Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130101.3
Sequence Length
1672 nt
GC Content
0.5819
GUCCUGCUUGUGCUCAGCUCCAGCUCACUGGCUGGCCACCGAGACUUCUGGACAGGAAACUGCACCAUCCUCUUCUCCCAGCAAGGGGGCUCCAGAGACUGCCCACCCAGGAAGUCUGGUGGCCUGGGGAUUUGGACAGUGCCUUGGUAAUGACCAGGGCUCCAGGAAGAGAUGUCCUUGUGGCUGGGGGCCCCUGUGCCUGACAUUCCUCCUGACUCUGCGGUGGAGCUGUGGAAGCCAGGCGCACAGGAUGCAAGCAGCCAGGCCCAGGGAGGCAGCAGCUGCAUCCUCAGAGAGGAAGCCAGGAUGCCCCACUCUGCUGGGGGUACUGCAGGGGUGGGGCUGGAGGCUGCAGAGCCCACAGCCCUGCUCACCAGGGCAGAGCCCCCUUCAGAACCCACAGAGAUCCGUCCACAAAAGCGGAAAAAGGGGCCAGCCCCCAAAAUGCUGGGGAACGAGCUAUGCAGCGUGUGUGGGGACAAGGCCUCGGGCUUCCACUACAAUGUUCUGAGCUGCGAGGGCUGCAAGGGAUUCUUCCGCCGCAGCGUCAUCAAGGGAGCGCACUACAUCUGCCACAGUGGCGGCCACUGCCCCAUGGACACCUACAUGCGUCGCAAGUGCCAGGAGUGUCGGCUUCGCAAAUGCCGUCAGGCUGGCAUGCGGGAGGAGUGUGUCCUGUCAGAAGAACAGAUCCGCCUGAAGAAACUGAAGCGGCAAGAGGAGGAACAGGCUCAUGCCACAUCCUUGCCCCCCAGGGCUUCCUCACCCCCCCAAAUCCUGCCCCAGCUCAGCCCGGAACAACUGGGCAUGAUCGAGAAGCUCGUCGCUGCCCAGCAACAGUGUAACCGGCGCUCCUUUUCUGACCGGCUUCGAGUCACGGUGAUGCUUCUGGAGACAUCUCGGAGGUACAACCCUGGGAGUGAGAGUAUCACCUUCCUCAAGGAUUUCAGUUAUAACCGGGAAGACUUUGCCAAAGCAGGGCUGCAAGUGGAAUUCAUCAACCCCAUCUUCGAGUUCUCCAGGGCCAUGAAUGAGCUGCAACUCAAUGAUGCCGAGUUUGCCUUGCUCAUUGCUAUCAGCAUCUUCUCUGCAGACCGGCCCAACGUGCAGGACCAGCUCCAGGUAGAGAGGCUGCAGCACACAUAUGUGGAAGCCCUGCAUGCCUACGUCUCCAUCCACCAUCCCCAUGACCGACUGAUGUUCCCACGGAUGCUAAUGAAACUGGUGAGCCUCCGGACCCUGAGCAGCGUCCACUCAGAGCAAGUGUUUGCACUGCGUCUGCAGGACAAAAAGCUCCCACCGCUGCUCUCUGAGAUCUGGGAUGUGCACGAAUGACUGUUCUGUCCCCAUAUUUUCUGUUUUCUUGGCCGGAUGGCUGAGGCCUGGUGGCUGCCUCCUAGAAGUGGAACAGACUGAGAAGGGCAAACAUUCCUGGGAGCUGGGCAAGGAGAUCCUCCCGUGGCAUUAAAAGAGAGUCAAAGGGUUGCGAGUUUUGUGGCUACUGAGCAGUGGAGCCCUCGCUAACACUGUGCUGUGUCUGAAGAUCAUGCUGACCCCACAAACGGAUGGGCCUGGGGGCCACUUUGCACAGGGUUCUCCAGAGCCCUGCCCAUCCUGCCUCCACCACUUCCUGUUUUUCCCACAGGGCCCCAAGAAAAAUUCUCCACUGUCA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-656.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -685.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 353.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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