Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001129728.2
Sequence Length
4547 nt
GC Content
0.6114
ACCCUCGCUCACCCACGCGGCCUUCCUGGCGGGAGAGCGCUUCCGGCGUCCUCGCCAGGCCCGGGGAGUGGGCACGGUGGAGCUGCCGACCGUUGGUCGCUGCCCCAACCCACGCACUGCGACGCCGCGGGCCUGAAUUGCAGUUCCUGUGCCCUGGCACUAAGACUGGCACCUCCUGCGGCCCAUGCCCUUCGCCUGCAUUGCCCACUGAGUCCCACUCGACUGUCUUCAGCGCGGUUCACACUGAGACCCAGCCCUCUCCCGCUGGCCCCGAGCAGGCCCACCUUUAGGAGGGCGUGAUGGAAAGGCCCCUGGAGAAUGGGGAUGAGUCCCCAGACUCUCAGGGCCAUGCCACCGACUGGAGAUUUGCUGUGUGCAGUUUCAGGGAUGCCUGGGAAGAGGAGGAACCUGCUUCCCAGAUGCACGUUAAGGACCCAGGUCCUCCAAGACCACCAGCCGGGGCCACCCAGGAUGAGGAGCUACAGGGCAGCCCCUUGUCCAGGAAAUUCCAGUUACCCCCAGCUGCAGAUGAGUCGGGGGAUGCCCAGAGGGGCACAGUAGAAAGCUCCUCAGUCCUGUCAGAAGGGCCAGGCCCCUCUGGAGUGGAGAGUCUCCUAUGCCCCAUGUCCUCCCACCUCAGCUUGGCACAGGGUGAGAGUGACACCCCAGGGGUAGGGUUGGUAGGGGACCCAGGUCCAAGCAGGGCGAUGCCAUCUGGCUUGAGCCCUGGGGCAUUGGACAGCGACCCUGUGGGCCUUGGAGACCCUUUAUCAGAAAUAUCAAAGCUGCUGGAGGCAGCCCCCAGUGGAUCCGGCCUCCCUAAGCCUGCUGACUGCCUCCUGGCCCAAGACCUCUGUUGGGAGCUGCUGGCCAGUGGUAUGGCCACCUUGCCAGGGACUCGGGAUGUCCAAGGCCGGGCAGUGCUGCUUCUGUGUGCCCACAGCCCAGCCUGGCUUCAGUCUGAGUGCAGCAGCCAGGAACUCAUCCGCCUCCUGCUGUACCUGCGAAGCAUCCCCAGGCCCGAAGUACAGGCACUGGGACUGACAGUGCUAGUUGAUGCCCGAAUUUGUGCUCCAAGUUCUUCCCUCUUCUCUGGGCUCAGCCAACUACAAGAAGCAGCCCCAGGGGCCGUGUACCAGGUGCUGCUAGUGGGAAGCACGCUGCUGAAGGAAGUGCCUUCCGGGCUGCAGCUGGAGCAGUUGCCUUCUCAGAGCCUGCUGACCCACAUCCCAACGGCGGGGCUGCCCACUUCGCUAGGAGGAGGCCUGCCUUACUGCCACCAGGCCUGGCUGGAUUUCCGAAGGCGGCUGGAAGCUCUACUACAGAACUGCCAGGCAGCUUGUGCCCUGCUCCAGGGGGCCAUCGAAAGUGUGAAGGCUGUGCCCCAGCCCAUGGAGCCUGGGGAGGUCGGUCAGCUGCUACAGCAGACAGAGGUCCUGAUGCAGCAGGUGCUAGACUCGCCAUGGCUGGCAUGGCUACAAUGCCAGGGGGGCCGGGAGCUGACAUGGCUGAAGCAAGAGGUCCCAGAGGUGACCCUGAGCCCAGACUACAGGACGGCAAUGGACAAGGCUGACGAGCUAUAUGACCGGGUGGAUGGAUUGCUGCACCAACUGACCCUGCAGAGCAACCAGCGAAUACAGGCCCUAGAGUUGGUCCAAACACUGGAGGCCCGGGAAAGCGGACUGCACCAGAUUGAAGUGUGGCUGCAGCAGGUGGGCUGGCCAGCACUGGAGGAGGCUGGGGAGCCCUCGCUGGACAUGCUGCUCCAGGCCCAAGGCUCUUUUCAGGAGCUGUACCAGGUUGCCCAGGAGCAGGUCAGGCAAGGGGAGAAGUUUCUGCAGCCGCUGACUGGCUGGGAGGCGGCUGAACUGGACCCCCCUGGGGCACGCUUUCUGGCCCUGCGAGCCCAGCUGACUGAAUUCUCUAGGGCUUUGGCCCAGCGGUGCCAGCGGCUGGCGGAUGCUGAGAGGCUGUUUCAGCUCUUCAGGGAGGCCUUGACGUGGGCUGAGGAGGGGCAGCGAGUGUUGGCAGAGCUGGAGCAGGAACGCCCGGGGGUUGUGUUGCAGCAGCUGCAGCUGCACUGGACCAGGCACCCUGACUUGCCUCCUGCCCACUUCCGAAAGAUGUGGGCUCUGGCCACGGGGCUGGGCUCAGAGGCCAUCCGCCAGGAGUGCCGCUGGGCCUGGGCGCGGUGCCAGGACACCUGGCUGGCCCUGGACCAAAAGCUUGAGGCUUCACUGAAGCUACCACCGGUGGGCAGCACAGCUAGCCUGUGUGUCAGCCAGGUCCCCGCUGCACCUGCCCACCCUCCCCUGAGGAAGGCCUACAGCUUCGAUCGGAAUCUGGGGCAGAGUCUCAGUGAACCUGCCUGCCACUGCCACCAUGCGGCCACUAUUGCUGCCUGCCGCAGACCAGAGGCUGGAGGAGGUGCCCUGCCCCAGGCAUCCCCUACUGUGCCUCCACCAGGCAGCUCUGACCCCAGGAGCCUCAACAGGCUACAGCUGGUGCUGGCAGAGAUGGUGGCCACGGAGCGGGAGUAUGUCCGGGCUCUAGAGUACACUAUGGAGAACUAUUUCCCCGAGCUGGAUCGCCCCGAUGUGCCCCAGGGCCUCCGCGGUCAGCGUGCCCACCUCUUUGGCAACCUGGAGAAGCUGCGGGACUUCCACUGCCACUUCUUCCUGCGUGAGCUGGAGGCUUGCACCCGGCACCCACCACGAGUGGCCUAUGCCUUCCUGCGCCAUAGGGUGCAGUUUGGGAUGUACGCGCUCUACAGCAAGAAUAAGCCUCGCUCCGAUGCCCUGAUGUCAAGCUAUGGGCACACCUUCUUCAAGGACAAGCAGCAAGCACUGGGGGACCACCUGGACCUGGCCUCCUACCUGCUAAAGCCCAUCCAGCGCAUGGGCAAGUACGCACUGCUGCUGCAGGAGCUGGCACGGGCCUGCGGGGGCCCCACGCAGGAGCUCAGUGCGCUGCGGGAGGCCCAGAGCCUUGUGCACUUCCAGCUGCGGCACGGAAACGACCUGCUGGCCAUGGACGCCAUCCAGGGCUGUGAUGUUAACCUCAAGGAACAGGGGCAGCUGGUGCGACAGGAUGAGUUUGUGGUGCGCACUGGGCGCCACAAGUCCGUGCGCCGCAUCUUCCUUUUUGAGGAGCUGCUGCUCUUCAGCAAGCCUCGCCAUGGGCCCACAGGGGUUGACACAUUUGCCUACAAGCGCUCCUUCAAGAUGGCAGACCUUGGUCUCACUGAGUGCUGUGGGAACAGCAACCUGCGCUUCGAGAUCUGGUUCCGCCGCCGCAAGGCCAGGGACACCUUUGUGCUGCAGGCCUCCAGCCUGGCUAUCAAGCAGGCCUGGACAGCUGACAUCUCCCACCUGCUUUGGAGGCAGGCCGUCCACAACAAGGAGGUGCGCAUGGCUGAGAUGGUGUCCAUGGGUGUGGGGAACAAGGCCUUCCGAGACAUUGCUCCCAGCGAGGAAGCCAUCAACGACCGCACCGUCAACUAUGUCCUGAAGUGCCGAGAAGUUCGCUCUCGGGCGUCCAUUGCCGUAGCCCCGUUUGACCAUGACAGCCUCUACCUGGGGGCCUCGAACUCCCUUCCUGGAGACCCUGCCUCUUGCUCUGUUCUGGGGUCCCUCAACCUGCACCUGUACAGAGACCCAGCUCUUCUGGGUCUCCGCUGUCCCCUGUAUCCCAGCUUCCCAGAGGAAGCAGCACUGGAGGCUGAGGCAGAGCUGGGCGGCCAGCCCUCUUUGACUGCUGAGGACUCAGAGAUCUCGUCCCAAUGCCCAUCAGCCAGUGGCUCCAGUGGCUCUGACAGCAGCUGUGUGUCAGGGCAGGCCCUGGGUAGGGGCCUGGAGGACUUACCCUGUGUCUGAGCCCGGGACUGGACGAGCAGUAGAUCCAGCAGCCUGCAGCUCCAAGGAACAUUGCCUCUCUGGAUCUGCUGUGACCAGGGUGUGGCUGACACCUGGGCUACCUCCAACCUACAUGUGCAACGCUGUUGACUACCCUUUCUGAUGUGUGUGGCCAUUGGACUAACUGGCACGGGGCCUCUCUAGGGAAGUCUGGUUGUAGAGCCUGAAUAGGCUCCUGGCCCCAUGACCCCUUCUCCUGUCCCCAGCUCCCAUCCCAGUUGUGGGUUAAGAAUAGGCUAGAGCAGACAUUGGGUGUUUCCAUGCUGUAGGCUGGUGGGGGACCAUGUGCCUCUAGGCAGUGACUAGGGUGCCCCCACCCCUCAGGAAGAACACAGGUGGGCUCCUAGCAGCUGAUCCCCAAUGCCUGGCCUUAAAGCCGAGCUCAGUUACCAUAGGGACAGGUCCACCUCUACUGGGCCCUCAUGCUUGCCUUUCCUGGCCCCCAGGCCCAGCCCCUUUUUACUGGGGCAGUUUCGUUAUUUUGACUUGAUGCCUUUUGAAUAACUUUCAAUAGAAUUGUCUAAAAUUAUCUUACUGGUUGUUAGGCCUUUGGUGUCUCAGAGAAGGAGUCUAGGUCUUUGAUGUGUGAUUUAAUCUUUUAUUUGUUUAUAAUAAAAAAUAGACUGAUAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-2022.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2093.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 990.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((((((((.((.(((((....((((((.((.((((...))))))))))))))))))).)).))))))..(((((.((.((.((((...)))))).)).)).)))..(((...)))..((((((((...(...(((((((...((((....))))...)))).))).).)))))))).((((((((((((((((.(((.......((((......))))((((.(((.(.......).)))))))(((((........)))))...))))))))).........)))))))))).(((...(((((..((((..((((((....))))))..))))..)))))...)))..(((((.(.((.....)).).)))))..))))....(((((((((((.....))).))))))))..((((((((((((((.(((((((((.((((.((((((((((((((..((((((((((((((...((((((....)))))).(((...))).....(((((.(((.......))).))))).(((((....)))))........))))))))).)))))...(((((((.(((((((..(((((((((..(((.((((((.....((............((((((((...(((((.......)))))((((((.((((.(.((.((((..((((((((...((((((...(((....)))....))))))))))...((((((((....((((((....((.((((((....((((............((.(((((((((((((((((((.(((((((((((..((((((((...(((....))).((.((((((((((((.(((((((((((.(((((...)))))((.(((..((((.......))))..))).)).(((.((((...(((((....)))))..)))))))(((((.((..(.(((((((((...(((.....))).....)))))))))).))))))).(((((((((..........(((((((.......))))))).(((((.(((((((((((.....))))))).............)))))))))...........((((((.((..((........)).)).)))))).(((((.((((.(((...(((((((.(((..(((((.......)))))))).)).)))))....))).))))..)))))...(((..((((((((.(((..((((....))))..)))(((((((.......((((......)))).......)))))))((((.((.(((.....))).)).))))(((((((((.(((((...))))).))..............)))))))))))).)))..))).))))))))))))))).))))).))......)))))))))).))...))))))))(((((.((......)))))))..(((......))))))))))))))..((((.(((((.....((.((.((((((...)).))))))..)).(((((......((((((((((((..((((....)))).......(.((((..((((........((((((...((((....((.....)).....))))......))))))))))..)))).)..((((((((..((((((((((((((.....(((.((((..((((((((.(.((((((.((((((((((...(((((((((((.....))....))).))))))((.(((((((((.....(.((((...((((((((((.(((((..((.((.((..((((...((((....((((((((..((....))..))))))))))))...))))(((((((((((((((.(((((((((.((((((((((.((((....)).)).....(((((((..((((.(((.(((.(((((.((((((((.((((...))))(((((((((.(((((......)))))((((..((((((...((((.(((.((.((((.....((.(((.(((((((((((((((.(((((....)))))..(((.(((((..(((((....(((....((((((.((.....)).))))))...)))..)))))((((((((((.(((..(((....)))..))).))))))))))..((.(.((((((...))))))).))))))).)))..(((((.((......)).))))).(((....))))))))))))))..)))).)))))..)))).))...)))))))))))))..)))))))))))))..((((.(((.(((.....))).)))))))....))))))))...))))).))).))).)))).)).))))).....((((((((..........(((((((((((.((((((........)))))).))).))).)))))...))))))))((((....))))(((((....))))).))))))).))).)))).......))))).)))))(((.((..((((((.((((((......))).(((((....)))))..))))))))).)))))...))))))))))(((.....)))..)).)).))..))))).))))))))))...)))).)(((.(((((.(.((((((..((((((((((.(((((((((.(((((((((((.((((.....))))....))))...(((((((....)))))))...))).)))).)).)))..))))........(((..(((((..(((((..............)))))..((((....))))...(((((((((((..(((((.(((........))))))))....))))...((((((.......))))))..........)))))))...))))).)))..((((((....))))))))))))))))...)))).)).).))))).)))))))))))).)).))))))).)))))).)))...).))))))))..(((((((((((((((((((.(((.((((((((((..((..((..(((.((.(((((.((.((((....(((((((((.(...).))))))))))))))))))))))......(((.(((((((((....))))))))).)))....))).))..))....)))))))))))))..)))..((.((((.(((((..((((((((..((((((...))))))..))((((((.((((..(((((((..((((.....(((((...(((....)))..)))))...)))).)).)))))..(((((((((.((....)))))).)))))..)))).....))))))((((((...))))))))))))........))))).)))).)).))).)))))))))))))(((((((.......(((.((((......(((((...))))))))))))........)))))))))))))).....)))..)))).....)))))))))))))))))))))))))))......))))).))))).)))).)))).))))))))......((((......))))....))))))).))))))....))))))))....))))))........(((((((((.....)))))))))))))))))........(((((((((((((((.(((((((..((((((((...))).(((((....)))))))))).)).)))))..((((..((....)).))))....((((....((((((((.((((((((((((((((.((....)))))))))))(((((((.....)))))))(((((.....(((.(((((..((((((...((((....(((((((((((((.((...((((.((....))...))))..)))))))))))))))..))))..)).)))))))))..)))...)))))..(((((((((........((.....))........))))))).)).))))))))).))))))...)))).))))).)))))).)))).....((((((....)))))))))))))))).).)))).)))))).((((((((........))))).)))........(((((((.(((....((((((((((...(.(((.(((..(((((((((((...((((....))))........))).)))))))))))))).).)))))).(((.((((......)))).))).))))))))))))))....)))))))))).....)))))))))...)))).)))))..))).......))))))))))).)))))))..)))...(((((........))))).....(((((........))))).((.(((((.....))))).))....((((((....(((.....)))..))))))...))))))))..).).)))).))).))))))))))))))............((((.((((((........)))))).))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.((((((((.((.((({..,,(((((((.({,((((...))))))))))))))))))),)).))))))..(((((.((.({{((((...)))))).)).)),,))..{((...|||..((((((((...{...{((((((...((((....))))...))))}}}}.,.)))))))).((((((((((((((((.,{{.....,{((({..,,,,)}}}(((,,(((.(.{...,.).)))))))(((((........)))))...}},)))))).........)))))))))).(((...((((({(((((..((((((....))))))..))).)))))))...))),|,.|,||{|{,.,||.}}.}}))))},}))))....(((((((((((.....))).))))))))..((((((((((((((.((((((((,.(((,{((((((((((((((..((((((((((((((...(((((,....}))))).(((...))).....(((((.(((.......))).))))).(((((....)))))........))))))))}.)))))...(((((((,(((((((..(((((((((..(((.((((((.....{(,.,.,.,{,{,.(((((({{...({(((.,.....))}}}((((((.{(((.{.((.((((.{((((({((...((((((...(((....)))....))))))}}||{..((((((((....((((((....((.((((((....((((............((.(((((((((((((((((((,(((((((((({..((((((((...(((....))).((.((((((((((((.(((((((((((.,((((...}))}|{{.(((..((((.......))))..|||.|||({(,(({(,..{{{{{.,..)))}),,)})))))(((((.((..(.(((((((((...(({.....})).....)))))))))).))))))).(((((((((((,.......(((((((.......))))))).{{{({.{{{,(((((((.....)))))))...........,,||||,||||{...,,,....,{{{(({((.{(({{.,.{{,|}.|}.||||||.(((((.((((.(((.((({{((((,(((,.{(((({{.,,,{}}||}|)),}},)}}||||,,))).))))..)))))........{{{((({{.{({..{{{{,...}))),,)))||||||,.}}}},.,{,|}}}}}}}})),,,,}}.,,)))))|(((.{(.{({.....))).)}.))))})||}|,||}|{|,|}}}),}))})),.,|....,})}}..))))).)))))})},..,)).))))))))))))))).))))).))......}))))))))).))...))))))))(((((.(,......))))))).,(((......))))))))))))))|.((((.(((((.,.,,((.{(.((((((...)).))))})..}}.{{{{{....|{((((((((((((..((((....))))......{(.((((..((({.......,((((((...((((.,..((.....))...,.))))......))))))))))..)))),)..((((((({.,((((((((((((((,,...(((.((((..((((((((.(.((((((.((((((((((.(((({{{{||||,,,.,,||{...}}).})))))((.(((((((((.....(.((((...((((((((((.{((((.{(({((((...((((...((((....((((((((..((....))..))))))))))))...))))))))(((((((((...{,{({((((.((((((((((.,,,.....,|,.|{{...(((((((..((((.(((.(((.(((((.((((((((.,((({{{|||,((((((((({((,,,....((((((.,,,,,(({((((({(((((.,(({(,((((.{(((.{{,(,(,..,|||}|,}|}),)}|),,))}}.,},))))}((,,,{(({{.,,,....}})))}}.((((((.((.....)).)))))),(((((..((.(,((((((((((.(((..(((....)))..))).)))))))))).).)},.||}}||..{((((((((((|{|||.,,...(((((.((......)).)))))..,.,,}},}}||,{{||||},..})))})}}})))))))))...)))))),)))))))}}))))))))))))}.|((,,.|||}||{.....))}.)))))))}}..)))))))}...))))).))).))).)))).)).))))).....((((((((..,.......((((({(((((.((((((,{{...}})))))).))).))}.)))))...)))))))),{{{..,,))))(((((....))))).))))))).))).))))....}},||||.{{{{{{(((.(((((((.(((((((((......||..((,((....,)))},,})))))))..)))).)))))))))).,,),})))).))))))))))))),}))))).))))))))))...)))).)(((.(((((.(.((((((..((((((((((.(((((((((.(((((((((((.((((.....))))....))))...(((((((....)))))))...))).)))).)).)))..))))........(((..(((((,.(((((....,,...,,,..))))),.((((....))))....((((({{(((..(((((.(((........))))))))....||||...((((((,....}.)))))).}}},.,...))))))))).))))).)))..((((((....))))))))))))))))...)))).)).).))))).)))))))))))).)).))))))).)))))).)))...).)))))))).,(((((((((((((((((((.(((.((((((((((..((..{((((({.((.(((((,,(.((((....(((((((((.(...}.))))))))))))))))))))))..,.,,||,.{((((((((....)))))))))..,}|||,,,,.}),,))....)))))))))))))..)))..((.((((.(((((..,.,(((.({((,.((((((.,.((((((.{{(({..,,,|..|||||||}}.|||}}}.}||||,}}}(((....))).,|||},.,})}}},|},|}}}}|.(((((((({,((....}))))),,}||}..}}}}.....}}}}}}||||||.}})))))))}.},,,.......))))).)))).)).))).)))))))))))))(((((((.......(({{((((......(((((...))))))))))))........))))))))))))))..,,.)))..)))).....)))))))))))))))))))))))))))...,..))))},))))).)))).)))),})))))))......((((......))))....))))))).))))))....))))))))....))))))........(((((((((.....)))))))))))))))))..}},...((((((((((((((|.|((((((..(((((({{.,,|,,.({{((,,..)))))))))).)).))))}{.((((..,{....,}.)))),...((((....(((((({{.(((((((((((((((({((....)}))))))))},((((((.....))))))|(((((.....(((.(((((..((((({...((((....(((((((((((((.((...((((.((....))...))))..)))))))))))))))..))))..)}.)))))))))..)))..,))))),.,,,{{{,,{{{{{{,,.}},|,{,,{,,.....,,.}|}}}}})|)))))))}}.})))))...)))).})))).)))))).))))..,,,((((((....))))))}}))))))}}.},)))).)))))).((((((((........))))).)))........{((((((.(({...,((((((((((,..{.(((.(((..(((((((((((.,,((((....))))....,,,.))).)))))))))))))).}.)))))}.(((.((((......)))).))),))))))})))))))....))))))))})}....)))))))))...))))}}))))..))),,.....)}}}))))))).)))))))..)))...(((((........))))).{,..,({{(...,|||.,|||,.((.(((((.....))))).)).,,.|||{{||||,{,,....,))}|.}}}))),..))))))))..).}.,))).))).)))))))))))))),...........((((.((((((........)))))).)))}....
Back