Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001127891.3
Sequence Length
3401 nt
GC Content
0.5293
AAUGCAUGCCUGCCCUCCUGGGAAUGAAGCACAGCAGGUCUCAGCCUCAUCUUACCCAGCCCCCCACUCAAGAUGGAGGUGCCUGGUUUGAACACCUCUGACAAAUGGAAGUCUGUGUUGUCCAGAGGCAAUGCAGUGGGGGCUUAAGAAGAUAACUCUGGACUUAGACCGCUUGGCUUCAAAUCAAAGAGUGCAUGAACCAACCAGCUGGCCUAGUGAUGAUGUUAGGCAAGUGACUUCUCAGUUUCUUCAUCUGCAAACUGGGAAAUUUCCUAUCUCAGGGUUAAAAGAGAGGUAAUCUUAGGUGCUUACCUAGCACAUGCAAUACCUGAACACCUUCUAUGGCUGCCCCAAGGAGAGCUGCAACCUGUUUGUGCUGAAGGACACACUAAAGAAGAUGCAGAAGUUCUUUGGACUGCCCCAGACAGGUGAUCUUGACCAGAAUACCAUCGAGACCAUGCGGAAGCCACGCUGCGGCAACCCAGAUGUGGCCAACUACAACUUCUUCCCUCGCAAGCCCAAGUGGGACAAGAACCAGAUCACAUACAGGAUCAUUGGCUACACACCUGAUCUGGACCCAGAGACAGUGGAUGAUGCCUUUGCUCGUGCCUUCCAAGUCUGGAGCGAUGUGACCCCACUGCGGUUUUCUCGAAUCCAUGAUGGAGAGGCAGACAUCAUGAUCAACUUUGGCCGCUGGGAGCAUGGCGAUGGAUACCCCUUUGACGGUAAGGACGGACUCCUGGCUCAUGCCUUCGCCCCAGGCACUGGUGUUGGGGGAGACUCCCAUUUUGAUGACGAUGAGCUAUGGACCUUGGGAGAAGGCCAAGUGGUCCGUGUGAAGUAUGGGAACGCCGAUGGGGAGUACUGCAAGUUCCCCUUCUUGUUCAAUGGCAAGGAGUACAACAGCUGCACUGAUACCGGCCGCAGCGAUGGCUUCCUCUGGUGCUCCACCACCUACAACUUUGAGAAGGAUGGCAAGUACGGCUUCUGUCCCCAUGAAGCCCUGUUCACCAUGGGCGGCAACGCUGAAGGACAGCCCUGCAAGUUUCCAUUCCGCUUCCAGGGCACAUCCUAUGACAGCUGCACCACUGAGGGCCGCACGGAUGGCUACCGCUGGUGCGGCACCACUGAGGACUACGACCGCGACAAGAAGUAUGGCUUCUGCCCUGAGACCGCCAUGUCCACUGUUGGUGGGAACUCAGAAGGUGCCCCCUGUGUCUUCCCCUUCACUUUCCUGGGCAACAAAUAUGAGAGCUGCACCAGCGCCGGCCGCAGUGACGGAAAGAUGUGGUGUGCGACCACAGCCAACUACGAUGAUGACCGCAAGUGGGGCUUCUGCCCUGACCAAGGGUACAGCCUGUUCCUCGUGGCAGCCCACGAGUUUGGCCACGCCAUGGGGCUGGAGCACUCCCAAGACCCUGGGGCCCUGAUGGCACCCAUUUACACCUACACCAAGAACUUCCGUCUGUCCCAGGAUGACAUCAAGGGCAUUCAGGAGCUCUAUGGGGCCUCUCCUGACAUUGACCUUGGCACCGGCCCCACCCCCACGCUGGGCCCUGUCACUCCUGAGAUCUGCAAACAGGACAUUGUAUUUGAUGGCAUCGCUCAGAUCCGUGGUGAGAUCUUCUUCUUCAAGGACCGGUUCAUUUGGCGGACUGUGACGCCACGUGACAAGCCCAUGGGGCCCCUGCUGGUGGCCACAUUCUGGCCUGAGCUCCCGGAAAAGAUUGAUGCGGUAUACGAGGCCCCACAGGAGGAGAAGGCUGUGUUCUUUGCAGGGAAUGAAUACUGGAUCUACUCAGCCAGCACCCUGGAGCGAGGGUACCCCAAGCCACUGACCAGCCUGGGACUGCCCCCUGAUGUCCAGCGAGUGGAUGCCGCCUUUAACUGGAGCAAAAACAAGAAGACAUACAUCUUUGCUGGAGACAAAUUCUGGAGAUACAAUGAGGUGAAGAAGAAAAUGGAUCCUGGCUUCCCCAAGCUCAUCGCAGAUGCCUGGAAUGCCAUCCCCGAUAACCUGGAUGCCGUCGUGGACCUGCAGGGCGGCGGUCACAGCUACUUCUUCAAGGGUGCCUAUUACCUGAAGCUGGAGAACCAAAGUCUGAAGAGCGUGAAGUUUGGAAGCAUCAAAUCCGACUGGCUAGGCUGCUGAGCUGGCCCUGGCUCCCACAGGCCCUUCCUCUCCACUGCCUUCGAUACACCGGGCCUGGAGAACUAGAGAAGGACCCGGAGGGGCCUGGCAGCCGUGCCUUCAGCUCUACAGCUAAUCAGCAUUCUCACUCCUACCUGGUAAUUUAAGAUUCCAGAGAGUGGCUCCUCCCGGUGCCCAAGAAUAGAUGCUGACUGUACUCCUCCCAGGCGCCCCUUCCCCCUCCAAUCCCACCAACCCUCAGAGCCACCCCUAAAGAGAUACUUUGAUAUUUUCAACGCAGCCCUGCUUUGGGCUGCCCUGGUGCUGCCACACUUCAGGCUCUUCUCCUUUCACAACCUUCUGUGGCUCACAGAACCCUUGGAGCCAAUGGAGACUGUCUCAAGAGGGCACUGGUGGCCCGACAGCCUGGCACAGGGCAGUGGGACAGGGCAUGGCCAGGUGGCCACUCCAGACCCCUGGCUUUUCACUGCUGGCUGCCUUAGAACCUUUCUUACAUUAGCAGUUUGCUUUGUAUGCACUUUGUUUUUUUCUUUGGGUCUUGUUUUUUUUUUCCACUUAGAAAUUGCAUUUCCUGACAGAAGGACUCAGGUUGUCUGAAGUCACUGCACAGUGCAUCUCAGCCCACAUAGUGAUGGUUCCCCUGUUCACUCUACUUAGCAUGUCCCUACCGAGUCUCUUCUCCACUGGAUGGAGGAAAACCAAGCCGUGGCUUCCCGCUCAGCCCUCCCUGCCCCUCCCUUCAACCAUUCCCCAUGGGAAAUGUCAACAAGUAUGAAUAAAGACACCUACUGAGUGGCCGUGUUUGCCAUCUGUUUUAGCAGAGCCUAGACAAGGGCCACAGACCCAGCCAGAAGCGGAAACUUAAAAAGUCCGAAUCUCUGCUCCCUGCAGGGCACAGGUGAUGGUGUCUGCUGGAAAGGUCAGAGCUUCCAAAGUAAACAGCAAGAGAACCUCAGGGAGAGUAAGCUCUAGUCCCUCUGUCCUGUAGAAAGAGCCCUGAAGAAUCAGCAAUUUUGUUGCUUUAUUGUGGCAUCUGUUCGAGGUUUGCUUCCUCUUUAAGUCUGUUUCUUCAUUAGCAAUCAUAUCAGUUUUAAUGCUACUACUAACAAUGAACAGUAACAAUAAUAUCCCCCUCAAUUAAUAGAGUGCUUUCUAUGUGCAAGGCACUUUUCACGUGUCACCUAUUUUAACCUUUCCAACCACAUAAAUAAAAAAGGCCAUUAUUAGUUGAAUCUUAUUGAUGAAGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1160.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1224.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 922.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((.(((....)))..((((((..(((.(((((.((((..(((((....(((((((.(((......(((((((...........)))))))(((........))).((((((((....))))))))))))))))))....)))))......)).)).))))))))..))))))........)).)))))...........((((((.....(((.(.((((.((((...(((((((((((.......).)))))))))))))))))).))))(((((((((.(((((((.......(((((.....)))))......)))))((.((((((((..(((....(((((((...(((((.(.(.((((((.((.....))))).))).).).)))))....)))))))...)))..))).))))).))....(((((((....((.((((((.(.(((((((((((((((((....(((.((((((........((((((((((((((........))))).......(((.....(((((.(((((((((((..((..((((.((((....))))..))).)..))..)))...((((((.....(((.((((((.((((......((((..((((((.....((...(((((((..........))))))).))......)))))))))).(((((((.(.(((..((((((.......))))..))..)))).)).)))))..)))).))))))..)))...((((((...))))))...........))))))..(((.((((.....)))))))))))))))))))).....)))(((((..((.(((((..(((...)))))))).)).)))))...)).)))))))......)))))))))......))))))))).)))))))).)))))((((((...(((.(........).)))((((..((((.((((((((....)).)))))).))))..))))((((((((.(((((..(((((((((((.((((.........)))).)))))).............((.(((((((......((((((.(.(((((..(((((((((((((((.(((((..((((.....(((((.....((((((.(((......)))..)))))).....)))))))))...)))))..)))((((...(((..........)))......)))).............))))))))))))..)))))).))).)))......)))))))))...(((((((..((..........((.(..((((((((((((((((.....))))))..........(((((((....)))))))..((((...))))(((((((((.((...........((((((((...(((((............................))))).)))))))).......(((((.((.((((((((((....))))...))))))...)).))))))).))))))))).(((((...(((((..(((((((((((...........)))))............((((.((((..((.(((((((((((...(((((....)))))....))))))..))))))))))).)))).)))))).)))))))))).....(((.(.(((((.....)))))).)))..(((.............))).....))))))))))..).))))..))))))).((.((.(((((..((....((((......))))....))))))).)).))(((((.((((.((.........)).))))..))))).....)))))..).))))..)))))))).....))))))........(((((......))))).)).)).....))))))).(((((..(((((((((((((....((((((.((((....(((.((((......)).)).)))...))))...(((......)))..((((((.((......)).)))))))))).))....)))))))).(((.(((.(((((.((..((((.(((..........(((((((.((((((.(((.(((((((.((((....((...((((.(((((.(((.((((.......)))).((((((((((((..((((..........)))).))))))....).)))))....((((((((((((.((..((((..(((((((((..(((....))).....(((((....((((.((((...)))))))).)))))((.((....)).)).......)))).)))))..))))..)).)))))).........)))))).......)))...)))))))))...))....).)))...((((.....)))).(((((((......)))))))..))))))).))).)))))).))))))).(((((.(((..((((..((((((.(((.....)))))))))..))))..)))....)))))(((((((((((..((((((((((...((((((((.((.(((.....(((((((.((.(......).))))))))).....))))).))))))))((((...))))((((..((((...)))).))))...........((((((((((((...(((..(((((........)))))..)))...))))).))))))).))))))))))....)))))....)))))).)))))))...))..)))))))).)))(((((((.......((((((.........(((......)))...(((.((((((.......((....((((........))))....)).......)))))).)))(((((...))))).((((................))))...(((((((((((.((((((...(((((....)))))...))))))..))))))..........(((((((((..((((((.((..((((((((.((((.((((((((((.(((.((((.(((.((((((((.(.......)))))..)))).))).).((((...(((.....)))....)))).)))))).))))))))))...)))).((((....))))......((((((......)))))).......))))))))....)).)))))))))))))))...............)))))....))))))..........)))))))...............)))))......(((((((((((.....).))))))))))....)))))..)).))))))))).....................))))))((((((((........)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,((((({{.(((....)))..((((((.,(((.(((((.((((,.{((((,...((((((((((,......(((((((.,......,..)))))))(((........))),((((((((....)))))))))))))))))),,,,)}))}......)).)).)))))))).,))))))......,,}),))))|.........{((,(((({{,....,.,}}}})}.||||,.{(({(((((((,.,....}.}}))}}|||,...}}}},,,{(((({((...{((((((({....,..(((((.....)))))..,...}}))}{,.,{{(((({..(((,(..{{({((((.{((({,,((({((((,(.,...{{.||,,{{{||{{{..|,,,,...))))))))..})))}})))}))))|.((((((...,.....,.}))))}.,..((((({(((((((({((((,.{((((.((((((({,.......(((((,,(((({........}})))..}})},,,,((((,......,|}}}..}|||,,||..||||,||||}..,||||,.{{{{({.||.{{{|{{{((({{{{(,{((({....})))},|,.,.{.(((((((((((((.(((((....(((((((..........))))))).,,..,{,(((((((((,(.((,(((({,,((,,,((,{,,....}}})|||,.}}..)))),||.|||)}}.,.({((((((....((((..((((((((((((((({((.{{.{((,,..(((.(((.((((.....)))))))))).})}))))).})).)))))).((((.(((((((((((({,.,({,..,((((((((,....||}}}||||..,,.,.(((((.(((....)))..))))),.,||.,,}}},,}))))))).|||{{{.{,.....,,).))).)}),.,}}}}(((((({{....}}.))))))...,,,.)))).)))).....((((.((((..((((((.((((.........)))).))))))...))))....)))).((((((.{(..(((({......}))))..)).))))))((((((.(((((..{,.{.,{{,,((((.{..,((((((.(((......)))..)))))).}..,)))))))}),..)))))..))))))......)))))))))..))))..))))))).........,.,.|||,..)))})))))))),}))))...,.....((((((.....)))))),}},....))).)).)))))),,)))))),,,,,,(((({.{.,||||||{{{{{{.,{{((({((,{{{{||,||,,..{{|{,,,)})})))))))){|||...{{,,.,..{{||||(((((((((.{{.{{....,,,.........,,......,|}|}}}....)).)).)))),})))).||||||.||||{.(((((((((,.(((.((((((.((((((((((((.....(((((...(((((..(((((((((((...........)))))..........|.((((.((({.,((.((((({(((((,,,{((((....,))))..,,))))),..))))))))))).)))).)))))).)))))))))).....))))))}})),..{(((((.........)))))}})).))))))))).....)))))))))}},)})}}|.}|||||}|}}}}}.||||||...,....((((......||}}||{|,,,.}}})}}}}))))}}.,,||.,}}}}}}..,,|,.}|||..,}})),)}}..}|||||,(({{(({|{||||{{,....,||{{{{,....,.||,|.....,.))))))))||{{{{....,,,||.{{{,...{|||,{|{{{{||....{((({{.{(((,{,,{{{.(({(......)).)).})),,.))))}}|{{,.....,})),,((((((.((......)).)))))))))).)),.,.))))))}},{((|{||.,,|||,||,,{{,{{{({,{,,..,...(((((((.((((((.(((.(((((((.,,{,....((...((((.({(((,{((,{,(({,,....}}||,((((({((((((..((({.,{......,)))).))))))....}.}}}||....(({(({((((((.((..((((..(((((((((..(((....))).....{((({....((((.((((...)))))))).))))|((.((....)).))}......}))).)))))..))))..)).)))))).}},,.,,},,}}},.......,,,...))}))))))...}}....}.}},...{(((.....)))}.(((((((......)))))))..))))))).))).)))))).))))))).,|||,.(((..((((..((((((.(((....,)))))))))..))))..)))....,||||(((((((((((,,((((((((({...((((((((.((.(((.,...(((((((.((.(......).)))))))))...,.))))).)))))))){((,...,}}}{(((..((((...}))).)))).},,...,||,{(((((((((((...(((..(((((........)))))..)))...))))).))))))),,))))))))).}..))))),...)))))).))))}}}...,...))),))))}}})},}},},,,,,.}}}},.,)))}}}......))}}}{((((({.....}))))},......}}..)))))}),}})),)})).}))),)),.....,.......,,(((((...))))}.||{{....,,,,,,......}}}}..,,,}..((((((.((((((...(((((....)))))...))))))..)))))).,,..)))))|||,,((({..(({...,}}))))..}))}},|||.((((((((((.(((.{{((.(((.(((((({{,(,,.....))))),.,))).))).)}{{{{.,,||{.,{{{|||....)))).,))))).))))))))))..}))))))))},|,..,(((({{...))))}),{{{{||}}}.,||||||||||,,,,,..)))),,,,,,},||{{,{{,{{,((({{.........,......})))}...........}},})),,,}}}}},........(((((((((((((((((((,.....}.))))))))}.....|||,,.{{{.{{{{,...,...............,,,,}.))),},}})))))))))......,,)))))))))}
Back