.{......,..))))....,,,..))..))))}}})))))))}}))....)).))).)))))))))........,,............))).))))))).))),))))))))))))).......,,,..........,)))))..))).{((((((.((.....(((((..((......})..)))))........)).)))))))))))).))))..)))).).).)))))))))))..........},..))))))),))),.)))))))))))))),...(((((((.((((.,,.(((.(((((((,(((((((((((((...)))))..((((((((((.((((..((....,{..(((..(((...((((((((((((((......((((..(((((((((..(((((({.(((((.,,...}}..{((((((((((((.((((((.....)))))))))}...,)))))))))..))))).}.}))..)))..)))))).)))...))))...)))).))))))))).)))..)))}}..})..)))).)))))..))))).....,,{,(((,.(((,..|,}...,,,..))),}}},,...)))))))((((((.(((((((..((((.(.((((((((((.(({{.....(((((....((((((.((((((...))))))))))))....)))))...,..}).))))).)))))).))))...))))))).)))))).......,.)))))))))}.}})))).))))))).....{(((((,,(((((((((.......)))))))))..}}}}}}.}}))))),{(({{((..................||,.((((.((((((((..,....}..)))))))).}.))).}},))))))}..,}}))))))))...))))....||,.(((((((((,,({,,(,,...............}}}},........|||...,)),....))))))))).,))))}}}}},|||,,,,{{{,((((((...{(..,.(((((.((..((...{{{.....})}.....))..)).)))))....}}.....)))}}}.(((((((((|{{{.(((({..{((......}},,..}}})}}||,..,{{.(.((({{(((((.{{,,({{(({.({(,{{{((.(((((.(((((((....)))))))))))).)).,((({{.(({{{({{{{{{{{|.,,,|{{||||||||{,.,{{{{,.|||{{{{(((..{{{{..|,|{{.....))),,.))))..)))))}..,|,,}},,.,..,})),..})))))),,,,})))))))})))},}|,.,}}}.(((({,((..(((((((((((......(((((.(.((((...........,,....)))).).)))))........))))))))))))))))))....,|||.{{{,,.,,...,||,...|((,,{{{{{.,|||..,,))}...}}))),.)).....,..||||}}||||,|||||,|||,.|}...{((..(((..,,..,,,................},...)))..))}...}},...,}|))}.}}},.|||||.,}||{|||,|,||,,}||,...}}}))))})})))))}...})}.,))))}})|),)}}}}.})))),))),,.....,,,,}.}}}})))))...||..{{,,||,,||,|{{{{{,,.|||{{{{{(({,..(({..,.||}....}}}))))}}}.})).)},))},}........,........,)))))).
Back